ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50121

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 6, 7, 3, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.023, 0.038, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.038 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.028, 0.049, 0.070, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.049 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.027, 0.048, 0.068, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.048 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.029, 0.052, 0.075, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.052 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.013, 0.040, 0.067, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.040 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.036, 0.065, 0.094, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.065 std_dev=0.029
C2' B 0, 0.331, 0.500, 0.670, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.500 std_dev=0.169
O2' B 0, 0.383, 0.724, 1.065, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.724 std_dev=0.341
C1' B 0, 1.466, 1.962, 2.457, 2.942 max_d=2.942 avg_d=1.962 std_dev=0.495
N9 B 0, 1.252, 1.801, 2.351, 2.822 max_d=2.822 avg_d=1.801 std_dev=0.549
N7 B 0, 1.212, 1.808, 2.405, 3.024 max_d=3.024 avg_d=1.808 std_dev=0.597
C3' B 0, 1.958, 2.562, 3.165, 3.091 max_d=3.091 avg_d=2.562 std_dev=0.603
C2' A 0, 1.032, 1.642, 2.253, 2.244 max_d=2.244 avg_d=1.642 std_dev=0.611
O4' A 0, 0.992, 1.660, 2.328, 2.327 max_d=2.327 avg_d=1.660 std_dev=0.668
C4' A 0, 1.522, 2.199, 2.875, 2.735 max_d=2.735 avg_d=2.199 std_dev=0.676
C8 B 0, 0.518, 1.210, 1.901, 3.551 max_d=3.551 avg_d=1.210 std_dev=0.692
C3' A 0, 1.532, 2.233, 2.933, 2.824 max_d=2.824 avg_d=2.233 std_dev=0.700
O3' A 0, 1.877, 2.619, 3.361, 3.272 max_d=3.272 avg_d=2.619 std_dev=0.742
O4' B 0, 2.643, 3.404, 4.165, 4.571 max_d=4.571 avg_d=3.404 std_dev=0.761
C4' B 0, 2.983, 3.810, 4.637, 4.555 max_d=4.555 avg_d=3.810 std_dev=0.827
O2' A 0, 1.631, 2.528, 3.425, 3.406 max_d=3.406 avg_d=2.528 std_dev=0.897
O3' B 0, 2.905, 3.909, 4.912, 5.268 max_d=5.268 avg_d=3.909 std_dev=1.004
C4 B 0, 2.374, 3.395, 4.416, 4.828 max_d=4.828 avg_d=3.395 std_dev=1.021
C5 B 0, 2.353, 3.500, 4.647, 5.104 max_d=5.104 avg_d=3.500 std_dev=1.147
C5' B 0, 4.455, 5.713, 6.971, 6.766 max_d=6.766 avg_d=5.713 std_dev=1.258
N3 B 0, 3.574, 4.929, 6.284, 6.835 max_d=6.835 avg_d=4.929 std_dev=1.355
O5' B 0, 5.389, 6.901, 8.412, 8.030 max_d=8.030 avg_d=6.901 std_dev=1.511
C5' A 0, 2.317, 3.997, 5.677, 5.631 max_d=5.631 avg_d=3.997 std_dev=1.680
C6 B 0, 3.788, 5.519, 7.250, 7.758 max_d=7.758 avg_d=5.519 std_dev=1.731
C2 B 0, 4.938, 6.763, 8.588, 9.152 max_d=9.152 avg_d=6.763 std_dev=1.825
O6 B 0, 4.079, 6.063, 8.046, 8.657 max_d=8.657 avg_d=6.063 std_dev=1.983
N1 B 0, 5.099, 7.097, 9.096, 9.553 max_d=9.553 avg_d=7.097 std_dev=1.999
P B 0, 7.532, 9.562, 11.593, 10.602 max_d=10.602 avg_d=9.562 std_dev=2.031
OP2 B 0, 8.086, 10.234, 12.382, 11.148 max_d=11.148 avg_d=10.234 std_dev=2.148
N2 B 0, 6.312, 8.516, 10.721, 11.351 max_d=11.351 avg_d=8.516 std_dev=2.204
OP1 B 0, 8.682, 11.009, 13.335, 12.360 max_d=12.360 avg_d=11.009 std_dev=2.327
O5' A 0, 1.833, 4.601, 7.370, 7.172 max_d=7.172 avg_d=4.601 std_dev=2.768
OP2 A 0, 4.352, 7.898, 11.443, 11.207 max_d=11.207 avg_d=7.898 std_dev=3.545
P A 0, 2.288, 6.434, 10.581, 10.291 max_d=10.291 avg_d=6.434 std_dev=4.147
OP1 A 0, 3.380, 7.631, 11.883, 11.681 max_d=11.681 avg_d=7.631 std_dev=4.252

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.28 0.29 0.31 0.31
C2 0.07 0.00 0.39 0.34 0.01 0.69 0.01 1.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.64 0.22 0.75 1.01 1.18 1.55 1.31
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.22 0.03 0.13 0.10 0.21 0.15 0.32 0.39 0.16 0.08 0.05 0.00 0.03 0.03 0.41 0.45 0.42 0.42
C3' 0.03 0.34 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.01 0.21 0.37 0.27 0.33 0.23 0.33 0.17 0.03 0.01 0.03 0.33 0.37 0.20 0.27
C4 0.04 0.01 0.22 0.18 0.00 0.25 0.01 0.33 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.14 0.37 0.24 0.21 0.48 0.30
C4' 0.02 0.69 0.03 0.01 0.25 0.00 0.08 0.01 0.17 0.56 0.47 0.68 0.08 0.42 0.13 0.17 0.02 0.01 0.02 0.12 0.30 0.05
C5 0.03 0.01 0.13 0.21 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.21 0.12 0.64 0.72 0.92 0.76
C5' 0.07 1.13 0.10 0.01 0.33 0.01 0.17 0.00 0.23 0.99 0.75 1.06 0.16 0.82 0.27 0.11 0.13 0.01 0.01 0.21 0.38 0.02
C6 0.05 0.01 0.21 0.21 0.02 0.17 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.21 0.29 0.36 0.38 0.71 0.46
C8 0.02 0.01 0.15 0.37 0.01 0.56 0.01 0.99 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.36 0.29 0.44 1.59 1.71 1.90 1.80
N1 0.06 0.00 0.32 0.27 0.01 0.47 0.01 0.75 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.49 0.21 0.55 0.55 0.64 1.02 0.77
N3 0.07 0.00 0.39 0.33 0.01 0.68 0.01 1.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.62 0.19 0.77 0.94 1.02 1.33 1.14
N6 0.04 0.01 0.16 0.23 0.02 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.23 0.25 0.17 0.62 0.75 1.03 0.78
N7 0.02 0.01 0.08 0.33 0.01 0.42 0.00 0.82 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.29 0.26 1.44 1.65 1.92 1.72
N9 0.01 0.02 0.05 0.17 0.01 0.13 0.01 0.27 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.09 0.15 0.03 0.66 0.68 0.75 0.72
O2' 0.03 0.64 0.00 0.03 0.29 0.17 0.17 0.11 0.29 0.36 0.49 0.62 0.23 0.27 0.09 0.00 0.07 0.16 0.21 0.32 0.45 0.28
O3' 0.11 0.22 0.03 0.01 0.14 0.02 0.21 0.13 0.21 0.29 0.21 0.19 0.25 0.29 0.15 0.07 0.00 0.08 0.18 0.28 0.35 0.17
O4' 0.01 0.75 0.03 0.03 0.37 0.01 0.12 0.01 0.29 0.44 0.55 0.77 0.17 0.26 0.03 0.16 0.08 0.00 0.08 0.13 0.23 0.12
O5' 0.28 1.01 0.41 0.33 0.24 0.02 0.64 0.01 0.36 1.59 0.55 0.94 0.62 1.44 0.66 0.21 0.18 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 1.18 0.45 0.37 0.21 0.12 0.72 0.21 0.38 1.71 0.64 1.02 0.75 1.65 0.68 0.32 0.28 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 1.55 0.42 0.20 0.48 0.30 0.92 0.38 0.71 1.90 1.02 1.33 1.03 1.92 0.75 0.45 0.35 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.31 1.31 0.42 0.27 0.30 0.05 0.76 0.02 0.46 1.80 0.77 1.14 0.78 1.72 0.72 0.28 0.17 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.85 0.30 0.43 0.55 0.27 0.67 0.31 0.84 0.44 0.92 1.03 0.63 0.60 0.37 0.28 0.65 0.20 0.35 0.92 0.52 0.52 0.43
C2 0.14 0.69 0.20 0.36 0.38 0.40 0.42 0.49 0.56 0.20 0.69 0.86 0.52 0.29 0.21 0.19 0.58 0.24 0.48 0.59 0.71 0.56 0.57
C2' 0.22 0.85 0.25 0.33 0.52 0.37 0.66 0.39 0.87 0.40 0.96 1.04 0.58 0.57 0.33 0.35 0.45 0.30 0.37 0.97 0.53 0.49 0.46
C3' 0.80 1.21 0.85 0.92 1.11 0.83 1.33 0.89 1.49 1.16 1.45 1.15 1.00 1.33 1.01 0.65 0.92 0.78 1.00 1.62 1.03 1.19 1.08
C4 0.16 0.70 0.25 0.36 0.43 0.31 0.50 0.35 0.63 0.30 0.72 0.85 0.54 0.41 0.27 0.24 0.55 0.19 0.35 0.67 0.51 0.45 0.42
C4' 0.86 1.17 1.07 1.22 1.21 0.95 1.49 1.04 1.63 1.35 1.49 0.97 0.99 1.54 1.13 0.78 1.30 0.80 1.24 1.80 1.33 1.52 1.34
C5 0.14 0.59 0.23 0.34 0.36 0.31 0.39 0.35 0.49 0.24 0.58 0.71 0.47 0.31 0.22 0.23 0.53 0.18 0.33 0.51 0.47 0.42 0.39
C5' 1.63 2.00 1.79 1.97 2.14 1.66 2.52 1.80 2.68 2.34 2.43 1.60 1.82 2.60 2.03 1.30 1.95 1.56 2.12 2.89 2.18 2.52 2.25
C6 0.13 0.52 0.19 0.37 0.28 0.39 0.29 0.46 0.39 0.17 0.49 0.65 0.42 0.21 0.16 0.17 0.58 0.23 0.44 0.39 0.60 0.51 0.50
C8 0.20 0.76 0.31 0.43 0.48 0.27 0.55 0.30 0.66 0.40 0.73 0.94 0.61 0.50 0.34 0.28 0.60 0.19 0.34 0.69 0.44 0.47 0.39
N1 0.14 0.60 0.19 0.38 0.32 0.43 0.32 0.53 0.45 0.17 0.57 0.76 0.47 0.22 0.17 0.16 0.62 0.26 0.52 0.45 0.74 0.60 0.61
N3 0.15 0.74 0.23 0.36 0.44 0.34 0.50 0.41 0.66 0.27 0.76 0.90 0.56 0.39 0.26 0.22 0.56 0.21 0.40 0.70 0.61 0.50 0.49
N6 0.15 0.39 0.18 0.42 0.20 0.43 0.19 0.52 0.25 0.20 0.34 0.52 0.32 0.18 0.14 0.13 0.66 0.26 0.49 0.24 0.63 0.57 0.55
N7 0.17 0.59 0.27 0.37 0.38 0.27 0.41 0.29 0.49 0.30 0.56 0.72 0.50 0.37 0.26 0.26 0.52 0.16 0.29 0.50 0.38 0.38 0.33
N9 0.19 0.77 0.30 0.41 0.49 0.28 0.58 0.31 0.72 0.39 0.80 0.93 0.59 0.51 0.33 0.28 0.60 0.19 0.34 0.78 0.48 0.48 0.41
O2' 0.52 1.26 0.29 0.28 0.85 0.48 0.98 0.51 1.23 0.66 1.37 1.49 0.95 0.84 0.64 0.42 0.38 0.58 0.55 1.33 0.69 0.64 0.62
O3' 0.81 1.29 0.81 0.88 1.14 0.84 1.39 0.90 1.60 1.18 1.57 1.25 1.03 1.37 1.02 0.65 0.86 0.81 0.99 1.76 1.02 1.19 1.08
O4' 0.46 0.75 0.78 0.95 0.75 0.62 0.99 0.69 1.10 0.88 0.99 0.69 0.58 1.04 0.68 0.55 1.12 0.40 0.87 1.24 0.99 1.11 0.95
O5' 2.30 2.52 2.55 2.74 2.77 2.35 3.12 2.49 3.19 2.99 2.90 2.06 2.43 3.22 2.70 2.02 2.74 2.20 2.84 3.36 2.91 3.23 2.95
OP1 3.18 3.43 3.31 3.64 3.85 3.25 4.45 3.52 4.59 4.28 4.05 2.84 3.31 4.67 3.77 2.54 3.56 3.13 4.05 4.93 4.18 4.71 4.28
OP2 3.63 3.76 3.71 3.93 4.28 3.55 4.70 3.76 4.67 4.59 4.20 3.12 3.76 4.86 4.21 2.88 3.71 3.52 4.23 4.82 4.20 4.70 4.35
P 3.05 3.26 3.26 3.53 3.66 3.09 4.13 3.31 4.19 4.00 3.74 2.69 3.18 4.31 3.59 2.52 3.46 2.96 3.77 4.41 3.85 4.30 3.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.04 0.12 0.13 0.09
C2 0.04 0.00 0.15 0.13 0.01 0.06 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.19 0.06 0.23 0.01 0.26 0.23 0.21
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.09 0.11 0.12 0.18 0.15 0.10 0.04 0.00 0.04 0.01 0.12 0.10 0.16 0.15 0.12
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.12 0.17 0.12 0.16 0.12 0.16 0.08 0.03 0.01 0.01 0.19 0.14 0.22 0.14 0.16
C4 0.02 0.01 0.08 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.03 0.23 0.02 0.24 0.21 0.20
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.06 0.04 0.01 0.02 0.10 0.11 0.15 0.04
C5 0.02 0.02 0.08 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.21 0.03 0.29 0.02 0.29 0.27 0.26
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.14 0.13 0.12 0.09 0.08 0.15 0.09 0.06 0.07 0.02 0.02 0.16 0.15 0.19 0.04
C6 0.03 0.01 0.09 0.12 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.21 0.04 0.31 0.00 0.32 0.31 0.29
C8 0.01 0.03 0.11 0.17 0.01 0.09 0.01 0.13 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.26 0.04 0.28 0.05 0.25 0.22 0.24
N1 0.03 0.01 0.12 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.19 0.05 0.28 0.01 0.30 0.28 0.26
N2 0.05 0.01 0.18 0.16 0.02 0.07 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.23 0.23 0.08 0.22 0.01 0.25 0.22 0.20
N3 0.03 0.01 0.15 0.12 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.17 0.17 0.06 0.20 0.02 0.22 0.19 0.18
N7 0.01 0.02 0.10 0.16 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.27 0.03 0.32 0.05 0.30 0.29 0.29
N9 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.05 0.02 0.09 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.14 0.02 0.21 0.04 0.20 0.16 0.17
O2' 0.02 0.18 0.00 0.03 0.09 0.06 0.08 0.06 0.11 0.08 0.15 0.23 0.17 0.07 0.03 0.00 0.19 0.06 0.06 0.10 0.11 0.15 0.07
O3' 0.04 0.19 0.04 0.01 0.15 0.04 0.21 0.07 0.21 0.26 0.19 0.23 0.17 0.27 0.14 0.19 0.00 0.03 0.27 0.25 0.30 0.30 0.26
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.10 0.05 0.13 0.17 0.10
O5' 0.10 0.23 0.12 0.19 0.23 0.02 0.29 0.02 0.31 0.28 0.28 0.22 0.20 0.32 0.21 0.06 0.27 0.10 0.00 0.34 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.01 0.10 0.14 0.02 0.10 0.02 0.16 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.10 0.25 0.05 0.34 0.00 0.35 0.36 0.33
OP1 0.12 0.26 0.16 0.22 0.24 0.11 0.29 0.15 0.32 0.25 0.30 0.25 0.22 0.30 0.20 0.11 0.30 0.13 0.02 0.35 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.23 0.15 0.14 0.21 0.15 0.27 0.19 0.31 0.22 0.28 0.22 0.19 0.29 0.16 0.15 0.30 0.17 0.02 0.36 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.21 0.12 0.16 0.20 0.04 0.26 0.04 0.29 0.24 0.26 0.20 0.18 0.29 0.17 0.07 0.26 0.10 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00