ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50092

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.015, 0.037, 0.060, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C4' B 0, 0.118, 0.370, 0.622, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.370 std_dev=0.252
O2' B 0, 0.143, 0.438, 0.734, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.438 std_dev=0.296
O4' B 0, 0.063, 0.394, 0.725, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.394 std_dev=0.331
C3' B 0, 0.074, 0.465, 0.855, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.465 std_dev=0.390
C2' B 0, 0.012, 0.408, 0.803, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.408 std_dev=0.395
C5' B 0, 0.080, 0.548, 1.017, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.548 std_dev=0.468
C1' B 0, -0.121, 0.438, 0.997, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.438 std_dev=0.559
O3' B 0, 0.050, 0.625, 1.200, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.625 std_dev=0.575
O4' A 0, -0.262, 0.319, 0.900, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.319 std_dev=0.581
C2' A 0, -0.268, 0.371, 1.010, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.371 std_dev=0.639
C3' A 0, -0.244, 0.500, 1.243, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.500 std_dev=0.743
O5' B 0, -0.092, 0.677, 1.446, 2.695 max_d=2.695 avg_d=0.677 std_dev=0.769
C4' A 0, -0.339, 0.461, 1.262, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.461 std_dev=0.801
O3' A 0, -0.192, 0.652, 1.496, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.652 std_dev=0.844
N1 B 0, -0.315, 0.639, 1.594, 3.563 max_d=3.563 avg_d=0.639 std_dev=0.954
O2' A 0, -0.408, 0.647, 1.701, 3.046 max_d=3.046 avg_d=0.647 std_dev=1.054
C6 B 0, -0.320, 0.794, 1.908, 3.776 max_d=3.776 avg_d=0.794 std_dev=1.114
P B 0, -0.242, 0.941, 2.125, 4.293 max_d=4.293 avg_d=0.941 std_dev=1.184
C5' A 0, -0.541, 0.695, 1.930, 3.459 max_d=3.459 avg_d=0.695 std_dev=1.236
OP1 B 0, -0.260, 1.073, 2.406, 5.014 max_d=5.014 avg_d=1.073 std_dev=1.333
O5' A 0, -0.581, 0.788, 2.157, 4.007 max_d=4.007 avg_d=0.788 std_dev=1.369
C2 B 0, -0.620, 0.764, 2.148, 5.228 max_d=5.228 avg_d=0.764 std_dev=1.384
O2 B 0, -0.768, 0.745, 2.259, 5.729 max_d=5.729 avg_d=0.745 std_dev=1.514
OP2 B 0, -0.373, 1.146, 2.665, 5.310 max_d=5.310 avg_d=1.146 std_dev=1.519
C5 B 0, -0.538, 1.039, 2.615, 5.339 max_d=5.339 avg_d=1.039 std_dev=1.577
P A 0, -0.587, 1.078, 2.744, 4.565 max_d=4.565 avg_d=1.078 std_dev=1.666
N3 B 0, -0.782, 0.987, 2.755, 6.567 max_d=6.567 avg_d=0.987 std_dev=1.769
C4 B 0, -0.730, 1.112, 2.954, 6.565 max_d=6.565 avg_d=1.112 std_dev=1.842
OP1 A 0, -0.672, 1.270, 3.212, 5.653 max_d=5.653 avg_d=1.270 std_dev=1.942
N4 B 0, -0.928, 1.368, 3.664, 8.124 max_d=8.124 avg_d=1.368 std_dev=2.296
OP2 A 0, -0.895, 1.559, 4.013, 6.599 max_d=6.599 avg_d=1.559 std_dev=2.454

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.28 0.00 0.22 0.48 0.13 0.26
C2 0.02 0.00 0.41 0.38 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.10 0.16 0.22 0.66 0.38 0.35
C2' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.19 0.01 0.07 0.22 0.16 0.24 0.30 0.41 0.10 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.41 0.63 0.50 0.58
C3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.29 0.00 0.28 0.01 0.34 0.14 0.38 0.35 0.34 0.20 0.17 0.01 0.00 0.02 0.09 0.17 0.35 0.12
C4 0.01 0.01 0.19 0.29 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.19 0.04 0.08 0.19 0.71 0.27 0.26
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.08 0.05 0.28 0.01 0.00 0.01 0.17 0.24 0.04
C5 0.01 0.00 0.07 0.28 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.28 0.04 0.03 0.17 0.88 0.40 0.22
C5' 0.10 0.09 0.22 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.05 0.21 0.01 0.01 0.31 0.32 0.01
C6 0.02 0.00 0.16 0.34 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.27 0.09 0.06 0.18 0.88 0.46 0.25
C8 0.01 0.01 0.24 0.14 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.40 0.08 0.12 0.19 0.92 0.36 0.25
N1 0.02 0.00 0.30 0.38 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.11 0.12 0.21 0.78 0.42 0.32
N3 0.02 0.00 0.41 0.35 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.08 0.16 0.21 0.59 0.32 0.33
N6 0.03 0.00 0.10 0.34 0.02 0.09 0.02 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.31 0.12 0.03 0.16 0.96 0.56 0.21
N7 0.01 0.01 0.15 0.20 0.01 0.08 0.00 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.40 0.04 0.08 0.16 1.01 0.49 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.17 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.19 0.10 0.01 0.20 0.70 0.16 0.24
O2' 0.02 0.33 0.00 0.01 0.19 0.28 0.28 0.05 0.27 0.40 0.26 0.33 0.31 0.40 0.19 0.00 0.03 0.19 0.30 0.59 0.57 0.53
O3' 0.28 0.10 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.21 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.04 0.10 0.03 0.00 0.20 0.26 0.58 0.36 0.23
O4' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.12 0.12 0.16 0.03 0.08 0.01 0.19 0.20 0.00 0.10 0.18 0.06 0.08
O5' 0.22 0.22 0.41 0.09 0.19 0.01 0.17 0.01 0.18 0.19 0.21 0.21 0.16 0.16 0.20 0.30 0.26 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.48 0.66 0.63 0.17 0.71 0.17 0.88 0.31 0.88 0.92 0.78 0.59 0.96 1.01 0.70 0.59 0.58 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.38 0.50 0.35 0.27 0.24 0.40 0.32 0.46 0.36 0.42 0.32 0.56 0.49 0.16 0.57 0.36 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.35 0.58 0.12 0.26 0.04 0.22 0.01 0.25 0.25 0.32 0.33 0.21 0.21 0.24 0.53 0.23 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.86 0.18 0.20 1.50 0.13 1.29 0.09 0.92 0.68 1.31 1.84 0.57 0.15 0.29 0.12 0.43 0.40 0.98 0.58
C2 0.14 0.28 0.08 0.08 1.14 0.13 1.18 0.22 0.81 0.37 0.69 1.48 0.31 0.09 0.12 0.15 0.60 0.77 1.27 0.87
C2' 0.18 0.72 0.24 0.34 1.37 0.25 1.22 0.26 0.87 0.59 1.13 1.71 0.44 0.24 0.50 0.11 0.48 0.55 1.04 0.65
C3' 0.24 0.73 0.17 0.16 1.31 0.30 1.12 0.19 0.76 0.55 1.12 1.65 0.54 0.17 0.21 0.24 0.26 0.22 0.82 0.41
C4 0.14 0.66 0.13 0.14 1.37 0.12 1.25 0.12 0.89 0.57 1.10 1.68 0.28 0.11 0.20 0.11 0.49 0.53 1.07 0.68
C4' 0.26 0.91 0.12 0.10 1.45 0.13 1.23 0.08 0.88 0.69 1.32 1.78 0.70 0.10 0.15 0.12 0.34 0.27 0.86 0.46
C5 0.14 0.66 0.14 0.15 1.29 0.13 1.18 0.11 0.86 0.57 1.06 1.52 0.29 0.11 0.20 0.10 0.47 0.49 1.00 0.63
C5' 0.36 0.99 0.24 0.21 1.46 0.15 1.24 0.16 0.93 0.77 1.36 1.75 0.82 0.23 0.23 0.19 0.39 0.30 0.87 0.48
C6 0.10 0.37 0.09 0.10 1.10 0.13 1.12 0.18 0.80 0.42 0.75 1.30 0.21 0.09 0.13 0.13 0.53 0.63 1.11 0.74
C8 0.27 0.95 0.22 0.22 1.42 0.14 1.20 0.10 0.88 0.71 1.32 1.66 0.73 0.17 0.31 0.11 0.37 0.30 0.84 0.47
N1 0.17 0.19 0.08 0.08 1.02 0.13 1.11 0.23 0.77 0.31 0.55 1.28 0.45 0.10 0.10 0.16 0.60 0.78 1.25 0.87
N3 0.11 0.49 0.09 0.11 1.31 0.12 1.25 0.17 0.87 0.49 0.94 1.66 0.14 0.09 0.16 0.13 0.55 0.66 1.19 0.79
N6 0.13 0.22 0.08 0.09 0.86 0.13 0.96 0.19 0.73 0.33 0.52 0.97 0.35 0.11 0.10 0.15 0.53 0.63 1.06 0.72
N7 0.24 0.88 0.21 0.21 1.31 0.14 1.14 0.09 0.85 0.68 1.22 1.50 0.63 0.16 0.28 0.10 0.38 0.33 0.84 0.49
N9 0.21 0.84 0.17 0.19 1.45 0.13 1.26 0.09 0.91 0.66 1.27 1.76 0.54 0.14 0.27 0.11 0.43 0.41 0.96 0.58
O2' 0.44 0.83 0.63 0.74 1.56 0.53 1.47 0.59 1.11 0.78 1.26 1.93 0.46 0.59 0.91 0.37 0.84 0.95 1.39 1.01
O3' 0.18 0.78 0.06 0.12 1.44 0.19 1.25 0.08 0.87 0.61 1.22 1.82 0.51 0.07 0.21 0.11 0.35 0.33 0.94 0.53
O4' 0.30 0.99 0.18 0.15 1.54 0.11 1.30 0.07 0.94 0.75 1.41 1.86 0.77 0.13 0.18 0.14 0.38 0.30 0.89 0.50
O5' 0.32 0.91 0.22 0.21 1.37 0.24 1.18 0.24 0.88 0.71 1.26 1.65 0.72 0.23 0.22 0.20 0.37 0.32 0.85 0.47
OP1 1.28 1.43 1.23 1.29 1.73 1.28 1.68 1.32 1.54 1.41 1.62 1.88 1.28 1.25 1.28 1.27 1.37 1.38 1.57 1.42
OP2 0.54 0.59 0.69 0.75 0.90 0.90 0.69 0.86 0.45 0.44 0.83 1.16 0.58 0.65 0.87 0.69 0.53 0.60 0.41 0.42
P 0.31 0.81 0.24 0.26 1.25 0.38 1.08 0.38 0.80 0.63 1.14 1.51 0.65 0.26 0.28 0.28 0.36 0.37 0.78 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.16 0.00 0.10 0.09 0.16 0.10
C2 0.03 0.00 0.07 0.13 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.10 0.03 0.08 0.10 0.14 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.15 0.11 0.17 0.05 0.05 0.09 0.18 0.00 0.02 0.01 0.24 0.24 0.40 0.29
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.18 0.01 0.19 0.01 0.16 0.11 0.16 0.19 0.13 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.04
C4 0.02 0.01 0.08 0.18 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.35 0.07 0.06 0.13 0.16 0.19 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.13 0.06 0.07 0.11 0.06 0.19 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.15 0.19 0.00 0.14 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.13 0.11 0.14 0.16 0.18 0.16
C5' 0.04 0.03 0.11 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.11 0.04 0.06 0.12 0.05 0.07 0.14 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.16 0.01 0.13 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.11 0.12 0.10 0.11 0.14 0.12
N1 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.06 0.04 0.07 0.09 0.14 0.10
N3 0.03 0.00 0.05 0.16 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.06 0.02 0.10 0.13 0.17 0.13
N4 0.03 0.01 0.09 0.19 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.09 0.06 0.15 0.19 0.23 0.18
O2 0.05 0.01 0.18 0.13 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.21 0.09 0.08 0.10 0.14 0.10
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.35 0.19 0.35 0.07 0.29 0.19 0.28 0.38 0.14 0.00 0.04 0.13 0.16 0.15 0.44 0.22
O3' 0.16 0.10 0.02 0.01 0.07 0.01 0.13 0.14 0.11 0.06 0.06 0.09 0.21 0.04 0.00 0.10 0.15 0.25 0.11 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.11 0.01 0.12 0.04 0.02 0.06 0.09 0.13 0.10 0.00 0.06 0.08 0.06 0.06
O5' 0.10 0.08 0.24 0.04 0.13 0.01 0.14 0.01 0.10 0.07 0.10 0.15 0.08 0.16 0.15 0.06 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.09 0.10 0.24 0.05 0.16 0.05 0.16 0.06 0.11 0.09 0.13 0.19 0.10 0.15 0.25 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.14 0.40 0.07 0.19 0.03 0.18 0.01 0.14 0.14 0.17 0.23 0.14 0.44 0.11 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.10 0.29 0.04 0.15 0.01 0.16 0.02 0.12 0.10 0.13 0.18 0.10 0.22 0.17 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00