ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50107

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.014, 0.037, 0.061, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.037 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.021, 0.049, 0.077, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.049 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.040, 0.074, 0.108, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.074 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.040, 0.075, 0.109, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.075 std_dev=0.035
C3' A 0, 0.031, 0.086, 0.141, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.086 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.042, 0.108, 0.174, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.108 std_dev=0.066
N6 A 0, 0.066, 0.145, 0.225, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.145 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.028, 0.109, 0.191, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.109 std_dev=0.081
C4 B 0, 0.078, 0.167, 0.256, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.167 std_dev=0.089
C2 B 0, 0.097, 0.191, 0.285, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.191 std_dev=0.094
N9 B 0, 0.090, 0.190, 0.289, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.190 std_dev=0.100
C5 B 0, 0.091, 0.197, 0.302, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.197 std_dev=0.106
N1 B 0, 0.067, 0.173, 0.279, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.173 std_dev=0.106
N3 B 0, 0.095, 0.202, 0.310, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.202 std_dev=0.107
C6 B 0, 0.103, 0.215, 0.327, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.215 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.061, 0.177, 0.293, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.177 std_dev=0.116
C1' B 0, 0.125, 0.255, 0.385, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.255 std_dev=0.130
C8 B 0, 0.090, 0.221, 0.353, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.221 std_dev=0.132
C4' A 0, 0.064, 0.200, 0.336, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.200 std_dev=0.136
N7 B 0, 0.109, 0.262, 0.414, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.262 std_dev=0.152
O4' B 0, 0.122, 0.295, 0.468, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.295 std_dev=0.173
O2' A 0, 0.049, 0.224, 0.399, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.224 std_dev=0.175
N6 B 0, 0.162, 0.339, 0.517, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.339 std_dev=0.178
C2' B 0, 0.177, 0.370, 0.564, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.370 std_dev=0.193
C4' B 0, 0.185, 0.420, 0.656, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.420 std_dev=0.236
C5' A 0, 0.130, 0.368, 0.607, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.368 std_dev=0.238
C3' B 0, 0.218, 0.468, 0.718, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.468 std_dev=0.250
P A 0, 0.123, 0.397, 0.672, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.397 std_dev=0.274
O5' A 0, 0.178, 0.460, 0.741, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.460 std_dev=0.282
O2' B 0, 0.220, 0.507, 0.794, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.507 std_dev=0.287
O3' B 0, 0.240, 0.531, 0.822, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.531 std_dev=0.291
C5' B 0, 0.204, 0.496, 0.788, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.496 std_dev=0.292
OP2 A 0, 0.106, 0.428, 0.751, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.428 std_dev=0.323
OP1 A 0, 0.198, 0.534, 0.870, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.534 std_dev=0.336
O5' B 0, 0.196, 0.538, 0.879, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.538 std_dev=0.341
P B 0, 0.269, 0.631, 0.992, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.631 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.323, 0.723, 1.123, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.723 std_dev=0.400
OP2 B 0, 0.341, 0.772, 1.203, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.772 std_dev=0.431

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.17 0.03 0.04
C2 0.05 0.00 0.04 0.04 0.02 0.06 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.10 0.08 0.11 0.13 0.07 0.04
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.08 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.07 0.06
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.12 0.07 0.04
C4 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.04 0.05 0.17 0.04 0.04
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.08 0.04 0.07 0.06 0.08 0.03 0.14 0.02 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01
C5 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.05 0.20 0.07 0.07
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.09 0.05 0.09 0.06 0.09 0.02 0.13 0.05 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.10 0.04 0.06 0.19 0.08 0.07
C8 0.02 0.03 0.08 0.03 0.01 0.08 0.02 0.09 0.04 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.16 0.13 0.04 0.08 0.24 0.08 0.11
N1 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.10 0.05 0.07 0.17 0.07 0.05
N3 0.05 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.10 0.08 0.11 0.13 0.07 0.04
N6 0.04 0.03 0.08 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.01 0.08 0.03 0.03 0.00 0.09 0.04 0.11 0.10 0.07 0.09 0.19 0.11 0.10
N7 0.01 0.03 0.08 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.15 0.13 0.03 0.07 0.24 0.10 0.11
N9 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.11 0.01 0.04 0.20 0.03 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.14 0.07 0.13 0.06 0.16 0.03 0.07 0.11 0.15 0.04 0.00 0.02 0.09 0.06 0.15 0.08 0.06
O3' 0.05 0.10 0.01 0.01 0.10 0.02 0.11 0.05 0.10 0.13 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.02 0.00 0.04 0.09 0.10 0.05 0.03
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.07 0.03 0.01 0.09 0.04 0.00 0.04 0.19 0.03 0.07
O5' 0.04 0.11 0.05 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.07 0.11 0.09 0.07 0.04 0.06 0.09 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.13 0.13 0.12 0.17 0.11 0.20 0.06 0.19 0.24 0.17 0.13 0.19 0.24 0.20 0.15 0.10 0.19 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.03 0.07 0.07 0.07 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.07 0.11 0.10 0.03 0.08 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.11 0.05 0.04 0.10 0.11 0.06 0.06 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.07 0.08 0.10 0.05 0.11 0.06 0.13 0.11 0.05 0.11 0.09 0.18 0.06 0.06 0.13 0.13 0.11 0.16 0.18 0.14 0.14
C2 0.06 0.08 0.04 0.08 0.02 0.12 0.07 0.16 0.08 0.07 0.05 0.07 0.16 0.10 0.04 0.05 0.09 0.11 0.16 0.24 0.17 0.18
C2' 0.10 0.06 0.09 0.14 0.04 0.17 0.06 0.19 0.11 0.05 0.10 0.07 0.18 0.07 0.06 0.13 0.17 0.16 0.22 0.16 0.15 0.17
C3' 0.10 0.09 0.11 0.13 0.06 0.14 0.07 0.15 0.13 0.06 0.14 0.08 0.20 0.07 0.07 0.18 0.17 0.12 0.18 0.16 0.15 0.15
C4 0.10 0.06 0.09 0.12 0.06 0.14 0.05 0.15 0.09 0.05 0.07 0.10 0.15 0.06 0.07 0.12 0.14 0.13 0.18 0.22 0.17 0.17
C4' 0.12 0.12 0.13 0.15 0.09 0.16 0.10 0.16 0.15 0.09 0.17 0.10 0.22 0.09 0.10 0.19 0.19 0.15 0.19 0.18 0.15 0.16
C5 0.10 0.04 0.09 0.12 0.04 0.14 0.05 0.16 0.08 0.04 0.07 0.06 0.12 0.05 0.06 0.11 0.14 0.13 0.17 0.20 0.16 0.16
C5' 0.14 0.13 0.16 0.18 0.11 0.18 0.12 0.18 0.17 0.11 0.18 0.11 0.24 0.11 0.12 0.22 0.22 0.16 0.20 0.19 0.16 0.17
C6 0.07 0.04 0.06 0.09 0.04 0.12 0.07 0.16 0.08 0.06 0.06 0.04 0.10 0.08 0.05 0.05 0.10 0.11 0.16 0.21 0.15 0.16
C8 0.10 0.07 0.11 0.12 0.05 0.12 0.05 0.13 0.10 0.03 0.11 0.08 0.13 0.04 0.06 0.16 0.16 0.11 0.14 0.14 0.12 0.11
N1 0.06 0.07 0.06 0.09 0.04 0.12 0.08 0.17 0.09 0.08 0.07 0.05 0.13 0.11 0.05 0.04 0.10 0.11 0.16 0.23 0.16 0.17
N3 0.09 0.08 0.07 0.10 0.06 0.14 0.06 0.16 0.09 0.06 0.05 0.10 0.17 0.08 0.07 0.09 0.13 0.13 0.18 0.24 0.18 0.19
N6 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.09 0.15 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.14 0.22 0.13 0.15
N7 0.10 0.06 0.10 0.13 0.04 0.13 0.04 0.13 0.08 0.03 0.08 0.06 0.10 0.04 0.06 0.15 0.16 0.12 0.14 0.14 0.12 0.11
N9 0.10 0.06 0.10 0.12 0.06 0.13 0.05 0.14 0.10 0.05 0.10 0.10 0.16 0.06 0.07 0.14 0.15 0.12 0.17 0.19 0.15 0.15
O2' 0.21 0.12 0.22 0.27 0.14 0.28 0.12 0.29 0.12 0.14 0.12 0.15 0.16 0.12 0.16 0.23 0.29 0.27 0.29 0.18 0.21 0.22
O3' 0.18 0.16 0.21 0.22 0.15 0.19 0.14 0.19 0.16 0.14 0.18 0.16 0.20 0.13 0.16 0.27 0.25 0.15 0.20 0.22 0.23 0.20
O4' 0.07 0.08 0.08 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.14 0.05 0.15 0.08 0.21 0.08 0.06 0.14 0.12 0.09 0.13 0.16 0.11 0.11
O5' 0.09 0.08 0.09 0.13 0.05 0.14 0.10 0.14 0.18 0.06 0.18 0.05 0.27 0.10 0.06 0.14 0.17 0.13 0.16 0.15 0.13 0.13
OP1 0.28 0.26 0.26 0.27 0.27 0.30 0.27 0.30 0.28 0.27 0.28 0.27 0.34 0.27 0.27 0.27 0.30 0.31 0.32 0.32 0.27 0.29
OP2 0.17 0.18 0.17 0.19 0.16 0.19 0.18 0.19 0.23 0.17 0.23 0.15 0.30 0.18 0.16 0.21 0.22 0.19 0.20 0.17 0.13 0.16
P 0.17 0.15 0.16 0.18 0.14 0.19 0.16 0.19 0.20 0.15 0.20 0.14 0.28 0.16 0.15 0.19 0.21 0.19 0.21 0.19 0.15 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.11 0.08 0.05
C2 0.06 0.00 0.06 0.08 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.11 0.07 0.06 0.14 0.06 0.07
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.08 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.08 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.12 0.06 0.05
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04
C5 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.13 0.07 0.06
C5' 0.02 0.07 0.03 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.10 0.05 0.07 0.11 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04 0.14 0.07 0.06
C8 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.08 0.12 0.10 0.07
N1 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.08 0.04 0.04 0.15 0.07 0.07
N3 0.06 0.00 0.06 0.08 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.10 0.07 0.07 0.13 0.06 0.07
N6 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.03 0.11 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.06 0.01 0.04 0.08 0.16 0.10 0.09
N7 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.12 0.09 0.06
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.07 0.06
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.06 0.09 0.03
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.08 0.10 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.08 0.14 0.07
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.11 0.09 0.07
O5' 0.05 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.04 0.07 0.08 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.11 0.14 0.06 0.05 0.12 0.06 0.13 0.02 0.14 0.12 0.15 0.13 0.16 0.12 0.12 0.06 0.08 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.09 0.07 0.05 0.07 0.10 0.07 0.06 0.10 0.09 0.07 0.09 0.14 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06 0.02 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.03 0.07 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00