ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50090

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 3, 2, 1, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.022, 0.042, 0.061, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.029, 0.050, 0.071, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.050 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.023, 0.048, 0.073, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.048 std_dev=0.025
O2' B 0, 0.208, 0.472, 0.737, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.472 std_dev=0.264
C2' B 0, 0.366, 0.690, 1.015, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.690 std_dev=0.324
O4' A 0, 0.084, 0.482, 0.879, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.482 std_dev=0.398
C2' A 0, 0.073, 0.492, 0.911, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.492 std_dev=0.419
C4' A 0, 0.202, 0.709, 1.217, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.709 std_dev=0.508
C3' A 0, 0.058, 0.634, 1.211, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.634 std_dev=0.577
C3' B 0, 0.515, 1.105, 1.695, 1.907 max_d=1.907 avg_d=1.105 std_dev=0.590
O2' A 0, 0.311, 0.927, 1.544, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.927 std_dev=0.617
C5' A 0, 0.393, 1.118, 1.842, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.118 std_dev=0.724
C1' B 0, 0.211, 1.015, 1.819, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.015 std_dev=0.804
O3' A 0, -0.095, 0.811, 1.717, 2.770 max_d=2.770 avg_d=0.811 std_dev=0.906
O3' B 0, -0.116, 1.037, 2.190, 3.540 max_d=3.540 avg_d=1.037 std_dev=1.153
O4' B 0, 0.408, 1.566, 2.725, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.566 std_dev=1.159
C4' B 0, 0.116, 1.427, 2.739, 3.439 max_d=3.439 avg_d=1.427 std_dev=1.311
N1 B 0, 0.062, 1.507, 2.953, 4.575 max_d=4.575 avg_d=1.507 std_dev=1.446
O5' A 0, 0.448, 1.897, 3.345, 4.009 max_d=4.009 avg_d=1.897 std_dev=1.449
OP1 A 0, 0.332, 1.813, 3.294, 5.158 max_d=5.158 avg_d=1.813 std_dev=1.481
P A 0, 0.611, 2.202, 3.792, 4.568 max_d=4.568 avg_d=2.202 std_dev=1.590
C6 B 0, 0.602, 2.467, 4.332, 5.195 max_d=5.195 avg_d=2.467 std_dev=1.865
O2 B 0, 0.197, 2.141, 4.085, 5.517 max_d=5.517 avg_d=2.141 std_dev=1.944
C2 B 0, -0.145, 1.834, 3.813, 6.057 max_d=6.057 avg_d=1.834 std_dev=1.979
C5' B 0, 0.010, 2.263, 4.516, 5.677 max_d=5.677 avg_d=2.263 std_dev=2.253
O5' B 0, 0.143, 2.656, 5.168, 6.417 max_d=6.417 avg_d=2.656 std_dev=2.513
C5 B 0, 0.661, 3.250, 5.838, 7.272 max_d=7.272 avg_d=3.250 std_dev=2.588
N3 B 0, -0.024, 2.637, 5.299, 8.101 max_d=8.101 avg_d=2.637 std_dev=2.662
OP2 A 0, 0.634, 3.513, 6.392, 7.234 max_d=7.234 avg_d=3.513 std_dev=2.879
C4 B 0, 0.307, 3.209, 6.111, 8.728 max_d=8.728 avg_d=3.209 std_dev=2.902
N4 B 0, 0.423, 4.104, 7.785, 10.818 max_d=10.818 avg_d=4.104 std_dev=3.681
P B 0, -0.114, 3.631, 7.376, 9.171 max_d=9.171 avg_d=3.631 std_dev=3.745
OP1 B 0, -0.093, 3.963, 8.020, 9.935 max_d=9.935 avg_d=3.963 std_dev=4.056
OP2 B 0, 0.198, 4.322, 8.445, 10.099 max_d=10.099 avg_d=4.322 std_dev=4.123

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.26 0.00 0.56 0.57 0.83 0.53
C2 0.05 0.00 0.32 0.19 0.01 0.17 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.29 0.31 0.83 0.56 1.34 0.82
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.17 0.01 0.08 0.17 0.15 0.16 0.25 0.32 0.10 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.56 0.95 0.87 0.67
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.19 0.01 0.26 0.02 0.27 0.25 0.23 0.15 0.30 0.29 0.17 0.02 0.01 0.03 0.12 0.69 0.22 0.24
C4 0.02 0.01 0.17 0.19 0.00 0.07 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.16 0.17 0.92 0.62 1.48 0.90
C4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.18 0.13 0.16 0.09 0.15 0.06 0.27 0.02 0.00 0.02 0.23 0.09 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.26 0.00 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.10 0.08 1.12 0.69 1.91 1.13
C5' 0.08 0.33 0.17 0.02 0.22 0.01 0.22 0.00 0.26 0.16 0.31 0.29 0.26 0.19 0.13 0.11 0.20 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.27 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.13 0.15 1.12 0.67 1.96 1.15
C8 0.02 0.01 0.16 0.25 0.01 0.18 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.38 0.10 0.18 1.16 0.74 1.92 1.15
N1 0.04 0.00 0.25 0.23 0.02 0.13 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.21 0.25 0.99 0.61 1.68 1.00
N3 0.04 0.01 0.32 0.15 0.00 0.16 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.31 0.31 0.75 0.55 1.17 0.72
N6 0.02 0.01 0.10 0.30 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.28 0.13 0.10 1.22 0.71 2.23 1.30
N7 0.01 0.01 0.08 0.29 0.00 0.15 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.13 0.10 1.25 0.77 2.19 1.29
N9 0.01 0.02 0.01 0.17 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.09 0.01 0.91 0.64 1.41 0.86
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.19 0.27 0.24 0.11 0.25 0.38 0.28 0.33 0.28 0.36 0.18 0.00 0.04 0.17 0.49 1.05 0.90 0.66
O3' 0.26 0.29 0.03 0.01 0.16 0.02 0.10 0.20 0.13 0.10 0.21 0.31 0.13 0.13 0.09 0.04 0.00 0.16 0.27 0.65 0.32 0.22
O4' 0.00 0.31 0.02 0.03 0.17 0.00 0.08 0.01 0.15 0.18 0.25 0.31 0.10 0.10 0.01 0.17 0.16 0.00 0.37 0.19 0.51 0.29
O5' 0.56 0.83 0.56 0.12 0.92 0.02 1.12 0.01 1.12 1.16 0.99 0.75 1.22 1.25 0.91 0.49 0.27 0.37 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.57 0.56 0.95 0.69 0.62 0.23 0.69 0.05 0.67 0.74 0.61 0.55 0.71 0.77 0.64 1.05 0.65 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.83 1.34 0.87 0.22 1.48 0.09 1.91 0.03 1.96 1.92 1.68 1.17 2.23 2.19 1.41 0.90 0.32 0.51 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.53 0.82 0.67 0.24 0.90 0.08 1.13 0.02 1.15 1.15 1.00 0.72 1.30 1.29 0.86 0.66 0.22 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.90 0.27 0.18 2.02 0.19 2.51 0.85 1.96 1.00 1.27 2.41 1.27 0.16 0.33 0.37 1.71 2.18 3.16 2.34
C2 0.70 1.64 0.16 0.33 2.74 0.48 2.52 0.31 1.80 1.34 2.28 3.30 1.50 0.14 0.88 0.51 0.54 0.69 1.45 0.76
C2' 0.46 1.06 0.42 0.40 1.89 0.43 2.43 1.20 1.96 1.01 1.34 2.21 1.52 0.12 0.13 0.47 2.07 2.73 3.69 2.84
C3' 0.20 0.46 0.20 0.31 1.28 0.48 1.98 1.13 1.55 0.43 0.55 1.63 1.39 0.52 0.44 0.39 1.93 2.75 3.60 2.77
C4 0.58 1.24 0.21 0.13 2.33 0.18 2.51 0.31 1.90 1.18 1.71 2.71 1.30 0.13 0.60 0.37 1.06 1.23 2.13 1.42
C4' 0.10 0.28 0.13 0.20 1.35 0.25 2.01 0.87 1.57 0.49 0.42 1.71 1.21 0.31 0.37 0.21 1.72 2.43 3.31 2.47
C5 0.59 1.17 0.17 0.19 2.06 0.30 2.18 0.14 1.70 1.13 1.58 2.31 1.16 0.11 0.66 0.40 0.78 0.88 1.66 1.03
C5' 0.29 0.41 0.24 0.29 1.06 0.31 1.77 0.93 1.45 0.48 0.27 1.32 1.30 0.27 0.25 0.34 1.76 2.53 3.29 2.50
C6 0.68 1.45 0.11 0.40 2.20 0.58 2.01 0.43 1.50 1.19 1.92 2.47 1.29 0.11 0.92 0.57 0.29 0.47 0.98 0.41
C8 0.38 0.64 0.26 0.18 1.54 0.15 2.06 0.70 1.74 0.85 0.88 1.73 1.06 0.14 0.27 0.33 1.50 1.81 2.64 1.96
N1 0.73 1.66 0.13 0.43 2.55 0.63 2.22 0.52 1.59 1.30 2.26 2.99 1.49 0.13 0.99 0.60 0.24 0.53 0.95 0.34
N3 0.64 1.46 0.20 0.19 2.65 0.28 2.66 0.25 1.94 1.29 2.04 3.19 1.42 0.14 0.72 0.41 0.93 1.09 2.00 1.27
N6 0.67 1.40 0.08 0.55 1.79 0.80 1.50 0.77 1.12 1.05 1.75 1.99 1.26 0.09 1.08 0.73 0.22 0.61 0.37 0.21
N7 0.44 0.73 0.21 0.09 1.51 0.12 1.85 0.35 1.58 0.89 0.99 1.65 0.92 0.12 0.40 0.30 1.07 1.22 1.95 1.36
N9 0.46 0.94 0.25 0.12 2.00 0.08 2.43 0.64 1.91 1.03 1.30 2.32 1.22 0.14 0.39 0.34 1.46 1.77 2.70 1.95
O2' 1.03 1.74 0.90 0.83 2.57 0.86 2.99 1.61 2.47 1.63 2.11 2.90 1.96 0.37 0.35 1.02 2.48 3.08 4.12 3.27
O3' 0.15 0.50 0.15 0.26 1.47 0.44 2.13 1.14 1.62 0.49 0.69 1.89 1.38 0.48 0.39 0.35 1.95 2.77 3.65 2.80
O4' 0.17 0.40 0.07 0.10 1.63 0.09 2.17 0.64 1.66 0.65 0.75 2.03 1.06 0.25 0.45 0.13 1.49 2.01 2.95 2.13
O5' 1.45 1.23 1.44 1.50 1.83 1.55 2.52 2.08 2.36 1.61 1.25 1.92 1.40 1.36 1.13 1.57 2.80 3.54 4.18 3.48
OP1 1.25 1.43 1.11 1.21 1.85 1.30 2.39 2.03 2.21 1.51 1.54 1.97 1.75 0.83 0.61 1.38 2.85 3.89 4.48 3.74
OP2 2.92 2.72 2.87 3.00 2.97 3.07 3.49 3.60 3.53 3.02 2.70 2.90 2.71 2.69 2.51 3.07 4.21 5.02 5.35 4.84
P 1.74 1.71 1.65 1.73 2.01 1.80 2.55 2.37 2.48 1.88 1.73 2.04 1.93 1.51 1.25 1.85 3.07 3.95 4.44 3.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.30 0.01 0.17 0.19 0.23 0.15
C2 0.02 0.00 0.24 0.29 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.15 0.06 0.07 0.08 0.05
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.05 0.02 0.15 0.20 0.21 0.03 0.18 0.05 0.42 0.01 0.02 0.02 0.49 0.56 0.70 0.54
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.41 0.01 0.39 0.02 0.33 0.25 0.36 0.44 0.23 0.03 0.01 0.03 0.07 0.22 0.15 0.12
C4 0.03 0.01 0.05 0.41 0.00 0.15 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.40 0.20 0.04 0.19 0.21 0.24 0.20
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.24 0.09 0.06 0.17 0.11 0.35 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01
C5 0.02 0.02 0.15 0.39 0.01 0.24 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.52 0.26 0.14 0.25 0.25 0.25 0.25
C5' 0.08 0.08 0.20 0.02 0.11 0.01 0.21 0.00 0.19 0.03 0.05 0.14 0.17 0.14 0.21 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.21 0.33 0.01 0.24 0.01 0.19 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.48 0.18 0.19 0.18 0.15 0.10 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.02 0.09 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.05 0.01 0.05 0.06 0.09 0.04
N3 0.02 0.01 0.18 0.36 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.09 0.12 0.09 0.10 0.15 0.10
N4 0.03 0.01 0.05 0.44 0.01 0.17 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.44 0.25 0.04 0.24 0.28 0.34 0.26
O2 0.04 0.00 0.42 0.23 0.01 0.11 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.25 0.23 0.26 0.12 0.14 0.10 0.10
O2' 0.01 0.10 0.01 0.03 0.40 0.35 0.52 0.14 0.48 0.24 0.22 0.44 0.25 0.00 0.03 0.23 0.32 0.40 0.74 0.42
O3' 0.30 0.09 0.02 0.01 0.20 0.02 0.26 0.21 0.18 0.05 0.09 0.25 0.23 0.03 0.00 0.20 0.20 0.24 0.21 0.22
O4' 0.01 0.15 0.02 0.03 0.04 0.00 0.14 0.02 0.19 0.01 0.12 0.04 0.26 0.23 0.20 0.00 0.04 0.05 0.07 0.08
O5' 0.17 0.06 0.49 0.07 0.19 0.01 0.25 0.01 0.18 0.05 0.09 0.24 0.12 0.32 0.20 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.19 0.07 0.56 0.22 0.21 0.07 0.25 0.05 0.15 0.06 0.10 0.28 0.14 0.40 0.24 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.08 0.70 0.15 0.24 0.04 0.25 0.02 0.10 0.09 0.15 0.34 0.10 0.74 0.21 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.05 0.54 0.12 0.20 0.01 0.25 0.01 0.15 0.04 0.10 0.26 0.10 0.42 0.22 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00