ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50097

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.008, 0.059, 0.110, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.059 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.031, 0.108, 0.185, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.108 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.027, 0.109, 0.191, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.109 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.044, 0.151, 0.259, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.151 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.047, 0.161, 0.275, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.161 std_dev=0.114
O5' A 0, 0.030, 0.179, 0.328, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.179 std_dev=0.149
C5' A 0, 0.043, 0.196, 0.348, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.196 std_dev=0.153
O3' A 0, 0.064, 0.221, 0.378, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.221 std_dev=0.157
O2' B 0, 0.045, 0.210, 0.374, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.210 std_dev=0.164
P A 0, 0.006, 0.188, 0.371, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.188 std_dev=0.182
C2' B 0, 0.088, 0.308, 0.527, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.308 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.093, 0.320, 0.548, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.320 std_dev=0.227
OP2 A 0, 0.040, 0.276, 0.512, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.276 std_dev=0.236
C3' B 0, 0.108, 0.371, 0.634, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.371 std_dev=0.263
O3' B 0, 0.104, 0.368, 0.631, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.368 std_dev=0.263
O4' B 0, 0.093, 0.357, 0.621, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.357 std_dev=0.264
O2 B 0, 0.104, 0.372, 0.640, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.372 std_dev=0.268
N1 B 0, 0.100, 0.370, 0.640, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.370 std_dev=0.270
C4' B 0, 0.102, 0.377, 0.652, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.377 std_dev=0.275
C2 B 0, 0.103, 0.389, 0.675, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.389 std_dev=0.286
C6 B 0, 0.101, 0.399, 0.697, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.399 std_dev=0.298
OP1 A 0, -0.033, 0.282, 0.598, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.282 std_dev=0.316
N3 B 0, 0.100, 0.428, 0.757, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.428 std_dev=0.328
C5 B 0, 0.097, 0.440, 0.783, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.440 std_dev=0.343
C5' B 0, 0.098, 0.443, 0.789, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.443 std_dev=0.346
C4 B 0, 0.095, 0.451, 0.808, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.451 std_dev=0.356
O5' B 0, 0.109, 0.494, 0.879, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.494 std_dev=0.385
N4 B 0, 0.084, 0.485, 0.886, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.485 std_dev=0.401
P B 0, 0.104, 0.557, 1.011, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.557 std_dev=0.453
OP1 B 0, 0.090, 0.548, 1.005, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.548 std_dev=0.457
OP2 B 0, 0.102, 0.622, 1.141, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.622 std_dev=0.519

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.04
C2 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.12 0.15 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.10 0.14 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.13 0.16 0.12
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.09 0.15 0.17 0.13
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.10 0.14 0.10
N1 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.14 0.17 0.12
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.09 0.13 0.09
N6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.17 0.19 0.14
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.13 0.17 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.07 0.12 0.08
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.05
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.04
O5' 0.03 0.08 0.01 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.12 0.03 0.04 0.10 0.03 0.13 0.02 0.15 0.10 0.14 0.09 0.17 0.13 0.07 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.15 0.03 0.02 0.14 0.02 0.16 0.01 0.17 0.14 0.17 0.13 0.19 0.17 0.12 0.02 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.13 0.10 0.12 0.09 0.14 0.12 0.08 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08
C2 0.09 0.10 0.09 0.08 0.12 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.13 0.14 0.11 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.13 0.11
C2' 0.07 0.04 0.11 0.09 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.09 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07
C3' 0.04 0.03 0.08 0.07 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05
C4 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10
C4' 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05
C5 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.08 0.05 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10
C5' 0.03 0.06 0.03 0.02 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.08 0.09 0.06 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03
C6 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07 0.12 0.12 0.12 0.07 0.07 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11
C8 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08
N1 0.09 0.12 0.08 0.08 0.12 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.14 0.14 0.13 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.13 0.12
N3 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.10 0.12 0.09 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09 0.12 0.11
N6 0.07 0.11 0.06 0.07 0.10 0.09 0.06 0.09 0.06 0.07 0.13 0.11 0.14 0.06 0.08 0.08 0.10 0.11 0.11 0.12
N7 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.03 0.04 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.09 0.08 0.09
N9 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09
O2' 0.08 0.04 0.12 0.10 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.03 0.04 0.05 0.10 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08
O3' 0.02 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.03 0.07 0.02 0.03 0.06 0.03 0.04
O4' 0.05 0.04 0.08 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07
O5' 0.05 0.08 0.02 0.03 0.09 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.09 0.10 0.08 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04
OP1 0.14 0.16 0.11 0.11 0.16 0.12 0.15 0.12 0.14 0.15 0.16 0.16 0.16 0.14 0.11 0.13 0.12 0.06 0.10 0.09
OP2 0.13 0.14 0.09 0.08 0.14 0.11 0.13 0.10 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.12 0.08 0.12 0.11 0.06 0.10 0.08
P 0.09 0.12 0.06 0.06 0.12 0.08 0.11 0.08 0.10 0.10 0.13 0.13 0.12 0.09 0.06 0.09 0.08 0.04 0.07 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.03 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03
C5' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04
N4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.05 0.03 0.04
O2 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.05 0.02 0.03
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.07 0.07 0.06 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
O5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00