ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50119

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 4, 3, 3, 11, 11, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.020, 0.038, 0.056, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.026, 0.053, 0.080, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.053 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.031, 0.061, 0.092, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.061 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.030, 0.060, 0.091, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.060 std_dev=0.031
O2' B 0, 0.458, 0.641, 0.824, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.641 std_dev=0.183
C2' B 0, 0.643, 0.977, 1.311, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.977 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.400, 0.824, 1.249, 2.908 max_d=2.908 avg_d=0.824 std_dev=0.424
O4' B 0, 0.496, 1.032, 1.568, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.032 std_dev=0.536
O4' A 0, 0.228, 0.797, 1.366, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.797 std_dev=0.569
C4' B 0, 1.482, 2.092, 2.702, 2.802 max_d=2.802 avg_d=2.092 std_dev=0.610
C2' A 0, 0.246, 0.865, 1.484, 2.726 max_d=2.726 avg_d=0.865 std_dev=0.619
C3' B 0, 0.795, 1.444, 2.094, 2.298 max_d=2.298 avg_d=1.444 std_dev=0.650
P B 0, 1.420, 2.150, 2.880, 4.339 max_d=4.339 avg_d=2.150 std_dev=0.730
O5' B 0, 2.046, 2.793, 3.539, 4.328 max_d=4.328 avg_d=2.793 std_dev=0.747
OP1 B 0, 1.876, 2.635, 3.394, 4.502 max_d=4.502 avg_d=2.635 std_dev=0.759
C3' A 0, 0.356, 1.176, 1.996, 3.931 max_d=3.931 avg_d=1.176 std_dev=0.820
C4' A 0, 0.394, 1.215, 2.036, 3.182 max_d=3.182 avg_d=1.215 std_dev=0.821
N9 B 0, 0.824, 1.692, 2.559, 5.014 max_d=5.014 avg_d=1.692 std_dev=0.867
OP2 B 0, 1.143, 2.069, 2.996, 5.324 max_d=5.324 avg_d=2.069 std_dev=0.927
C5' B 0, 2.677, 3.614, 4.550, 4.527 max_d=4.527 avg_d=3.614 std_dev=0.936
O2' A 0, 0.383, 1.435, 2.486, 3.531 max_d=3.531 avg_d=1.435 std_dev=1.051
O3' A 0, 0.515, 1.592, 2.669, 5.313 max_d=5.313 avg_d=1.592 std_dev=1.077
C8 B 0, 1.288, 2.455, 3.622, 5.817 max_d=5.817 avg_d=2.455 std_dev=1.167
O3' B 0, 0.794, 1.961, 3.129, 3.937 max_d=3.937 avg_d=1.961 std_dev=1.168
C5' A 0, 0.535, 1.779, 3.022, 6.019 max_d=6.019 avg_d=1.779 std_dev=1.243
C4 B 0, 0.927, 2.237, 3.546, 6.952 max_d=6.952 avg_d=2.237 std_dev=1.310
N3 B 0, 0.862, 2.430, 3.999, 7.088 max_d=7.088 avg_d=2.430 std_dev=1.569
N7 B 0, 1.503, 3.102, 4.702, 7.973 max_d=7.973 avg_d=3.102 std_dev=1.600
C5 B 0, 1.286, 2.962, 4.638, 8.794 max_d=8.794 avg_d=2.962 std_dev=1.676
O5' A 0, 0.626, 2.713, 4.799, 7.583 max_d=7.583 avg_d=2.713 std_dev=2.086
C2 B 0, 1.188, 3.281, 5.374, 9.408 max_d=9.408 avg_d=3.281 std_dev=2.093
C6 B 0, 1.538, 3.713, 5.888, 11.208 max_d=11.208 avg_d=3.713 std_dev=2.175
N1 B 0, 1.469, 3.793, 6.116, 11.376 max_d=11.376 avg_d=3.793 std_dev=2.323
N2 B 0, 1.364, 3.878, 6.391, 9.976 max_d=9.976 avg_d=3.878 std_dev=2.514
O6 B 0, 1.885, 4.431, 6.977, 13.107 max_d=13.107 avg_d=4.431 std_dev=2.546
P A 0, 0.721, 3.720, 6.718, 10.362 max_d=10.362 avg_d=3.720 std_dev=2.999
OP1 A 0, 0.841, 4.112, 7.382, 12.143 max_d=12.143 avg_d=4.112 std_dev=3.271
OP2 A 0, 0.795, 4.387, 7.979, 11.177 max_d=11.177 avg_d=4.387 std_dev=3.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.36 0.01 0.22 0.16 0.55 0.19
C2 0.05 0.00 0.38 0.33 0.01 0.23 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.40 0.28 0.48 0.50 1.01 0.60
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.21 0.18 0.18 0.30 0.38 0.13 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.25 0.31 0.52 0.18
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.27 0.01 0.33 0.02 0.35 0.33 0.35 0.30 0.38 0.36 0.22 0.02 0.01 0.03 0.43 0.27 0.57 0.23
C4 0.03 0.01 0.20 0.27 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.23 0.14 0.40 0.31 1.00 0.52
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.28 0.16 0.23 0.14 0.24 0.10 0.31 0.02 0.01 0.03 0.39 0.20 0.18
C5 0.02 0.01 0.10 0.33 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.32 0.10 0.05 0.58 0.64 1.38 0.85
C5' 0.05 0.34 0.21 0.02 0.13 0.01 0.18 0.00 0.18 0.38 0.24 0.32 0.22 0.36 0.13 0.10 0.24 0.02 0.01 0.16 0.19 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.35 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.16 0.11 0.54 0.63 1.37 0.81
C8 0.02 0.02 0.18 0.33 0.01 0.28 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.14 0.20 0.86 0.91 1.58 1.16
N1 0.04 0.00 0.30 0.35 0.02 0.16 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.21 0.29 0.21 0.46 0.49 1.16 0.64
N3 0.05 0.01 0.38 0.30 0.01 0.23 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.41 0.28 0.43 0.43 0.86 0.50
N6 0.03 0.01 0.13 0.38 0.02 0.14 0.02 0.22 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.36 0.11 0.07 0.63 0.86 1.61 1.02
N7 0.02 0.01 0.10 0.36 0.01 0.24 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.46 0.12 0.13 0.84 1.03 1.77 1.25
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.47 0.36 1.00 0.58
O2' 0.03 0.24 0.00 0.02 0.17 0.31 0.32 0.10 0.28 0.45 0.21 0.25 0.36 0.46 0.23 0.00 0.04 0.22 0.35 0.22 0.59 0.25
O3' 0.36 0.40 0.03 0.01 0.23 0.02 0.10 0.24 0.16 0.14 0.29 0.41 0.11 0.12 0.16 0.04 0.00 0.22 0.46 0.32 0.53 0.25
O4' 0.01 0.28 0.02 0.03 0.14 0.01 0.05 0.02 0.11 0.20 0.21 0.28 0.07 0.13 0.02 0.22 0.22 0.00 0.10 0.21 0.33 0.12
O5' 0.22 0.48 0.25 0.43 0.40 0.03 0.58 0.01 0.54 0.86 0.46 0.43 0.63 0.84 0.47 0.35 0.46 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.50 0.31 0.27 0.31 0.39 0.64 0.16 0.63 0.91 0.49 0.43 0.86 1.03 0.36 0.22 0.32 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 1.01 0.52 0.57 1.00 0.20 1.38 0.19 1.37 1.58 1.16 0.86 1.61 1.77 1.00 0.59 0.53 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.60 0.18 0.23 0.52 0.18 0.85 0.02 0.81 1.16 0.64 0.50 1.02 1.25 0.58 0.25 0.25 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 1.41 0.27 0.37 0.88 0.34 1.13 0.51 1.45 0.75 1.56 1.69 1.02 1.04 0.57 0.17 0.53 0.28 0.41 1.63 0.45 0.55 0.46
C2 0.30 1.48 0.16 0.16 0.86 0.24 0.96 0.20 1.23 0.63 1.44 1.86 1.17 0.84 0.52 0.14 0.40 0.26 0.15 1.32 0.19 0.23 0.17
C2' 0.44 1.31 0.20 0.31 0.84 0.48 1.15 0.65 1.45 0.89 1.49 1.62 0.90 1.16 0.64 0.31 0.53 0.51 0.53 1.68 0.50 0.65 0.59
C3' 0.62 1.98 0.72 0.82 1.37 0.66 1.65 0.82 2.06 1.10 2.20 2.22 1.51 1.47 0.98 0.42 0.89 0.52 0.81 2.29 0.86 0.96 0.86
C4 0.26 1.40 0.21 0.20 0.83 0.24 0.97 0.28 1.23 0.65 1.40 1.73 1.10 0.87 0.52 0.16 0.34 0.23 0.21 1.32 0.22 0.32 0.24
C4' 0.52 1.83 0.66 0.83 1.24 0.70 1.51 0.90 1.94 0.93 2.07 2.02 1.38 1.30 0.85 0.37 0.93 0.50 0.87 2.15 0.95 1.05 0.94
C5 0.25 1.25 0.18 0.16 0.75 0.21 0.82 0.21 1.03 0.55 1.20 1.53 1.03 0.72 0.45 0.15 0.31 0.21 0.15 1.08 0.17 0.24 0.17
C5' 0.72 1.84 0.88 1.12 1.36 0.98 1.63 1.20 2.04 1.10 2.13 1.94 1.43 1.43 1.01 0.57 1.22 0.76 1.19 2.24 1.27 1.38 1.27
C6 0.28 1.25 0.13 0.18 0.74 0.24 0.76 0.17 0.97 0.49 1.17 1.55 1.05 0.64 0.44 0.13 0.45 0.26 0.16 1.00 0.22 0.20 0.17
C8 0.25 1.20 0.26 0.33 0.78 0.32 0.93 0.45 1.14 0.63 1.24 1.38 0.93 0.83 0.51 0.17 0.47 0.25 0.34 1.21 0.37 0.42 0.37
N1 0.31 1.38 0.13 0.20 0.81 0.26 0.85 0.20 1.09 0.55 1.31 1.73 1.13 0.72 0.48 0.13 0.49 0.28 0.18 1.14 0.25 0.21 0.18
N3 0.28 1.50 0.20 0.18 0.88 0.23 1.02 0.25 1.31 0.68 1.50 1.88 1.16 0.92 0.54 0.16 0.34 0.24 0.19 1.43 0.19 0.30 0.21
N6 0.30 1.13 0.12 0.28 0.67 0.28 0.63 0.24 0.82 0.39 1.02 1.39 0.98 0.50 0.39 0.12 0.62 0.29 0.25 0.82 0.31 0.25 0.24
N7 0.22 1.09 0.21 0.22 0.68 0.24 0.75 0.30 0.93 0.52 1.06 1.28 0.90 0.66 0.43 0.17 0.31 0.20 0.21 0.96 0.24 0.28 0.24
N9 0.26 1.37 0.25 0.30 0.84 0.29 1.04 0.42 1.30 0.70 1.43 1.64 1.04 0.94 0.54 0.17 0.43 0.25 0.32 1.42 0.35 0.43 0.36
O2' 0.88 0.98 0.53 0.56 0.81 0.90 1.09 0.98 1.26 1.12 1.19 1.24 0.72 1.28 0.87 0.76 0.69 1.05 0.84 1.53 0.78 0.87 0.89
O3' 0.62 2.18 0.64 0.74 1.51 0.59 1.88 0.76 2.38 1.25 2.53 2.43 1.61 1.69 1.07 0.28 0.74 0.50 0.81 2.68 0.86 1.05 0.89
O4' 0.35 1.61 0.50 0.65 1.05 0.54 1.28 0.74 1.66 0.76 1.79 1.82 1.20 1.08 0.67 0.26 0.77 0.36 0.69 1.83 0.76 0.84 0.74
O5' 1.40 2.44 1.49 1.71 1.99 1.63 2.16 1.80 2.49 1.63 2.63 2.49 2.10 1.89 1.64 1.14 1.72 1.46 1.78 2.57 1.82 1.91 1.83
OP1 2.17 2.74 2.25 2.69 2.70 2.57 3.07 2.86 3.32 2.70 3.14 2.53 2.51 3.02 2.50 1.71 2.67 2.35 2.99 3.53 3.15 3.32 3.15
OP2 3.01 3.30 3.02 3.33 3.36 3.31 3.41 3.46 3.39 3.16 3.36 3.13 3.27 3.26 3.21 2.53 3.21 3.17 3.45 3.28 3.43 3.45 3.47
P 2.26 2.85 2.36 2.71 2.73 2.62 2.93 2.83 3.11 2.57 3.07 2.73 2.66 2.79 2.51 1.87 2.69 2.41 2.88 3.17 2.97 3.05 2.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.19 0.04 0.22 0.28 0.20
C2 0.06 0.00 0.46 0.37 0.02 0.32 0.01 0.67 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.44 0.46 0.38 0.72 0.02 0.80 0.91 0.85
C2' 0.01 0.46 0.00 0.00 0.26 0.03 0.18 0.09 0.27 0.18 0.39 0.55 0.44 0.08 0.04 0.01 0.03 0.01 0.12 0.24 0.14 0.17 0.12
C3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.19 0.01 0.20 0.03 0.24 0.31 0.30 0.47 0.34 0.28 0.13 0.02 0.01 0.02 0.19 0.25 0.14 0.20 0.14
C4 0.03 0.02 0.26 0.19 0.00 0.13 0.01 0.33 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.25 0.21 0.43 0.02 0.51 0.62 0.52
C4' 0.01 0.32 0.03 0.01 0.13 0.00 0.06 0.01 0.11 0.24 0.22 0.42 0.30 0.18 0.05 0.15 0.03 0.00 0.02 0.09 0.21 0.14 0.07
C5 0.02 0.01 0.18 0.20 0.01 0.06 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.24 0.11 0.41 0.03 0.57 0.78 0.57
C5' 0.05 0.67 0.09 0.03 0.33 0.01 0.24 0.00 0.35 0.33 0.54 0.85 0.61 0.27 0.12 0.08 0.11 0.02 0.02 0.31 0.18 0.24 0.03
C6 0.03 0.01 0.27 0.24 0.01 0.11 0.01 0.35 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.28 0.33 0.19 0.47 0.01 0.66 0.84 0.67
C8 0.03 0.02 0.18 0.31 0.01 0.24 0.01 0.33 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.19 0.19 0.20 0.51 0.04 0.55 0.85 0.59
N1 0.05 0.01 0.39 0.30 0.02 0.22 0.01 0.54 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.38 0.42 0.31 0.62 0.02 0.74 0.87 0.79
N2 0.08 0.01 0.55 0.47 0.02 0.42 0.02 0.85 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.54 0.56 0.45 0.89 0.03 0.98 1.13 1.04
N3 0.06 0.01 0.44 0.34 0.01 0.30 0.01 0.61 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.39 0.39 0.36 0.65 0.02 0.69 0.76 0.73
N7 0.02 0.02 0.08 0.28 0.01 0.18 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.20 0.10 0.48 0.05 0.64 0.95 0.64
N9 0.01 0.03 0.04 0.13 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.09 0.08 0.02 0.31 0.04 0.35 0.52 0.37
O2' 0.04 0.44 0.01 0.02 0.23 0.15 0.20 0.08 0.28 0.19 0.38 0.54 0.39 0.17 0.09 0.00 0.07 0.11 0.13 0.27 0.15 0.18 0.12
O3' 0.12 0.46 0.03 0.01 0.25 0.03 0.24 0.11 0.33 0.19 0.42 0.56 0.39 0.20 0.08 0.07 0.00 0.10 0.30 0.35 0.30 0.40 0.28
O4' 0.01 0.38 0.01 0.02 0.21 0.00 0.11 0.02 0.19 0.20 0.31 0.45 0.36 0.10 0.02 0.11 0.10 0.00 0.18 0.15 0.25 0.19 0.18
O5' 0.19 0.72 0.12 0.19 0.43 0.02 0.41 0.02 0.47 0.51 0.62 0.89 0.65 0.48 0.31 0.13 0.30 0.18 0.00 0.46 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.24 0.25 0.02 0.09 0.03 0.31 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.27 0.35 0.15 0.46 0.00 0.72 0.93 0.70
OP1 0.22 0.80 0.14 0.14 0.51 0.21 0.57 0.18 0.66 0.55 0.74 0.98 0.69 0.64 0.35 0.15 0.30 0.25 0.02 0.72 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.91 0.17 0.20 0.62 0.14 0.78 0.24 0.84 0.85 0.87 1.13 0.76 0.95 0.52 0.18 0.40 0.19 0.02 0.93 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.85 0.12 0.14 0.52 0.07 0.57 0.03 0.67 0.59 0.79 1.04 0.73 0.64 0.37 0.12 0.28 0.18 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00