ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50087

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 13, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.013, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.018, 0.025, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.020, 0.028, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.028 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.041, 0.089, 0.137, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.089 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.023, 0.072, 0.121, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.072 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.047, 0.110, 0.172, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.110 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.061, 0.125, 0.189, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.125 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.052, 0.130, 0.208, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.130 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.096, 0.175, 0.253, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.175 std_dev=0.078
C5' A 0, 0.102, 0.205, 0.308, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.103
O3' B 0, 0.143, 0.261, 0.379, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.261 std_dev=0.118
O2' B 0, 0.084, 0.209, 0.335, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.209 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.137, 0.270, 0.403, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.270 std_dev=0.133
OP2 A 0, 0.229, 0.367, 0.506, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.367 std_dev=0.138
P A 0, 0.187, 0.335, 0.483, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.335 std_dev=0.148
C3' B 0, 0.128, 0.279, 0.431, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.279 std_dev=0.151
C2' B 0, 0.096, 0.252, 0.408, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.252 std_dev=0.156
C4' B 0, 0.165, 0.323, 0.482, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.323 std_dev=0.159
C5' B 0, 0.176, 0.337, 0.499, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.337 std_dev=0.161
OP1 A 0, 0.211, 0.397, 0.584, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.397 std_dev=0.186
OP1 B 0, 0.183, 0.370, 0.557, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.370 std_dev=0.187
O4' B 0, 0.194, 0.388, 0.582, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.388 std_dev=0.194
C1' B 0, 0.162, 0.362, 0.562, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.362 std_dev=0.200
O5' B 0, 0.243, 0.446, 0.648, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.446 std_dev=0.203
P B 0, 0.187, 0.396, 0.605, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.396 std_dev=0.209
N1 B 0, 0.219, 0.462, 0.705, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.462 std_dev=0.243
O2 B 0, 0.292, 0.542, 0.792, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.542 std_dev=0.250
OP2 B 0, 0.197, 0.447, 0.698, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.447 std_dev=0.251
C2 B 0, 0.264, 0.515, 0.766, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.515 std_dev=0.251
N3 B 0, 0.256, 0.543, 0.829, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.543 std_dev=0.287
C6 B 0, 0.211, 0.497, 0.784, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.497 std_dev=0.287
C4 B 0, 0.213, 0.531, 0.849, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.531 std_dev=0.318
C5 B 0, 0.213, 0.534, 0.855, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.534 std_dev=0.321
N4 B 0, 0.178, 0.526, 0.873, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.526 std_dev=0.348

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.14 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.04 0.02 0.06 0.14 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.16 0.09
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.14 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.14 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.06 0.14 0.06
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.06 0.14 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.14 0.07
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.02 0.06 0.14 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.04 0.03 0.07 0.14 0.06
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.07 0.15 0.08
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.14 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.14 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.13 0.18 0.11
O3' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.08 0.12 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03
O5' 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.06 0.10 0.09 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.13 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.14 0.16 0.14 0.14 0.10 0.14 0.05 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.18 0.12 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.03 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.11 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.11 0.12 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.06
C2 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.11 0.08 0.06 0.06 0.07 0.11 0.08 0.07
C2' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.12 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.05
C3' 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.11 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06
C4 0.07 0.08 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.11 0.10 0.05 0.07 0.06 0.11 0.07 0.06
C4' 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.11 0.06 0.09 0.08 0.11 0.08 0.08
C5 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.10 0.10 0.05 0.06 0.07 0.11 0.08 0.07
C5' 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.10 0.06 0.08 0.08 0.12 0.09 0.08
C6 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.06 0.10 0.08 0.06 0.06 0.08 0.12 0.09 0.09
C8 0.10 0.10 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.12 0.13 0.08 0.09 0.07 0.11 0.07 0.06
N1 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.11 0.07 0.07 0.06 0.08 0.12 0.09 0.09
N3 0.07 0.08 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.11 0.09 0.05 0.06 0.06 0.10 0.07 0.06
N6 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.13 0.11 0.11
N7 0.08 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.11 0.12 0.07 0.07 0.06 0.12 0.08 0.07
N9 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.11 0.12 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06
O2' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.13 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07
O3' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.12 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06
O4' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.12 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.08
O5' 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07
OP1 0.11 0.11 0.10 0.09 0.13 0.10 0.13 0.09 0.12 0.11 0.12 0.14 0.11 0.12 0.08 0.11 0.09 0.10 0.11 0.09
OP2 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08
P 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.11 0.08 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.05 0.10 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.03 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.09 0.13 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.09 0.10 0.14 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.08 0.11 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.12 0.07
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.08 0.10 0.14 0.10
O2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.03 0.04 0.05 0.09 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.06 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.03 0.08 0.03 0.05 0.05 0.10 0.04 0.00 0.01 0.04 0.09 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.08 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.09 0.05 0.10 0.05 0.08 0.05 0.07 0.10 0.05 0.07 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.07 0.06 0.13 0.03 0.14 0.01 0.11 0.09 0.12 0.14 0.09 0.06 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.10 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00