ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50080

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O2 B 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C4' A 0, 0.000, 0.185, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.185 std_dev=0.185
OP1 A 0, 0.000, 0.239, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C3' A 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
O2' A 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C2 B 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O2' B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C5' A 0, 0.000, 0.270, 0.540, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.270 std_dev=0.270
N3 B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
O3' A 0, 0.000, 0.290, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.290 std_dev=0.290
N1 B 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
O4 B 0, 0.000, 0.303, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.303 std_dev=0.303
C4 B 0, 0.000, 0.308, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.308 std_dev=0.308
P A 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
C6 B 0, 0.000, 0.336, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.336 std_dev=0.336
C5 B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.000, 0.362, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.362 std_dev=0.362
O5' A 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
P B 0, 0.000, 0.411, 0.821, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.411 std_dev=0.411
OP2 B 0, 0.000, 0.418, 0.835, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.418 std_dev=0.418
OP2 A 0, 0.000, 0.419, 0.838, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.419 std_dev=0.419
OP1 B 0, 0.000, 0.421, 0.842, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.421 std_dev=0.421
O5' B 0, 0.000, 0.440, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.440 std_dev=0.440
O4' B 0, 0.000, 0.547, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.547 std_dev=0.547
C5' B 0, 0.000, 0.560, 1.119, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.560 std_dev=0.560
C4' B 0, 0.000, 0.639, 1.278, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.639 std_dev=0.639
O3' B 0, 0.000, 0.709, 1.417, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.709 std_dev=0.709
C3' B 0, 0.000, 0.768, 1.536, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.768 std_dev=0.768

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.12 0.01 0.04 0.01 0.02
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.08 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.02 0.09 0.11 0.06 0.02 0.00 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.06 0.05 0.03
C4 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.14 0.01 0.05 0.00 0.02
C4' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.03 0.02 0.00 0.09 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.18 0.00 0.07 0.04 0.06
C5' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.02 0.03 0.12 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.11 0.06 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.19 0.01 0.08 0.07 0.07
C8 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.17 0.00 0.06 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.17 0.02 0.07 0.05 0.06
N2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.02 0.00 0.10 0.02 0.03 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.01 0.10 0.01 0.03 0.02 0.00
N7 0.00 0.01 0.04 0.12 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.20 0.01 0.08 0.05 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.04 0.05 0.01
O2' 0.03 0.10 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.05 0.03 0.04 0.07 0.14 0.10 0.02 0.00 0.00 0.06 0.10 0.05 0.03 0.10 0.04 0.01
O3' 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.09 0.04 0.09 0.11 0.06 0.02 0.00 0.12 0.06 0.06 0.00 0.03 0.07 0.10 0.06 0.07 0.04
O4' 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.12 0.09
O5' 0.03 0.12 0.01 0.01 0.14 0.02 0.18 0.02 0.19 0.17 0.17 0.10 0.10 0.20 0.12 0.05 0.07 0.02 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.20 0.00 0.08 0.09 0.08
OP1 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.03 0.03 0.08 0.04 0.10 0.06 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.01 0.08 0.05 0.00 0.04 0.04 0.00 0.07 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.07 0.12 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.06 0.06 0.03 0.17 0.01 0.16 0.13 0.11 0.05 0.14 0.00 0.06 0.10 0.19 0.11 0.01 0.00 0.04 0.03
C2 0.08 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03 0.05 0.16 0.03 0.00 0.06 0.00 0.10 0.06 0.11 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05
C2' 0.01 0.09 0.11 0.00 0.17 0.01 0.17 0.13 0.13 0.08 0.16 0.04 0.02 0.08 0.17 0.10 0.03 0.01 0.05 0.04
C3' 0.03 0.03 0.12 0.05 0.09 0.04 0.09 0.09 0.06 0.03 0.08 0.01 0.02 0.11 0.08 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
C4 0.09 0.02 0.01 0.08 0.13 0.03 0.09 0.11 0.04 0.00 0.10 0.00 0.05 0.11 0.16 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.04 0.04 0.11 0.04 0.11 0.02 0.10 0.09 0.07 0.03 0.09 0.01 0.01 0.10 0.11 0.14 0.04 0.03 0.03 0.03
C5 0.13 0.04 0.06 0.17 0.06 0.10 0.01 0.05 0.04 0.07 0.03 0.04 0.04 0.18 0.12 0.16 0.05 0.05 0.05 0.04
C5' 0.02 0.02 0.15 0.04 0.08 0.02 0.09 0.09 0.07 0.03 0.07 0.02 0.06 0.08 0.07 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00
C6 0.15 0.09 0.11 0.19 0.02 0.11 0.05 0.04 0.08 0.10 0.04 0.07 0.07 0.18 0.04 0.14 0.05 0.05 0.06 0.04
C8 0.11 0.00 0.01 0.18 0.13 0.13 0.09 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.01 0.19 0.17 0.21 0.08 0.07 0.06 0.07
N1 0.13 0.06 0.11 0.12 0.00 0.04 0.02 0.10 0.04 0.07 0.02 0.05 0.10 0.13 0.05 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00
N2 0.03 0.04 0.05 0.05 0.08 0.11 0.07 0.21 0.05 0.03 0.07 0.04 0.12 0.01 0.10 0.09 0.10 0.07 0.07 0.09
N3 0.05 0.06 0.00 0.01 0.14 0.06 0.11 0.18 0.08 0.04 0.12 0.03 0.08 0.04 0.16 0.01 0.07 0.04 0.06 0.07
N7 0.14 0.05 0.04 0.22 0.06 0.16 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.05 0.00 0.22 0.13 0.22 0.10 0.09 0.09 0.08
N9 0.08 0.04 0.03 0.09 0.16 0.05 0.14 0.09 0.07 0.02 0.13 0.00 0.02 0.13 0.19 0.14 0.02 0.02 0.00 0.00
O2' 0.09 0.18 0.17 0.13 0.21 0.14 0.20 0.20 0.18 0.17 0.23 0.14 0.01 0.02 0.21 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.03 0.14 0.02 0.08 0.05 0.08 0.04 0.06 0.03 0.08 0.01 0.02 0.10 0.07 0.16 0.05 0.01 0.01 0.00
O4' 0.06 0.04 0.07 0.05 0.16 0.03 0.16 0.09 0.10 0.03 0.12 0.01 0.05 0.12 0.18 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00
O5' 0.03 0.02 0.17 0.05 0.04 0.04 0.08 0.10 0.06 0.01 0.02 0.05 0.12 0.07 0.03 0.17 0.02 0.10 0.07 0.07
O6 0.17 0.13 0.14 0.24 0.09 0.14 0.10 0.01 0.12 0.14 0.11 0.10 0.06 0.22 0.04 0.17 0.08 0.07 0.08 0.06
OP1 0.08 0.03 0.10 0.18 0.04 0.15 0.04 0.05 0.00 0.03 0.03 0.06 0.08 0.21 0.04 0.24 0.13 0.10 0.13 0.12
OP2 0.03 0.05 0.20 0.08 0.11 0.03 0.13 0.10 0.10 0.06 0.09 0.03 0.23 0.08 0.09 0.12 0.03 0.08 0.05 0.06
P 0.00 0.03 0.17 0.08 0.10 0.05 0.11 0.08 0.08 0.04 0.08 0.01 0.16 0.10 0.09 0.15 0.01 0.03 0.00 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.11 0.09 0.09 0.10
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.11 0.10 0.09 0.12
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.12 0.06 0.00 0.02 0.13 0.01 0.03 0.01 0.01 0.25 0.26 0.27 0.27
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.18 0.09 0.09 0.05 0.05 0.00 0.18 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02
C4 0.02 0.01 0.01 0.16 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.13 0.00 0.06 0.09 0.11 0.11 0.13
C4' 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.04 0.00 0.00 0.15 0.12 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.19 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.16 0.01 0.11 0.08 0.11 0.11 0.13
C5' 0.09 0.14 0.12 0.01 0.12 0.01 0.09 0.00 0.08 0.11 0.16 0.10 0.04 0.16 0.11 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.18 0.01 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.15 0.14 0.00 0.12 0.09 0.11 0.11 0.13
N1 0.02 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.02 0.03 0.08 0.08 0.01 0.04 0.11 0.11 0.10 0.12
N3 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.00 0.02 0.16 0.03 0.02 0.00 0.01 0.10 0.07 0.00 0.01 0.13 0.13 0.12 0.15
O2 0.06 0.00 0.13 0.05 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.03 0.01 0.00 0.08 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08
O2' 0.02 0.04 0.01 0.05 0.14 0.15 0.17 0.04 0.15 0.08 0.10 0.08 0.00 0.00 0.15 0.05 0.16 0.15 0.25 0.18
O3' 0.00 0.06 0.03 0.00 0.13 0.12 0.16 0.16 0.14 0.08 0.07 0.05 0.00 0.00 0.14 0.04 0.06 0.02 0.08 0.05
O4 0.02 0.00 0.01 0.18 0.00 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.14 0.00 0.06 0.07 0.10 0.08 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.12 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.06 0.00 0.07 0.08 0.13 0.08
O5' 0.11 0.11 0.25 0.02 0.09 0.03 0.08 0.01 0.09 0.11 0.13 0.08 0.16 0.06 0.07 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.10 0.26 0.06 0.11 0.01 0.11 0.05 0.11 0.11 0.13 0.06 0.15 0.02 0.10 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00
OP2 0.09 0.09 0.27 0.06 0.11 0.07 0.11 0.01 0.11 0.10 0.12 0.06 0.25 0.08 0.08 0.13 0.02 0.03 0.00 0.00
P 0.10 0.12 0.27 0.02 0.13 0.02 0.13 0.01 0.13 0.12 0.15 0.08 0.18 0.05 0.10 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00