ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50085

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 8, 9, 9, 7, 3, 3, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.015, 0.035, 0.055, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.017, 0.044, 0.070, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C2' B 0, 0.174, 0.394, 0.613, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.394 std_dev=0.219
O2' B 0, 0.089, 0.360, 0.631, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.360 std_dev=0.271
O4' A 0, -0.084, 0.223, 0.530, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.223 std_dev=0.307
C2' A 0, -0.063, 0.251, 0.565, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.251 std_dev=0.314
C4' A 0, -0.062, 0.364, 0.790, 2.149 max_d=2.149 avg_d=0.364 std_dev=0.426
O2' A 0, -0.132, 0.348, 0.828, 2.469 max_d=2.469 avg_d=0.348 std_dev=0.480
C3' A 0, -0.082, 0.418, 0.918, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.418 std_dev=0.500
C1' B 0, -0.002, 0.559, 1.119, 2.386 max_d=2.386 avg_d=0.559 std_dev=0.560
O3' A 0, 0.072, 0.763, 1.454, 3.630 max_d=3.630 avg_d=0.763 std_dev=0.691
N1 B 0, -0.168, 0.621, 1.409, 4.150 max_d=4.150 avg_d=0.621 std_dev=0.789
C5' A 0, -0.218, 0.585, 1.389, 4.058 max_d=4.058 avg_d=0.585 std_dev=0.803
C3' B 0, -0.142, 0.714, 1.571, 3.812 max_d=3.812 avg_d=0.714 std_dev=0.856
C6 B 0, -0.216, 0.682, 1.580, 4.757 max_d=4.757 avg_d=0.682 std_dev=0.898
O5' A 0, -0.375, 0.582, 1.539, 4.861 max_d=4.861 avg_d=0.582 std_dev=0.957
O4' B 0, -0.218, 0.783, 1.785, 4.388 max_d=4.388 avg_d=0.783 std_dev=1.001
C2 B 0, -0.305, 0.822, 1.949, 5.643 max_d=5.643 avg_d=0.822 std_dev=1.127
O2 B 0, -0.206, 0.935, 2.077, 5.041 max_d=5.041 avg_d=0.935 std_dev=1.142
C4' B 0, -0.322, 0.843, 2.007, 5.168 max_d=5.168 avg_d=0.843 std_dev=1.165
P A 0, -0.593, 0.620, 1.834, 6.237 max_d=6.237 avg_d=0.620 std_dev=1.213
O3' B 0, -0.410, 0.884, 2.178, 5.013 max_d=5.013 avg_d=0.884 std_dev=1.294
C5 B 0, -0.476, 0.824, 2.123, 6.830 max_d=6.830 avg_d=0.824 std_dev=1.299
OP1 A 0, -0.524, 0.830, 2.185, 6.186 max_d=6.186 avg_d=0.830 std_dev=1.355
OP2 A 0, -0.561, 0.823, 2.206, 7.018 max_d=7.018 avg_d=0.823 std_dev=1.384
N3 B 0, -0.557, 0.983, 2.524, 7.823 max_d=7.823 avg_d=0.983 std_dev=1.540
C4 B 0, -0.685, 0.941, 2.567, 8.432 max_d=8.432 avg_d=0.941 std_dev=1.626
O5' B 0, -0.658, 1.067, 2.793, 7.674 max_d=7.674 avg_d=1.067 std_dev=1.725
C5' B 0, -0.625, 1.131, 2.888, 7.719 max_d=7.719 avg_d=1.131 std_dev=1.756
N4 B 0, -0.923, 1.154, 3.232, 10.652 max_d=10.652 avg_d=1.154 std_dev=2.077
OP2 B 0, -0.718, 1.369, 3.456, 9.254 max_d=9.254 avg_d=1.369 std_dev=2.087
P B 0, -0.865, 1.320, 3.504, 9.611 max_d=9.611 avg_d=1.320 std_dev=2.184
OP1 B 0, -0.987, 1.516, 4.018, 11.086 max_d=11.086 avg_d=1.516 std_dev=2.503

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.20 0.11 0.10
C2 0.02 0.00 0.19 0.08 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.22 0.16 0.26 0.44 0.29 0.22
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.11 0.02 0.07 0.03 0.11 0.10 0.16 0.19 0.09 0.07 0.03 0.00 0.05 0.01 0.10 0.27 0.11 0.13
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.12 0.02 0.10 0.22 0.06 0.08 0.13 0.20 0.10 0.02 0.01 0.01 0.06 0.23 0.07 0.15
C4 0.01 0.01 0.11 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.11 0.08 0.20 0.43 0.21 0.18
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.06 0.03 0.13 0.04 0.00 0.02 0.12 0.08 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.12 0.04 0.21 0.57 0.26 0.20
C5' 0.03 0.20 0.03 0.02 0.13 0.01 0.12 0.00 0.15 0.08 0.19 0.17 0.14 0.09 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.22 0.17 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.10 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.12 0.07 0.24 0.61 0.29 0.23
C8 0.01 0.01 0.10 0.22 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.23 0.11 0.14 0.53 0.28 0.16
N1 0.02 0.00 0.16 0.06 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.15 0.13 0.26 0.54 0.30 0.24
N3 0.02 0.00 0.19 0.08 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.35 0.22 0.16 0.23 0.37 0.24 0.19
N6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.21 0.15 0.05 0.23 0.68 0.31 0.24
N7 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.22 0.06 0.17 0.64 0.30 0.19
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.08 0.01 0.15 0.38 0.18 0.14
O2' 0.01 0.38 0.00 0.02 0.22 0.13 0.17 0.09 0.24 0.06 0.33 0.35 0.21 0.07 0.08 0.00 0.09 0.09 0.04 0.17 0.06 0.07
O3' 0.09 0.22 0.05 0.01 0.11 0.04 0.12 0.07 0.12 0.23 0.15 0.22 0.15 0.22 0.08 0.09 0.00 0.08 0.11 0.27 0.15 0.23
O4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.11 0.13 0.16 0.05 0.06 0.01 0.09 0.08 0.00 0.08 0.11 0.08 0.13
O5' 0.09 0.26 0.10 0.06 0.20 0.02 0.21 0.01 0.24 0.14 0.26 0.23 0.23 0.17 0.15 0.04 0.11 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.20 0.44 0.27 0.23 0.43 0.12 0.57 0.22 0.61 0.53 0.54 0.37 0.68 0.64 0.38 0.17 0.27 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.29 0.11 0.07 0.21 0.08 0.26 0.17 0.29 0.28 0.30 0.24 0.31 0.30 0.18 0.06 0.15 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.22 0.13 0.15 0.18 0.04 0.20 0.02 0.23 0.16 0.24 0.19 0.24 0.19 0.14 0.07 0.23 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.70 0.21 0.32 0.74 0.23 0.61 0.28 0.51 0.53 0.79 0.81 0.74 0.19 0.60 0.28 0.27 0.25 0.28 0.23
C2 0.15 0.45 0.15 0.33 0.41 0.54 0.25 0.75 0.20 0.23 0.53 0.48 0.58 0.15 0.46 0.36 0.60 0.82 0.84 0.74
C2' 0.32 0.56 0.22 0.45 0.58 0.32 0.47 0.42 0.40 0.43 0.63 0.63 0.61 0.17 0.76 0.26 0.45 0.39 0.32 0.38
C3' 0.22 0.46 0.29 0.60 0.50 0.52 0.38 0.66 0.30 0.32 0.54 0.56 0.50 0.30 0.94 0.28 0.63 0.54 0.48 0.56
C4 0.26 0.56 0.18 0.26 0.54 0.28 0.41 0.38 0.34 0.38 0.62 0.59 0.65 0.18 0.45 0.22 0.28 0.40 0.48 0.36
C4' 0.41 0.72 0.17 0.36 0.81 0.36 0.69 0.45 0.57 0.57 0.83 0.90 0.73 0.20 0.67 0.39 0.39 0.29 0.20 0.31
C5 0.23 0.51 0.18 0.24 0.46 0.29 0.34 0.38 0.29 0.34 0.55 0.50 0.62 0.17 0.41 0.22 0.28 0.37 0.45 0.35
C5' 0.47 0.73 0.21 0.38 0.83 0.51 0.73 0.60 0.61 0.60 0.83 0.91 0.73 0.27 0.66 0.53 0.50 0.42 0.30 0.44
C6 0.14 0.42 0.15 0.31 0.35 0.52 0.20 0.67 0.17 0.21 0.47 0.40 0.56 0.15 0.42 0.34 0.51 0.63 0.67 0.60
C8 0.39 0.66 0.22 0.36 0.66 0.28 0.55 0.32 0.48 0.52 0.71 0.70 0.71 0.20 0.64 0.31 0.33 0.29 0.25 0.28
N1 0.13 0.41 0.14 0.37 0.35 0.63 0.18 0.86 0.15 0.18 0.48 0.42 0.57 0.14 0.48 0.42 0.68 0.87 0.88 0.80
N3 0.21 0.52 0.17 0.28 0.50 0.39 0.36 0.54 0.29 0.33 0.59 0.57 0.62 0.17 0.44 0.27 0.42 0.61 0.66 0.54
N6 0.13 0.38 0.14 0.37 0.30 0.64 0.14 0.78 0.12 0.15 0.43 0.35 0.54 0.13 0.47 0.43 0.60 0.67 0.69 0.65
N7 0.33 0.58 0.21 0.29 0.54 0.21 0.44 0.24 0.38 0.44 0.61 0.56 0.66 0.19 0.52 0.25 0.24 0.24 0.26 0.22
N9 0.34 0.65 0.20 0.30 0.66 0.22 0.53 0.26 0.45 0.48 0.72 0.71 0.71 0.19 0.56 0.25 0.24 0.26 0.31 0.23
O2' 0.38 0.64 0.25 0.41 0.65 0.28 0.53 0.37 0.45 0.49 0.70 0.71 0.69 0.17 0.69 0.30 0.43 0.37 0.31 0.36
O3' 0.21 0.45 0.36 0.73 0.48 0.66 0.36 0.86 0.28 0.30 0.54 0.56 0.49 0.34 1.10 0.34 0.83 0.77 0.67 0.77
O4' 0.47 0.83 0.19 0.23 0.92 0.20 0.80 0.22 0.67 0.67 0.94 1.01 0.84 0.18 0.52 0.38 0.21 0.19 0.21 0.18
O5' 0.41 0.57 0.26 0.46 0.60 0.59 0.52 0.68 0.44 0.47 0.62 0.66 0.60 0.35 0.72 0.55 0.56 0.48 0.40 0.49
OP1 1.10 1.04 0.94 1.12 0.88 1.42 0.82 1.51 0.87 0.99 0.98 0.84 1.12 1.00 1.18 1.36 1.34 1.24 1.11 1.25
OP2 0.30 0.54 0.28 0.31 0.76 0.34 0.76 0.45 0.62 0.49 0.67 0.86 0.45 0.30 0.61 0.39 0.26 0.30 0.24 0.27
P 0.45 0.52 0.30 0.52 0.52 0.73 0.45 0.84 0.40 0.44 0.54 0.56 0.57 0.41 0.74 0.68 0.67 0.58 0.51 0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.28 0.43 0.19
C2 0.01 0.00 0.15 0.12 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.15 0.13 0.07 0.48 0.46 0.21
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.13 0.06 0.24 0.00 0.02 0.01 0.06 0.24 0.20 0.12
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.11 0.06 0.12 0.10 0.16 0.02 0.01 0.01 0.08 0.16 0.15 0.08
C4 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.12 0.79 0.56 0.34
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.04 0.05 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.24 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.07 0.20 0.92 0.64 0.45
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.08 0.01 0.16 0.00 0.17 0.05 0.07 0.08 0.14 0.05 0.04 0.01 0.01 0.23 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.11 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.11 0.21 0.76 0.62 0.43
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.09 0.50 0.51 0.27
N3 0.01 0.00 0.13 0.12 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.11 0.08 0.61 0.49 0.25
N4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.04 0.12 0.87 0.56 0.35
O2 0.02 0.00 0.24 0.16 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.22 0.20 0.10 0.35 0.40 0.15
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.05 0.09 0.02 0.10 0.04 0.21 0.00 0.04 0.04 0.07 0.15 0.25 0.11
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.04 0.13 0.06 0.16 0.13 0.22 0.04 0.00 0.01 0.10 0.11 0.32 0.10
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.11 0.04 0.20 0.04 0.01 0.00 0.05 0.14 0.48 0.16
O5' 0.05 0.07 0.06 0.08 0.12 0.02 0.20 0.01 0.21 0.09 0.08 0.12 0.10 0.07 0.10 0.05 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.28 0.48 0.24 0.16 0.79 0.09 0.92 0.23 0.76 0.50 0.61 0.87 0.35 0.15 0.11 0.14 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.46 0.20 0.15 0.56 0.24 0.64 0.17 0.62 0.51 0.49 0.56 0.40 0.25 0.32 0.48 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.21 0.12 0.08 0.34 0.06 0.45 0.01 0.43 0.27 0.25 0.35 0.15 0.11 0.10 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00