ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50122

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 7, 7, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.016, 0.029, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.018, 0.033, 0.047, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.019, 0.034, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.013, 0.033, 0.054, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.041 std_dev=0.025
O2' B 0, 0.515, 0.748, 0.981, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.748 std_dev=0.233
C2' B 0, 0.453, 0.751, 1.048, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.751 std_dev=0.298
N9 B 0, 1.027, 1.594, 2.162, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.594 std_dev=0.568
C2' A 0, 0.676, 1.244, 1.811, 2.562 max_d=2.562 avg_d=1.244 std_dev=0.568
O4' A 0, 0.585, 1.160, 1.736, 2.545 max_d=2.545 avg_d=1.160 std_dev=0.576
C1' B 0, 1.158, 1.813, 2.469, 2.339 max_d=2.339 avg_d=1.813 std_dev=0.655
C4 B 0, 0.380, 1.049, 1.719, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.049 std_dev=0.670
C4' A 0, 1.089, 1.824, 2.560, 3.253 max_d=3.253 avg_d=1.824 std_dev=0.736
C3' A 0, 1.178, 1.927, 2.677, 3.302 max_d=3.302 avg_d=1.927 std_dev=0.750
C5 B 0, 0.253, 1.046, 1.838, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.046 std_dev=0.793
O2' A 0, 0.883, 1.695, 2.507, 3.793 max_d=3.793 avg_d=1.695 std_dev=0.812
N7 B 0, 1.672, 2.538, 3.403, 3.446 max_d=3.446 avg_d=2.538 std_dev=0.866
C3' B 0, 1.841, 2.823, 3.806, 3.675 max_d=3.675 avg_d=2.823 std_dev=0.982
N3 B 0, 1.493, 2.476, 3.459, 4.320 max_d=4.320 avg_d=2.476 std_dev=0.983
O3' A 0, 1.793, 2.780, 3.767, 3.680 max_d=3.680 avg_d=2.780 std_dev=0.987
C8 B 0, 1.706, 2.832, 3.958, 3.812 max_d=3.812 avg_d=2.832 std_dev=1.126
O3' B 0, 2.172, 3.395, 4.618, 4.843 max_d=4.843 avg_d=3.395 std_dev=1.223
O4' B 0, 2.266, 3.578, 4.890, 4.425 max_d=4.425 avg_d=3.578 std_dev=1.312
C5' A 0, 1.203, 2.558, 3.913, 6.211 max_d=6.211 avg_d=2.558 std_dev=1.355
C4' B 0, 2.420, 3.781, 5.143, 4.588 max_d=4.588 avg_d=3.781 std_dev=1.362
C6 B 0, 0.005, 1.368, 2.730, 5.660 max_d=5.660 avg_d=1.368 std_dev=1.363
C2 B 0, 2.119, 3.555, 4.991, 6.272 max_d=6.272 avg_d=3.555 std_dev=1.436
N1 B 0, 1.554, 3.047, 4.541, 6.883 max_d=6.883 avg_d=3.047 std_dev=1.494
O6 B 0, -0.276, 1.400, 3.076, 6.613 max_d=6.613 avg_d=1.400 std_dev=1.676
O5' A 0, 0.345, 2.115, 3.885, 7.536 max_d=7.536 avg_d=2.115 std_dev=1.770
N2 B 0, 3.330, 5.369, 7.409, 7.917 max_d=7.917 avg_d=5.369 std_dev=2.040
C5' B 0, 3.719, 5.932, 8.146, 7.129 max_d=7.129 avg_d=5.932 std_dev=2.214
P A 0, -0.398, 2.259, 4.916, 10.537 max_d=10.537 avg_d=2.259 std_dev=2.657
O5' B 0, 4.384, 7.061, 9.738, 8.508 max_d=8.508 avg_d=7.061 std_dev=2.677
OP2 A 0, 1.463, 4.154, 6.844, 11.908 max_d=11.908 avg_d=4.154 std_dev=2.691
OP1 A 0, 0.905, 3.742, 6.578, 12.156 max_d=12.156 avg_d=3.742 std_dev=2.836
P B 0, 5.812, 9.438, 13.064, 11.115 max_d=11.115 avg_d=9.438 std_dev=3.626
OP2 B 0, 6.160, 10.006, 13.851, 11.787 max_d=11.787 avg_d=10.006 std_dev=3.845
OP1 B 0, 6.668, 10.845, 15.022, 12.738 max_d=12.738 avg_d=10.845 std_dev=4.177

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.16 0.36 0.11 0.17
C2 0.03 0.00 0.29 0.28 0.00 0.38 0.00 0.64 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.25 0.45 0.61 0.85 1.07 0.83
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.16 0.02 0.10 0.11 0.16 0.12 0.24 0.28 0.12 0.07 0.04 0.00 0.06 0.01 0.31 0.44 0.20 0.38
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.21 0.00 0.28 0.02 0.29 0.32 0.28 0.25 0.32 0.34 0.19 0.03 0.01 0.02 0.19 0.19 0.08 0.17
C4 0.02 0.00 0.16 0.21 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.21 0.23 0.07 0.48 0.40 0.12
C4' 0.02 0.38 0.02 0.00 0.14 0.00 0.08 0.01 0.10 0.34 0.26 0.38 0.09 0.27 0.09 0.22 0.04 0.00 0.01 0.10 0.18 0.03
C5 0.02 0.00 0.10 0.28 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.30 0.08 0.34 0.68 0.60 0.32
C5' 0.05 0.64 0.11 0.02 0.19 0.01 0.11 0.00 0.13 0.56 0.42 0.61 0.12 0.47 0.15 0.10 0.08 0.02 0.01 0.19 0.31 0.01
C6 0.02 0.00 0.16 0.29 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.33 0.18 0.16 0.58 0.59 0.11
C8 0.01 0.01 0.12 0.32 0.00 0.34 0.00 0.56 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.29 0.27 0.26 0.90 1.12 1.04 0.96
N1 0.03 0.00 0.24 0.28 0.01 0.26 0.00 0.42 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.30 0.34 0.31 0.63 0.79 0.48
N3 0.03 0.00 0.28 0.25 0.00 0.38 0.00 0.61 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.34 0.20 0.46 0.57 0.76 0.92 0.74
N6 0.03 0.01 0.12 0.32 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.38 0.11 0.34 0.72 0.75 0.33
N7 0.01 0.01 0.07 0.34 0.00 0.27 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.33 0.15 0.83 1.13 1.11 0.92
N9 0.01 0.01 0.04 0.19 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.12 0.16 0.01 0.34 0.58 0.38 0.33
O2' 0.02 0.35 0.00 0.03 0.17 0.22 0.17 0.10 0.19 0.29 0.27 0.34 0.19 0.26 0.12 0.00 0.10 0.16 0.19 0.32 0.18 0.29
O3' 0.04 0.25 0.06 0.01 0.21 0.04 0.30 0.08 0.33 0.27 0.30 0.20 0.38 0.33 0.16 0.10 0.00 0.03 0.18 0.33 0.10 0.14
O4' 0.01 0.45 0.01 0.02 0.23 0.00 0.08 0.02 0.18 0.26 0.34 0.46 0.11 0.15 0.01 0.16 0.03 0.00 0.07 0.16 0.17 0.08
O5' 0.16 0.61 0.31 0.19 0.07 0.01 0.34 0.01 0.16 0.90 0.31 0.57 0.34 0.83 0.34 0.19 0.18 0.07 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.36 0.85 0.44 0.19 0.48 0.10 0.68 0.19 0.58 1.12 0.63 0.76 0.72 1.13 0.58 0.32 0.33 0.16 0.03 0.00 0.01 0.02
OP2 0.11 1.07 0.20 0.08 0.40 0.18 0.60 0.31 0.59 1.04 0.79 0.92 0.75 1.11 0.38 0.18 0.10 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.83 0.38 0.17 0.12 0.03 0.32 0.01 0.11 0.96 0.48 0.74 0.33 0.92 0.33 0.29 0.14 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.51 1.04 0.18 0.52 0.58 1.02 0.68 1.33 0.87 0.71 1.06 1.36 0.73 0.70 0.53 0.21 0.52 0.99 1.62 0.93 2.45 2.89 2.37
C2 0.20 0.62 0.23 0.53 0.24 0.69 0.25 0.87 0.40 0.24 0.58 0.84 0.44 0.19 0.14 0.24 0.69 0.48 1.24 0.41 1.59 2.44 1.79
C2' 0.63 1.00 0.31 0.71 0.55 1.24 0.72 1.64 0.89 0.90 1.05 1.36 0.64 0.85 0.62 0.31 0.62 1.18 1.91 0.98 2.91 3.10 2.69
C3' 0.57 0.88 0.51 0.65 0.23 1.10 0.15 1.46 0.43 0.57 0.78 1.30 0.60 0.37 0.37 0.70 0.67 1.04 1.61 0.45 2.70 2.69 2.37
C4 0.33 0.77 0.19 0.50 0.37 0.81 0.41 1.01 0.56 0.41 0.73 1.01 0.56 0.38 0.30 0.24 0.59 0.69 1.34 0.58 1.83 2.59 1.95
C4' 0.54 0.77 0.47 0.64 0.13 1.05 0.07 1.36 0.37 0.54 0.70 1.16 0.48 0.33 0.35 0.58 0.69 1.03 1.49 0.40 2.49 2.58 2.21
C5 0.28 0.62 0.20 0.45 0.29 0.69 0.30 0.81 0.42 0.30 0.57 0.82 0.47 0.26 0.22 0.24 0.56 0.57 1.06 0.42 1.40 2.14 1.55
C5' 0.90 0.89 0.84 0.95 0.63 1.25 0.57 1.50 0.56 0.87 0.78 1.23 0.75 0.71 0.77 0.85 0.95 1.27 1.54 0.52 2.47 2.43 2.15
C6 0.20 0.45 0.25 0.49 0.16 0.59 0.14 0.69 0.26 0.20 0.40 0.63 0.34 0.13 0.12 0.24 0.64 0.41 0.90 0.25 1.11 1.85 1.27
C8 0.52 0.89 0.17 0.44 0.51 0.92 0.56 1.11 0.69 0.60 0.85 1.14 0.67 0.56 0.48 0.20 0.42 0.95 1.24 0.71 1.83 2.29 1.81
N1 0.20 0.48 0.26 0.53 0.16 0.63 0.14 0.77 0.27 0.22 0.43 0.67 0.35 0.14 0.12 0.24 0.69 0.43 1.02 0.26 1.26 2.05 1.44
N3 0.27 0.75 0.21 0.53 0.34 0.79 0.38 1.00 0.54 0.36 0.72 1.00 0.54 0.33 0.24 0.24 0.66 0.62 1.41 0.57 1.89 2.72 2.05
N6 0.26 0.28 0.29 0.53 0.12 0.60 0.13 0.68 0.12 0.30 0.22 0.43 0.21 0.24 0.21 0.21 0.65 0.43 0.68 0.12 0.85 1.32 0.89
N7 0.41 0.68 0.16 0.39 0.37 0.75 0.38 0.84 0.49 0.41 0.62 0.86 0.53 0.37 0.34 0.21 0.43 0.74 0.97 0.49 1.37 1.92 1.43
N9 0.46 0.91 0.18 0.49 0.49 0.94 0.56 1.18 0.72 0.58 0.89 1.19 0.66 0.56 0.44 0.22 0.52 0.89 1.44 0.75 2.09 2.67 2.10
O2' 0.87 1.39 0.56 0.98 1.00 1.49 1.21 1.98 1.41 1.29 1.52 1.71 1.01 1.32 0.99 0.27 0.85 1.40 2.38 1.54 3.42 3.62 3.23
O3' 0.58 1.03 0.53 0.64 0.32 1.10 0.21 1.49 0.54 0.54 0.93 1.48 0.74 0.32 0.36 0.76 0.64 1.03 1.66 0.57 2.84 2.71 2.45
O4' 0.46 0.75 0.29 0.53 0.21 0.96 0.28 1.24 0.48 0.50 0.72 1.08 0.45 0.37 0.32 0.37 0.59 0.95 1.42 0.52 2.29 2.60 2.14
O5' 1.34 1.32 1.31 1.38 1.19 1.58 1.15 1.79 1.10 1.35 1.21 1.55 1.26 1.24 1.28 1.28 1.35 1.61 1.80 1.05 2.60 2.50 2.28
OP1 2.11 1.94 1.88 1.98 1.98 2.24 2.01 2.41 1.94 2.21 1.94 2.08 1.90 2.13 2.11 1.70 1.81 2.37 2.35 1.93 2.97 2.84 2.69
OP2 2.00 2.59 2.04 1.93 2.30 1.84 2.30 1.91 2.38 2.15 2.50 2.78 2.46 2.22 2.15 1.86 1.82 1.94 2.01 2.35 2.38 2.32 2.18
P 1.72 1.95 1.65 1.67 1.76 1.81 1.78 2.00 1.80 1.85 1.89 2.17 1.83 1.82 1.77 1.49 1.57 1.90 2.00 1.78 2.67 2.50 2.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.27 0.02 0.09 0.12 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.11 0.04 0.43 0.01 0.18 0.45 0.39
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.03 0.06 0.22 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.08 0.07 0.12 0.08 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.16 0.16 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.47 0.01 0.18 0.51 0.43
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.13 0.39 0.14
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.56 0.01 0.30 0.84 0.62
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.05 0.04 0.06 0.02 0.01 0.08 0.06 0.15 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.57 0.00 0.34 0.91 0.66
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.02 0.58 0.02 0.26 0.81 0.61
N1 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.09 0.03 0.51 0.00 0.27 0.70 0.53
N2 0.04 0.01 0.10 0.12 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.12 0.15 0.05 0.39 0.01 0.17 0.33 0.31
N3 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.39 0.01 0.14 0.32 0.31
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.62 0.01 0.36 1.05 0.74
N9 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.45 0.02 0.13 0.42 0.38
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.12 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.17 0.61 0.24
O3' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.07 0.09 0.09 0.15 0.10 0.09 0.03 0.03 0.00 0.02 0.10 0.08 0.20 0.42 0.14
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.22 0.03 0.18 0.18 0.07
O5' 0.27 0.43 0.16 0.11 0.47 0.01 0.56 0.01 0.57 0.58 0.51 0.39 0.39 0.62 0.45 0.03 0.10 0.22 0.00 0.61 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.03 0.61 0.00 0.42 1.11 0.77
OP1 0.09 0.18 0.06 0.16 0.18 0.13 0.30 0.06 0.34 0.26 0.27 0.17 0.14 0.36 0.13 0.17 0.20 0.18 0.02 0.42 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.45 0.22 0.16 0.51 0.39 0.84 0.15 0.91 0.81 0.70 0.33 0.32 1.05 0.42 0.61 0.42 0.18 0.02 1.11 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.39 0.04 0.04 0.43 0.14 0.62 0.01 0.66 0.61 0.53 0.31 0.31 0.74 0.38 0.24 0.14 0.07 0.00 0.77 0.00 0.01 0.00