ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50084

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 19, 22, 2, 1, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.018, 0.033, 0.048, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.033 std_dev=0.015
O2' B 0, 0.124, 0.261, 0.397, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.261 std_dev=0.137
C2' B 0, -0.026, 0.277, 0.581, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.277 std_dev=0.303
C1' B 0, -0.117, 0.292, 0.700, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.292 std_dev=0.409
O4' A 0, -0.189, 0.301, 0.791, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.301 std_dev=0.490
C2' A 0, -0.193, 0.303, 0.799, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.303 std_dev=0.496
O4' B 0, -0.241, 0.410, 1.061, 2.977 max_d=2.977 avg_d=0.410 std_dev=0.651
C3' B 0, -0.217, 0.451, 1.118, 2.426 max_d=2.426 avg_d=0.451 std_dev=0.668
C3' A 0, -0.302, 0.388, 1.078, 2.470 max_d=2.470 avg_d=0.388 std_dev=0.690
OP2 A 0, -0.099, 0.609, 1.317, 3.199 max_d=3.199 avg_d=0.609 std_dev=0.708
O2' A 0, -0.260, 0.469, 1.198, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.469 std_dev=0.729
C4' A 0, -0.327, 0.411, 1.150, 2.663 max_d=2.663 avg_d=0.411 std_dev=0.738
P A 0, -0.128, 0.619, 1.367, 3.101 max_d=3.101 avg_d=0.619 std_dev=0.747
OP1 A 0, -0.096, 0.673, 1.443, 3.305 max_d=3.305 avg_d=0.673 std_dev=0.770
O3' A 0, -0.396, 0.437, 1.269, 2.868 max_d=2.868 avg_d=0.437 std_dev=0.833
O5' A 0, -0.280, 0.577, 1.434, 3.112 max_d=3.112 avg_d=0.577 std_dev=0.857
N1 B 0, -0.457, 0.437, 1.330, 4.141 max_d=4.141 avg_d=0.437 std_dev=0.893
O3' B 0, -0.355, 0.561, 1.477, 3.257 max_d=3.257 avg_d=0.561 std_dev=0.916
C4' B 0, -0.374, 0.552, 1.479, 3.721 max_d=3.721 avg_d=0.552 std_dev=0.926
C5' A 0, -0.409, 0.662, 1.733, 4.074 max_d=4.074 avg_d=0.662 std_dev=1.071
C6 B 0, -0.718, 0.523, 1.763, 5.734 max_d=5.734 avg_d=0.523 std_dev=1.241
C2 B 0, -0.723, 0.654, 2.031, 5.238 max_d=5.238 avg_d=0.654 std_dev=1.377
C5' B 0, -0.699, 0.732, 2.164, 5.834 max_d=5.834 avg_d=0.732 std_dev=1.431
O2 B 0, -0.753, 0.772, 2.296, 5.486 max_d=5.486 avg_d=0.772 std_dev=1.525
C5 B 0, -1.000, 0.686, 2.372, 7.684 max_d=7.684 avg_d=0.686 std_dev=1.686
O5' B 0, -0.973, 0.853, 2.680, 6.209 max_d=6.209 avg_d=0.853 std_dev=1.827
N3 B 0, -1.071, 0.827, 2.726, 7.242 max_d=7.242 avg_d=0.827 std_dev=1.898
C4 B 0, -1.130, 0.823, 2.776, 8.269 max_d=8.269 avg_d=0.823 std_dev=1.953
N4 B 0, -1.450, 1.049, 3.547, 10.343 max_d=10.343 avg_d=1.049 std_dev=2.499
P B 0, -1.312, 1.219, 3.750, 8.662 max_d=8.662 avg_d=1.219 std_dev=2.531
OP2 B 0, -1.366, 1.368, 4.103, 9.466 max_d=9.466 avg_d=1.368 std_dev=2.735
OP1 B 0, -1.539, 1.406, 4.351, 9.999 max_d=9.999 avg_d=1.406 std_dev=2.945

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.00 0.11 0.25 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.29 0.17 0.00 0.17 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.11 0.30 0.19 0.20 0.12 0.08
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.15 0.13 0.16 0.23 0.29 0.10 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.69 0.50 0.45
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.24 0.21 0.21 0.14 0.27 0.25 0.15 0.02 0.01 0.02 0.11 0.47 0.20 0.21
C4 0.01 0.00 0.15 0.17 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.16 0.12 0.16 0.12 0.08
C4' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.19 0.11 0.17 0.04 0.15 0.05 0.22 0.01 0.00 0.01 0.13 0.04 0.04
C5 0.01 0.00 0.07 0.23 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.07 0.07 0.10 0.12 0.20 0.16
C5' 0.06 0.26 0.15 0.01 0.13 0.00 0.08 0.00 0.12 0.18 0.21 0.25 0.09 0.14 0.05 0.07 0.15 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.24 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.13 0.10 0.13 0.22 0.16
C8 0.01 0.01 0.16 0.21 0.00 0.19 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.11 0.18 0.18 0.12 0.20 0.23
N1 0.02 0.00 0.23 0.21 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.24 0.14 0.14 0.17 0.10
N3 0.02 0.00 0.29 0.14 0.00 0.17 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.13 0.30 0.19 0.22 0.11 0.08
N6 0.01 0.01 0.10 0.27 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.08 0.11 0.17 0.29 0.23
N7 0.01 0.01 0.08 0.25 0.00 0.15 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.14 0.09 0.17 0.17 0.27 0.26
N9 0.00 0.01 0.01 0.15 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.04 0.01 0.07 0.15 0.10 0.08
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.06 0.22 0.15 0.07 0.10 0.36 0.12 0.24 0.16 0.33 0.14 0.00 0.04 0.15 0.25 0.63 0.53 0.38
O3' 0.19 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.15 0.07 0.11 0.06 0.13 0.12 0.14 0.04 0.04 0.00 0.14 0.13 0.29 0.17 0.11
O4' 0.00 0.30 0.01 0.02 0.16 0.00 0.07 0.01 0.13 0.18 0.24 0.30 0.08 0.09 0.01 0.15 0.14 0.00 0.08 0.11 0.19 0.21
O5' 0.11 0.19 0.35 0.11 0.12 0.01 0.10 0.01 0.10 0.18 0.14 0.19 0.11 0.17 0.07 0.25 0.13 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.25 0.20 0.69 0.47 0.16 0.13 0.12 0.04 0.13 0.12 0.14 0.22 0.17 0.17 0.15 0.63 0.29 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.12 0.50 0.20 0.12 0.04 0.20 0.02 0.22 0.20 0.17 0.11 0.29 0.27 0.10 0.53 0.17 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.45 0.21 0.08 0.04 0.16 0.01 0.16 0.23 0.10 0.08 0.23 0.26 0.08 0.38 0.11 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.32 0.14 0.15 0.91 0.21 1.19 0.59 0.93 0.45 0.49 1.10 0.48 0.13 0.20 0.26 1.25 1.51 2.06 1.58
C2 0.32 0.84 0.15 0.22 1.62 0.20 1.48 0.19 1.08 0.74 1.32 2.00 0.51 0.11 0.48 0.25 0.67 0.59 1.22 0.78
C2' 0.23 0.32 0.32 0.41 0.79 0.45 1.14 0.92 0.95 0.44 0.44 0.92 0.58 0.15 0.13 0.38 1.60 1.99 2.49 2.00
C3' 0.44 0.85 0.20 0.12 0.74 0.09 0.74 0.42 0.56 0.50 0.89 0.86 1.19 0.31 0.34 0.29 1.06 1.56 1.96 1.50
C4 0.26 0.49 0.14 0.13 1.24 0.10 1.34 0.34 1.02 0.60 0.82 1.48 0.14 0.12 0.32 0.23 0.90 0.94 1.51 1.07
C4' 0.39 0.79 0.21 0.17 0.67 0.13 0.65 0.27 0.49 0.45 0.82 0.78 1.10 0.27 0.39 0.28 0.90 1.34 1.72 1.28
C5 0.26 0.52 0.14 0.15 1.15 0.12 1.20 0.22 0.94 0.59 0.83 1.31 0.16 0.12 0.35 0.20 0.73 0.71 1.22 0.83
C5' 0.51 1.08 0.33 0.28 0.87 0.25 0.52 0.14 0.40 0.63 1.18 0.98 1.37 0.27 0.44 0.41 0.72 1.22 1.45 1.08
C6 0.30 0.82 0.16 0.26 1.36 0.25 1.23 0.15 0.93 0.69 1.19 1.56 0.53 0.11 0.49 0.22 0.48 0.38 0.90 0.54
C8 0.17 0.34 0.14 0.15 0.67 0.17 0.95 0.48 0.80 0.38 0.40 0.76 0.57 0.13 0.15 0.19 1.09 1.26 1.70 1.30
N1 0.32 0.95 0.16 0.28 1.59 0.27 1.37 0.15 1.01 0.75 1.41 1.91 0.67 0.11 0.54 0.24 0.49 0.37 0.95 0.56
N3 0.29 0.64 0.15 0.15 1.47 0.13 1.46 0.30 1.08 0.68 1.05 1.81 0.24 0.12 0.39 0.25 0.86 0.87 1.49 1.03
N6 0.29 0.90 0.18 0.35 1.22 0.36 1.02 0.26 0.78 0.66 1.19 1.37 0.73 0.10 0.58 0.23 0.25 0.23 0.57 0.32
N7 0.19 0.28 0.13 0.11 0.74 0.08 0.93 0.30 0.78 0.42 0.43 0.82 0.34 0.13 0.20 0.15 0.84 0.89 1.30 0.96
N9 0.21 0.32 0.14 0.13 0.95 0.15 1.19 0.48 0.94 0.48 0.52 1.12 0.38 0.13 0.22 0.23 1.10 1.26 1.79 1.35
O2' 0.61 0.42 0.70 0.79 1.14 0.93 1.59 1.45 1.39 0.81 0.60 1.27 0.15 0.41 0.43 0.86 2.13 2.52 3.08 2.58
O3' 0.38 0.77 0.17 0.12 0.68 0.08 0.73 0.46 0.54 0.43 0.80 0.83 1.11 0.26 0.32 0.25 1.10 1.58 1.97 1.53
O4' 0.27 0.51 0.14 0.15 0.66 0.10 0.83 0.27 0.62 0.35 0.54 0.81 0.79 0.24 0.39 0.19 0.90 1.21 1.68 1.22
O5' 0.55 1.18 0.36 0.29 0.87 0.26 0.42 0.14 0.33 0.66 1.27 0.93 1.50 0.30 0.43 0.42 0.73 1.25 1.44 1.09
OP1 0.63 1.36 0.49 0.49 1.10 0.37 0.55 0.29 0.47 0.80 1.51 1.21 1.67 0.36 0.61 0.47 0.88 1.59 1.62 1.32
OP2 0.80 1.48 0.63 0.53 1.16 0.49 0.71 0.27 0.66 0.98 1.56 1.19 1.79 0.46 0.60 0.64 0.70 1.29 1.28 1.02
P 0.71 1.38 0.56 0.51 1.06 0.43 0.55 0.22 0.49 0.85 1.47 1.11 1.69 0.44 0.63 0.56 0.72 1.33 1.39 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.16 0.00 0.27 0.18 0.16 0.12
C2 0.02 0.00 0.19 0.16 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.09 0.08 0.18 0.13 0.11 0.09
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.05 0.01 0.17 0.10 0.20 0.02 0.12 0.06 0.37 0.00 0.02 0.01 0.38 0.40 0.43 0.35
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.18 0.00 0.24 0.01 0.23 0.12 0.17 0.19 0.27 0.02 0.01 0.01 0.13 0.20 0.13 0.08
C4 0.01 0.00 0.05 0.18 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.07 0.04 0.47 0.41 0.48 0.40
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.15 0.04 0.08 0.07 0.20 0.17 0.02 0.00 0.01 0.06 0.16 0.13
C5 0.01 0.00 0.17 0.24 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.13 0.05 0.68 0.59 0.71 0.60
C5' 0.04 0.20 0.10 0.01 0.06 0.01 0.21 0.00 0.25 0.04 0.17 0.07 0.39 0.07 0.13 0.01 0.00 0.20 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.20 0.23 0.01 0.15 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.10 0.07 0.68 0.55 0.64 0.55
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01 0.39 0.29 0.29 0.25
N3 0.01 0.00 0.12 0.17 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.05 0.07 0.26 0.21 0.22 0.18
N4 0.02 0.01 0.06 0.19 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.26 0.09 0.04 0.48 0.45 0.53 0.44
O2 0.03 0.00 0.37 0.27 0.01 0.20 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.28 0.18 0.14 0.13 0.14 0.18 0.17
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.22 0.17 0.28 0.07 0.25 0.12 0.17 0.26 0.28 0.00 0.03 0.11 0.34 0.37 0.51 0.33
O3' 0.16 0.09 0.02 0.01 0.07 0.02 0.13 0.13 0.10 0.05 0.05 0.09 0.18 0.03 0.00 0.10 0.13 0.21 0.18 0.20
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.04 0.14 0.11 0.10 0.00 0.15 0.06 0.13 0.06
O5' 0.27 0.18 0.38 0.13 0.47 0.01 0.68 0.00 0.68 0.39 0.26 0.48 0.13 0.34 0.13 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.18 0.13 0.40 0.20 0.41 0.06 0.59 0.20 0.55 0.29 0.21 0.45 0.14 0.37 0.21 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.11 0.43 0.13 0.48 0.16 0.71 0.15 0.64 0.29 0.22 0.53 0.18 0.51 0.18 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.09 0.35 0.08 0.40 0.13 0.60 0.01 0.55 0.25 0.18 0.44 0.17 0.33 0.20 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00