ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50096

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.021, 0.051, 0.080, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.051 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.018, 0.048, 0.078, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.048 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.020, 0.050, 0.080, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.050 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.022, 0.052, 0.083, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.052 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.028, 0.072, 0.117, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.072 std_dev=0.045
N6 A 0, 0.034, 0.082, 0.130, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.082 std_dev=0.048
N7 A 0, 0.034, 0.084, 0.134, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.084 std_dev=0.050
N9 A 0, 0.029, 0.082, 0.136, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.082 std_dev=0.053
C8 A 0, 0.046, 0.119, 0.191, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.119 std_dev=0.072
C2' B 0, 0.004, 0.394, 0.784, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.394 std_dev=0.390
O2' B 0, 0.313, 0.893, 1.473, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.893 std_dev=0.580
O4' A 0, 0.031, 0.983, 1.935, 2.543 max_d=2.543 avg_d=0.983 std_dev=0.952
C4' A 0, 0.675, 1.664, 2.653, 2.544 max_d=2.544 avg_d=1.664 std_dev=0.989
C2' A 0, -0.063, 0.960, 1.983, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.960 std_dev=1.023
C1' B 0, 0.695, 1.727, 2.759, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.727 std_dev=1.032
C3' A 0, 0.705, 1.775, 2.846, 2.870 max_d=2.870 avg_d=1.775 std_dev=1.071
C3' B 0, 0.856, 2.076, 3.295, 3.044 max_d=3.044 avg_d=2.076 std_dev=1.220
O3' A 0, 0.998, 2.410, 3.822, 3.472 max_d=3.472 avg_d=2.410 std_dev=1.412
O2' A 0, 0.158, 1.700, 3.243, 4.207 max_d=4.207 avg_d=1.700 std_dev=1.542
O4' B 0, 1.155, 2.817, 4.480, 4.086 max_d=4.086 avg_d=2.817 std_dev=1.663
O3' B 0, 1.271, 3.081, 4.892, 4.658 max_d=4.658 avg_d=3.081 std_dev=1.811
C4' B 0, 1.279, 3.115, 4.951, 4.618 max_d=4.618 avg_d=3.115 std_dev=1.836
C5' A 0, 0.998, 2.908, 4.818, 5.309 max_d=5.309 avg_d=2.908 std_dev=1.910
N1 B 0, 0.853, 2.823, 4.793, 4.996 max_d=4.996 avg_d=2.823 std_dev=1.970
C2 B 0, 1.576, 4.048, 6.520, 6.303 max_d=6.303 avg_d=4.048 std_dev=2.472
O2 B 0, 1.801, 4.276, 6.751, 5.983 max_d=5.983 avg_d=4.276 std_dev=2.475
O5' A 0, 0.340, 2.975, 5.611, 7.192 max_d=7.192 avg_d=2.975 std_dev=2.636
C5' B 0, 2.002, 4.819, 7.636, 6.921 max_d=6.921 avg_d=4.819 std_dev=2.817
C6 B 0, 0.346, 3.253, 6.159, 6.565 max_d=6.565 avg_d=3.253 std_dev=2.906
O5' B 0, 2.160, 5.150, 8.141, 7.241 max_d=7.241 avg_d=5.150 std_dev=2.990
P A 0, 0.882, 4.095, 7.309, 9.006 max_d=9.006 avg_d=4.095 std_dev=3.214
OP1 A 0, 1.585, 4.926, 8.267, 9.430 max_d=9.430 avg_d=4.926 std_dev=3.341
N3 B 0, 1.975, 5.359, 8.744, 8.544 max_d=8.544 avg_d=5.359 std_dev=3.385
OP2 A 0, 1.151, 4.552, 7.953, 9.564 max_d=9.564 avg_d=4.552 std_dev=3.401
C5 B 0, 0.430, 4.302, 8.175, 8.576 max_d=8.576 avg_d=4.302 std_dev=3.873
C4 B 0, 1.533, 5.407, 9.282, 9.424 max_d=9.424 avg_d=5.407 std_dev=3.874
OP2 B 0, 2.606, 6.574, 10.541, 10.449 max_d=10.449 avg_d=6.574 std_dev=3.968
P B 0, 2.838, 6.812, 10.787, 9.971 max_d=9.971 avg_d=6.812 std_dev=3.974
N4 B 0, 2.042, 6.812, 11.583, 11.638 max_d=11.638 avg_d=6.812 std_dev=4.770
OP1 B 0, 3.519, 8.386, 13.252, 11.929 max_d=11.929 avg_d=8.386 std_dev=4.866

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.17 0.15 0.51 0.11
C2 0.03 0.00 0.14 0.37 0.06 0.55 0.05 0.85 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.42 0.22 0.57 1.28 1.29 1.42 1.42
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.10 0.11 0.16 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.38 0.55 0.25
C3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.18 0.01 0.23 0.02 0.22 0.39 0.27 0.36 0.26 0.38 0.17 0.00 0.00 0.02 0.29 0.40 0.42 0.22
C4 0.02 0.06 0.08 0.18 0.00 0.19 0.01 0.25 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.21 0.06 0.26 0.50 0.30 0.39 0.41
C4' 0.03 0.55 0.01 0.01 0.19 0.00 0.09 0.00 0.11 0.45 0.35 0.55 0.10 0.38 0.10 0.13 0.03 0.01 0.02 0.18 0.42 0.08
C5 0.01 0.05 0.04 0.23 0.01 0.09 0.00 0.26 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.07 0.46 0.44 0.67 0.43
C5' 0.03 0.85 0.02 0.02 0.25 0.00 0.26 0.00 0.21 0.82 0.53 0.82 0.29 0.75 0.23 0.10 0.05 0.02 0.00 0.13 0.34 0.00
C6 0.02 0.00 0.07 0.22 0.00 0.11 0.02 0.21 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.20 0.13 0.19 0.50 0.36 0.51 0.44
C8 0.01 0.08 0.10 0.39 0.02 0.45 0.03 0.82 0.05 0.00 0.07 0.04 0.05 0.00 0.01 0.34 0.30 0.35 1.09 1.21 1.57 1.23
N1 0.03 0.00 0.11 0.27 0.03 0.35 0.04 0.53 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.31 0.12 0.41 0.91 0.84 0.95 0.97
N3 0.03 0.01 0.16 0.36 0.02 0.55 0.00 0.82 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.43 0.22 0.58 1.19 1.14 1.18 1.26
N6 0.01 0.00 0.06 0.26 0.00 0.10 0.01 0.29 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.19 0.20 0.10 0.50 0.56 0.73 0.53
N7 0.01 0.05 0.06 0.38 0.01 0.38 0.01 0.75 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.03 0.29 0.32 0.24 0.98 1.20 1.55 1.18
N9 0.00 0.07 0.01 0.17 0.02 0.10 0.01 0.23 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.12 0.11 0.01 0.39 0.33 0.65 0.33
O2' 0.02 0.42 0.00 0.00 0.21 0.13 0.17 0.10 0.20 0.34 0.31 0.43 0.19 0.29 0.12 0.00 0.02 0.12 0.09 0.33 0.58 0.20
O3' 0.10 0.22 0.01 0.00 0.06 0.03 0.16 0.05 0.13 0.30 0.12 0.22 0.20 0.32 0.11 0.02 0.00 0.06 0.25 0.39 0.33 0.18
O4' 0.01 0.57 0.02 0.02 0.26 0.01 0.07 0.02 0.19 0.35 0.41 0.58 0.10 0.24 0.01 0.12 0.06 0.00 0.07 0.05 0.47 0.14
O5' 0.17 1.28 0.23 0.29 0.50 0.02 0.46 0.00 0.50 1.09 0.91 1.19 0.50 0.98 0.39 0.09 0.25 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.15 1.29 0.38 0.40 0.30 0.18 0.44 0.13 0.36 1.21 0.84 1.14 0.56 1.20 0.33 0.33 0.39 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.51 1.42 0.55 0.42 0.39 0.42 0.67 0.34 0.51 1.57 0.95 1.18 0.73 1.55 0.65 0.58 0.33 0.47 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 1.42 0.25 0.22 0.41 0.08 0.43 0.00 0.44 1.23 0.97 1.26 0.53 1.18 0.33 0.20 0.18 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.72 0.20 0.60 0.79 0.89 0.54 1.25 0.40 0.35 0.93 1.00 0.91 0.26 1.10 0.55 1.05 1.58 1.03 1.24
C2 0.23 1.08 0.10 0.37 1.21 0.55 0.90 0.78 0.64 0.65 1.34 1.39 1.20 0.10 0.55 0.24 0.65 0.93 0.95 0.74
C2' 0.28 0.86 0.34 0.45 0.95 0.82 0.72 1.26 0.57 0.51 1.08 1.16 1.03 0.21 0.80 0.57 1.13 1.76 1.06 1.34
C3' 0.23 0.60 0.29 0.77 0.59 0.97 0.31 1.36 0.24 0.18 0.78 0.81 0.84 0.61 1.29 0.61 1.15 1.80 1.27 1.45
C4 0.11 0.61 0.14 0.49 0.50 0.72 0.25 1.01 0.20 0.26 0.70 0.58 0.84 0.17 0.80 0.40 0.84 1.21 0.93 0.96
C4' 0.41 0.42 0.47 1.11 0.53 1.27 0.37 1.62 0.38 0.17 0.66 0.78 0.64 0.69 1.72 0.85 1.38 1.96 1.50 1.65
C5 0.10 0.61 0.14 0.45 0.52 0.66 0.31 0.90 0.24 0.29 0.69 0.59 0.82 0.15 0.73 0.35 0.75 1.02 0.86 0.81
C5' 0.87 0.26 1.02 1.72 0.17 1.74 0.52 2.08 0.73 0.56 0.25 0.34 0.46 1.18 2.35 1.24 1.84 2.39 2.03 2.12
C6 0.18 0.99 0.10 0.36 1.07 0.53 0.81 0.69 0.59 0.60 1.19 1.20 1.10 0.11 0.55 0.21 0.57 0.74 0.87 0.59
C8 0.23 0.80 0.21 0.60 0.83 0.88 0.61 1.22 0.48 0.44 0.97 0.99 1.00 0.30 1.11 0.56 1.01 1.42 0.97 1.14
N1 0.26 1.24 0.08 0.35 1.44 0.50 1.10 0.67 0.79 0.78 1.56 1.64 1.32 0.13 0.52 0.17 0.55 0.73 0.95 0.60
N3 0.17 0.80 0.11 0.44 0.78 0.66 0.52 0.94 0.39 0.43 0.95 0.89 0.99 0.12 0.69 0.35 0.79 1.16 0.96 0.91
N6 0.20 1.14 0.09 0.35 1.30 0.49 1.03 0.57 0.75 0.73 1.39 1.43 1.17 0.17 0.55 0.16 0.46 0.48 0.88 0.40
N7 0.19 0.61 0.20 0.53 0.52 0.78 0.34 1.04 0.30 0.31 0.69 0.62 0.85 0.26 0.92 0.47 0.86 1.14 0.84 0.92
N9 0.13 0.61 0.18 0.58 0.57 0.85 0.33 1.18 0.27 0.25 0.75 0.71 0.84 0.25 1.02 0.51 0.98 1.43 0.99 1.14
O2' 0.58 1.23 0.66 0.52 1.48 0.83 1.21 1.23 0.98 0.90 1.54 1.74 1.30 0.28 0.67 0.68 1.19 1.77 1.04 1.34
O3' 0.16 0.66 0.21 0.68 0.75 0.92 0.44 1.31 0.29 0.23 0.90 1.00 0.86 0.54 1.18 0.59 1.08 1.72 1.15 1.36
O4' 0.37 0.41 0.38 1.03 0.52 1.23 0.41 1.58 0.41 0.19 0.63 0.75 0.61 0.52 1.62 0.82 1.35 1.88 1.44 1.59
O5' 1.17 0.55 1.28 2.01 0.46 2.00 0.88 2.36 1.07 0.90 0.34 0.31 0.60 1.36 2.61 1.52 2.19 2.69 2.40 2.47
OP1 1.76 1.02 2.07 2.88 0.92 2.68 1.38 3.07 1.62 1.45 0.77 0.67 0.97 2.06 3.50 2.04 2.89 3.41 3.15 3.13
OP2 2.03 1.50 2.28 2.95 1.45 2.70 1.81 3.01 1.97 1.82 1.32 1.27 1.43 2.28 3.49 2.18 2.93 3.37 3.28 3.18
P 1.65 0.98 1.89 2.66 0.88 2.50 1.31 2.85 1.52 1.36 0.74 0.65 0.96 1.90 3.29 1.91 2.70 3.20 2.97 2.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.07 0.07 0.03 0.17 0.00 0.14 0.20 0.74 0.33
C2 0.05 0.00 0.17 0.28 0.03 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.16 0.09 0.02 0.33 0.07 0.43 0.15
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.11 0.03 0.04 0.07 0.06 0.06 0.16 0.12 0.25 0.00 0.02 0.02 0.33 0.19 0.77 0.34
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.45 0.01 0.45 0.02 0.40 0.28 0.37 0.48 0.19 0.02 0.01 0.01 0.31 0.18 0.39 0.02
C4 0.06 0.03 0.11 0.45 0.00 0.25 0.01 0.41 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.24 0.33 0.06 0.61 0.21 0.20 0.24
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.25 0.00 0.29 0.00 0.28 0.15 0.16 0.27 0.04 0.27 0.01 0.00 0.01 0.08 0.53 0.16
C5 0.02 0.01 0.04 0.45 0.01 0.29 0.00 0.47 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.40 0.07 0.70 0.24 0.23 0.30
C5' 0.02 0.20 0.07 0.02 0.41 0.00 0.47 0.00 0.42 0.23 0.29 0.44 0.09 0.17 0.13 0.02 0.01 0.09 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.40 0.01 0.28 0.00 0.42 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.33 0.08 0.61 0.16 0.38 0.21
N1 0.03 0.02 0.06 0.28 0.03 0.15 0.01 0.23 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.15 0.11 0.04 0.36 0.09 0.53 0.18
N3 0.06 0.01 0.16 0.37 0.01 0.16 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.21 0.19 0.03 0.46 0.13 0.28 0.14
N4 0.07 0.05 0.12 0.48 0.02 0.27 0.01 0.44 0.02 0.05 0.04 0.00 0.06 0.25 0.39 0.07 0.66 0.27 0.21 0.30
O2 0.07 0.01 0.25 0.19 0.03 0.04 0.02 0.09 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.10 0.18 0.01 0.19 0.07 0.50 0.19
O2' 0.03 0.16 0.00 0.02 0.24 0.27 0.25 0.17 0.20 0.15 0.21 0.25 0.10 0.00 0.04 0.21 0.33 0.03 0.71 0.20
O3' 0.17 0.09 0.02 0.01 0.33 0.01 0.40 0.13 0.33 0.11 0.19 0.39 0.18 0.04 0.00 0.09 0.36 0.55 0.28 0.27
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.04 0.03 0.07 0.01 0.21 0.09 0.00 0.13 0.28 0.82 0.42
O5' 0.14 0.33 0.33 0.31 0.61 0.01 0.70 0.01 0.61 0.36 0.46 0.66 0.19 0.33 0.36 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.20 0.07 0.19 0.18 0.21 0.08 0.24 0.09 0.16 0.09 0.13 0.27 0.07 0.03 0.55 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.74 0.43 0.77 0.39 0.20 0.53 0.23 0.31 0.38 0.53 0.28 0.21 0.50 0.71 0.28 0.82 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.33 0.15 0.34 0.02 0.24 0.16 0.30 0.02 0.21 0.18 0.14 0.30 0.19 0.20 0.27 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00