ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50089

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 9, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.044, 0.084, 0.124, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.084 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.041, 0.081, 0.120, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.081 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.065, 0.116, 0.167, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.116 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.045, 0.108, 0.171, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.108 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.053, 0.117, 0.181, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.117 std_dev=0.064
O3' A 0, 0.075, 0.171, 0.267, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.171 std_dev=0.096
C5' A 0, 0.088, 0.185, 0.283, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.185 std_dev=0.098
O5' A 0, 0.166, 0.290, 0.414, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.290 std_dev=0.124
C1' B 0, 0.192, 0.323, 0.455, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.323 std_dev=0.131
O4' B 0, 0.142, 0.288, 0.433, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.288 std_dev=0.146
N1 B 0, 0.233, 0.383, 0.534, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.383 std_dev=0.151
O2' B 0, 0.277, 0.432, 0.587, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.432 std_dev=0.155
P A 0, 0.237, 0.404, 0.571, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.404 std_dev=0.167
C4' B 0, 0.201, 0.370, 0.539, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.370 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.264, 0.441, 0.619, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.441 std_dev=0.178
C2' B 0, 0.238, 0.416, 0.594, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.416 std_dev=0.178
O2 B 0, 0.278, 0.464, 0.649, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.464 std_dev=0.185
C6 B 0, 0.251, 0.439, 0.627, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.439 std_dev=0.188
N3 B 0, 0.320, 0.526, 0.733, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.526 std_dev=0.207
C5' B 0, 0.355, 0.568, 0.781, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.568 std_dev=0.213
OP1 A 0, 0.323, 0.536, 0.749, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.536 std_dev=0.213
C3' B 0, 0.208, 0.423, 0.639, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.423 std_dev=0.216
OP2 A 0, 0.178, 0.399, 0.620, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.399 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.290, 0.521, 0.752, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.521 std_dev=0.231
C4 B 0, 0.322, 0.554, 0.785, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.554 std_dev=0.231
O5' B 0, 0.437, 0.674, 0.912, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.674 std_dev=0.237
O3' B 0, 0.233, 0.492, 0.751, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.492 std_dev=0.259
N4 B 0, 0.370, 0.652, 0.935, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.652 std_dev=0.282
P B 0, 0.460, 0.795, 1.130, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.795 std_dev=0.335
OP1 B 0, 1.212, 1.678, 2.144, 2.213 max_d=2.213 avg_d=1.678 std_dev=0.466
OP2 B 0, 1.674, 2.347, 3.019, 3.363 max_d=3.363 avg_d=2.347 std_dev=0.673

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.08 0.11 0.21 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.12 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.14 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.17 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.19 0.07
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.09 0.21 0.09
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.14 0.03
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.08 0.11 0.22 0.11
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.06 0.07 0.17 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.10 0.22 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.17 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.13 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.14 0.07 0.08
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.13 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.05
O5' 0.01 0.08 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.08 0.06 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.11 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.02 0.09 0.05 0.11 0.07 0.10 0.05 0.05 0.14 0.07 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.21 0.12 0.14 0.17 0.06 0.19 0.06 0.21 0.14 0.22 0.17 0.22 0.17 0.13 0.07 0.13 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.11 0.03 0.04 0.06 0.04 0.07 0.01 0.09 0.03 0.11 0.07 0.10 0.05 0.03 0.08 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.17 0.13 0.13 0.17 0.17 0.17 0.19 0.18 0.17 0.17 0.17 0.17 0.12 0.10 0.19 0.19 0.19 0.18 0.18
C2 0.09 0.12 0.07 0.08 0.12 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.13 0.15 0.08 0.09 0.11 0.11 0.12 0.11 0.09
C2' 0.15 0.16 0.12 0.12 0.16 0.15 0.17 0.18 0.17 0.16 0.16 0.16 0.16 0.12 0.10 0.17 0.17 0.18 0.17 0.16
C3' 0.12 0.13 0.09 0.09 0.13 0.12 0.13 0.15 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.09 0.08 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12
C4 0.12 0.15 0.08 0.07 0.15 0.11 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.15 0.15 0.06 0.06 0.14 0.13 0.14 0.13 0.12
C4' 0.13 0.14 0.11 0.11 0.14 0.14 0.14 0.17 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.10 0.09 0.15 0.15 0.16 0.14 0.13
C5 0.11 0.15 0.07 0.06 0.15 0.09 0.15 0.12 0.14 0.14 0.15 0.16 0.15 0.08 0.07 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11
C5' 0.11 0.12 0.09 0.10 0.12 0.13 0.12 0.15 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.08 0.09 0.13 0.13 0.14 0.11 0.11
C6 0.08 0.13 0.08 0.08 0.14 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.14 0.14 0.14 0.11 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.10
C8 0.17 0.18 0.14 0.12 0.19 0.15 0.19 0.18 0.19 0.18 0.18 0.19 0.18 0.13 0.09 0.19 0.18 0.18 0.18 0.18
N1 0.09 0.13 0.09 0.09 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.13 0.15 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10
N3 0.11 0.13 0.07 0.07 0.13 0.11 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.14 0.14 0.06 0.06 0.13 0.12 0.13 0.11 0.10
N6 0.10 0.13 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.14 0.11 0.11 0.14 0.15 0.14 0.15 0.14 0.11 0.12 0.15 0.12 0.11
N7 0.15 0.17 0.11 0.09 0.18 0.11 0.18 0.14 0.18 0.17 0.18 0.18 0.17 0.12 0.08 0.16 0.14 0.15 0.16 0.14
N9 0.16 0.16 0.12 0.10 0.17 0.14 0.17 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.10 0.07 0.17 0.17 0.17 0.16 0.16
O2' 0.18 0.17 0.15 0.16 0.18 0.19 0.19 0.22 0.19 0.18 0.17 0.18 0.17 0.15 0.13 0.20 0.22 0.23 0.21 0.21
O3' 0.11 0.12 0.09 0.09 0.12 0.11 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.09 0.08 0.12 0.13 0.14 0.12 0.11
O4' 0.15 0.15 0.12 0.12 0.15 0.16 0.16 0.19 0.16 0.15 0.16 0.15 0.16 0.11 0.10 0.18 0.18 0.18 0.16 0.16
O5' 0.11 0.11 0.09 0.09 0.12 0.12 0.12 0.15 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.08 0.09 0.13 0.13 0.14 0.11 0.11
OP1 0.12 0.13 0.08 0.08 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.15 0.14 0.06 0.07 0.14 0.14 0.15 0.13 0.13
OP2 0.24 0.23 0.20 0.21 0.22 0.25 0.23 0.28 0.24 0.23 0.22 0.22 0.23 0.18 0.18 0.28 0.27 0.27 0.25 0.26
P 0.13 0.14 0.10 0.11 0.14 0.14 0.14 0.17 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.09 0.09 0.16 0.16 0.16 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.12 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.15 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.15 0.09
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.07 0.12 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.07 0.13 0.08
N4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.09 0.16 0.09
O2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.03 0.05 0.11 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.06 0.08 0.08 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.06 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.09 0.07
O5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.03 0.05 0.08 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.05 0.02 0.03 0.08 0.03 0.08 0.03 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.12 0.06 0.04 0.15 0.03 0.15 0.02 0.12 0.11 0.13 0.16 0.11 0.05 0.06 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.04 0.02 0.08 0.03 0.09 0.00 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.03 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00