ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50105

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 4, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.033, 0.057, 0.081, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.057 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.038, 0.077, 0.115, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.077 std_dev=0.038
C5 A 0, 0.049, 0.088, 0.126, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.088 std_dev=0.039
N3 A 0, 0.057, 0.101, 0.145, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.101 std_dev=0.044
N1 A 0, 0.058, 0.103, 0.149, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.103 std_dev=0.045
C4 A 0, 0.079, 0.138, 0.198, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.138 std_dev=0.060
N9 A 0, 0.092, 0.163, 0.234, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.163 std_dev=0.071
N6 A 0, 0.095, 0.167, 0.238, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.167 std_dev=0.072
N7 A 0, 0.104, 0.186, 0.268, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.186 std_dev=0.082
C8 A 0, 0.148, 0.262, 0.377, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.262 std_dev=0.114
O2' B 0, 0.456, 0.799, 1.142, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.799 std_dev=0.343
C2' B 0, 0.537, 0.907, 1.277, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.907 std_dev=0.370
O4' A 0, 0.384, 0.972, 1.559, 2.358 max_d=2.358 avg_d=0.972 std_dev=0.587
C1' B 0, 0.922, 1.586, 2.250, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.586 std_dev=0.664
C4' A 0, 0.611, 1.288, 1.964, 2.646 max_d=2.646 avg_d=1.288 std_dev=0.677
C3' A 0, 0.486, 1.179, 1.873, 2.813 max_d=2.813 avg_d=1.179 std_dev=0.693
O3' A 0, 0.652, 1.365, 2.078, 2.897 max_d=2.897 avg_d=1.365 std_dev=0.713
C2' A 0, 0.527, 1.253, 1.979, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.253 std_dev=0.726
C3' B 0, 1.276, 2.348, 3.421, 3.180 max_d=3.180 avg_d=2.348 std_dev=1.072
N9 B 0, 1.552, 2.747, 3.942, 3.657 max_d=3.657 avg_d=2.747 std_dev=1.195
O4' B 0, 1.497, 2.721, 3.945, 3.822 max_d=3.822 avg_d=2.721 std_dev=1.224
O2' A 0, 1.139, 2.398, 3.657, 4.866 max_d=4.866 avg_d=2.398 std_dev=1.259
C5' A 0, 0.640, 2.011, 3.382, 5.581 max_d=5.581 avg_d=2.011 std_dev=1.371
C4' B 0, 1.668, 3.073, 4.477, 4.285 max_d=4.285 avg_d=3.073 std_dev=1.404
C4 B 0, 1.996, 3.580, 5.163, 4.654 max_d=4.654 avg_d=3.580 std_dev=1.583
C8 B 0, 2.012, 3.618, 5.225, 4.857 max_d=4.857 avg_d=3.618 std_dev=1.606
N3 B 0, 2.048, 3.666, 5.284, 4.684 max_d=4.684 avg_d=3.666 std_dev=1.618
C5' B 0, 2.086, 3.795, 5.505, 5.250 max_d=5.250 avg_d=3.795 std_dev=1.710
O5' A 0, -0.025, 1.687, 3.400, 6.849 max_d=6.849 avg_d=1.687 std_dev=1.712
O3' B 0, 2.011, 3.779, 5.547, 5.026 max_d=5.026 avg_d=3.779 std_dev=1.768
O5' B 0, 2.335, 4.199, 6.063, 5.830 max_d=5.830 avg_d=4.199 std_dev=1.864
C5 B 0, 2.581, 4.694, 6.808, 6.149 max_d=6.149 avg_d=4.694 std_dev=2.113
N7 B 0, 2.579, 4.695, 6.811, 6.215 max_d=6.215 avg_d=4.695 std_dev=2.116
C2 B 0, 2.692, 4.882, 7.071, 6.273 max_d=6.273 avg_d=4.882 std_dev=2.189
OP1 B 0, 2.456, 4.745, 7.034, 7.626 max_d=7.626 avg_d=4.745 std_dev=2.289
P A 0, -0.084, 2.343, 4.771, 9.709 max_d=9.709 avg_d=2.343 std_dev=2.427
P B 0, 2.908, 5.406, 7.904, 8.062 max_d=8.062 avg_d=5.406 std_dev=2.498
OP2 A 0, -0.143, 2.473, 5.088, 10.410 max_d=10.410 avg_d=2.473 std_dev=2.616
C6 B 0, 3.168, 5.802, 8.437, 7.567 max_d=7.567 avg_d=5.802 std_dev=2.635
N1 B 0, 3.210, 5.868, 8.526, 7.605 max_d=7.605 avg_d=5.868 std_dev=2.658
OP1 A 0, -0.044, 2.724, 5.491, 11.095 max_d=11.095 avg_d=2.724 std_dev=2.767
OP2 B 0, 3.334, 6.164, 8.993, 9.008 max_d=9.008 avg_d=6.164 std_dev=2.829
N6 B 0, 3.755, 6.927, 10.100, 9.079 max_d=9.079 avg_d=6.927 std_dev=3.172

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.09 0.14 0.25 0.09
C2 0.06 0.00 0.24 0.26 0.02 0.29 0.01 0.65 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.19 0.23 0.77 1.07 0.46 0.78
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.11 0.01 0.04 0.16 0.07 0.16 0.16 0.26 0.04 0.13 0.03 0.01 0.02 0.01 0.42 0.44 0.46 0.45
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.20 0.01 0.27 0.02 0.26 0.36 0.24 0.25 0.29 0.36 0.20 0.02 0.01 0.03 0.26 0.26 0.37 0.26
C4 0.03 0.02 0.11 0.20 0.00 0.11 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.10 0.12 0.24 0.31 0.37 0.18
C4' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.11 0.00 0.10 0.01 0.11 0.30 0.20 0.29 0.12 0.25 0.09 0.27 0.02 0.01 0.01 0.16 0.36 0.07
C5 0.02 0.01 0.04 0.27 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.15 0.04 0.21 0.19 0.76 0.35
C5' 0.05 0.65 0.16 0.02 0.26 0.01 0.12 0.00 0.24 0.42 0.48 0.61 0.17 0.33 0.05 0.10 0.19 0.01 0.01 0.18 0.30 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.26 0.01 0.11 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.17 0.09 0.23 0.35 0.66 0.26
C8 0.01 0.02 0.16 0.36 0.01 0.30 0.01 0.42 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.34 0.17 0.19 0.72 0.73 1.15 0.89
N1 0.05 0.00 0.16 0.24 0.02 0.20 0.01 0.48 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.22 0.17 0.17 0.52 0.79 0.38 0.49
N3 0.06 0.00 0.26 0.25 0.01 0.29 0.01 0.61 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.17 0.23 0.72 0.90 0.45 0.71
N6 0.02 0.01 0.04 0.29 0.01 0.12 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.41 0.20 0.07 0.24 0.29 0.92 0.41
N7 0.01 0.02 0.13 0.36 0.00 0.25 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.20 0.13 0.63 0.64 1.26 0.86
N9 0.01 0.03 0.03 0.20 0.01 0.09 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.06 0.02 0.20 0.16 0.52 0.28
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.18 0.27 0.33 0.10 0.33 0.34 0.22 0.07 0.41 0.41 0.20 0.00 0.05 0.19 0.29 0.38 0.56 0.42
O3' 0.21 0.19 0.02 0.01 0.10 0.02 0.15 0.19 0.17 0.17 0.17 0.17 0.20 0.20 0.06 0.05 0.00 0.11 0.24 0.30 0.44 0.21
O4' 0.00 0.23 0.01 0.03 0.12 0.01 0.04 0.01 0.09 0.19 0.17 0.23 0.07 0.13 0.02 0.19 0.11 0.00 0.19 0.19 0.30 0.21
O5' 0.09 0.77 0.42 0.26 0.24 0.01 0.21 0.01 0.23 0.72 0.52 0.72 0.24 0.63 0.20 0.29 0.24 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 1.07 0.44 0.26 0.31 0.16 0.19 0.18 0.35 0.73 0.79 0.90 0.29 0.64 0.16 0.38 0.30 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.46 0.46 0.37 0.37 0.36 0.76 0.30 0.66 1.15 0.38 0.45 0.92 1.26 0.52 0.56 0.44 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.78 0.45 0.26 0.18 0.07 0.35 0.02 0.26 0.89 0.49 0.71 0.41 0.86 0.28 0.42 0.21 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 1.26 0.16 0.23 0.81 0.17 0.85 0.22 1.08 0.43 1.27 1.03 1.11 0.63 0.50 0.21 0.56 0.08 0.12 0.23 0.68 0.31
C2 0.39 1.62 0.16 0.11 1.16 0.15 1.35 0.07 1.63 0.87 1.77 1.27 1.74 1.16 0.80 0.18 0.24 0.19 0.14 0.30 0.33 0.17
C2' 0.07 1.19 0.16 0.18 0.65 0.51 0.70 0.59 0.98 0.21 1.21 0.91 1.02 0.43 0.28 0.23 0.42 0.40 0.49 0.41 1.08 0.71
C3' 0.35 1.27 0.36 0.54 0.85 0.26 0.88 0.32 1.10 0.51 1.28 1.05 1.12 0.68 0.56 0.33 0.93 0.21 0.37 0.51 0.97 0.56
C4 0.29 1.32 0.15 0.14 0.92 0.17 1.01 0.14 1.23 0.60 1.37 1.09 1.27 0.82 0.61 0.18 0.36 0.08 0.10 0.28 0.44 0.19
C4' 0.38 1.07 0.34 0.61 0.73 0.31 0.73 0.32 0.89 0.47 1.05 0.91 0.89 0.57 0.52 0.27 1.04 0.30 0.40 0.60 0.89 0.52
C5 0.27 1.16 0.15 0.13 0.85 0.21 0.93 0.15 1.10 0.59 1.20 0.98 1.14 0.78 0.58 0.17 0.30 0.11 0.12 0.31 0.40 0.19
C5' 0.48 0.82 0.48 0.86 0.57 0.59 0.53 0.63 0.62 0.48 0.77 0.72 0.59 0.47 0.49 0.41 1.35 0.54 0.69 0.96 1.13 0.81
C6 0.34 1.29 0.17 0.14 1.01 0.21 1.15 0.11 1.32 0.78 1.38 1.08 1.38 1.01 0.72 0.17 0.21 0.16 0.17 0.34 0.36 0.21
C8 0.17 0.92 0.17 0.25 0.60 0.23 0.61 0.26 0.77 0.31 0.90 0.78 0.77 0.45 0.36 0.22 0.59 0.19 0.12 0.27 0.61 0.26
N1 0.39 1.55 0.17 0.15 1.16 0.17 1.36 0.08 1.61 0.92 1.71 1.23 1.71 1.20 0.82 0.18 0.25 0.21 0.18 0.33 0.36 0.21
N3 0.34 1.52 0.15 0.11 1.06 0.15 1.19 0.09 1.46 0.73 1.62 1.21 1.54 1.00 0.71 0.18 0.29 0.13 0.10 0.27 0.38 0.17
N6 0.34 1.06 0.19 0.21 0.96 0.24 1.11 0.11 1.22 0.82 1.19 0.92 1.28 1.02 0.72 0.18 0.29 0.19 0.20 0.38 0.42 0.27
N7 0.18 0.85 0.16 0.20 0.61 0.26 0.64 0.24 0.76 0.36 0.86 0.73 0.78 0.50 0.39 0.20 0.46 0.19 0.11 0.30 0.50 0.22
N9 0.23 1.18 0.15 0.21 0.79 0.18 0.83 0.20 1.03 0.45 1.19 0.98 1.05 0.63 0.50 0.20 0.51 0.09 0.10 0.26 0.58 0.25
O2' 0.47 1.06 0.59 0.54 0.48 0.94 0.52 1.04 0.82 0.25 1.09 0.75 0.86 0.26 0.27 0.67 0.36 0.79 0.95 0.85 1.43 1.17
O3' 0.20 1.19 0.21 0.35 0.75 0.25 0.81 0.33 1.05 0.39 1.23 0.95 1.10 0.59 0.45 0.18 0.71 0.20 0.26 0.31 0.90 0.48
O4' 0.38 1.08 0.27 0.52 0.75 0.24 0.76 0.22 0.91 0.48 1.06 0.93 0.91 0.59 0.54 0.19 0.93 0.27 0.31 0.51 0.70 0.37
O5' 0.74 0.81 0.79 1.20 0.67 0.95 0.62 0.99 0.64 0.72 0.75 0.76 0.60 0.65 0.70 0.75 1.70 0.84 1.05 1.35 1.45 1.19
OP1 0.80 0.74 0.97 1.48 0.53 1.19 0.44 1.28 0.45 0.72 0.66 0.64 0.39 0.55 0.65 0.94 2.02 0.96 1.32 1.79 1.74 1.52
OP2 1.59 1.03 1.75 2.19 1.31 1.89 1.31 1.98 1.14 1.63 1.01 1.16 1.13 1.51 1.51 1.70 2.64 1.70 2.10 2.48 2.52 2.28
P 1.08 0.74 1.22 1.71 0.81 1.41 0.76 1.48 0.63 1.04 0.66 0.78 0.59 0.91 0.97 1.17 2.25 1.21 1.54 1.94 1.91 1.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.22 0.00 0.25 0.27 0.21 0.25
C2 0.03 0.00 0.26 0.32 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.10 0.12 0.13 0.14 0.36 0.18
C2' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.13 0.02 0.05 0.16 0.11 0.17 0.20 0.27 0.07 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.42 0.58 0.52 0.48
C3' 0.02 0.32 0.00 0.00 0.29 0.01 0.33 0.02 0.36 0.25 0.36 0.27 0.38 0.31 0.22 0.02 0.01 0.02 0.13 0.35 0.13 0.15
C4 0.01 0.01 0.13 0.29 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.07 0.07 0.18 0.12 0.37 0.22
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.13 0.16 0.09 0.05 0.15 0.17 0.10 0.27 0.01 0.00 0.01 0.18 0.29 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.33 0.00 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.17 0.04 0.18 0.19 0.49 0.25
C5' 0.06 0.14 0.16 0.02 0.16 0.00 0.22 0.00 0.22 0.25 0.18 0.11 0.26 0.27 0.15 0.12 0.16 0.01 0.00 0.15 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.19 0.07 0.16 0.24 0.52 0.24
C8 0.03 0.02 0.17 0.25 0.01 0.16 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.31 0.16 0.07 0.26 0.12 0.46 0.30
N1 0.02 0.00 0.20 0.36 0.01 0.09 0.02 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.14 0.10 0.14 0.20 0.45 0.20
N3 0.03 0.00 0.27 0.27 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.12 0.15 0.12 0.31 0.19
N6 0.03 0.02 0.07 0.38 0.01 0.15 0.02 0.26 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.31 0.25 0.06 0.17 0.32 0.60 0.26
N7 0.03 0.02 0.11 0.31 0.01 0.17 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.22 0.04 0.22 0.22 0.56 0.30
N9 0.01 0.02 0.02 0.22 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.18 0.04 0.01 0.22 0.12 0.33 0.25
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.16 0.27 0.27 0.12 0.25 0.31 0.16 0.06 0.31 0.34 0.18 0.00 0.05 0.21 0.28 0.51 0.46 0.35
O3' 0.22 0.10 0.01 0.01 0.07 0.01 0.17 0.16 0.19 0.16 0.14 0.10 0.25 0.22 0.04 0.05 0.00 0.17 0.34 0.09 0.40 0.31
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.10 0.12 0.06 0.04 0.01 0.21 0.17 0.00 0.23 0.21 0.21 0.18
O5' 0.25 0.13 0.42 0.13 0.18 0.01 0.18 0.00 0.16 0.26 0.14 0.15 0.17 0.22 0.22 0.28 0.34 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.27 0.14 0.58 0.35 0.12 0.18 0.19 0.15 0.24 0.12 0.20 0.12 0.32 0.22 0.12 0.51 0.09 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.36 0.52 0.13 0.37 0.29 0.49 0.28 0.52 0.46 0.45 0.31 0.60 0.56 0.33 0.46 0.40 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.18 0.48 0.15 0.22 0.04 0.25 0.01 0.24 0.30 0.20 0.19 0.26 0.30 0.25 0.35 0.31 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00