ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50109

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.017, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.007, 0.029, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.009, 0.042, 0.076, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.020, 0.068, 0.117, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.068 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.024, 0.087, 0.149, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.087 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.030, 0.128, 0.226, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.128 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.001, 0.103, 0.205, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.103 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.032, 0.153, 0.275, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.153 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.039, 0.184, 0.328, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.184 std_dev=0.144
C5' A 0, 0.047, 0.214, 0.380, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.214 std_dev=0.166
P A 0, 0.056, 0.229, 0.402, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.229 std_dev=0.173
O2' B 0, 0.057, 0.286, 0.515, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.286 std_dev=0.229
OP2 A 0, 0.045, 0.302, 0.560, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.302 std_dev=0.257
O3' B 0, 0.062, 0.319, 0.577, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.319 std_dev=0.257
C2' B 0, 0.054, 0.321, 0.589, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.321 std_dev=0.268
OP1 A 0, 0.025, 0.303, 0.581, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.303 std_dev=0.278
O5' A 0, 0.046, 0.341, 0.636, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.341 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.066, 0.365, 0.663, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.365 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.065, 0.371, 0.678, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.371 std_dev=0.307
C4' B 0, 0.081, 0.409, 0.736, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.409 std_dev=0.327
O4' B 0, 0.084, 0.422, 0.760, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.422 std_dev=0.338
OP1 B 0, 0.101, 0.454, 0.807, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.454 std_dev=0.353
C5' B 0, 0.097, 0.455, 0.813, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.455 std_dev=0.358
N9 B 0, 0.067, 0.428, 0.789, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.428 std_dev=0.361
N3 B 0, 0.004, 0.376, 0.748, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.376 std_dev=0.372
C4 B 0, 0.051, 0.427, 0.803, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.427 std_dev=0.376
P B 0, 0.106, 0.506, 0.906, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.506 std_dev=0.400
O5' B 0, 0.096, 0.498, 0.899, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.498 std_dev=0.402
C8 B 0, 0.095, 0.499, 0.903, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.499 std_dev=0.404
C2 B 0, -0.012, 0.408, 0.828, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.408 std_dev=0.420
C5 B 0, 0.081, 0.513, 0.944, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.513 std_dev=0.432
N7 B 0, 0.105, 0.557, 1.009, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.557 std_dev=0.452
OP2 B 0, 0.120, 0.575, 1.030, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.575 std_dev=0.455
N1 B 0, 0.031, 0.493, 0.954, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.493 std_dev=0.461
C6 B 0, 0.076, 0.550, 1.024, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.550 std_dev=0.474
N6 B 0, 0.125, 0.671, 1.218, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.671 std_dev=0.547

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.04 0.23 0.08
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.12 0.10 0.22 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.20 0.08
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.14 0.06
C4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.14 0.06 0.22 0.05
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.07 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.05
C5 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01 0.19 0.04 0.20 0.02
C5' 0.02 0.07 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.09 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.14 0.05 0.01
C6 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.03 0.18 0.06 0.20 0.02
C8 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.21 0.04 0.21 0.04
N1 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.15 0.09 0.21 0.05
N3 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.10 0.09 0.23 0.08
N6 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.10 0.07 0.01 0.21 0.03 0.19 0.01
N7 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.08 0.07 0.02 0.22 0.03 0.19 0.03
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.03 0.23 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.05 0.02 0.10 0.08 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.21 0.09
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.08 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04 0.04 0.00 0.03 0.05 0.12 0.13 0.05
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.23 0.10
O5' 0.08 0.12 0.05 0.04 0.14 0.01 0.19 0.01 0.18 0.21 0.15 0.10 0.21 0.22 0.14 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.10 0.04 0.10 0.06 0.12 0.04 0.14 0.06 0.04 0.09 0.09 0.03 0.03 0.03 0.04 0.12 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.22 0.20 0.14 0.22 0.13 0.20 0.05 0.20 0.21 0.21 0.23 0.19 0.19 0.23 0.21 0.13 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.08 0.01 0.03 0.06 0.09 0.05 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.05 0.07 0.04 0.09 0.06 0.04 0.02 0.02 0.03 0.10 0.02 0.02 0.05
C2 0.16 0.10 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13 0.15 0.10 0.16 0.09 0.13 0.10 0.14 0.16 0.14 0.14 0.15 0.17 0.09 0.12 0.15
C2' 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.03 0.08 0.06 0.05 0.03 0.02 0.05 0.12 0.03 0.04 0.06
C3' 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.08 0.07 0.05 0.03 0.02 0.06 0.12 0.04 0.05 0.07
C4 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.04 0.06 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05 0.12 0.06 0.07 0.10
C4' 0.05 0.06 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.05 0.07 0.04 0.08 0.06 0.05 0.03 0.01 0.04 0.10 0.03 0.04 0.07
C5 0.08 0.04 0.06 0.11 0.04 0.12 0.03 0.13 0.02 0.09 0.04 0.02 0.03 0.06 0.07 0.06 0.14 0.09 0.16 0.10 0.11 0.14
C5' 0.06 0.06 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.12 0.07 0.08 0.10
C6 0.17 0.04 0.15 0.18 0.12 0.20 0.11 0.20 0.07 0.17 0.03 0.08 0.07 0.15 0.16 0.15 0.19 0.18 0.20 0.14 0.16 0.19
C8 0.06 0.12 0.07 0.05 0.08 0.02 0.08 0.02 0.11 0.05 0.12 0.10 0.11 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05 0.09 0.04 0.04 0.07
N1 0.20 0.10 0.17 0.18 0.17 0.19 0.15 0.20 0.12 0.20 0.09 0.14 0.11 0.18 0.20 0.17 0.18 0.20 0.20 0.13 0.16 0.19
N3 0.10 0.05 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.10 0.05 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.14 0.06 0.08 0.11
N6 0.24 0.05 0.22 0.25 0.17 0.28 0.16 0.28 0.10 0.24 0.05 0.11 0.10 0.21 0.23 0.22 0.26 0.26 0.25 0.21 0.23 0.26
N7 0.02 0.10 0.03 0.08 0.04 0.08 0.04 0.11 0.07 0.04 0.10 0.08 0.07 0.02 0.02 0.04 0.13 0.04 0.14 0.09 0.09 0.13
N9 0.03 0.07 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.02 0.08 0.04 0.08 0.05 0.09 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.09 0.04 0.03 0.06
O2' 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.13 0.04 0.04 0.06
O3' 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.08 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.15 0.07 0.07 0.09
O4' 0.03 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.08 0.05 0.08 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.09 0.06 0.05 0.07
O5' 0.15 0.12 0.12 0.09 0.13 0.11 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.12 0.14 0.13 0.14 0.14 0.10 0.14 0.19 0.11 0.13 0.16
OP1 0.15 0.17 0.14 0.17 0.16 0.18 0.15 0.18 0.15 0.15 0.16 0.17 0.15 0.15 0.15 0.13 0.14 0.18 0.18 0.22 0.20 0.20
OP2 0.22 0.27 0.26 0.27 0.24 0.23 0.22 0.17 0.22 0.19 0.25 0.27 0.21 0.19 0.22 0.27 0.28 0.21 0.17 0.13 0.15 0.14
P 0.09 0.13 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.07 0.13 0.13 0.10 0.07 0.09 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.13 0.11 0.09
C2 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.10 0.14 0.12 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.06 0.05
C3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.07 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.15 0.14 0.11
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.04 0.03
C5 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.10 0.14 0.13 0.10
C5' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.06 0.02 0.09 0.12 0.11 0.09
C8 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.12 0.15 0.15 0.11
N1 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.09 0.13 0.11 0.09
N3 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.12 0.16 0.14 0.12
N6 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.08 0.03 0.09 0.11 0.10 0.08
N7 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.10 0.13 0.13 0.09
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.16 0.14 0.12
O2' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.09 0.06 0.05
O3' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.04 0.04 0.01 0.08 0.06 0.02 0.05 0.00 0.01 0.11 0.07 0.03 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.13 0.12 0.08 0.07
O5' 0.11 0.10 0.03 0.06 0.12 0.02 0.10 0.01 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.10 0.13 0.04 0.11 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.13 0.14 0.10 0.09 0.15 0.10 0.14 0.10 0.12 0.15 0.13 0.16 0.11 0.13 0.16 0.09 0.07 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.12 0.06 0.03 0.14 0.04 0.13 0.02 0.11 0.15 0.11 0.14 0.10 0.13 0.14 0.06 0.03 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.05 0.03 0.11 0.03 0.10 0.02 0.09 0.11 0.09 0.12 0.08 0.09 0.12 0.05 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00