ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50091

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 5, 4, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.016, 0.024, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.021, 0.032, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.033, 0.053, 0.073, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.053 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.030, 0.054, 0.077, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.054 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.009, 0.056, 0.103, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.056 std_dev=0.047
C2' B 0, 0.152, 0.306, 0.460, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.306 std_dev=0.154
O5' A 0, 0.167, 0.574, 0.980, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.574 std_dev=0.406
P A 0, 0.309, 0.813, 1.318, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.813 std_dev=0.504
O4' A 0, -0.064, 0.456, 0.977, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.456 std_dev=0.521
O2' B 0, 0.045, 0.614, 1.182, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.614 std_dev=0.569
C2' A 0, -0.063, 0.520, 1.103, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.520 std_dev=0.583
OP1 A 0, 0.807, 1.394, 1.981, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.394 std_dev=0.587
OP2 A 0, 0.614, 1.253, 1.892, 2.322 max_d=2.322 avg_d=1.253 std_dev=0.639
O2' A 0, 0.012, 0.854, 1.696, 2.207 max_d=2.207 avg_d=0.854 std_dev=0.842
C3' A 0, -0.104, 0.739, 1.582, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.739 std_dev=0.843
C4' A 0, -0.094, 0.749, 1.592, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.749 std_dev=0.843
C1' B 0, -0.084, 0.867, 1.817, 2.397 max_d=2.397 avg_d=0.867 std_dev=0.950
C3' B 0, -0.068, 1.004, 2.076, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.004 std_dev=1.072
C5' A 0, -0.036, 1.095, 2.226, 2.941 max_d=2.941 avg_d=1.095 std_dev=1.131
O3' A 0, -0.125, 1.031, 2.187, 2.790 max_d=2.790 avg_d=1.031 std_dev=1.156
N1 B 0, -0.152, 1.156, 2.465, 3.198 max_d=3.198 avg_d=1.156 std_dev=1.309
O4' B 0, -0.228, 1.329, 2.885, 3.783 max_d=3.783 avg_d=1.329 std_dev=1.556
C4' B 0, -0.242, 1.327, 2.897, 3.770 max_d=3.770 avg_d=1.327 std_dev=1.570
C6 B 0, -0.163, 1.527, 3.216, 4.281 max_d=4.281 avg_d=1.527 std_dev=1.689
C2 B 0, -0.244, 1.503, 3.250, 4.238 max_d=4.238 avg_d=1.503 std_dev=1.747
O3' B 0, -0.289, 1.540, 3.369, 4.370 max_d=4.370 avg_d=1.540 std_dev=1.829
C5 B 0, -0.099, 1.785, 3.670, 4.843 max_d=4.843 avg_d=1.785 std_dev=1.885
C4 B 0, -0.095, 1.804, 3.703, 4.719 max_d=4.719 avg_d=1.804 std_dev=1.899
N3 B 0, -0.224, 1.833, 3.889, 5.015 max_d=5.015 avg_d=1.833 std_dev=2.057
O2 B 0, -0.321, 1.817, 3.955, 5.132 max_d=5.132 avg_d=1.817 std_dev=2.138
N4 B 0, -0.012, 2.175, 4.362, 5.570 max_d=5.570 avg_d=2.175 std_dev=2.187
C5' B 0, -0.464, 2.174, 4.811, 6.135 max_d=6.135 avg_d=2.174 std_dev=2.637
O5' B 0, -0.582, 2.221, 5.023, 6.534 max_d=6.534 avg_d=2.221 std_dev=2.802
OP2 B 0, -0.951, 3.012, 6.975, 9.229 max_d=9.229 avg_d=3.012 std_dev=3.963
P B 0, -1.057, 2.990, 7.038, 9.199 max_d=9.199 avg_d=2.990 std_dev=4.047
OP1 B 0, -1.287, 3.524, 8.334, 10.844 max_d=10.844 avg_d=3.524 std_dev=4.811

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.24 0.35 0.37 0.19
C2 0.03 0.00 0.43 0.43 0.02 0.08 0.03 0.12 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.09 0.11 0.16 0.25 0.36 0.33 0.19
C2' 0.00 0.43 0.00 0.01 0.22 0.03 0.11 0.18 0.20 0.20 0.34 0.42 0.14 0.11 0.03 0.01 0.03 0.01 0.64 0.49 0.71 0.57
C3' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.37 0.01 0.42 0.01 0.48 0.28 0.48 0.37 0.49 0.38 0.26 0.03 0.01 0.03 0.46 0.63 0.36 0.41
C4 0.02 0.02 0.22 0.37 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.16 0.07 0.09 0.27 0.33 0.36 0.22
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.19 0.12 0.06 0.17 0.20 0.11 0.35 0.04 0.01 0.02 0.38 0.43 0.14
C5 0.02 0.03 0.11 0.42 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.31 0.18 0.05 0.30 0.30 0.44 0.28
C5' 0.05 0.12 0.18 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.21 0.23 0.17 0.09 0.25 0.26 0.12 0.17 0.21 0.02 0.01 0.33 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.48 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.27 0.23 0.08 0.30 0.30 0.43 0.28
C8 0.02 0.04 0.20 0.28 0.02 0.19 0.02 0.23 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.40 0.14 0.11 0.32 0.28 0.49 0.30
N1 0.03 0.01 0.34 0.48 0.02 0.12 0.02 0.17 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.14 0.19 0.13 0.27 0.33 0.36 0.23
N3 0.03 0.01 0.42 0.37 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.09 0.16 0.23 0.36 0.33 0.18
N6 0.04 0.02 0.14 0.49 0.03 0.17 0.03 0.25 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.07 0.04 0.36 0.28 0.08 0.32 0.29 0.52 0.33
N7 0.01 0.03 0.11 0.38 0.01 0.20 0.01 0.26 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.43 0.22 0.06 0.33 0.28 0.52 0.32
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.11 0.02 0.12 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.22 0.05 0.02 0.28 0.32 0.38 0.23
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.16 0.35 0.31 0.17 0.27 0.40 0.14 0.10 0.36 0.43 0.22 0.00 0.06 0.25 0.32 0.40 0.58 0.20
O3' 0.29 0.11 0.03 0.01 0.07 0.04 0.18 0.21 0.23 0.14 0.19 0.09 0.28 0.22 0.05 0.06 0.00 0.20 0.16 0.61 0.45 0.13
O4' 0.01 0.16 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.11 0.13 0.16 0.08 0.06 0.02 0.25 0.20 0.00 0.20 0.47 0.36 0.25
O5' 0.24 0.25 0.64 0.46 0.27 0.02 0.30 0.01 0.30 0.32 0.27 0.23 0.32 0.33 0.28 0.32 0.16 0.20 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.35 0.36 0.49 0.63 0.33 0.38 0.30 0.33 0.30 0.28 0.33 0.36 0.29 0.28 0.32 0.40 0.61 0.47 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.33 0.71 0.36 0.36 0.43 0.44 0.41 0.43 0.49 0.36 0.33 0.52 0.52 0.38 0.58 0.45 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.19 0.57 0.41 0.22 0.14 0.28 0.02 0.28 0.30 0.23 0.18 0.33 0.32 0.23 0.20 0.13 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 1.03 0.13 0.85 0.84 0.90 0.44 1.50 0.29 0.58 1.10 0.92 1.30 0.10 1.32 0.13 1.38 2.52 1.60 1.83
C2 0.55 0.68 0.20 0.44 0.84 0.10 0.86 0.09 0.78 0.68 0.76 0.90 0.59 0.37 1.03 0.71 0.12 0.38 0.09 0.07
C2' 0.30 0.90 0.27 1.03 0.70 1.01 0.30 1.66 0.16 0.45 0.98 0.79 1.18 0.17 1.53 0.16 1.62 2.94 1.97 2.16
C3' 0.55 1.33 0.10 0.75 1.17 0.82 0.68 1.47 0.46 0.79 1.47 1.31 1.60 0.16 1.23 0.13 1.37 2.79 1.72 1.97
C4 0.56 0.92 0.16 0.69 0.91 0.46 0.73 0.77 0.62 0.72 0.99 0.97 0.99 0.21 1.29 0.45 0.66 1.42 0.74 0.87
C4' 0.20 1.06 0.23 1.01 0.85 1.22 0.30 1.91 0.12 0.45 1.20 0.99 1.40 0.19 1.41 0.42 1.76 3.10 2.06 2.36
C5 0.66 0.95 0.16 0.68 0.97 0.33 0.86 0.56 0.77 0.82 1.01 1.02 0.96 0.25 1.39 0.66 0.47 1.11 0.50 0.60
C5' 0.17 1.06 0.35 1.16 0.81 1.45 0.17 2.20 0.19 0.36 1.23 0.98 1.46 0.31 1.51 0.66 2.06 3.51 2.41 2.76
C6 0.70 0.78 0.19 0.47 0.96 0.17 1.02 0.20 0.96 0.83 0.85 0.99 0.65 0.38 1.23 0.96 0.21 0.24 0.19 0.19
C8 0.55 1.16 0.12 0.94 0.97 0.93 0.59 1.55 0.45 0.74 1.22 1.03 1.40 0.09 1.52 0.18 1.36 2.44 1.47 1.74
N1 0.62 0.65 0.21 0.36 0.88 0.27 0.99 0.37 0.93 0.75 0.73 0.92 0.49 0.43 1.02 0.93 0.37 0.13 0.37 0.41
N3 0.52 0.80 0.18 0.57 0.86 0.29 0.75 0.49 0.64 0.67 0.88 0.92 0.82 0.27 1.14 0.51 0.43 1.04 0.49 0.57
N6 0.79 0.73 0.20 0.36 1.00 0.49 1.17 0.69 1.15 0.91 0.80 1.01 0.52 0.45 1.23 1.24 0.63 0.38 0.61 0.70
N7 0.68 1.13 0.14 0.88 1.03 0.68 0.79 1.12 0.67 0.86 1.18 1.07 1.25 0.15 1.58 0.46 0.95 1.80 0.99 1.18
N9 0.50 1.04 0.13 0.83 0.90 0.78 0.58 1.30 0.44 0.68 1.11 0.97 1.24 0.12 1.38 0.20 1.16 2.16 1.30 1.51
O2' 0.21 0.79 0.39 1.19 0.56 1.11 0.18 1.76 0.12 0.34 0.85 0.64 1.08 0.25 1.73 0.22 1.76 3.11 2.15 2.30
O3' 0.44 1.28 0.16 0.86 1.24 0.90 0.74 1.46 0.48 0.75 1.48 1.42 1.50 0.19 1.38 0.11 1.32 2.68 1.59 1.85
O4' 0.20 0.98 0.23 1.00 0.76 1.21 0.29 1.84 0.16 0.43 1.09 0.88 1.31 0.17 1.39 0.41 1.66 2.83 1.87 2.17
O5' 0.23 1.07 0.40 1.32 0.68 1.65 0.32 2.55 0.46 0.34 1.20 0.83 1.57 0.28 1.66 0.83 2.49 4.17 2.99 3.33
OP1 0.30 0.98 0.43 1.28 0.47 1.62 0.48 2.58 0.63 0.29 1.06 0.57 1.57 0.39 1.54 0.90 2.63 4.41 3.36 3.60
OP2 0.48 0.88 0.78 1.78 0.60 2.00 0.71 2.97 0.86 0.43 1.03 0.74 1.37 0.54 2.18 1.13 3.05 5.01 3.81 4.04
P 0.27 0.80 0.53 1.55 0.34 1.88 0.55 2.86 0.74 0.12 0.92 0.48 1.37 0.29 1.87 1.08 2.89 4.72 3.58 3.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.10 0.11 0.09
C2 0.03 0.00 0.11 0.11 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.12 0.14 0.03 0.11 0.14 0.14 0.10
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.11 0.09 0.15 0.01 0.04 0.01 0.06 0.18 0.15 0.09
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.11 0.09 0.15 0.02 0.01 0.02 0.05 0.22 0.15 0.11
C4 0.03 0.02 0.08 0.08 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.13 0.04 0.21 0.21 0.22 0.19
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.03 0.07 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.10 0.05 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.08 0.05 0.24 0.21 0.20 0.19
C5' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.18 0.01 0.23 0.00 0.19 0.09 0.12 0.20 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.19 0.15 0.14 0.12
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.12 0.12 0.13 0.09
N3 0.03 0.01 0.11 0.11 0.01 0.03 0.02 0.12 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.12 0.16 0.03 0.16 0.18 0.19 0.14
N4 0.04 0.04 0.09 0.09 0.01 0.07 0.02 0.20 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.11 0.15 0.05 0.23 0.25 0.28 0.24
O2 0.05 0.01 0.15 0.15 0.03 0.08 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.17 0.17 0.04 0.08 0.13 0.13 0.09
O2' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.09 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.12 0.11 0.17 0.00 0.09 0.05 0.04 0.17 0.13 0.07
O3' 0.03 0.14 0.04 0.01 0.13 0.01 0.08 0.06 0.06 0.05 0.16 0.15 0.17 0.09 0.00 0.03 0.06 0.27 0.17 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.00 0.10 0.13 0.19 0.18
O5' 0.07 0.11 0.06 0.05 0.21 0.02 0.24 0.01 0.19 0.12 0.16 0.23 0.08 0.04 0.06 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.10 0.14 0.18 0.22 0.21 0.10 0.21 0.09 0.15 0.12 0.18 0.25 0.13 0.17 0.27 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.15 0.15 0.22 0.05 0.20 0.02 0.14 0.13 0.19 0.28 0.13 0.13 0.17 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.09 0.11 0.19 0.03 0.19 0.02 0.12 0.09 0.14 0.24 0.09 0.07 0.14 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00