ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50083

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 25, 10, 8, 2, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.017, 0.035, 0.052, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.035 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.016, 0.042, 0.068, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.042 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.021, 0.052, 0.083, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.052 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.026, 0.084, 0.142, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.084 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.021, 0.103, 0.185, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.103 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.021, 0.114, 0.207, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.114 std_dev=0.093
O4' B 0, 0.108, 0.229, 0.349, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.229 std_dev=0.121
C5' A 0, 0.072, 0.204, 0.336, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.204 std_dev=0.132
C4' B 0, 0.131, 0.264, 0.396, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.264 std_dev=0.132
C3' A 0, -0.017, 0.115, 0.248, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.115 std_dev=0.133
C5' B 0, 0.141, 0.278, 0.415, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.278 std_dev=0.137
C1' B 0, 0.109, 0.251, 0.392, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.251 std_dev=0.141
O2' B 0, 0.179, 0.326, 0.473, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.326 std_dev=0.147
O5' A 0, 0.123, 0.271, 0.419, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.271 std_dev=0.148
OP1 B 0, 0.167, 0.326, 0.486, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.326 std_dev=0.159
C2' B 0, 0.138, 0.299, 0.460, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.299 std_dev=0.161
O5' B 0, 0.150, 0.318, 0.485, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.318 std_dev=0.168
C3' B 0, 0.152, 0.321, 0.490, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.321 std_dev=0.169
P A 0, 0.102, 0.272, 0.442, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.272 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.099, 0.271, 0.443, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.271 std_dev=0.172
P B 0, 0.126, 0.300, 0.474, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.300 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.109, 0.287, 0.465, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.287 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.025, 0.207, 0.389, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.207 std_dev=0.182
O3' B 0, 0.180, 0.367, 0.555, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.367 std_dev=0.187
OP2 A 0, 0.172, 0.363, 0.554, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.363 std_dev=0.191
O2 B 0, 0.170, 0.367, 0.564, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.367 std_dev=0.197
C2 B 0, 0.120, 0.324, 0.528, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.324 std_dev=0.204
OP1 A 0, 0.159, 0.367, 0.575, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.367 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.104, 0.321, 0.538, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.321 std_dev=0.217
OP2 B 0, 0.115, 0.337, 0.559, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.337 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.117, 0.360, 0.603, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.360 std_dev=0.243
C4 B 0, 0.097, 0.347, 0.596, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.347 std_dev=0.250
O3' A 0, -0.115, 0.157, 0.428, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.157 std_dev=0.272
N4 B 0, 0.093, 0.392, 0.690, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.392 std_dev=0.299

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.05 0.08 0.08 0.04
C2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.05 0.08 0.11 0.07 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.10 0.12 0.10
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.14 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.03 0.07 0.09 0.07 0.04
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.02 0.08 0.09 0.08 0.05
C5' 0.02 0.09 0.05 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.05 0.09 0.08 0.09 0.06 0.04 0.03 0.07 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.09 0.09 0.08 0.06
C8 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.03 0.07 0.10 0.10 0.08
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.04 0.09 0.10 0.07 0.06
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.05 0.07 0.11 0.08 0.06
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.10 0.10 0.09 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.04 0.02 0.08 0.10 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.06 0.08 0.08 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.06 0.06 0.08 0.03 0.07 0.12 0.07 0.07 0.08 0.11 0.06 0.00 0.04 0.03 0.09 0.09 0.15 0.10
O3' 0.10 0.14 0.02 0.01 0.10 0.01 0.07 0.07 0.08 0.04 0.12 0.14 0.07 0.04 0.07 0.04 0.00 0.06 0.09 0.12 0.27 0.16
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.10 0.08 0.07
O5' 0.05 0.08 0.10 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.06 0.09 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.11 0.10 0.05 0.09 0.05 0.09 0.05 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.09 0.12 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.07 0.12 0.14 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.15 0.27 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.10 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.10 0.16 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.11 0.14 0.13 0.09 0.13 0.10 0.13 0.11 0.11 0.10 0.09 0.13 0.17 0.13 0.12 0.12 0.15 0.13 0.14
C2 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.12 0.11 0.08 0.12 0.16 0.12 0.13
C2' 0.14 0.13 0.16 0.15 0.11 0.14 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12 0.11 0.16 0.20 0.16 0.13 0.13 0.15 0.14 0.14
C3' 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.13 0.11 0.11 0.11 0.14 0.12 0.13
C4 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.11 0.08 0.12 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.14 0.11 0.10 0.12 0.15 0.12 0.13
C4' 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.13 0.11 0.10 0.11 0.14 0.11 0.13
C5 0.07 0.06 0.09 0.10 0.06 0.11 0.07 0.13 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.13 0.10 0.10 0.12 0.15 0.13 0.14
C5' 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.13 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.14 0.11 0.12
C6 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.12 0.08 0.06 0.06 0.08 0.07 0.12 0.10 0.08 0.11 0.15 0.12 0.14
C8 0.12 0.11 0.14 0.14 0.09 0.14 0.10 0.14 0.11 0.11 0.10 0.09 0.12 0.17 0.14 0.13 0.13 0.15 0.14 0.15
N1 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.11 0.08 0.12 0.16 0.12 0.13
N3 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.13 0.11 0.09 0.12 0.15 0.12 0.13
N6 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.13 0.11 0.08 0.11 0.15 0.13 0.14
N7 0.11 0.08 0.12 0.12 0.08 0.13 0.09 0.14 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.15 0.12 0.12 0.13 0.15 0.14 0.15
N9 0.11 0.10 0.13 0.12 0.08 0.13 0.09 0.13 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.16 0.13 0.12 0.12 0.15 0.13 0.14
O2' 0.26 0.27 0.28 0.26 0.24 0.23 0.23 0.21 0.24 0.26 0.26 0.22 0.30 0.31 0.26 0.23 0.22 0.22 0.24 0.23
O3' 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.15 0.14 0.12 0.13 0.14 0.16 0.16 0.16
O4' 0.10 0.10 0.12 0.12 0.08 0.12 0.09 0.13 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.16 0.12 0.11 0.12 0.15 0.12 0.13
O5' 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.13 0.10 0.15 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.13 0.12 0.13 0.13 0.16 0.12 0.14
OP1 0.11 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.13
OP2 0.12 0.14 0.12 0.12 0.14 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.12 0.14 0.12 0.13
P 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.05 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.09 0.11 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.09 0.09 0.10 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.07 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07 0.08 0.10 0.07
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.09 0.11 0.13 0.10
O2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.03 0.05 0.06 0.07 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.07 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.04 0.03
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.07 0.08 0.04 0.00 0.01 0.04 0.10 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.07 0.08 0.09 0.04 0.09 0.03 0.07 0.05 0.08 0.11 0.06 0.07 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.07 0.05 0.05 0.11 0.02 0.10 0.01 0.07 0.06 0.10 0.13 0.07 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.06 0.04 0.07 0.10 0.04 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00