ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50103

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 6, 9, 7, 2, 43, 14, 2, 0, 0, 1, 2, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.015, 0.039, 0.064, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.039 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.017, 0.047, 0.077, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.047 std_dev=0.030
C2' B 0, 0.357, 0.627, 0.897, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.627 std_dev=0.270
O2' B 0, 0.322, 0.645, 0.967, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.645 std_dev=0.322
O3' B 0, 0.423, 0.892, 1.361, 4.211 max_d=4.211 avg_d=0.892 std_dev=0.469
C1' B 0, 0.535, 1.027, 1.519, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.027 std_dev=0.492
C3' B 0, 0.623, 1.129, 1.635, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.129 std_dev=0.506
C2' A 0, 0.322, 0.905, 1.488, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.905 std_dev=0.583
O4' A 0, 0.343, 0.931, 1.519, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.931 std_dev=0.588
C4' A 0, 0.444, 1.147, 1.850, 2.323 max_d=2.323 avg_d=1.147 std_dev=0.703
C3' A 0, 0.500, 1.254, 2.008, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.254 std_dev=0.754
O4' B 0, 0.843, 1.663, 2.484, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.663 std_dev=0.820
O2' A 0, 0.354, 1.204, 2.054, 3.113 max_d=3.113 avg_d=1.204 std_dev=0.850
C4' B 0, 0.885, 1.744, 2.603, 3.360 max_d=3.360 avg_d=1.744 std_dev=0.859
O3' A 0, 0.605, 1.479, 2.353, 2.429 max_d=2.429 avg_d=1.479 std_dev=0.874
OP1 A 0, 0.555, 1.469, 2.383, 6.551 max_d=6.551 avg_d=1.469 std_dev=0.914
O5' A 0, 0.717, 1.675, 2.634, 3.921 max_d=3.921 avg_d=1.675 std_dev=0.958
N9 B 0, 0.820, 1.845, 2.871, 4.286 max_d=4.286 avg_d=1.845 std_dev=1.026
P A 0, 0.858, 2.043, 3.228, 5.378 max_d=5.378 avg_d=2.043 std_dev=1.185
C5' A 0, 0.836, 2.139, 3.442, 3.893 max_d=3.893 avg_d=2.139 std_dev=1.303
C4 B 0, 0.922, 2.272, 3.622, 5.657 max_d=5.657 avg_d=2.272 std_dev=1.350
N3 B 0, 0.909, 2.282, 3.656, 6.104 max_d=6.104 avg_d=2.282 std_dev=1.374
C5' B 0, 1.253, 2.690, 4.126, 5.083 max_d=5.083 avg_d=2.690 std_dev=1.436
C8 B 0, 1.121, 2.672, 4.223, 5.016 max_d=5.016 avg_d=2.672 std_dev=1.551
OP2 A 0, 1.183, 2.775, 4.367, 5.622 max_d=5.622 avg_d=2.775 std_dev=1.592
O5' B 0, 1.346, 3.045, 4.744, 4.880 max_d=4.880 avg_d=3.045 std_dev=1.699
C5 B 0, 1.230, 3.131, 5.032, 6.887 max_d=6.887 avg_d=3.131 std_dev=1.901
C2 B 0, 1.237, 3.155, 5.074, 7.563 max_d=7.563 avg_d=3.155 std_dev=1.918
N7 B 0, 1.328, 3.345, 5.361, 6.607 max_d=6.607 avg_d=3.345 std_dev=2.016
N1 B 0, 1.487, 3.833, 6.179, 8.614 max_d=8.614 avg_d=3.833 std_dev=2.346
C6 B 0, 1.484, 3.844, 6.203, 8.403 max_d=8.403 avg_d=3.844 std_dev=2.359
P B 0, 1.712, 4.085, 6.458, 6.550 max_d=6.550 avg_d=4.085 std_dev=2.373
OP1 B 0, 1.821, 4.299, 6.777, 7.649 max_d=7.649 avg_d=4.299 std_dev=2.478
OP2 B 0, 1.838, 4.494, 7.151, 7.268 max_d=7.268 avg_d=4.494 std_dev=2.657
N6 B 0, 1.800, 4.700, 7.599, 9.829 max_d=9.829 avg_d=4.700 std_dev=2.900

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.01 0.22 0.23 0.27 0.12
C2 0.03 0.00 0.35 0.17 0.01 0.25 0.00 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.31 0.39 0.61 0.29 0.85 0.51
C2' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.19 0.01 0.10 0.11 0.17 0.18 0.28 0.34 0.13 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.43 0.28 0.52 0.33
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16 0.15 0.08 0.02 0.01 0.03 0.41 0.40 0.27 0.24
C4 0.02 0.01 0.19 0.12 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.19 0.21 0.51 0.21 0.65 0.30
C4' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.16 0.19 0.24 0.08 0.12 0.03 0.16 0.03 0.01 0.02 0.11 0.16 0.09
C5 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.14 0.10 0.54 0.25 0.71 0.28
C5' 0.04 0.42 0.11 0.02 0.20 0.01 0.13 0.00 0.21 0.24 0.34 0.38 0.17 0.18 0.07 0.06 0.13 0.02 0.01 0.40 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.15 0.01 0.10 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.20 0.18 0.60 0.25 0.84 0.39
C8 0.01 0.01 0.18 0.14 0.01 0.16 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.10 0.20 0.37 0.36 0.42 0.15
N1 0.03 0.00 0.28 0.16 0.01 0.19 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.27 0.30 0.64 0.27 0.90 0.50
N3 0.03 0.00 0.34 0.15 0.00 0.24 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.29 0.39 0.55 0.25 0.72 0.43
N6 0.02 0.01 0.13 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.18 0.12 0.61 0.27 0.87 0.38
N7 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.08 0.10 0.46 0.33 0.57 0.16
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.11 0.01 0.39 0.24 0.45 0.14
O2' 0.02 0.42 0.00 0.02 0.18 0.16 0.16 0.06 0.18 0.35 0.31 0.41 0.19 0.30 0.12 0.00 0.07 0.09 0.22 0.18 0.48 0.25
O3' 0.17 0.31 0.03 0.01 0.19 0.03 0.14 0.13 0.20 0.10 0.27 0.29 0.18 0.08 0.11 0.07 0.00 0.10 0.24 0.48 0.22 0.19
O4' 0.01 0.39 0.02 0.03 0.21 0.01 0.10 0.02 0.18 0.20 0.30 0.39 0.12 0.10 0.01 0.09 0.10 0.00 0.12 0.30 0.11 0.20
O5' 0.22 0.61 0.43 0.41 0.51 0.02 0.54 0.01 0.60 0.37 0.64 0.55 0.61 0.46 0.39 0.22 0.24 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.23 0.29 0.28 0.40 0.21 0.11 0.25 0.40 0.25 0.36 0.27 0.25 0.27 0.33 0.24 0.18 0.48 0.30 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.85 0.52 0.27 0.65 0.16 0.71 0.31 0.84 0.42 0.90 0.72 0.87 0.57 0.45 0.48 0.22 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.51 0.33 0.24 0.30 0.09 0.28 0.02 0.39 0.15 0.50 0.43 0.38 0.16 0.14 0.25 0.19 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.89 0.13 0.26 0.57 0.52 0.61 0.70 0.78 0.32 0.92 0.72 0.80 0.44 0.36 0.10 0.44 0.39 0.49 0.90 0.37 0.62
C2 0.27 1.41 0.22 0.12 0.97 0.39 1.17 0.44 1.46 0.70 1.58 1.07 1.58 0.99 0.63 0.20 0.24 0.32 0.18 0.39 0.29 0.19
C2' 0.30 0.82 0.17 0.44 0.49 0.71 0.52 0.92 0.71 0.28 0.85 0.64 0.73 0.36 0.31 0.21 0.64 0.52 0.71 1.18 0.58 0.85
C3' 0.30 0.91 0.20 0.26 0.59 0.54 0.61 0.77 0.79 0.32 0.93 0.74 0.81 0.44 0.38 0.21 0.44 0.40 0.54 1.08 0.45 0.73
C4 0.24 1.06 0.17 0.16 0.73 0.45 0.83 0.53 1.03 0.47 1.13 0.84 1.08 0.66 0.47 0.13 0.33 0.34 0.27 0.57 0.14 0.33
C4' 0.33 0.94 0.27 0.18 0.64 0.42 0.65 0.63 0.82 0.37 0.95 0.79 0.83 0.49 0.44 0.23 0.31 0.35 0.42 0.90 0.33 0.60
C5 0.24 0.97 0.18 0.14 0.70 0.40 0.79 0.45 0.95 0.48 1.03 0.79 0.99 0.65 0.47 0.15 0.28 0.31 0.21 0.45 0.15 0.25
C5' 0.41 0.97 0.40 0.27 0.69 0.35 0.70 0.55 0.85 0.44 0.97 0.83 0.86 0.55 0.51 0.36 0.40 0.35 0.35 0.81 0.28 0.55
C6 0.26 1.20 0.23 0.13 0.88 0.35 1.02 0.36 1.22 0.65 1.30 0.97 1.29 0.88 0.59 0.23 0.20 0.29 0.19 0.30 0.30 0.19
C8 0.25 0.66 0.11 0.27 0.45 0.51 0.45 0.65 0.56 0.27 0.65 0.57 0.55 0.33 0.31 0.10 0.44 0.37 0.47 0.78 0.36 0.56
N1 0.28 1.43 0.24 0.14 1.01 0.36 1.21 0.38 1.48 0.75 1.59 1.10 1.59 1.04 0.67 0.23 0.20 0.30 0.21 0.32 0.38 0.21
N3 0.25 1.26 0.19 0.13 0.86 0.44 1.00 0.52 1.26 0.57 1.38 0.97 1.36 0.82 0.54 0.16 0.30 0.34 0.22 0.53 0.16 0.28
N6 0.27 1.19 0.26 0.18 0.91 0.31 1.04 0.31 1.20 0.71 1.26 0.99 1.25 0.92 0.63 0.27 0.17 0.27 0.26 0.28 0.42 0.27
N7 0.23 0.66 0.13 0.20 0.48 0.44 0.50 0.51 0.60 0.31 0.67 0.57 0.60 0.40 0.33 0.09 0.36 0.32 0.33 0.56 0.22 0.38
N9 0.25 0.87 0.13 0.23 0.58 0.50 0.62 0.64 0.78 0.33 0.90 0.71 0.81 0.47 0.37 0.10 0.41 0.37 0.42 0.76 0.28 0.51
O2' 0.57 0.84 0.52 0.77 0.61 0.93 0.64 1.12 0.76 0.57 0.88 0.69 0.80 0.58 0.55 0.49 0.95 0.76 0.99 1.39 0.89 1.10
O3' 0.28 0.86 0.16 0.29 0.54 0.55 0.57 0.79 0.75 0.28 0.89 0.70 0.78 0.40 0.34 0.20 0.48 0.41 0.56 1.14 0.48 0.77
O4' 0.30 0.93 0.26 0.16 0.63 0.39 0.65 0.58 0.81 0.37 0.94 0.78 0.82 0.49 0.42 0.20 0.29 0.32 0.37 0.78 0.28 0.52
O5' 0.75 0.75 0.47 0.65 0.69 1.06 0.73 1.35 0.73 0.85 0.76 0.69 0.75 0.81 0.74 0.40 0.56 1.02 1.20 1.67 1.21 1.44
OP1 0.42 1.01 0.44 0.21 0.70 0.51 0.72 0.94 0.84 0.63 0.98 0.87 0.86 0.70 0.55 0.54 0.16 0.49 0.88 1.50 1.06 1.24
OP2 0.91 0.71 0.59 0.79 0.82 1.25 0.92 1.59 0.88 1.11 0.79 0.68 0.96 1.08 0.94 0.47 0.63 1.26 1.47 1.87 1.52 1.74
P 0.45 0.76 0.23 0.28 0.57 0.71 0.63 1.06 0.70 0.65 0.77 0.64 0.74 0.67 0.53 0.22 0.21 0.70 0.94 1.42 1.01 1.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.16 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.11 0.19 0.22 0.22 0.19
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.07 0.13 0.15 0.07 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.12 0.07
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.15 0.09 0.15 0.12 0.16 0.11 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.10 0.11 0.05
C4 0.01 0.01 0.09 0.11 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.06 0.16 0.16 0.20 0.15
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08 0.04 0.09 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.04 0.20 0.22 0.27 0.20
C5' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.13 0.12 0.10 0.14 0.14 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.16 0.06 0.22 0.26 0.30 0.23
C8 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.09 0.06 0.19 0.19 0.22 0.19
N1 0.02 0.00 0.13 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.09 0.21 0.25 0.27 0.22
N3 0.02 0.00 0.15 0.12 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.11 0.16 0.17 0.18 0.15
N6 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.18 0.05 0.24 0.30 0.35 0.26
N7 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.11 0.03 0.22 0.24 0.29 0.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.13 0.12 0.16 0.12
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.11 0.13 0.09 0.11 0.05 0.00 0.05 0.08 0.05 0.09 0.12 0.05
O3' 0.02 0.17 0.03 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.16 0.09 0.18 0.14 0.18 0.11 0.06 0.05 0.00 0.02 0.06 0.15 0.14 0.07
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.11 0.05 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.06 0.07 0.08 0.06
O5' 0.05 0.19 0.05 0.04 0.16 0.01 0.20 0.01 0.22 0.19 0.21 0.16 0.24 0.22 0.13 0.05 0.06 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.22 0.08 0.10 0.16 0.05 0.22 0.05 0.26 0.19 0.25 0.17 0.30 0.24 0.12 0.09 0.15 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.22 0.12 0.11 0.20 0.06 0.27 0.05 0.30 0.22 0.27 0.18 0.35 0.29 0.16 0.12 0.14 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.19 0.07 0.05 0.15 0.02 0.20 0.01 0.23 0.19 0.22 0.15 0.26 0.23 0.12 0.05 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00