ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50106

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.010, 0.025, 0.041, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.017
O2' B 0, 0.185, 0.468, 0.751, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.468 std_dev=0.283
C2' B 0, 0.205, 0.507, 0.809, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.507 std_dev=0.302
C1' B 0, 0.064, 0.580, 1.096, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.580 std_dev=0.516
N9 B 0, -0.033, 0.532, 1.097, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.532 std_dev=0.565
C8 B 0, -0.022, 0.602, 1.227, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.602 std_dev=0.625
C3' B 0, 0.091, 0.751, 1.411, 2.398 max_d=2.398 avg_d=0.751 std_dev=0.660
C4 B 0, -0.217, 0.502, 1.221, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.502 std_dev=0.719
O4' B 0, 0.027, 0.751, 1.475, 2.435 max_d=2.435 avg_d=0.751 std_dev=0.724
O4' A 0, -0.365, 0.396, 1.157, 2.651 max_d=2.651 avg_d=0.396 std_dev=0.761
N7 B 0, -0.136, 0.651, 1.438, 2.859 max_d=2.859 avg_d=0.651 std_dev=0.787
N3 B 0, -0.211, 0.589, 1.389, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.589 std_dev=0.800
C2' A 0, -0.367, 0.433, 1.233, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.433 std_dev=0.800
C5 B 0, -0.252, 0.580, 1.411, 3.018 max_d=3.018 avg_d=0.580 std_dev=0.831
O3' B 0, -0.019, 0.820, 1.658, 2.930 max_d=2.930 avg_d=0.820 std_dev=0.839
C4' B 0, -0.004, 0.848, 1.700, 3.141 max_d=3.141 avg_d=0.848 std_dev=0.852
C2 B 0, -0.325, 0.661, 1.646, 3.362 max_d=3.362 avg_d=0.661 std_dev=0.985
C6 B 0, -0.322, 0.695, 1.713, 3.553 max_d=3.553 avg_d=0.695 std_dev=1.017
C5' B 0, -0.038, 0.995, 2.029, 3.886 max_d=3.886 avg_d=0.995 std_dev=1.034
O5' B 0, 0.016, 1.076, 2.136, 3.990 max_d=3.990 avg_d=1.076 std_dev=1.060
N1 B 0, -0.365, 0.718, 1.801, 3.703 max_d=3.703 avg_d=0.718 std_dev=1.083
C4' A 0, -0.496, 0.587, 1.670, 3.794 max_d=3.794 avg_d=0.587 std_dev=1.083
O2' A 0, -0.450, 0.644, 1.738, 3.870 max_d=3.870 avg_d=0.644 std_dev=1.094
C3' A 0, -0.551, 0.610, 1.770, 4.034 max_d=4.034 avg_d=0.610 std_dev=1.160
OP2 B 0, -0.018, 1.158, 2.333, 4.417 max_d=4.417 avg_d=1.158 std_dev=1.176
N6 B 0, -0.326, 0.864, 2.054, 3.972 max_d=3.972 avg_d=0.864 std_dev=1.190
O3' A 0, -0.560, 0.789, 2.138, 4.741 max_d=4.741 avg_d=0.789 std_dev=1.349
P B 0, -0.143, 1.227, 2.597, 5.144 max_d=5.144 avg_d=1.227 std_dev=1.370
C5' A 0, -0.845, 1.058, 2.961, 6.699 max_d=6.699 avg_d=1.058 std_dev=1.903
OP1 B 0, -0.610, 1.581, 3.771, 7.950 max_d=7.950 avg_d=1.581 std_dev=2.191
O5' A 0, -0.744, 1.577, 3.898, 8.095 max_d=8.095 avg_d=1.577 std_dev=2.321
OP2 A 0, -0.890, 1.887, 4.663, 9.025 max_d=9.025 avg_d=1.887 std_dev=2.777
P A 0, -0.980, 1.867, 4.714, 9.622 max_d=9.622 avg_d=1.867 std_dev=2.847
OP1 A 0, -0.841, 2.398, 5.637, 10.860 max_d=10.860 avg_d=2.398 std_dev=3.239

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.16 0.68 0.37 0.28
C2 0.03 0.00 0.16 0.31 0.01 0.58 0.01 1.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.24 0.42 1.10 1.12 1.12 1.08
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.09 0.03 0.06 0.08 0.09 0.06 0.13 0.16 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.16 0.51 0.23 0.17
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.06 0.01 0.13 0.04 0.06 0.41 0.17 0.31 0.13 0.35 0.15 0.04 0.02 0.02 0.25 0.35 0.19 0.19
C4 0.02 0.01 0.09 0.06 0.00 0.23 0.01 0.47 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.07 0.22 0.50 0.65 0.68 0.54
C4' 0.01 0.58 0.03 0.01 0.23 0.00 0.07 0.01 0.19 0.37 0.42 0.57 0.11 0.26 0.06 0.22 0.04 0.00 0.02 0.45 0.38 0.23
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.07 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.13 0.09 0.41 0.60 0.64 0.46
C5' 0.05 1.08 0.08 0.04 0.47 0.01 0.24 0.00 0.45 0.50 0.83 1.00 0.32 0.35 0.10 0.13 0.13 0.02 0.01 0.26 0.30 0.03
C6 0.02 0.01 0.09 0.06 0.01 0.19 0.01 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.10 0.18 0.57 0.69 0.78 0.59
C8 0.02 0.01 0.06 0.41 0.01 0.37 0.00 0.50 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.30 0.24 0.65 0.81 0.54 0.61
N1 0.03 0.01 0.13 0.17 0.01 0.42 0.01 0.83 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.14 0.32 0.89 0.96 0.98 0.89
N3 0.03 0.01 0.16 0.31 0.00 0.57 0.01 1.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.24 0.43 0.97 0.96 1.02 0.96
N6 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.11 0.01 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.17 0.16 0.12 0.50 0.64 0.80 0.55
N7 0.02 0.01 0.04 0.35 0.01 0.26 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.29 0.14 0.56 0.71 0.66 0.58
N9 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.30 0.62 0.40 0.33
O2' 0.02 0.25 0.00 0.04 0.13 0.22 0.15 0.13 0.15 0.23 0.19 0.25 0.17 0.22 0.10 0.00 0.08 0.15 0.28 0.79 0.31 0.26
O3' 0.07 0.24 0.04 0.02 0.07 0.04 0.13 0.13 0.10 0.30 0.14 0.24 0.16 0.29 0.08 0.08 0.00 0.06 0.28 0.28 0.29 0.15
O4' 0.00 0.42 0.01 0.02 0.22 0.00 0.09 0.02 0.18 0.24 0.32 0.43 0.12 0.14 0.02 0.15 0.06 0.00 0.18 0.69 0.42 0.32
O5' 0.16 1.10 0.16 0.25 0.50 0.02 0.41 0.01 0.57 0.65 0.89 0.97 0.50 0.56 0.30 0.28 0.28 0.18 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.68 1.12 0.51 0.35 0.65 0.45 0.60 0.26 0.69 0.81 0.96 0.96 0.64 0.71 0.62 0.79 0.28 0.69 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.37 1.12 0.23 0.19 0.68 0.38 0.64 0.30 0.78 0.54 0.98 1.02 0.80 0.66 0.40 0.31 0.29 0.42 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 1.08 0.17 0.19 0.54 0.23 0.46 0.03 0.59 0.61 0.89 0.96 0.55 0.58 0.33 0.26 0.15 0.32 0.02 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.59 0.88 0.31 0.61 0.74 0.70 0.86 0.64 1.03 0.66 1.04 0.76 1.16 0.80 0.63 0.19 0.83 0.70 0.52 0.16 0.40 0.27
C2 0.34 0.45 0.17 0.30 0.52 0.30 0.78 0.26 0.86 0.68 0.64 0.41 1.09 0.87 0.49 0.20 0.53 0.36 0.27 0.95 0.18 0.49
C2' 0.46 1.03 0.19 0.48 0.78 0.48 0.98 0.44 1.23 0.70 1.29 0.76 1.40 0.90 0.61 0.11 0.71 0.50 0.40 0.32 0.23 0.27
C3' 0.70 1.01 0.58 0.97 0.76 0.94 0.96 0.89 1.27 0.68 1.32 0.76 1.53 0.87 0.65 0.49 1.24 0.80 0.76 0.26 0.67 0.48
C4 0.49 0.64 0.24 0.45 0.65 0.49 0.81 0.42 0.92 0.67 0.82 0.59 1.05 0.81 0.58 0.19 0.67 0.52 0.35 0.50 0.23 0.25
C4' 0.87 1.00 0.67 1.13 0.82 1.21 0.98 1.14 1.26 0.72 1.26 0.87 1.54 0.90 0.75 0.47 1.43 1.06 0.94 0.42 0.79 0.63
C5 0.46 0.43 0.22 0.39 0.56 0.42 0.70 0.36 0.73 0.63 0.59 0.44 0.82 0.73 0.54 0.19 0.59 0.46 0.33 0.52 0.21 0.26
C5' 1.03 1.10 0.87 1.44 0.91 1.50 1.14 1.43 1.49 0.81 1.45 0.95 1.88 1.06 0.83 0.63 1.79 1.25 1.18 0.65 1.00 0.86
C6 0.32 0.20 0.16 0.26 0.41 0.25 0.62 0.23 0.58 0.63 0.34 0.25 0.69 0.74 0.45 0.20 0.44 0.31 0.26 0.86 0.15 0.45
C8 0.59 0.69 0.31 0.59 0.64 0.66 0.71 0.59 0.81 0.59 0.80 0.62 0.88 0.67 0.59 0.17 0.80 0.66 0.55 0.08 0.43 0.25
N1 0.28 0.27 0.14 0.23 0.40 0.22 0.66 0.22 0.66 0.65 0.38 0.28 0.84 0.81 0.42 0.20 0.43 0.27 0.29 1.06 0.21 0.57
N3 0.43 0.65 0.21 0.40 0.64 0.43 0.85 0.36 0.98 0.69 0.84 0.57 1.18 0.87 0.56 0.20 0.63 0.47 0.29 0.70 0.17 0.35
N6 0.25 0.23 0.16 0.18 0.24 0.19 0.40 0.23 0.29 0.56 0.13 0.24 0.38 0.60 0.35 0.23 0.30 0.25 0.29 0.98 0.19 0.54
N7 0.54 0.50 0.28 0.50 0.55 0.54 0.63 0.47 0.67 0.57 0.61 0.47 0.72 0.63 0.55 0.16 0.68 0.56 0.47 0.19 0.35 0.18
N9 0.56 0.77 0.29 0.55 0.70 0.62 0.81 0.56 0.94 0.65 0.92 0.69 1.05 0.77 0.61 0.18 0.77 0.64 0.47 0.21 0.35 0.21
O2' 0.51 1.12 0.29 0.37 0.87 0.37 1.04 0.37 1.23 0.78 1.29 0.87 1.35 0.96 0.71 0.30 0.52 0.52 0.44 0.57 0.22 0.49
O3' 0.66 1.03 0.53 0.91 0.76 0.88 0.95 0.85 1.25 0.67 1.32 0.77 1.50 0.85 0.64 0.44 1.15 0.76 0.75 0.31 0.67 0.49
O4' 0.86 0.98 0.59 0.99 0.83 1.14 0.90 1.06 1.10 0.71 1.11 0.92 1.29 0.83 0.76 0.37 1.25 1.06 0.85 0.32 0.69 0.53
O5' 1.19 0.94 1.09 1.66 0.80 1.82 0.89 1.76 1.20 0.66 1.16 0.95 1.59 0.81 0.82 0.91 1.99 1.52 1.42 0.94 1.25 1.09
OP1 1.36 1.39 1.20 1.74 1.12 1.98 1.11 1.94 1.39 0.84 1.45 1.36 1.72 0.97 1.05 1.02 2.05 1.72 1.52 1.05 1.33 1.19
OP2 0.93 0.55 1.06 1.56 0.22 1.70 0.46 1.71 0.90 0.20 0.90 0.42 1.33 0.38 0.41 1.03 1.85 1.30 1.39 1.21 1.40 1.18
P 1.15 0.88 1.11 1.68 0.66 1.89 0.71 1.87 1.08 0.45 1.09 0.86 1.48 0.58 0.70 0.98 1.99 1.54 1.48 1.12 1.37 1.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.22 0.00 0.15 0.47 0.36 0.31
C2 0.04 0.00 0.15 0.10 0.01 0.11 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.24 0.38 0.12 0.26 0.69 0.58 0.42
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.03 0.05 0.11 0.06 0.12 0.11 0.16 0.05 0.09 0.04 0.00 0.03 0.03 0.22 0.28 0.21 0.14
C3' 0.04 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.12 0.06 0.10 0.04 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.21 0.34 0.23 0.13
C4 0.02 0.01 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.27 0.07 0.28 0.79 0.59 0.47
C4' 0.01 0.11 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.10 0.08 0.11 0.05 0.09 0.03 0.09 0.03 0.01 0.02 0.18 0.17 0.09
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.22 0.04 0.34 0.98 0.71 0.56
C5' 0.02 0.09 0.11 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.06 0.15 0.06 0.09 0.10 0.14 0.05 0.06 0.08 0.03 0.01 0.27 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.13 0.27 0.06 0.33 0.97 0.72 0.55
C8 0.03 0.02 0.12 0.12 0.01 0.10 0.02 0.15 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.29 0.12 0.08 0.37 1.06 0.70 0.62
N1 0.03 0.00 0.11 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.34 0.09 0.29 0.84 0.66 0.48
N3 0.04 0.00 0.16 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.37 0.12 0.23 0.63 0.52 0.39
N6 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.10 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.16 0.24 0.06 0.35 1.05 0.78 0.58
N7 0.02 0.02 0.09 0.10 0.00 0.09 0.01 0.14 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.27 0.14 0.06 0.40 1.14 0.78 0.65
N9 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.19 0.01 0.28 0.79 0.56 0.48
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.11 0.09 0.15 0.06 0.13 0.29 0.16 0.25 0.16 0.27 0.12 0.00 0.07 0.05 0.27 0.26 0.28 0.15
O3' 0.22 0.38 0.03 0.01 0.27 0.03 0.22 0.08 0.27 0.12 0.34 0.37 0.24 0.14 0.19 0.07 0.00 0.14 0.18 0.49 0.26 0.20
O4' 0.00 0.12 0.03 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.09 0.12 0.06 0.06 0.01 0.05 0.14 0.00 0.29 0.38 0.38 0.32
O5' 0.15 0.26 0.22 0.21 0.28 0.02 0.34 0.01 0.33 0.37 0.29 0.23 0.35 0.40 0.28 0.27 0.18 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.47 0.69 0.28 0.34 0.79 0.18 0.98 0.27 0.97 1.06 0.84 0.63 1.05 1.14 0.79 0.26 0.49 0.38 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.58 0.21 0.23 0.59 0.17 0.71 0.20 0.72 0.70 0.66 0.52 0.78 0.78 0.56 0.28 0.26 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.42 0.14 0.13 0.47 0.09 0.56 0.02 0.55 0.62 0.48 0.39 0.58 0.65 0.48 0.15 0.20 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00