ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50108

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.016, 0.032, 0.047, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.032 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.023, 0.041, 0.059, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.041 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.024, 0.042, 0.060, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.042 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.024, 0.048, 0.072, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.048 std_dev=0.024
O2' B 0, 0.290, 0.645, 1.001, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.645 std_dev=0.356
C2' B 0, 0.213, 0.576, 0.939, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.576 std_dev=0.363
C2' A 0, 0.081, 0.680, 1.280, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.680 std_dev=0.599
O4' A 0, 0.005, 0.686, 1.368, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.686 std_dev=0.681
C3' A 0, 0.231, 0.974, 1.718, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.974 std_dev=0.743
C3' B 0, 0.536, 1.310, 2.084, 2.282 max_d=2.282 avg_d=1.310 std_dev=0.774
O2' A 0, 0.357, 1.219, 2.080, 2.318 max_d=2.318 avg_d=1.219 std_dev=0.862
C4' A 0, 0.067, 0.951, 1.834, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.951 std_dev=0.884
O3' A 0, 0.315, 1.269, 2.223, 2.604 max_d=2.604 avg_d=1.269 std_dev=0.954
O3' B 0, 0.641, 1.806, 2.971, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.806 std_dev=1.165
C1' B 0, 0.404, 1.660, 2.916, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.660 std_dev=1.256
C4' B 0, 0.659, 2.092, 3.526, 3.680 max_d=3.680 avg_d=2.092 std_dev=1.433
O4' B 0, 0.547, 2.155, 3.762, 4.092 max_d=4.092 avg_d=2.155 std_dev=1.608
OP2 B 0, 0.934, 2.555, 4.175, 4.862 max_d=4.862 avg_d=2.555 std_dev=1.620
N9 B 0, 0.380, 2.037, 3.693, 4.587 max_d=4.587 avg_d=2.037 std_dev=1.656
C5' A 0, -0.070, 1.647, 3.363, 4.492 max_d=4.492 avg_d=1.647 std_dev=1.717
C8 B 0, 0.218, 1.941, 3.663, 4.330 max_d=4.330 avg_d=1.941 std_dev=1.722
O5' B 0, 0.506, 2.311, 4.117, 5.861 max_d=5.861 avg_d=2.311 std_dev=1.806
P B 0, 0.669, 2.536, 4.404, 6.107 max_d=6.107 avg_d=2.536 std_dev=1.867
C5' B 0, 0.773, 2.768, 4.763, 5.663 max_d=5.663 avg_d=2.768 std_dev=1.995
N7 B 0, 0.478, 2.744, 5.010, 6.264 max_d=6.264 avg_d=2.744 std_dev=2.266
O5' A 0, -0.053, 2.383, 4.818, 5.608 max_d=5.608 avg_d=2.383 std_dev=2.435
C4 B 0, 0.592, 3.039, 5.486, 6.780 max_d=6.780 avg_d=3.039 std_dev=2.447
OP1 B 0, 1.284, 3.886, 6.488, 7.410 max_d=7.410 avg_d=3.886 std_dev=2.602
N3 B 0, 0.854, 3.724, 6.594, 7.810 max_d=7.810 avg_d=3.724 std_dev=2.870
C5 B 0, 0.567, 3.446, 6.325, 7.899 max_d=7.899 avg_d=3.446 std_dev=2.879
P A 0, -0.027, 3.642, 7.312, 8.450 max_d=8.450 avg_d=3.642 std_dev=3.669
C2 B 0, 1.075, 4.877, 8.679, 10.138 max_d=10.138 avg_d=4.877 std_dev=3.802
OP2 A 0, -0.170, 3.736, 7.641, 9.026 max_d=9.026 avg_d=3.736 std_dev=3.906
C6 B 0, 0.729, 4.641, 8.552, 10.459 max_d=10.459 avg_d=4.641 std_dev=3.912
OP1 A 0, 0.637, 4.662, 8.688, 10.138 max_d=10.138 avg_d=4.662 std_dev=4.025
N1 B 0, 1.020, 5.369, 9.718, 11.549 max_d=11.549 avg_d=5.369 std_dev=4.349
N6 B 0, 0.704, 5.201, 9.698, 11.908 max_d=11.908 avg_d=5.201 std_dev=4.497

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.00 0.28 0.54 0.21 0.26
C2 0.01 0.00 0.41 0.26 0.00 0.17 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.55 0.43 0.35 0.31 0.93 0.36 0.52
C2' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.22 0.02 0.11 0.23 0.19 0.20 0.32 0.40 0.14 0.11 0.03 0.00 0.08 0.02 0.53 0.64 0.47 0.54
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.20 0.00 0.22 0.02 0.25 0.20 0.27 0.23 0.26 0.22 0.14 0.03 0.01 0.03 0.34 0.34 0.36 0.16
C4 0.01 0.00 0.22 0.20 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.31 0.27 0.18 0.28 0.90 0.24 0.34
C4' 0.01 0.17 0.02 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.15 0.12 0.17 0.05 0.12 0.04 0.28 0.04 0.00 0.01 0.65 0.19 0.27
C5 0.01 0.00 0.11 0.22 0.00 0.04 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.28 0.22 0.07 0.33 1.19 0.40 0.40
C5' 0.13 0.27 0.23 0.02 0.20 0.00 0.25 0.00 0.24 0.37 0.24 0.25 0.27 0.35 0.21 0.06 0.22 0.02 0.01 0.39 0.38 0.02
C6 0.01 0.00 0.19 0.25 0.01 0.06 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.29 0.15 0.31 1.22 0.35 0.37
C8 0.01 0.01 0.20 0.20 0.00 0.15 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.14 0.22 0.53 1.22 0.70 0.66
N1 0.01 0.00 0.32 0.27 0.00 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.46 0.37 0.27 0.30 1.07 0.31 0.42
N3 0.01 0.00 0.40 0.23 0.00 0.17 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.51 0.41 0.35 0.29 0.84 0.30 0.49
N6 0.01 0.01 0.14 0.26 0.01 0.05 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.27 0.09 0.34 1.40 0.46 0.44
N7 0.01 0.00 0.11 0.22 0.00 0.12 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.17 0.12 0.47 1.43 0.70 0.66
N9 0.00 0.01 0.03 0.14 0.00 0.04 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.16 0.01 0.34 0.83 0.34 0.34
O2' 0.02 0.55 0.00 0.03 0.31 0.28 0.28 0.06 0.35 0.31 0.46 0.51 0.34 0.30 0.17 0.00 0.11 0.17 0.50 0.58 0.49 0.52
O3' 0.24 0.43 0.08 0.01 0.27 0.04 0.22 0.22 0.29 0.14 0.37 0.41 0.27 0.17 0.16 0.11 0.00 0.18 0.41 0.75 0.35 0.28
O4' 0.00 0.35 0.02 0.03 0.18 0.00 0.07 0.02 0.15 0.22 0.27 0.35 0.09 0.12 0.01 0.17 0.18 0.00 0.13 0.52 0.15 0.33
O5' 0.28 0.31 0.53 0.34 0.28 0.01 0.33 0.01 0.31 0.53 0.30 0.29 0.34 0.47 0.34 0.50 0.41 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.54 0.93 0.64 0.34 0.90 0.65 1.19 0.39 1.22 1.22 1.07 0.84 1.40 1.43 0.83 0.58 0.75 0.52 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.36 0.47 0.36 0.24 0.19 0.40 0.38 0.35 0.70 0.31 0.30 0.46 0.70 0.34 0.49 0.35 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.52 0.54 0.16 0.34 0.27 0.40 0.02 0.37 0.66 0.42 0.49 0.44 0.66 0.34 0.52 0.28 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 1.43 0.20 0.43 0.97 0.55 1.03 0.80 1.26 0.64 1.45 1.18 1.30 0.82 0.67 0.14 0.63 0.35 0.66 1.02 0.79 0.74
C2 0.35 2.43 0.17 0.34 1.57 0.68 1.82 0.83 2.32 1.00 2.61 1.86 2.46 1.46 0.96 0.20 0.61 0.31 0.39 1.01 0.73 0.58
C2' 0.19 1.13 0.40 0.67 0.68 0.75 0.75 1.04 0.98 0.45 1.16 0.88 1.03 0.60 0.42 0.25 0.86 0.32 0.91 1.19 0.80 0.94
C3' 0.49 1.04 0.35 0.78 0.71 0.91 0.76 1.27 0.90 0.69 1.04 0.86 0.93 0.73 0.60 0.20 0.97 0.63 1.20 1.50 1.03 1.22
C4 0.37 1.79 0.19 0.34 1.22 0.52 1.34 0.67 1.66 0.78 1.86 1.45 1.73 1.08 0.79 0.15 0.57 0.17 0.38 0.86 0.66 0.52
C4' 0.43 1.16 0.10 0.40 0.75 0.58 0.74 0.92 0.92 0.50 1.12 0.98 0.91 0.58 0.54 0.20 0.57 0.43 0.81 1.16 0.94 0.88
C5 0.34 1.63 0.19 0.31 1.16 0.52 1.27 0.60 1.53 0.76 1.69 1.36 1.59 1.04 0.77 0.16 0.54 0.16 0.29 0.75 0.64 0.44
C5' 0.41 1.29 0.38 0.18 0.77 0.45 0.70 0.82 0.94 0.30 1.21 1.09 0.90 0.41 0.48 0.52 0.35 0.27 0.67 0.99 0.84 0.72
C6 0.32 2.01 0.16 0.33 1.41 0.68 1.59 0.74 1.94 0.92 2.12 1.64 2.02 1.30 0.88 0.21 0.56 0.35 0.33 0.87 0.71 0.51
C8 0.38 1.01 0.21 0.44 0.74 0.54 0.76 0.74 0.90 0.54 1.00 0.88 0.91 0.64 0.55 0.14 0.64 0.32 0.62 0.83 0.70 0.62
N1 0.33 2.42 0.15 0.36 1.59 0.76 1.86 0.88 2.35 1.03 2.61 1.87 2.48 1.50 0.96 0.22 0.61 0.41 0.44 1.02 0.77 0.61
N3 0.37 2.16 0.19 0.33 1.41 0.58 1.60 0.74 2.02 0.89 2.29 1.69 2.13 1.28 0.89 0.17 0.59 0.20 0.36 0.95 0.69 0.56
N6 0.32 1.86 0.14 0.38 1.38 0.82 1.58 0.84 1.87 0.95 1.97 1.57 1.94 1.33 0.87 0.25 0.58 0.54 0.45 0.91 0.79 0.59
N7 0.33 1.04 0.21 0.37 0.80 0.46 0.85 0.57 0.98 0.57 1.06 0.91 1.00 0.72 0.58 0.13 0.56 0.18 0.42 0.66 0.61 0.45
N9 0.40 1.42 0.20 0.40 0.98 0.52 1.05 0.72 1.28 0.65 1.44 1.18 1.31 0.85 0.67 0.14 0.61 0.27 0.55 0.89 0.71 0.62
O2' 0.18 1.26 0.56 0.68 0.73 0.70 0.81 0.97 1.10 0.37 1.32 0.96 1.17 0.59 0.39 0.45 0.83 0.24 0.80 1.13 0.77 0.87
O3' 0.43 1.01 0.33 0.79 0.66 0.92 0.72 1.31 0.87 0.66 1.02 0.81 0.92 0.71 0.54 0.13 0.98 0.61 1.25 1.66 1.22 1.35
O4' 0.52 1.30 0.07 0.41 0.90 0.55 0.90 0.82 1.09 0.61 1.27 1.11 1.09 0.73 0.66 0.13 0.63 0.48 0.71 1.13 1.00 0.84
O5' 0.37 1.39 0.37 0.34 0.83 0.52 0.78 0.95 1.03 0.37 1.32 1.17 1.01 0.51 0.50 0.47 0.56 0.26 0.81 1.24 1.03 0.95
OP1 1.78 3.06 1.82 1.43 2.45 1.23 2.45 1.31 2.73 1.92 3.02 2.79 2.72 2.14 2.05 1.71 1.27 1.43 1.37 1.79 2.22 1.71
OP2 0.88 1.87 0.92 1.20 1.26 1.17 1.33 1.55 1.61 1.07 1.88 1.53 1.65 1.17 1.01 0.78 1.38 0.97 1.52 1.96 1.70 1.64
P 0.79 2.01 0.84 0.85 1.37 0.75 1.39 1.10 1.68 0.93 1.98 1.70 1.69 1.12 1.00 0.72 1.03 0.63 1.06 1.57 1.52 1.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.00 0.14 0.18 0.34 0.09
C2 0.02 0.00 0.35 0.36 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.17 0.15 0.06 0.30 0.64 0.30
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.18 0.02 0.07 0.16 0.14 0.19 0.26 0.35 0.08 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.39 0.52 0.65 0.40
C3' 0.02 0.36 0.00 0.00 0.30 0.01 0.33 0.04 0.37 0.22 0.39 0.32 0.37 0.29 0.21 0.02 0.01 0.03 0.08 0.38 0.74 0.31
C4 0.01 0.00 0.18 0.30 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.09 0.07 0.18 0.46 0.20
C4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.10 0.07 0.05 0.09 0.11 0.06 0.29 0.02 0.00 0.03 0.21 0.44 0.13
C5 0.01 0.00 0.07 0.33 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.16 0.04 0.10 0.19 0.43 0.23
C5' 0.06 0.06 0.16 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.13 0.18 0.01 0.01 0.10 0.18 0.00
C6 0.01 0.00 0.14 0.37 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.19 0.08 0.11 0.25 0.49 0.27
C8 0.01 0.00 0.19 0.22 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.33 0.14 0.09 0.13 0.15 0.32 0.22
N1 0.01 0.00 0.26 0.39 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.19 0.12 0.09 0.29 0.58 0.31
N3 0.02 0.00 0.35 0.32 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.14 0.15 0.05 0.27 0.60 0.26
N6 0.01 0.01 0.08 0.37 0.00 0.09 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.23 0.06 0.12 0.27 0.49 0.29
N7 0.01 0.00 0.11 0.29 0.00 0.11 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.19 0.05 0.13 0.21 0.42 0.25
N9 0.00 0.00 0.01 0.21 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.03 0.01 0.09 0.10 0.32 0.13
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.11 0.29 0.24 0.13 0.21 0.33 0.10 0.09 0.28 0.35 0.17 0.00 0.05 0.21 0.26 0.45 0.68 0.33
O3' 0.22 0.17 0.02 0.01 0.09 0.02 0.16 0.18 0.19 0.14 0.19 0.14 0.23 0.19 0.03 0.05 0.00 0.17 0.18 0.48 0.99 0.48
O4' 0.00 0.15 0.01 0.03 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.09 0.12 0.15 0.06 0.05 0.01 0.21 0.17 0.00 0.11 0.09 0.30 0.17
O5' 0.14 0.06 0.39 0.08 0.07 0.03 0.10 0.01 0.11 0.13 0.09 0.05 0.12 0.13 0.09 0.26 0.18 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.18 0.30 0.52 0.38 0.18 0.21 0.19 0.10 0.25 0.15 0.29 0.27 0.27 0.21 0.10 0.45 0.48 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.64 0.65 0.74 0.46 0.44 0.43 0.18 0.49 0.32 0.58 0.60 0.49 0.42 0.32 0.68 0.99 0.30 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.30 0.40 0.31 0.20 0.13 0.23 0.00 0.27 0.22 0.31 0.26 0.29 0.25 0.13 0.33 0.48 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00