ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50098

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
P B 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O5' B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
O2' B 0, 0.000, 0.438, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.438 std_dev=0.438
C2' B 0, 0.000, 0.545, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.545 std_dev=0.545
C3' B 0, 0.000, 0.629, 1.258, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.629 std_dev=0.629
C4' B 0, 0.000, 0.705, 1.409, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.705 std_dev=0.705
OP2 B 0, 0.000, 0.857, 1.714, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.857 std_dev=0.857
C5' B 0, 0.000, 0.924, 1.848, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.924 std_dev=0.924
OP1 B 0, 0.000, 1.038, 2.076, 2.076 max_d=2.076 avg_d=1.038 std_dev=1.038
C1' B 0, 0.000, 1.075, 2.150, 2.150 max_d=2.150 avg_d=1.075 std_dev=1.075
O4' B 0, 0.000, 1.172, 2.345, 2.345 max_d=2.345 avg_d=1.172 std_dev=1.172
O4' A 0, 0.000, 1.256, 2.513, 2.513 max_d=2.513 avg_d=1.256 std_dev=1.256
C2' A 0, 0.000, 1.318, 2.635, 2.635 max_d=2.635 avg_d=1.318 std_dev=1.318
O3' A 0, 0.000, 1.623, 3.247, 3.247 max_d=3.247 avg_d=1.623 std_dev=1.623
C3' A 0, 0.000, 1.651, 3.301, 3.301 max_d=3.301 avg_d=1.651 std_dev=1.651
O3' B 0, 0.000, 1.664, 3.327, 3.327 max_d=3.327 avg_d=1.664 std_dev=1.664
C4' A 0, 0.000, 1.678, 3.356, 3.356 max_d=3.356 avg_d=1.678 std_dev=1.678
O2' A 0, 0.000, 1.878, 3.755, 3.755 max_d=3.755 avg_d=1.878 std_dev=1.878
N1 B 0, 0.000, 1.957, 3.914, 3.914 max_d=3.914 avg_d=1.957 std_dev=1.957
C6 B 0, 0.000, 2.155, 4.310, 4.310 max_d=4.310 avg_d=2.155 std_dev=2.155
O2 B 0, 0.000, 2.486, 4.972, 4.972 max_d=4.972 avg_d=2.486 std_dev=2.486
C2 B 0, 0.000, 2.645, 5.290, 5.290 max_d=5.290 avg_d=2.645 std_dev=2.645
C5 B 0, 0.000, 2.970, 5.941, 5.941 max_d=5.941 avg_d=2.970 std_dev=2.970
C5' A 0, 0.000, 3.045, 6.089, 6.089 max_d=6.089 avg_d=3.045 std_dev=3.045
N3 B 0, 0.000, 3.480, 6.959, 6.959 max_d=6.959 avg_d=3.480 std_dev=3.480
C4 B 0, 0.000, 3.638, 7.276, 7.276 max_d=7.276 avg_d=3.638 std_dev=3.638
O5' A 0, 0.000, 3.919, 7.838, 7.838 max_d=7.838 avg_d=3.919 std_dev=3.919
N4 B 0, 0.000, 4.451, 8.902, 8.902 max_d=8.902 avg_d=4.451 std_dev=4.451
P A 0, 0.000, 5.338, 10.676, 10.676 max_d=10.676 avg_d=5.338 std_dev=5.338
OP2 A 0, 0.000, 5.684, 11.368, 11.368 max_d=11.368 avg_d=5.684 std_dev=5.684
OP1 A 0, 0.000, 6.268, 12.536, 12.536 max_d=12.536 avg_d=6.268 std_dev=6.268

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.01 0.09 0.00 0.27 0.16
C2 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.53 0.00 0.91 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.15 0.54 1.01 1.28 0.62 1.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.10 0.04 0.11
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.12 0.37 0.01 0.13 0.18 0.34 0.17 0.00 0.00 0.02 0.28 0.25 0.02 0.22
C4 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.20 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.28 0.22 0.32 0.24 0.14
C4' 0.01 0.53 0.01 0.00 0.20 0.00 0.02 0.00 0.15 0.37 0.37 0.52 0.05 0.27 0.06 0.23 0.01 0.00 0.02 0.04 0.16 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.03 0.11 0.17 0.13 0.79 0.31
C5' 0.02 0.91 0.08 0.01 0.33 0.00 0.06 0.00 0.28 0.56 0.66 0.84 0.11 0.42 0.07 0.14 0.15 0.00 0.00 0.14 0.32 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.21 0.12 0.20 0.52 0.02
C8 0.01 0.00 0.08 0.37 0.00 0.37 0.00 0.56 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.51 0.12 0.27 0.96 0.97 1.50 1.14
N1 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.37 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.07 0.40 0.65 0.86 0.15 0.67
N3 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.52 0.00 0.84 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.18 0.56 0.93 1.11 0.54 0.93
N6 0.01 0.00 0.01 0.18 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.07 0.12 0.12 0.10 0.87 0.27
N7 0.01 0.00 0.06 0.34 0.00 0.27 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.45 0.14 0.15 0.81 0.88 1.54 1.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.04 0.00 0.28 0.21 0.67 0.39
O2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.23 0.19 0.14 0.09 0.51 0.11 0.30 0.20 0.45 0.18 0.00 0.07 0.16 0.24 0.22 0.10 0.24
O3' 0.21 0.15 0.02 0.00 0.07 0.01 0.03 0.15 0.01 0.12 0.07 0.18 0.07 0.14 0.04 0.07 0.00 0.12 0.30 0.31 0.00 0.25
O4' 0.01 0.54 0.02 0.02 0.28 0.00 0.11 0.00 0.21 0.27 0.40 0.56 0.12 0.15 0.00 0.16 0.12 0.00 0.05 0.11 0.13 0.06
O5' 0.09 1.01 0.13 0.28 0.22 0.02 0.17 0.00 0.12 0.96 0.65 0.93 0.12 0.81 0.28 0.24 0.30 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.00 1.28 0.10 0.25 0.32 0.04 0.13 0.14 0.20 0.97 0.86 1.11 0.10 0.88 0.21 0.22 0.31 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.62 0.04 0.02 0.24 0.16 0.79 0.32 0.52 1.50 0.15 0.54 0.87 1.54 0.67 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.16 1.08 0.11 0.22 0.14 0.00 0.31 0.01 0.02 1.14 0.67 0.93 0.27 1.05 0.39 0.24 0.25 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.72 1.28 0.01 0.38 1.48 0.07 1.30 0.15 1.09 1.06 1.48 1.62 1.25 0.31 1.12 0.73 0.12 0.50 0.13 0.04
C2 0.59 1.04 0.01 0.31 1.11 0.12 0.94 0.18 0.80 0.84 1.16 1.19 1.08 0.29 0.89 0.54 0.06 0.37 0.11 0.00
C2' 0.94 1.59 0.12 0.25 1.90 0.12 1.71 0.10 1.44 1.36 1.85 2.08 1.51 0.24 1.07 0.98 0.42 0.22 0.48 0.38
C3' 0.59 1.32 0.22 0.69 1.57 0.34 1.30 0.45 1.02 1.01 1.58 1.77 1.31 0.50 1.52 0.56 0.16 0.93 0.17 0.27
C4 0.68 1.16 0.02 0.37 1.26 0.08 1.11 0.15 0.95 0.96 1.29 1.35 1.15 0.31 1.06 0.69 0.10 0.43 0.11 0.02
C4' 0.62 1.36 0.11 0.63 1.50 0.38 1.18 0.61 0.93 1.00 1.59 1.67 1.43 0.32 1.40 0.49 0.34 1.21 0.41 0.54
C5 0.67 1.05 0.03 0.38 1.12 0.06 1.00 0.12 0.88 0.90 1.14 1.17 1.04 0.31 1.06 0.71 0.09 0.38 0.08 0.02
C5' 0.55 1.41 0.15 0.79 1.47 0.61 1.06 0.96 0.78 0.94 1.64 1.66 1.56 0.30 1.54 0.30 0.70 1.75 0.84 1.00
C6 0.61 0.93 0.03 0.33 0.94 0.08 0.83 0.13 0.74 0.78 0.98 0.98 0.95 0.31 0.93 0.60 0.06 0.32 0.07 0.00
C8 0.70 1.14 0.04 0.40 1.28 0.03 1.16 0.10 1.01 0.98 1.27 1.36 1.09 0.30 1.15 0.78 0.13 0.46 0.08 0.04
N1 0.55 0.92 0.02 0.30 0.94 0.11 0.81 0.16 0.70 0.75 0.99 0.99 0.96 0.29 0.83 0.51 0.05 0.32 0.09 0.01
N3 0.65 1.15 0.01 0.34 1.26 0.11 1.08 0.18 0.92 0.94 1.30 1.36 1.17 0.31 0.99 0.62 0.08 0.42 0.12 0.01
N6 0.55 0.73 0.05 0.32 0.70 0.06 0.63 0.11 0.58 0.64 0.74 0.72 0.74 0.30 0.84 0.55 0.05 0.25 0.04 0.01
N7 0.69 1.03 0.05 0.40 1.13 0.02 1.03 0.08 0.92 0.92 1.13 1.18 0.99 0.30 1.14 0.78 0.12 0.41 0.06 0.04
N9 0.71 1.21 0.02 0.39 1.36 0.07 1.21 0.14 1.03 1.02 1.37 1.46 1.18 0.31 1.12 0.74 0.11 0.47 0.10 0.03
O2' 1.25 1.84 0.44 0.18 2.23 0.57 2.12 0.64 1.85 1.68 2.11 2.42 1.67 0.02 0.63 1.37 0.98 0.44 1.09 1.01
O3' 0.69 1.35 0.14 0.58 1.60 0.17 1.37 0.25 1.10 1.07 1.60 1.80 1.33 0.41 1.41 0.70 0.01 0.74 0.04 0.09
O4' 0.64 1.30 0.03 0.52 1.40 0.30 1.13 0.52 0.91 0.98 1.48 1.54 1.36 0.25 1.23 0.53 0.26 1.05 0.31 0.44
O5' 0.12 0.95 0.54 1.25 0.89 1.08 0.45 1.51 0.21 0.44 1.13 1.05 1.18 0.59 1.97 0.17 1.31 2.40 1.53 1.66
OP1 0.19 0.63 0.77 1.58 0.41 1.46 0.12 2.05 0.31 0.05 0.76 0.55 0.98 0.67 2.22 0.58 1.97 3.29 2.41 2.50
OP2 0.91 0.08 1.50 2.32 0.02 2.26 0.59 2.82 0.87 0.56 0.29 0.19 0.39 1.47 2.98 1.34 2.62 3.88 2.87 3.06
P 0.25 0.65 0.84 1.63 0.51 1.55 0.02 2.10 0.26 0.06 0.82 0.68 0.96 0.80 2.29 0.65 1.94 3.19 2.24 2.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.16 0.19 0.25 0.20
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.08 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.13 0.01 0.13 0.00 0.10 0.06 0.10 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.03 0.27 0.35 0.41 0.35
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.05 0.09 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.02 0.29 0.36 0.39 0.37
C5' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.19 0.00 0.22 0.00 0.19 0.11 0.14 0.20 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.01 0.24 0.27 0.24 0.26
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.15 0.17 0.18 0.17
N3 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.03 0.22 0.27 0.35 0.29
N4 0.01 0.00 0.08 0.15 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.20 0.04 0.29 0.40 0.48 0.40
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.11 0.12 0.20 0.15
O2' 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.17 0.03 0.16 0.05 0.11 0.06 0.12 0.20 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.05
O5' 0.03 0.16 0.04 0.04 0.27 0.01 0.29 0.01 0.24 0.15 0.22 0.29 0.11 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.19 0.04 0.03 0.35 0.01 0.36 0.00 0.27 0.17 0.27 0.40 0.12 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.04 0.25 0.08 0.06 0.41 0.01 0.39 0.02 0.24 0.18 0.35 0.48 0.20 0.03 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.20 0.04 0.03 0.35 0.01 0.37 0.02 0.26 0.17 0.29 0.40 0.15 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00