ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50086

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 10, 4, 8, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.011, 0.017, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.018, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.013, 0.021, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.018, 0.034, 0.051, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.021, 0.042, 0.062, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.042 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.010, 0.039, 0.067, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.039 std_dev=0.029
O2' B 0, 0.126, 0.319, 0.511, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.319 std_dev=0.192
O4' A 0, -0.066, 0.147, 0.359, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.147 std_dev=0.213
C2' A 0, 0.010, 0.225, 0.439, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.225 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.086, 0.334, 0.582, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.334 std_dev=0.248
P A 0, 0.144, 0.446, 0.748, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.446 std_dev=0.302
OP2 A 0, 0.871, 1.181, 1.492, 2.362 max_d=2.362 avg_d=1.181 std_dev=0.310
O2' A 0, 0.037, 0.361, 0.684, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.361 std_dev=0.323
O5' A 0, 0.868, 1.224, 1.579, 1.609 max_d=1.609 avg_d=1.224 std_dev=0.355
C3' A 0, -0.084, 0.277, 0.638, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.277 std_dev=0.361
C4' A 0, -0.094, 0.269, 0.632, 2.325 max_d=2.325 avg_d=0.269 std_dev=0.363
OP1 A 0, 0.911, 1.295, 1.678, 2.562 max_d=2.562 avg_d=1.295 std_dev=0.383
C1' B 0, -0.024, 0.420, 0.863, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.420 std_dev=0.443
C5' A 0, 0.039, 0.520, 1.001, 3.166 max_d=3.166 avg_d=0.520 std_dev=0.481
O3' A 0, -0.205, 0.280, 0.765, 3.056 max_d=3.056 avg_d=0.280 std_dev=0.485
C3' B 0, -0.192, 0.375, 0.942, 3.486 max_d=3.486 avg_d=0.375 std_dev=0.567
N1 B 0, -0.090, 0.482, 1.055, 3.392 max_d=3.392 avg_d=0.482 std_dev=0.573
C2 B 0, -0.070, 0.529, 1.127, 3.534 max_d=3.534 avg_d=0.529 std_dev=0.598
O2 B 0, -0.106, 0.547, 1.200, 3.904 max_d=3.904 avg_d=0.547 std_dev=0.653
O4' B 0, -0.231, 0.457, 1.145, 4.148 max_d=4.148 avg_d=0.457 std_dev=0.688
N3 B 0, -0.113, 0.605, 1.324, 4.305 max_d=4.305 avg_d=0.605 std_dev=0.719
C4' B 0, -0.318, 0.416, 1.150, 4.487 max_d=4.487 avg_d=0.416 std_dev=0.734
O3' B 0, -0.423, 0.344, 1.111, 4.732 max_d=4.732 avg_d=0.344 std_dev=0.767
C6 B 0, -0.264, 0.541, 1.346, 4.905 max_d=4.905 avg_d=0.541 std_dev=0.805
C4 B 0, -0.177, 0.635, 1.448, 4.918 max_d=4.918 avg_d=0.635 std_dev=0.812
C5 B 0, -0.291, 0.619, 1.529, 5.571 max_d=5.571 avg_d=0.619 std_dev=0.910
N4 B 0, -0.209, 0.720, 1.648, 5.657 max_d=5.657 avg_d=0.720 std_dev=0.929
C5' B 0, -0.571, 0.510, 1.592, 6.653 max_d=6.653 avg_d=0.510 std_dev=1.082
O5' B 0, -0.718, 0.614, 1.947, 8.239 max_d=8.239 avg_d=0.614 std_dev=1.333
OP2 B 0, -0.897, 0.681, 2.259, 9.757 max_d=9.757 avg_d=0.681 std_dev=1.578
P B 0, -1.022, 0.676, 2.373, 10.447 max_d=10.447 avg_d=0.676 std_dev=1.698
OP1 B 0, -1.260, 0.733, 2.725, 12.249 max_d=12.249 avg_d=0.733 std_dev=1.993

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.25 0.35 0.20 0.14
C2 0.02 0.00 0.18 0.20 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.07 0.08 0.31 0.37 0.19 0.16
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.09 0.09 0.09 0.15 0.18 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.30 0.34 0.29 0.24
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.16 0.00 0.18 0.02 0.21 0.10 0.22 0.17 0.22 0.15 0.10 0.02 0.01 0.00 0.17 0.37 0.22 0.19
C4 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.04 0.04 0.34 0.35 0.22 0.16
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.09 0.05 0.14 0.01 0.00 0.01 0.32 0.24 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.07 0.03 0.40 0.34 0.26 0.17
C5' 0.04 0.09 0.09 0.02 0.08 0.00 0.11 0.00 0.12 0.11 0.11 0.07 0.14 0.13 0.07 0.06 0.08 0.01 0.01 0.32 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.10 0.04 0.39 0.35 0.26 0.18
C8 0.01 0.02 0.09 0.10 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.15 0.04 0.05 0.42 0.33 0.29 0.17
N1 0.02 0.01 0.15 0.22 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.09 0.07 0.36 0.36 0.22 0.18
N3 0.02 0.01 0.18 0.17 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.05 0.07 0.29 0.36 0.19 0.16
N6 0.03 0.01 0.07 0.22 0.02 0.10 0.02 0.14 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.15 0.13 0.04 0.42 0.34 0.29 0.19
N7 0.01 0.02 0.05 0.15 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.16 0.07 0.03 0.44 0.33 0.30 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.02 0.01 0.34 0.35 0.23 0.16
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.09 0.14 0.12 0.06 0.13 0.15 0.12 0.12 0.15 0.16 0.08 0.00 0.05 0.12 0.26 0.32 0.20 0.20
O3' 0.12 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.08 0.10 0.04 0.09 0.05 0.13 0.07 0.02 0.05 0.00 0.08 0.10 0.32 0.16 0.08
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.03 0.01 0.12 0.08 0.00 0.21 0.41 0.22 0.17
O5' 0.25 0.31 0.30 0.17 0.34 0.01 0.40 0.01 0.39 0.42 0.36 0.29 0.42 0.44 0.34 0.26 0.10 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.35 0.37 0.34 0.37 0.35 0.32 0.34 0.32 0.35 0.33 0.36 0.36 0.34 0.33 0.35 0.32 0.32 0.41 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.20 0.19 0.29 0.22 0.22 0.24 0.26 0.26 0.26 0.29 0.22 0.19 0.29 0.30 0.23 0.20 0.16 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.16 0.24 0.19 0.16 0.06 0.17 0.02 0.18 0.17 0.18 0.16 0.19 0.17 0.16 0.20 0.08 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.37 0.18 0.40 0.30 0.40 0.19 0.59 0.17 0.24 0.39 0.32 0.46 0.19 0.59 0.17 0.61 1.10 0.57 0.76
C2 0.26 0.32 0.09 0.16 0.37 0.08 0.37 0.06 0.35 0.31 0.35 0.39 0.30 0.16 0.40 0.33 0.08 0.26 0.12 0.05
C2' 0.17 0.32 0.21 0.47 0.25 0.43 0.16 0.64 0.15 0.19 0.34 0.27 0.41 0.20 0.67 0.17 0.70 1.26 0.71 0.88
C3' 0.23 0.47 0.13 0.34 0.42 0.34 0.27 0.54 0.21 0.30 0.51 0.46 0.57 0.14 0.53 0.14 0.61 1.19 0.61 0.81
C4 0.24 0.36 0.14 0.30 0.35 0.21 0.29 0.29 0.25 0.29 0.38 0.37 0.40 0.17 0.53 0.22 0.29 0.66 0.23 0.37
C4' 0.14 0.38 0.18 0.44 0.31 0.49 0.17 0.72 0.15 0.19 0.42 0.35 0.49 0.18 0.61 0.20 0.77 1.31 0.74 0.96
C5 0.27 0.38 0.13 0.28 0.37 0.16 0.33 0.20 0.30 0.33 0.40 0.39 0.39 0.18 0.56 0.28 0.22 0.55 0.14 0.27
C5' 0.11 0.36 0.20 0.49 0.29 0.57 0.17 0.83 0.16 0.16 0.42 0.35 0.50 0.17 0.65 0.26 0.92 1.46 0.88 1.12
C6 0.30 0.35 0.09 0.17 0.40 0.10 0.41 0.11 0.39 0.36 0.37 0.41 0.31 0.17 0.46 0.41 0.10 0.22 0.17 0.09
C8 0.24 0.42 0.19 0.43 0.33 0.43 0.22 0.61 0.19 0.28 0.43 0.35 0.51 0.20 0.65 0.19 0.63 1.05 0.52 0.73
N1 0.29 0.32 0.08 0.12 0.40 0.15 0.42 0.18 0.40 0.34 0.35 0.41 0.27 0.16 0.37 0.41 0.19 0.12 0.24 0.17
N3 0.23 0.34 0.12 0.24 0.35 0.13 0.31 0.18 0.28 0.29 0.36 0.37 0.35 0.16 0.47 0.24 0.16 0.52 0.14 0.24
N6 0.34 0.35 0.09 0.12 0.43 0.23 0.48 0.30 0.47 0.40 0.37 0.44 0.28 0.18 0.42 0.52 0.26 0.13 0.33 0.27
N7 0.27 0.42 0.18 0.39 0.37 0.32 0.27 0.43 0.25 0.32 0.43 0.38 0.48 0.20 0.65 0.22 0.45 0.80 0.33 0.50
N9 0.22 0.39 0.17 0.38 0.33 0.35 0.23 0.51 0.20 0.27 0.40 0.35 0.46 0.19 0.60 0.17 0.52 0.96 0.45 0.63
O2' 0.17 0.29 0.27 0.54 0.22 0.48 0.16 0.69 0.17 0.18 0.30 0.23 0.39 0.25 0.76 0.19 0.75 1.33 0.79 0.94
O3' 0.20 0.46 0.15 0.37 0.44 0.37 0.29 0.54 0.22 0.29 0.52 0.50 0.54 0.18 0.59 0.14 0.59 1.14 0.57 0.76
O4' 0.17 0.34 0.21 0.46 0.27 0.52 0.17 0.72 0.17 0.20 0.37 0.30 0.45 0.21 0.62 0.23 0.75 1.22 0.68 0.90
O5' 0.38 0.61 0.35 0.47 0.47 0.56 0.32 0.80 0.33 0.41 0.63 0.49 0.77 0.38 0.58 0.37 0.91 1.49 0.90 1.14
OP1 0.26 0.53 0.21 0.35 0.29 0.47 0.12 0.80 0.15 0.26 0.53 0.31 0.77 0.32 0.45 0.25 0.96 1.65 1.08 1.29
OP2 0.29 0.25 0.43 0.79 0.24 0.83 0.41 1.16 0.45 0.27 0.28 0.25 0.40 0.34 0.94 0.50 1.33 2.04 1.43 1.63
P 0.11 0.34 0.18 0.52 0.17 0.63 0.18 0.96 0.23 0.11 0.37 0.21 0.56 0.15 0.66 0.33 1.12 1.79 1.19 1.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.12 0.06
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.14 0.07 0.15 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.09 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.18 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.08 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.20 0.08
C4 0.03 0.02 0.05 0.05 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.14 0.09 0.17 0.09
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02
C5 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.15 0.09 0.15 0.09
C5' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.09 0.11 0.15 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.14 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.15 0.08 0.13 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.14 0.08 0.13 0.07
N3 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.14 0.08 0.17 0.08
N4 0.04 0.02 0.06 0.06 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.06 0.07 0.03 0.14 0.11 0.18 0.10
O2 0.05 0.01 0.09 0.08 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.10 0.05 0.13 0.08 0.15 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.06 0.09 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.17 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.07 0.10 0.04 0.00 0.02 0.10 0.11 0.23 0.13
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.13 0.15 0.09 0.11
O5' 0.11 0.14 0.04 0.03 0.14 0.01 0.15 0.01 0.15 0.14 0.14 0.14 0.13 0.04 0.10 0.13 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.07 0.04 0.05 0.09 0.08 0.09 0.14 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.05 0.11 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.15 0.18 0.20 0.17 0.13 0.15 0.11 0.13 0.13 0.17 0.18 0.15 0.17 0.23 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.05 0.08 0.09 0.02 0.09 0.02 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.05 0.13 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00