ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50118

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 9, 15, 19, 7, 3, 3, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.017, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.001, 0.018, 0.036, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.012, 0.030, 0.049, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.020, 0.041, 0.062, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.028, 0.051, 0.074, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.051 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.023, 0.046, 0.070, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.046 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.002, 0.026, 0.050, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.026 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.032, 0.061, 0.091, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.061 std_dev=0.029
O2' B 0, 0.229, 0.433, 0.637, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.433 std_dev=0.204
C2' B 0, 0.251, 0.461, 0.672, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.461 std_dev=0.210
C3' B 0, 0.405, 0.677, 0.949, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.677 std_dev=0.272
C1' B 0, 0.167, 0.568, 0.969, 3.208 max_d=3.208 avg_d=0.568 std_dev=0.401
C4' B 0, 0.361, 0.799, 1.236, 3.602 max_d=3.602 avg_d=0.799 std_dev=0.438
O4' B 0, 0.287, 0.786, 1.284, 4.091 max_d=4.091 avg_d=0.786 std_dev=0.499
O3' B 0, 0.243, 0.777, 1.311, 4.059 max_d=4.059 avg_d=0.777 std_dev=0.534
O5' B 0, 0.551, 1.105, 1.659, 3.643 max_d=3.643 avg_d=1.105 std_dev=0.554
N9 B 0, 0.123, 0.712, 1.300, 4.686 max_d=4.686 avg_d=0.712 std_dev=0.588
C8 B 0, 0.306, 0.932, 1.559, 4.728 max_d=4.728 avg_d=0.932 std_dev=0.626
C5' B 0, 0.432, 1.072, 1.713, 5.197 max_d=5.197 avg_d=1.072 std_dev=0.641
OP2 B 0, 0.835, 1.544, 2.253, 3.361 max_d=3.361 avg_d=1.544 std_dev=0.709
P B 0, 0.658, 1.390, 2.121, 4.883 max_d=4.883 avg_d=1.390 std_dev=0.732
O4' A 0, 0.209, 0.967, 1.725, 2.620 max_d=2.620 avg_d=0.967 std_dev=0.758
C2' A 0, 0.181, 0.968, 1.755, 2.759 max_d=2.759 avg_d=0.968 std_dev=0.787
N7 B 0, 0.249, 1.089, 1.928, 6.541 max_d=6.541 avg_d=1.089 std_dev=0.840
C4 B 0, -0.102, 0.748, 1.598, 6.864 max_d=6.864 avg_d=0.748 std_dev=0.850
OP1 B 0, 0.687, 1.577, 2.467, 7.146 max_d=7.146 avg_d=1.577 std_dev=0.890
N3 B 0, -0.317, 0.647, 1.611, 7.778 max_d=7.778 avg_d=0.647 std_dev=0.964
C5 B 0, -0.009, 0.995, 2.000, 8.058 max_d=8.058 avg_d=0.995 std_dev=1.005
C4' A 0, 0.455, 1.502, 2.549, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.502 std_dev=1.047
O2' A 0, 0.445, 1.498, 2.551, 4.000 max_d=4.000 avg_d=1.498 std_dev=1.053
C3' A 0, 0.354, 1.424, 2.493, 3.481 max_d=3.481 avg_d=1.424 std_dev=1.069
O3' A 0, 0.635, 1.839, 3.042, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.839 std_dev=1.204
C2 B 0, -0.404, 0.858, 2.121, 10.231 max_d=10.231 avg_d=0.858 std_dev=1.262
C6 B 0, -0.155, 1.170, 2.496, 10.651 max_d=10.651 avg_d=1.170 std_dev=1.326
O5' A 0, 1.566, 2.941, 4.315, 6.112 max_d=6.112 avg_d=2.941 std_dev=1.374
N2 B 0, -0.485, 0.926, 2.337, 11.559 max_d=11.559 avg_d=0.926 std_dev=1.411
N1 B 0, -0.349, 1.092, 2.533, 11.632 max_d=11.632 avg_d=1.092 std_dev=1.441
O6 B 0, -0.098, 1.411, 2.920, 12.089 max_d=12.089 avg_d=1.411 std_dev=1.509
C5' A 0, 0.484, 2.206, 3.928, 6.201 max_d=6.201 avg_d=2.206 std_dev=1.722
P A 0, 2.153, 4.078, 6.003, 8.733 max_d=8.733 avg_d=4.078 std_dev=1.925
OP1 A 0, 2.834, 4.788, 6.742, 9.472 max_d=9.472 avg_d=4.788 std_dev=1.954
OP2 A 0, 1.839, 4.371, 6.903, 9.920 max_d=9.920 avg_d=4.371 std_dev=2.532

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.38 0.01 0.43 0.62 0.29 0.31
C2 0.05 0.00 0.49 0.68 0.01 0.40 0.01 0.61 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.47 0.29 1.02 1.52 0.98 1.18
C2' 0.00 0.49 0.00 0.01 0.26 0.01 0.13 0.22 0.23 0.23 0.39 0.49 0.17 0.12 0.03 0.00 0.04 0.02 0.27 0.32 0.75 0.32
C3' 0.02 0.68 0.01 0.00 0.45 0.01 0.44 0.02 0.53 0.35 0.63 0.63 0.53 0.40 0.25 0.02 0.01 0.02 0.25 0.32 0.67 0.27
C4 0.03 0.01 0.26 0.45 0.00 0.20 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.21 0.15 0.96 1.41 0.80 0.99
C4' 0.01 0.40 0.01 0.01 0.20 0.00 0.18 0.01 0.22 0.30 0.32 0.39 0.22 0.26 0.11 0.32 0.02 0.01 0.02 0.22 0.31 0.06
C5 0.02 0.01 0.13 0.44 0.01 0.18 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.16 0.06 1.20 1.81 1.19 1.28
C5' 0.07 0.61 0.22 0.02 0.28 0.01 0.25 0.00 0.34 0.43 0.50 0.56 0.34 0.38 0.13 0.09 0.25 0.01 0.01 0.34 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.53 0.01 0.22 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.23 0.12 1.24 1.96 1.29 1.41
C8 0.02 0.02 0.23 0.35 0.01 0.30 0.01 0.43 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.44 0.26 0.20 1.23 1.61 1.21 1.18
N1 0.04 0.00 0.39 0.63 0.02 0.32 0.01 0.50 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.36 0.22 1.15 1.80 1.17 1.34
N3 0.06 0.01 0.49 0.63 0.01 0.39 0.01 0.56 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.16 0.45 0.29 0.88 1.28 0.76 0.97
N6 0.03 0.01 0.17 0.53 0.02 0.22 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.36 0.24 0.08 1.37 2.22 1.55 1.59
N7 0.02 0.01 0.12 0.40 0.01 0.26 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.46 0.23 0.12 1.35 1.97 1.46 1.42
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.11 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.16 0.02 0.87 1.19 0.68 0.79
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.17 0.32 0.32 0.09 0.28 0.44 0.16 0.16 0.36 0.46 0.24 0.00 0.07 0.23 0.24 0.25 0.79 0.24
O3' 0.38 0.47 0.04 0.01 0.21 0.02 0.16 0.25 0.23 0.26 0.36 0.45 0.24 0.23 0.16 0.07 0.00 0.24 0.28 0.48 0.59 0.31
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.20 0.22 0.29 0.08 0.12 0.02 0.23 0.24 0.00 0.40 0.59 0.23 0.36
O5' 0.43 1.02 0.27 0.25 0.96 0.02 1.20 0.01 1.24 1.23 1.15 0.88 1.37 1.35 0.87 0.24 0.28 0.40 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 1.52 0.32 0.32 1.41 0.22 1.81 0.34 1.96 1.61 1.80 1.28 2.22 1.97 1.19 0.25 0.48 0.59 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.98 0.75 0.67 0.80 0.31 1.19 0.32 1.29 1.21 1.17 0.76 1.55 1.46 0.68 0.79 0.59 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 1.18 0.32 0.27 0.99 0.06 1.28 0.02 1.41 1.18 1.34 0.97 1.59 1.42 0.79 0.24 0.31 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.38 0.20 0.23 0.23 0.19 0.26 0.23 0.34 0.15 0.40 0.45 0.28 0.21 0.15 0.19 0.34 0.16 0.18 0.37 0.27 0.20 0.20
C2 0.22 0.83 0.20 0.21 0.55 0.26 0.58 0.34 0.73 0.34 0.84 0.98 0.67 0.45 0.36 0.18 0.35 0.17 0.25 0.75 0.44 0.27 0.30
C2' 0.14 0.42 0.25 0.28 0.26 0.21 0.29 0.24 0.38 0.18 0.44 0.51 0.33 0.23 0.18 0.23 0.41 0.18 0.21 0.41 0.30 0.26 0.22
C3' 0.55 0.64 0.65 0.70 0.58 0.63 0.60 0.66 0.65 0.57 0.67 0.68 0.58 0.59 0.56 0.60 0.77 0.56 0.65 0.67 0.64 0.67 0.65
C4 0.15 0.51 0.19 0.21 0.33 0.20 0.36 0.25 0.45 0.21 0.52 0.61 0.41 0.28 0.22 0.19 0.32 0.14 0.19 0.47 0.31 0.21 0.21
C4' 0.29 0.37 0.47 0.55 0.28 0.45 0.31 0.49 0.37 0.30 0.40 0.44 0.29 0.31 0.28 0.44 0.68 0.32 0.47 0.40 0.53 0.50 0.49
C5 0.14 0.44 0.19 0.20 0.30 0.19 0.31 0.23 0.38 0.19 0.43 0.51 0.36 0.24 0.20 0.19 0.31 0.13 0.18 0.39 0.28 0.21 0.20
C5' 0.44 0.54 0.66 0.77 0.46 0.64 0.52 0.70 0.59 0.50 0.61 0.60 0.45 0.53 0.45 0.61 0.92 0.48 0.70 0.64 0.78 0.74 0.72
C6 0.20 0.61 0.19 0.20 0.43 0.22 0.43 0.27 0.52 0.26 0.59 0.69 0.53 0.34 0.29 0.19 0.32 0.14 0.21 0.52 0.34 0.23 0.24
C8 0.11 0.21 0.19 0.22 0.13 0.18 0.15 0.21 0.19 0.11 0.22 0.26 0.16 0.13 0.11 0.19 0.32 0.16 0.17 0.20 0.22 0.19 0.18
N1 0.24 0.84 0.20 0.21 0.56 0.26 0.58 0.34 0.71 0.34 0.82 0.97 0.69 0.45 0.38 0.18 0.35 0.17 0.26 0.72 0.43 0.27 0.30
N3 0.18 0.69 0.20 0.21 0.45 0.23 0.48 0.30 0.61 0.28 0.70 0.82 0.55 0.38 0.30 0.19 0.34 0.15 0.22 0.64 0.38 0.25 0.26
N6 0.22 0.55 0.18 0.20 0.42 0.22 0.40 0.26 0.47 0.26 0.53 0.60 0.51 0.32 0.30 0.18 0.32 0.15 0.21 0.46 0.32 0.23 0.23
N7 0.11 0.22 0.19 0.21 0.15 0.18 0.16 0.20 0.19 0.12 0.22 0.26 0.17 0.14 0.12 0.19 0.30 0.15 0.17 0.20 0.21 0.19 0.18
N9 0.12 0.36 0.19 0.21 0.23 0.19 0.25 0.22 0.32 0.15 0.37 0.43 0.28 0.20 0.15 0.19 0.32 0.15 0.17 0.34 0.26 0.20 0.19
O2' 0.49 0.61 0.65 0.68 0.57 0.51 0.63 0.53 0.67 0.60 0.66 0.64 0.55 0.63 0.55 0.62 0.79 0.44 0.60 0.70 0.72 0.69 0.61
O3' 0.30 0.51 0.52 0.60 0.37 0.47 0.42 0.50 0.51 0.35 0.56 0.60 0.39 0.39 0.32 0.47 0.76 0.31 0.49 0.56 0.54 0.53 0.50
O4' 0.12 0.36 0.26 0.32 0.20 0.25 0.23 0.30 0.31 0.13 0.38 0.45 0.26 0.17 0.13 0.25 0.46 0.18 0.25 0.34 0.34 0.26 0.27
O5' 1.58 1.29 1.77 1.87 1.47 1.76 1.50 1.82 1.43 1.62 1.34 1.17 1.36 1.58 1.56 1.70 1.96 1.61 1.83 1.45 1.87 1.86 1.86
OP1 2.68 2.22 2.93 3.12 2.53 2.95 2.59 3.04 2.47 2.78 2.29 1.98 2.34 2.74 2.67 2.81 3.26 2.72 3.09 2.50 3.15 3.15 3.12
OP2 2.01 1.45 2.12 2.32 1.74 2.36 1.76 2.47 1.65 2.00 1.51 1.27 1.56 1.91 1.91 2.11 2.44 2.17 2.40 1.68 2.55 2.38 2.46
P 1.93 1.62 2.12 2.27 1.83 2.17 1.89 2.26 1.82 2.02 1.70 1.47 1.69 1.99 1.93 2.02 2.38 1.99 2.28 1.86 2.35 2.32 2.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.07 0.12 0.08
C2 0.04 0.00 0.11 0.11 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.15 0.06 0.11 0.02 0.13 0.24 0.15
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.05 0.10 0.13 0.11 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.12 0.08 0.05
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.13 0.14 0.08 0.07
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.04 0.12 0.02 0.13 0.22 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.07 0.08 0.04 0.02
C5 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.03 0.15 0.02 0.19 0.28 0.20
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.06 0.05 0.11 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.11 0.07 0.02 0.02
C6 0.03 0.02 0.08 0.12 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.16 0.04 0.15 0.01 0.20 0.30 0.21
C8 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.03 0.15 0.03 0.17 0.24 0.18
N1 0.04 0.01 0.10 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.16 0.05 0.14 0.01 0.17 0.27 0.19
N2 0.05 0.01 0.13 0.12 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.17 0.08 0.11 0.03 0.12 0.23 0.14
N3 0.04 0.01 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.06 0.10 0.02 0.11 0.21 0.14
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.03 0.17 0.03 0.22 0.29 0.22
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.11 0.02 0.11 0.19 0.14
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.10 0.15 0.11 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.07 0.11 0.06 0.04
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.03 0.16 0.13 0.16 0.17 0.13 0.14 0.07 0.05 0.00 0.02 0.08 0.18 0.20 0.13 0.12
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.04 0.08 0.13 0.10
O5' 0.06 0.11 0.04 0.05 0.12 0.02 0.15 0.01 0.15 0.15 0.14 0.11 0.10 0.17 0.11 0.04 0.08 0.07 0.00 0.17 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.13 0.02 0.07 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.07 0.18 0.04 0.17 0.00 0.25 0.33 0.24
OP1 0.07 0.13 0.12 0.14 0.13 0.08 0.19 0.07 0.20 0.17 0.17 0.12 0.11 0.22 0.11 0.11 0.20 0.08 0.02 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.24 0.08 0.08 0.22 0.04 0.28 0.02 0.30 0.24 0.27 0.23 0.21 0.29 0.19 0.06 0.13 0.13 0.02 0.33 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.05 0.07 0.15 0.02 0.20 0.02 0.21 0.18 0.19 0.14 0.14 0.22 0.14 0.04 0.12 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00