ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50104

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 3, 3, 6, 3, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.001, 0.014, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.014 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.006, 0.011, 0.029, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.011 std_dev=0.017
C1' A 0, -0.005, 0.020, 0.046, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.020 std_dev=0.026
C5 A 0, -0.005, 0.022, 0.048, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.022 std_dev=0.027
N3 A 0, -0.003, 0.027, 0.057, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.027 std_dev=0.030
N1 A 0, -0.004, 0.027, 0.059, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.027 std_dev=0.032
C4 A 0, -0.007, 0.034, 0.074, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.034 std_dev=0.040
N9 A 0, -0.008, 0.037, 0.082, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.037 std_dev=0.045
N6 A 0, -0.008, 0.040, 0.088, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.040 std_dev=0.048
N7 A 0, -0.011, 0.046, 0.103, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.046 std_dev=0.057
C8 A 0, -0.016, 0.061, 0.137, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.061 std_dev=0.076
O2' B 0, 0.093, 0.297, 0.502, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.297 std_dev=0.204
C2' B 0, 0.087, 0.353, 0.619, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.353 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.023, 0.395, 0.768, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.395 std_dev=0.372
OP2 A 0, -0.055, 0.330, 0.715, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.330 std_dev=0.385
O4' A 0, -0.161, 0.227, 0.616, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.227 std_dev=0.388
C2' A 0, -0.198, 0.262, 0.722, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.262 std_dev=0.460
O4' B 0, -0.054, 0.467, 0.989, 2.168 max_d=2.168 avg_d=0.467 std_dev=0.521
C3' B 0, -0.051, 0.476, 1.004, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.476 std_dev=0.528
C3' A 0, -0.218, 0.326, 0.871, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.326 std_dev=0.545
C4' A 0, -0.245, 0.347, 0.938, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.347 std_dev=0.592
O5' A 0, -0.259, 0.426, 1.111, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.426 std_dev=0.685
O3' A 0, -0.304, 0.404, 1.113, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.404 std_dev=0.708
O3' B 0, -0.215, 0.569, 1.353, 2.977 max_d=2.977 avg_d=0.569 std_dev=0.784
C4' B 0, -0.231, 0.559, 1.350, 3.101 max_d=3.101 avg_d=0.559 std_dev=0.790
C5' A 0, -0.328, 0.483, 1.295, 2.745 max_d=2.745 avg_d=0.483 std_dev=0.812
O2' A 0, -0.368, 0.470, 1.309, 2.639 max_d=2.639 avg_d=0.470 std_dev=0.838
P A 0, -0.337, 0.515, 1.367, 3.018 max_d=3.018 avg_d=0.515 std_dev=0.852
N9 B 0, -0.412, 0.643, 1.697, 4.052 max_d=4.052 avg_d=0.643 std_dev=1.054
C5' B 0, -0.482, 0.782, 2.047, 4.843 max_d=4.843 avg_d=0.782 std_dev=1.265
OP1 A 0, -0.681, 0.792, 2.266, 5.348 max_d=5.348 avg_d=0.792 std_dev=1.473
C4 B 0, -0.748, 0.812, 2.371, 5.836 max_d=5.836 avg_d=0.812 std_dev=1.560
C8 B 0, -0.723, 0.858, 2.440, 5.997 max_d=5.997 avg_d=0.858 std_dev=1.582
N3 B 0, -0.886, 0.857, 2.601, 6.446 max_d=6.446 avg_d=0.857 std_dev=1.744
O5' B 0, -0.800, 0.961, 2.722, 6.717 max_d=6.717 avg_d=0.961 std_dev=1.761
OP1 B 0, -0.885, 1.165, 3.216, 7.863 max_d=7.863 avg_d=1.165 std_dev=2.051
C5 B 0, -1.098, 1.045, 3.188, 7.972 max_d=7.972 avg_d=1.045 std_dev=2.143
N7 B 0, -1.100, 1.076, 3.253, 8.134 max_d=8.134 avg_d=1.076 std_dev=2.177
P B 0, -1.185, 1.190, 3.566, 8.971 max_d=8.971 avg_d=1.190 std_dev=2.376
C2 B 0, -1.284, 1.110, 3.504, 8.801 max_d=8.801 avg_d=1.110 std_dev=2.394
C6 B 0, -1.476, 1.275, 4.026, 10.154 max_d=10.154 avg_d=1.275 std_dev=2.751
N1 B 0, -1.536, 1.296, 4.127, 10.412 max_d=10.412 avg_d=1.296 std_dev=2.831
OP2 B 0, -1.558, 1.297, 4.153, 10.629 max_d=10.629 avg_d=1.297 std_dev=2.855
N6 B 0, -1.845, 1.524, 4.892, 12.407 max_d=12.407 avg_d=1.524 std_dev=3.368

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.23 0.00 0.11 0.13 0.17 0.11
C2 0.04 0.00 0.31 0.26 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.14 0.16 0.62 0.11 0.23
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.01 0.07 0.19 0.13 0.15 0.24 0.32 0.08 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.40 0.46 0.60 0.47
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.24 0.00 0.28 0.02 0.31 0.22 0.30 0.23 0.32 0.27 0.19 0.01 0.01 0.02 0.07 0.27 0.13 0.12
C4 0.02 0.01 0.16 0.24 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.04 0.07 0.16 0.57 0.12 0.21
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.11 0.17 0.07 0.04 0.14 0.18 0.08 0.22 0.02 0.01 0.01 0.19 0.15 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.07 0.02 0.25 0.82 0.14 0.34
C5' 0.06 0.05 0.19 0.02 0.07 0.00 0.14 0.00 0.14 0.17 0.09 0.04 0.19 0.20 0.07 0.04 0.17 0.01 0.01 0.23 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.31 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.08 0.04 0.27 0.92 0.15 0.38
C8 0.01 0.01 0.15 0.22 0.01 0.17 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.09 0.12 0.22 0.65 0.13 0.27
N1 0.04 0.00 0.24 0.30 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.06 0.09 0.22 0.81 0.13 0.32
N3 0.04 0.00 0.32 0.23 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.11 0.14 0.11 0.47 0.11 0.17
N6 0.02 0.01 0.08 0.32 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.12 0.03 0.32 1.07 0.18 0.46
N7 0.00 0.01 0.09 0.27 0.00 0.18 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.38 0.13 0.09 0.29 0.91 0.15 0.39
N9 0.00 0.01 0.02 0.19 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.04 0.01 0.11 0.41 0.12 0.15
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.11 0.22 0.26 0.04 0.24 0.35 0.14 0.17 0.33 0.38 0.17 0.00 0.03 0.17 0.35 0.54 0.69 0.49
O3' 0.23 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.17 0.08 0.09 0.06 0.11 0.12 0.13 0.04 0.03 0.00 0.14 0.12 0.21 0.12 0.13
O4' 0.00 0.14 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.12 0.09 0.14 0.03 0.09 0.01 0.17 0.14 0.00 0.05 0.09 0.19 0.08
O5' 0.11 0.16 0.40 0.07 0.16 0.01 0.25 0.01 0.27 0.22 0.22 0.11 0.32 0.29 0.11 0.35 0.12 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.62 0.46 0.27 0.57 0.19 0.82 0.23 0.92 0.65 0.81 0.47 1.07 0.91 0.41 0.54 0.21 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.11 0.60 0.13 0.12 0.15 0.14 0.24 0.15 0.13 0.13 0.11 0.18 0.15 0.12 0.69 0.12 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.23 0.47 0.12 0.21 0.02 0.34 0.01 0.38 0.27 0.32 0.17 0.46 0.39 0.15 0.49 0.13 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 2.09 0.09 0.18 1.52 0.41 1.99 0.54 2.54 1.20 2.60 1.52 2.91 1.75 1.00 0.12 0.18 0.21 0.51 0.51 0.57 0.50
C2 0.29 1.15 0.10 0.24 1.16 0.39 1.77 0.34 2.04 1.41 1.70 0.81 2.51 1.92 0.93 0.20 0.34 0.20 0.28 0.33 0.18 0.20
C2' 0.25 1.92 0.15 0.38 1.33 0.70 1.76 0.90 2.31 0.98 2.38 1.36 2.67 1.52 0.81 0.19 0.33 0.43 0.91 0.91 1.05 0.95
C3' 0.52 2.23 0.32 0.14 1.59 0.24 1.95 0.45 2.47 1.16 2.61 1.69 2.75 1.66 1.07 0.25 0.27 0.12 0.50 0.50 0.77 0.58
C4 0.32 1.58 0.08 0.20 1.35 0.41 1.88 0.44 2.25 1.29 2.08 1.16 2.61 1.81 0.97 0.15 0.20 0.21 0.36 0.39 0.22 0.30
C4' 0.51 2.31 0.28 0.18 1.59 0.18 1.94 0.35 2.48 1.12 2.68 1.73 2.75 1.62 1.05 0.15 0.36 0.17 0.35 0.35 0.63 0.41
C5 0.30 1.34 0.08 0.19 1.23 0.41 1.70 0.41 1.95 1.23 1.76 1.02 2.20 1.67 0.92 0.15 0.19 0.21 0.32 0.37 0.15 0.26
C5' 0.55 2.31 0.37 0.32 1.55 0.18 1.78 0.34 2.29 0.99 2.56 1.78 2.47 1.42 1.01 0.24 0.57 0.22 0.32 0.32 0.70 0.41
C6 0.26 0.93 0.10 0.23 1.02 0.39 1.52 0.33 1.65 1.28 1.35 0.68 1.95 1.67 0.85 0.19 0.30 0.20 0.24 0.32 0.17 0.17
C8 0.33 1.89 0.09 0.16 1.40 0.41 1.74 0.52 2.14 1.02 2.21 1.44 2.31 1.47 0.91 0.10 0.16 0.22 0.46 0.47 0.53 0.45
N1 0.26 0.88 0.11 0.24 1.00 0.38 1.58 0.30 1.74 1.36 1.38 0.62 2.14 1.80 0.86 0.21 0.37 0.19 0.24 0.31 0.28 0.18
N3 0.32 1.47 0.10 0.22 1.31 0.40 1.91 0.40 2.28 1.38 2.03 1.05 2.75 1.93 0.98 0.18 0.27 0.21 0.33 0.37 0.14 0.26
N6 0.22 0.56 0.12 0.24 0.76 0.37 1.18 0.27 1.20 1.15 0.91 0.40 1.43 1.41 0.72 0.21 0.33 0.20 0.20 0.30 0.30 0.16
N7 0.31 1.53 0.09 0.16 1.28 0.41 1.60 0.48 1.86 1.03 1.82 1.21 1.99 1.42 0.88 0.11 0.13 0.23 0.38 0.42 0.35 0.35
N9 0.34 1.90 0.09 0.17 1.45 0.41 1.91 0.50 2.37 1.18 2.36 1.40 2.67 1.70 0.97 0.13 0.15 0.20 0.44 0.46 0.45 0.42
O2' 0.37 1.79 0.52 0.84 1.17 1.11 1.64 1.31 2.22 0.86 2.29 1.20 2.64 1.40 0.68 0.58 0.85 0.75 1.39 1.39 1.50 1.43
O3' 0.44 2.12 0.21 0.08 1.49 0.29 1.85 0.49 2.37 1.08 2.51 1.58 2.68 1.58 0.98 0.13 0.18 0.12 0.58 0.57 0.85 0.67
O4' 0.47 2.28 0.20 0.13 1.60 0.21 2.00 0.33 2.56 1.19 2.72 1.68 2.85 1.70 1.06 0.07 0.26 0.18 0.28 0.29 0.45 0.29
O5' 0.61 2.27 0.46 0.37 1.54 0.18 1.72 0.36 2.18 0.96 2.45 1.80 2.29 1.35 1.02 0.37 0.64 0.21 0.36 0.36 0.76 0.47
OP1 1.46 2.75 1.39 1.33 2.14 0.91 2.15 0.59 2.47 1.50 2.74 2.45 2.46 1.77 1.70 1.32 1.67 0.97 0.44 0.42 0.30 0.27
OP2 0.45 2.19 0.32 0.27 1.30 0.25 1.33 0.54 1.78 0.53 2.19 1.74 1.78 0.86 0.74 0.27 0.54 0.19 0.66 0.66 1.24 0.81
P 0.76 2.31 0.66 0.61 1.56 0.29 1.62 0.28 2.02 0.89 2.35 1.91 2.05 1.21 1.06 0.59 0.95 0.34 0.29 0.29 0.80 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.01 0.24 0.16 0.26 0.20
C2 0.05 0.00 0.25 0.15 0.00 0.16 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.24 0.26 0.24 0.37 0.28 0.19
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.14 0.01 0.08 0.09 0.13 0.10 0.20 0.24 0.10 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.34 0.25 0.50 0.32
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.19 0.00 0.28 0.01 0.28 0.31 0.22 0.12 0.32 0.34 0.19 0.02 0.01 0.01 0.17 0.30 0.20 0.17
C4 0.03 0.00 0.14 0.19 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.13 0.17 0.46 0.24 0.13
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.09 0.33 0.07 0.18 0.15 0.30 0.12 0.19 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.28 0.00 0.14 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.05 0.03 0.13 0.72 0.21 0.20
C5' 0.02 0.11 0.09 0.01 0.12 0.00 0.30 0.00 0.26 0.50 0.11 0.13 0.36 0.51 0.21 0.09 0.11 0.01 0.01 0.06 0.21 0.01
C6 0.03 0.01 0.13 0.28 0.01 0.09 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.06 0.09 0.13 0.75 0.22 0.21
C8 0.02 0.00 0.10 0.31 0.00 0.33 0.00 0.50 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.36 0.14 0.18 0.18 0.76 0.19 0.25
N1 0.04 0.00 0.20 0.22 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.19 0.16 0.57 0.24 0.15
N3 0.05 0.00 0.24 0.12 0.00 0.18 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.26 0.27 0.27 0.29 0.30 0.22
N6 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.15 0.01 0.36 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.07 0.04 0.17 0.93 0.24 0.31
N7 0.01 0.01 0.04 0.34 0.00 0.30 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.14 0.12 0.22 0.92 0.23 0.33
N9 0.00 0.01 0.02 0.19 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.06 0.01 0.14 0.43 0.22 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.08 0.19 0.22 0.09 0.18 0.36 0.08 0.14 0.25 0.36 0.16 0.00 0.05 0.16 0.15 0.18 0.38 0.17
O3' 0.22 0.24 0.03 0.01 0.12 0.01 0.05 0.11 0.06 0.14 0.14 0.26 0.07 0.14 0.06 0.05 0.00 0.12 0.40 0.47 0.30 0.43
O4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.09 0.18 0.19 0.27 0.04 0.12 0.01 0.16 0.12 0.00 0.23 0.08 0.11 0.18
O5' 0.24 0.24 0.34 0.17 0.17 0.01 0.13 0.01 0.13 0.18 0.16 0.27 0.17 0.22 0.14 0.15 0.40 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.37 0.25 0.30 0.46 0.10 0.72 0.06 0.75 0.76 0.57 0.29 0.93 0.92 0.43 0.18 0.47 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.28 0.50 0.20 0.24 0.10 0.21 0.21 0.22 0.19 0.24 0.30 0.24 0.23 0.22 0.38 0.30 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.19 0.32 0.17 0.13 0.02 0.20 0.01 0.21 0.25 0.15 0.22 0.31 0.33 0.11 0.17 0.43 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00