ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50111

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.000, 0.143, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O4' A 0, 0.000, 0.174, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.174 std_dev=0.174
OP1 A 0, 0.000, 0.196, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.196 std_dev=0.196
P A 0, 0.000, 0.231, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C4' A 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C3' A 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
OP2 A 0, 0.000, 0.308, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.308 std_dev=0.308
O3' A 0, 0.000, 0.411, 0.821, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.411 std_dev=0.411
C5' A 0, 0.000, 0.430, 0.861, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.430 std_dev=0.430
O3' B 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
O5' B 0, 0.000, 0.544, 1.089, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.544 std_dev=0.544
C3' B 0, 0.000, 0.593, 1.186, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.593 std_dev=0.593
C4' B 0, 0.000, 0.596, 1.192, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.596 std_dev=0.596
O5' A 0, 0.000, 0.603, 1.206, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.603 std_dev=0.603
C5' B 0, 0.000, 0.608, 1.216, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.608 std_dev=0.608
C2' B 0, 0.000, 0.619, 1.237, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.619 std_dev=0.619
P B 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664
O4' B 0, 0.000, 0.672, 1.344, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.672 std_dev=0.672
O2' B 0, 0.000, 0.704, 1.409, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.704 std_dev=0.704
C1' B 0, 0.000, 0.735, 1.471, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.735 std_dev=0.735
OP2 B 0, 0.000, 0.736, 1.472, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.736 std_dev=0.736
OP1 B 0, 0.000, 0.775, 1.550, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.775 std_dev=0.775
C6 B 0, 0.000, 0.850, 1.701, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.850 std_dev=0.850
C4 B 0, 0.000, 0.875, 1.750, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.875 std_dev=0.875
N9 B 0, 0.000, 0.893, 1.786, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.893 std_dev=0.893
C5 B 0, 0.000, 0.896, 1.792, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.896 std_dev=0.896
N6 B 0, 0.000, 0.945, 1.890, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.945 std_dev=0.945
N1 B 0, 0.000, 1.757, 3.514, 3.514 max_d=3.514 avg_d=1.757 std_dev=1.757
C8 B 0, 0.000, 1.859, 3.717, 3.717 max_d=3.717 avg_d=1.859 std_dev=1.859
N3 B 0, 0.000, 1.886, 3.771, 3.771 max_d=3.771 avg_d=1.886 std_dev=1.886
N7 B 0, 0.000, 1.895, 3.790, 3.790 max_d=3.790 avg_d=1.895 std_dev=1.895
C2 B 0, 0.000, 2.343, 4.687, 4.687 max_d=4.687 avg_d=2.343 std_dev=2.343

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.13 0.11 0.02 0.00
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.13 0.03 0.12 0.13 0.03 0.00
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.23 0.05 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.28 0.06 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.16 0.12 0.04 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.19 0.11 0.06 0.02
C5' 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.11 0.04 0.03 0.07 0.10 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.17 0.11 0.05 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.25 0.10 0.08 0.04
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03 0.14 0.12 0.04 0.01
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.03 0.12 0.13 0.03 0.00
N6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.18 0.09 0.06 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.23 0.10 0.09 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.18 0.11 0.05 0.02
O2' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.23 0.05 0.05
O3' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.08 0.04 0.12 0.11 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.40 0.09 0.14
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.11 0.02 0.03 0.05
O5' 0.13 0.12 0.07 0.04 0.16 0.04 0.19 0.01 0.17 0.25 0.14 0.12 0.18 0.23 0.18 0.06 0.02 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.11 0.13 0.23 0.28 0.12 0.13 0.11 0.07 0.11 0.10 0.12 0.13 0.09 0.10 0.11 0.23 0.40 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.03 0.05 0.06 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03 0.06 0.09 0.05 0.05 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.14 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 1.29 0.08 0.02 0.25 0.03 0.25 0.06 0.11 1.09 0.84 1.09 0.24 1.04 0.29 0.27 0.00 0.08 0.10 0.07 0.00 0.02
C2 0.04 0.85 0.16 0.10 0.24 0.06 0.07 0.03 0.14 0.61 0.57 0.77 0.07 0.56 0.10 0.34 0.09 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05
C2' 0.01 1.40 0.10 0.03 0.33 0.01 0.16 0.05 0.21 1.01 0.96 1.17 0.14 0.96 0.21 0.29 0.01 0.03 0.08 0.04 0.04 0.01
C3' 0.07 1.58 0.17 0.09 0.43 0.03 0.09 0.02 0.31 0.98 1.12 1.32 0.08 0.96 0.15 0.36 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04
C4 0.01 1.06 0.14 0.07 0.27 0.02 0.14 0.03 0.13 0.85 0.70 0.95 0.14 0.78 0.18 0.34 0.06 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01
C4' 0.02 1.55 0.15 0.08 0.36 0.01 0.19 0.04 0.22 1.09 1.07 1.29 0.19 1.08 0.22 0.35 0.05 0.03 0.08 0.04 0.04 0.01
C5 0.06 0.97 0.18 0.11 0.28 0.03 0.10 0.03 0.14 0.75 0.63 0.90 0.10 0.67 0.13 0.39 0.10 0.00 0.05 0.04 0.05 0.01
C5' 0.13 1.72 0.26 0.18 0.47 0.09 0.10 0.03 0.32 1.01 1.22 1.42 0.13 1.03 0.12 0.46 0.16 0.05 0.01 0.04 0.12 0.08
C6 0.12 0.76 0.22 0.16 0.26 0.09 0.03 0.01 0.14 0.50 0.51 0.72 0.04 0.45 0.04 0.41 0.16 0.06 0.00 0.02 0.07 0.04
C8 0.01 1.26 0.12 0.05 0.29 0.03 0.20 0.08 0.13 1.05 0.81 1.11 0.19 0.98 0.25 0.33 0.03 0.08 0.12 0.08 0.00 0.03
N1 0.09 0.73 0.20 0.15 0.24 0.10 0.03 0.04 0.14 0.46 0.49 0.67 0.03 0.42 0.04 0.37 0.15 0.07 0.03 0.00 0.09 0.06
N3 0.01 1.00 0.13 0.07 0.25 0.03 0.13 0.01 0.13 0.78 0.66 0.89 0.12 0.72 0.17 0.32 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03
N6 0.21 0.57 0.29 0.23 0.25 0.14 0.04 0.04 0.15 0.27 0.39 0.57 0.02 0.25 0.07 0.45 0.24 0.14 0.02 0.01 0.09 0.06
N7 0.05 1.11 0.18 0.09 0.31 0.00 0.13 0.07 0.15 0.89 0.71 1.04 0.13 0.80 0.17 0.38 0.08 0.04 0.10 0.07 0.02 0.02
N9 0.03 1.21 0.11 0.04 0.27 0.02 0.20 0.06 0.13 1.01 0.79 1.06 0.19 0.95 0.25 0.31 0.02 0.06 0.09 0.06 0.01 0.01
O2' 0.04 1.38 0.08 0.01 0.31 0.02 0.18 0.05 0.19 1.03 0.95 1.15 0.16 0.99 0.24 0.26 0.03 0.05 0.09 0.05 0.03 0.00
O3' 0.08 1.65 0.18 0.08 0.47 0.03 0.05 0.02 0.37 0.95 1.20 1.36 0.02 0.92 0.11 0.36 0.03 0.03 0.06 0.01 0.10 0.05
O4' 0.04 1.39 0.11 0.05 0.27 0.02 0.28 0.07 0.10 1.15 0.90 1.16 0.28 1.13 0.30 0.31 0.04 0.08 0.11 0.07 0.01 0.03
O5' 0.32 1.89 0.44 0.35 0.65 0.24 0.07 0.16 0.48 0.81 1.38 1.59 0.01 0.85 0.07 0.64 0.33 0.22 0.11 0.16 0.25 0.20
OP1 0.07 1.63 0.15 0.11 0.37 0.05 0.21 0.01 0.21 1.04 1.15 1.28 0.27 1.12 0.18 0.30 0.09 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01
OP2 0.25 1.83 0.32 0.23 0.59 0.13 0.05 0.05 0.47 0.78 1.38 1.46 0.01 0.85 0.04 0.48 0.20 0.13 0.01 0.07 0.15 0.10
P 0.11 1.73 0.21 0.13 0.46 0.04 0.12 0.02 0.32 0.98 1.26 1.37 0.15 1.04 0.12 0.38 0.11 0.02 0.09 0.01 0.07 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.06 0.16 0.15
C2 0.06 0.00 0.34 0.37 0.02 0.32 0.01 0.64 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.17 0.16 0.07 0.94 1.11 1.27 1.05
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.07 0.30 0.22 0.36 0.00 0.22 0.06 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.03
C3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.12 0.00 0.03 0.03 0.06 0.34 0.23 0.37 0.03 0.26 0.07 0.01 0.01 0.01 0.12 0.03 0.07 0.08
C4 0.03 0.02 0.14 0.12 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.05 0.30 0.26 0.22 0.21
C4' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.08 0.28 0.22 0.32 0.01 0.20 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05
C5 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.17 0.26 0.20
C5' 0.04 0.64 0.02 0.03 0.20 0.01 0.04 0.00 0.14 0.55 0.43 0.60 0.00 0.43 0.13 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03
C6 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.04 0.23 0.15 0.13 0.13
C8 0.00 0.02 0.30 0.34 0.00 0.28 0.00 0.55 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.04 0.78 0.95 1.16 1.02
N1 0.05 0.00 0.22 0.23 0.02 0.22 0.01 0.43 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.11 0.05 0.65 0.75 0.85 0.70
N3 0.06 0.00 0.36 0.37 0.01 0.32 0.00 0.60 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.17 0.16 0.07 0.87 0.96 1.04 0.90
N6 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.13 0.19 0.13
N7 0.00 0.01 0.22 0.26 0.00 0.20 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.60 0.87 1.11 0.90
N9 0.01 0.03 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.18 0.24 0.35 0.31
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.13 0.17 0.04 0.06 0.01 0.00 0.06 0.02 0.03 0.11 0.04 0.01
O3' 0.08 0.16 0.02 0.01 0.09 0.01 0.03 0.05 0.06 0.08 0.11 0.16 0.02 0.05 0.03 0.06 0.00 0.04 0.13 0.00 0.08 0.09
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.09 0.10
O5' 0.07 0.94 0.04 0.12 0.30 0.03 0.03 0.01 0.23 0.78 0.65 0.87 0.03 0.60 0.18 0.03 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.06 1.11 0.07 0.03 0.26 0.02 0.17 0.02 0.15 0.95 0.75 0.96 0.13 0.87 0.24 0.11 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 1.27 0.02 0.07 0.22 0.04 0.26 0.01 0.13 1.16 0.85 1.04 0.19 1.11 0.35 0.04 0.08 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.15 1.05 0.03 0.08 0.21 0.05 0.20 0.03 0.13 1.02 0.70 0.90 0.13 0.90 0.31 0.01 0.09 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00