ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50093

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.016, 0.033, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.019, 0.039, 0.059, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.039 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.018, 0.039, 0.060, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.014, 0.036, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.018, 0.043, 0.067, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.019, 0.044, 0.070, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.019, 0.046, 0.073, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.046 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.021, 0.050, 0.080, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.050 std_dev=0.030
O2' B 0, 0.239, 0.487, 0.735, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.487 std_dev=0.248
C2' B 0, 0.185, 0.534, 0.882, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.534 std_dev=0.348
O4' A 0, 0.613, 1.235, 1.858, 1.751 max_d=1.751 avg_d=1.235 std_dev=0.623
C2' A 0, 0.726, 1.448, 2.170, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.448 std_dev=0.722
C1' B 0, 0.530, 1.393, 2.255, 2.944 max_d=2.944 avg_d=1.393 std_dev=0.862
N1 B 0, 0.765, 1.676, 2.588, 3.476 max_d=3.476 avg_d=1.676 std_dev=0.911
C4' A 0, 0.940, 1.860, 2.780, 2.569 max_d=2.569 avg_d=1.860 std_dev=0.920
O2' A 0, 0.835, 1.775, 2.715, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.775 std_dev=0.940
C6 B 0, 0.949, 2.027, 3.106, 4.004 max_d=4.004 avg_d=2.027 std_dev=1.078
C3' A 0, 1.107, 2.212, 3.316, 3.202 max_d=3.202 avg_d=2.212 std_dev=1.105
C5 B 0, 1.024, 2.265, 3.507, 4.365 max_d=4.365 avg_d=2.265 std_dev=1.241
C4 B 0, 1.473, 2.863, 4.253, 5.088 max_d=5.088 avg_d=2.863 std_dev=1.390
C2 B 0, 0.975, 2.433, 3.890, 4.737 max_d=4.737 avg_d=2.433 std_dev=1.457
C3' B 0, 0.107, 1.698, 3.289, 3.964 max_d=3.964 avg_d=1.698 std_dev=1.591
O3' A 0, 1.581, 3.184, 4.787, 4.679 max_d=4.679 avg_d=3.184 std_dev=1.603
C5' A 0, 1.654, 3.265, 4.877, 4.526 max_d=4.526 avg_d=3.265 std_dev=1.611
O4' B 0, 0.825, 2.497, 4.170, 4.962 max_d=4.962 avg_d=2.497 std_dev=1.673
N4 B 0, 1.885, 3.593, 5.302, 6.063 max_d=6.063 avg_d=3.593 std_dev=1.709
N3 B 0, 1.394, 3.147, 4.900, 5.731 max_d=5.731 avg_d=3.147 std_dev=1.753
O5' A 0, 1.848, 3.616, 5.385, 4.907 max_d=4.907 avg_d=3.616 std_dev=1.768
C4' B 0, 0.593, 2.600, 4.607, 5.401 max_d=5.401 avg_d=2.600 std_dev=2.007
O2 B 0, 0.685, 2.721, 4.758, 5.555 max_d=5.555 avg_d=2.721 std_dev=2.036
P A 0, 2.347, 4.543, 6.739, 6.100 max_d=6.100 avg_d=4.543 std_dev=2.196
O3' B 0, 0.204, 2.554, 4.903, 5.634 max_d=5.634 avg_d=2.554 std_dev=2.350
OP1 A 0, 2.770, 5.418, 8.067, 7.291 max_d=7.291 avg_d=5.418 std_dev=2.649
OP2 B 0, 2.109, 4.998, 7.887, 8.778 max_d=8.778 avg_d=4.998 std_dev=2.889
O5' B 0, 0.590, 3.509, 6.428, 7.577 max_d=7.577 avg_d=3.509 std_dev=2.919
OP2 A 0, 3.133, 6.091, 9.049, 7.979 max_d=7.979 avg_d=6.091 std_dev=2.958
C5' B 0, 0.658, 3.744, 6.829, 7.935 max_d=7.935 avg_d=3.744 std_dev=3.086
P B 0, 0.780, 4.420, 8.061, 9.418 max_d=9.418 avg_d=4.420 std_dev=3.641
OP1 B 0, 1.103, 4.986, 8.870, 10.120 max_d=10.120 avg_d=4.986 std_dev=3.883

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.19 0.11 0.09
C2 0.05 0.00 0.35 0.19 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.50 0.31 0.21 0.36 0.78 0.32 0.38
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.18 0.01 0.08 0.02 0.15 0.19 0.27 0.35 0.11 0.11 0.02 0.00 0.03 0.01 0.12 0.24 0.20 0.11
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.02 0.27 0.11 0.19 0.07 0.22 0.09 0.02 0.01 0.01 0.17 0.28 0.27 0.22
C4 0.02 0.01 0.18 0.05 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.08 0.11 0.29 0.66 0.21 0.26
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.15 0.09 0.10 0.11 0.14 0.06 0.06 0.04 0.00 0.02 0.14 0.08 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.08 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.06 0.05 0.35 0.84 0.35 0.36
C5' 0.03 0.25 0.02 0.03 0.19 0.01 0.24 0.00 0.26 0.27 0.26 0.21 0.29 0.28 0.15 0.06 0.05 0.01 0.01 0.28 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.02 0.00 0.08 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.04 0.10 0.39 0.96 0.40 0.44
C8 0.01 0.01 0.19 0.27 0.00 0.15 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.33 0.13 0.30 0.58 0.43 0.24
N1 0.04 0.00 0.27 0.11 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.20 0.16 0.39 0.92 0.37 0.44
N3 0.05 0.00 0.35 0.19 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.47 0.30 0.20 0.30 0.64 0.23 0.30
N6 0.01 0.01 0.11 0.07 0.01 0.11 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.07 0.07 0.43 1.07 0.50 0.51
N7 0.00 0.01 0.11 0.22 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.28 0.07 0.36 0.82 0.50 0.37
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.20 0.46 0.19 0.13
O2' 0.01 0.50 0.00 0.02 0.25 0.06 0.17 0.06 0.27 0.14 0.41 0.47 0.22 0.09 0.05 0.00 0.05 0.09 0.12 0.18 0.15 0.09
O3' 0.02 0.31 0.03 0.01 0.08 0.04 0.06 0.05 0.04 0.33 0.20 0.30 0.07 0.28 0.09 0.05 0.00 0.03 0.21 0.38 0.39 0.31
O4' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.13 0.16 0.20 0.07 0.07 0.01 0.09 0.03 0.00 0.11 0.17 0.25 0.25
O5' 0.06 0.36 0.12 0.17 0.29 0.02 0.35 0.01 0.39 0.30 0.39 0.30 0.43 0.36 0.20 0.12 0.21 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.19 0.78 0.24 0.28 0.66 0.14 0.84 0.28 0.96 0.58 0.92 0.64 1.07 0.82 0.46 0.18 0.38 0.17 0.03 0.00 0.04 0.00
OP2 0.11 0.32 0.20 0.27 0.21 0.08 0.35 0.19 0.40 0.43 0.37 0.23 0.50 0.50 0.19 0.15 0.39 0.25 0.02 0.04 0.00 0.00
P 0.09 0.38 0.11 0.22 0.26 0.05 0.36 0.01 0.44 0.24 0.44 0.30 0.51 0.37 0.13 0.09 0.31 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.37 0.21 0.36 0.42 0.39 0.31 0.38 0.28 0.31 0.45 0.52 0.42 0.22 0.71 0.68 0.22 0.69 0.36 0.27
C2 0.36 0.75 0.08 0.42 0.74 1.14 0.36 1.44 0.32 0.28 0.98 0.93 1.02 0.09 0.45 1.02 1.05 1.17 0.87 1.14
C2' 0.54 0.47 0.33 0.52 0.55 0.62 0.39 0.66 0.36 0.39 0.59 0.69 0.52 0.36 0.91 0.86 0.45 0.59 0.50 0.35
C3' 0.60 0.60 0.54 0.85 0.66 0.70 0.54 0.77 0.49 0.51 0.69 0.78 0.68 0.50 1.31 0.84 0.75 1.20 0.94 0.83
C4 0.41 0.43 0.15 0.11 0.51 0.69 0.32 0.79 0.29 0.26 0.60 0.65 0.50 0.17 0.26 0.84 0.46 0.41 0.31 0.40
C4' 0.49 0.56 0.42 0.78 0.54 0.54 0.44 0.64 0.38 0.43 0.60 0.63 0.70 0.36 1.25 0.63 0.72 1.45 0.98 0.95
C5 0.42 0.42 0.15 0.10 0.49 0.71 0.31 0.79 0.28 0.26 0.59 0.62 0.51 0.17 0.23 0.86 0.46 0.39 0.31 0.41
C5' 0.56 0.67 0.63 1.12 0.63 0.85 0.56 1.07 0.51 0.52 0.71 0.71 0.87 0.52 1.65 0.68 1.16 2.08 1.48 1.50
C6 0.38 0.67 0.09 0.35 0.64 1.08 0.33 1.28 0.30 0.26 0.86 0.80 0.92 0.09 0.33 1.02 0.90 0.86 0.69 0.91
C8 0.46 0.39 0.24 0.48 0.37 0.32 0.28 0.30 0.26 0.33 0.41 0.44 0.49 0.25 0.89 0.62 0.30 0.89 0.48 0.44
N1 0.35 0.84 0.07 0.53 0.77 1.28 0.36 1.60 0.32 0.29 1.06 0.96 1.17 0.07 0.60 1.08 1.19 1.32 0.98 1.29
N3 0.39 0.56 0.12 0.20 0.62 0.89 0.35 1.09 0.31 0.26 0.77 0.79 0.72 0.13 0.19 0.93 0.73 0.72 0.55 0.74
N6 0.38 0.78 0.10 0.50 0.68 1.25 0.32 1.44 0.30 0.28 0.94 0.82 1.11 0.09 0.51 1.10 1.04 0.99 0.81 1.06
N7 0.46 0.33 0.22 0.35 0.37 0.38 0.28 0.34 0.26 0.30 0.39 0.44 0.37 0.23 0.70 0.69 0.18 0.64 0.31 0.25
N9 0.44 0.35 0.20 0.30 0.42 0.44 0.30 0.43 0.28 0.30 0.45 0.52 0.38 0.22 0.62 0.71 0.20 0.57 0.29 0.19
O2' 0.53 0.44 0.28 0.44 0.52 0.66 0.35 0.71 0.34 0.36 0.58 0.67 0.50 0.34 0.80 0.88 0.45 0.41 0.41 0.27
O3' 0.70 0.71 0.67 1.02 0.80 0.89 0.68 1.00 0.62 0.62 0.83 0.94 0.78 0.62 1.51 0.96 0.97 1.32 1.13 1.02
O4' 0.40 0.45 0.24 0.53 0.41 0.26 0.31 0.31 0.26 0.34 0.46 0.47 0.57 0.19 0.95 0.51 0.40 1.18 0.65 0.66
O5' 0.64 0.72 0.71 1.24 0.65 0.99 0.61 1.22 0.58 0.58 0.74 0.73 0.94 0.63 1.78 0.78 1.30 2.25 1.61 1.64
OP1 1.49 1.19 1.52 2.10 1.06 2.13 1.24 2.41 1.37 1.29 1.11 1.01 1.37 1.55 2.58 1.79 2.36 3.27 2.70 2.72
OP2 0.63 1.11 0.73 1.41 1.07 1.09 0.91 1.48 0.78 0.76 1.22 1.20 1.43 0.45 1.98 0.72 1.63 2.97 2.02 2.15
P 0.76 0.84 0.85 1.52 0.74 1.38 0.75 1.72 0.76 0.69 0.87 0.81 1.14 0.76 2.09 1.00 1.77 2.89 2.13 2.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.26 0.33 0.16
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.04 0.10 0.54 0.30 0.25
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.13 0.00 0.02 0.01 0.05 0.31 0.18 0.10
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.08 0.07 0.13 0.02 0.00 0.01 0.05 0.34 0.10 0.12
C4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04 0.14 0.79 0.27 0.34
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.13 0.27 0.05
C5 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.14 0.81 0.26 0.38
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.12 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.25 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.13 0.63 0.29 0.33
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.48 0.31 0.25
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.04 0.12 0.68 0.29 0.30
N4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.04 0.14 0.87 0.27 0.36
O2 0.03 0.01 0.13 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.15 0.05 0.10 0.46 0.32 0.21
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.13 0.00 0.04 0.03 0.05 0.28 0.24 0.10
O3' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.07 0.03 0.09 0.08 0.15 0.04 0.00 0.01 0.08 0.50 0.10 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.04 0.15 0.43 0.16
O5' 0.04 0.10 0.05 0.05 0.14 0.02 0.14 0.01 0.13 0.09 0.12 0.14 0.10 0.05 0.08 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.26 0.54 0.31 0.34 0.79 0.13 0.81 0.25 0.63 0.48 0.68 0.87 0.46 0.28 0.50 0.15 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.30 0.18 0.10 0.27 0.27 0.26 0.24 0.29 0.31 0.29 0.27 0.32 0.24 0.10 0.43 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.25 0.10 0.12 0.34 0.05 0.38 0.02 0.33 0.25 0.30 0.36 0.21 0.10 0.22 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00