ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50123

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 3, 5, 1, 3, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.015, 0.055, 0.094, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.055 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.013, 0.064, 0.114, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.064 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.027, 0.086, 0.145, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.086 std_dev=0.059
O2' A 0, 0.031, 0.096, 0.161, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.096 std_dev=0.065
C3' A 0, 0.024, 0.098, 0.172, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.098 std_dev=0.074
C5' A 0, 0.052, 0.150, 0.249, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.150 std_dev=0.099
O5' A 0, 0.069, 0.176, 0.284, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.176 std_dev=0.108
O3' A 0, 0.034, 0.148, 0.261, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.148 std_dev=0.114
C5' B 0, 0.257, 0.402, 0.547, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.402 std_dev=0.145
O4' B 0, 0.178, 0.352, 0.526, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.352 std_dev=0.174
P A 0, 0.044, 0.219, 0.394, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.219 std_dev=0.175
C4' B 0, 0.211, 0.390, 0.568, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.390 std_dev=0.178
N3 B 0, 0.161, 0.343, 0.524, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.343 std_dev=0.181
C4 B 0, 0.238, 0.424, 0.609, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.424 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.320, 0.515, 0.709, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.515 std_dev=0.194
O5' B 0, 0.255, 0.453, 0.650, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.453 std_dev=0.198
C6 B 0, 0.312, 0.510, 0.709, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.510 std_dev=0.199
N9 B 0, 0.268, 0.472, 0.676, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.472 std_dev=0.204
C2 B 0, 0.155, 0.362, 0.568, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.362 std_dev=0.206
OP1 A 0, 0.065, 0.273, 0.480, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.273 std_dev=0.207
N1 B 0, 0.225, 0.433, 0.641, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.433 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.199, 0.415, 0.630, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.415 std_dev=0.215
OP2 A 0, 0.046, 0.263, 0.480, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.263 std_dev=0.217
O6 B 0, 0.368, 0.587, 0.805, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.587 std_dev=0.219
N7 B 0, 0.402, 0.624, 0.846, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.624 std_dev=0.222
C8 B 0, 0.369, 0.599, 0.829, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.599 std_dev=0.230
C3' B 0, 0.227, 0.460, 0.693, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.460 std_dev=0.233
N2 B 0, 0.132, 0.367, 0.602, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.367 std_dev=0.235
O3' B 0, 0.200, 0.438, 0.677, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.438 std_dev=0.239
OP2 B 0, 0.152, 0.395, 0.639, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.395 std_dev=0.244
P B 0, 0.203, 0.457, 0.711, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.457 std_dev=0.254
C2' B 0, 0.235, 0.492, 0.749, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.492 std_dev=0.257
O2' B 0, 0.269, 0.571, 0.874, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.571 std_dev=0.303
OP1 B 0, 0.232, 0.540, 0.847, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.540 std_dev=0.307

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
N6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.08 0.09 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.11 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04
O5' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.08 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.07 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.06 0.04 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.09 0.05 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.07 0.15 0.11 0.19 0.10 0.14
C2 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.15 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.08 0.19 0.11 0.17 0.09 0.14
C2' 0.09 0.12 0.08 0.07 0.10 0.08 0.10 0.11 0.11 0.09 0.12 0.13 0.11 0.10 0.09 0.14 0.07 0.06 0.15 0.12 0.19 0.09 0.13
C3' 0.08 0.13 0.07 0.06 0.11 0.07 0.11 0.09 0.12 0.10 0.13 0.15 0.12 0.10 0.10 0.14 0.06 0.05 0.13 0.13 0.19 0.08 0.12
C4 0.10 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.13 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.06 0.17 0.10 0.18 0.09 0.13
C4' 0.10 0.13 0.09 0.08 0.12 0.08 0.12 0.09 0.12 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.15 0.08 0.07 0.12 0.13 0.19 0.09 0.12
C5 0.10 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.06 0.17 0.10 0.19 0.08 0.14
C5' 0.11 0.14 0.10 0.07 0.12 0.07 0.13 0.08 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.12 0.12 0.16 0.08 0.08 0.10 0.14 0.19 0.08 0.11
C6 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09 0.15 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.20 0.09 0.19 0.08 0.14
C8 0.11 0.13 0.09 0.09 0.12 0.09 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.12 0.08 0.08 0.14 0.13 0.20 0.10 0.14
N1 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.16 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.21 0.10 0.18 0.09 0.14
N3 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.18 0.10 0.17 0.09 0.13
N6 0.10 0.08 0.10 0.12 0.08 0.13 0.08 0.17 0.08 0.10 0.08 0.12 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.21 0.09 0.20 0.09 0.15
N7 0.11 0.13 0.08 0.09 0.12 0.09 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.08 0.08 0.16 0.12 0.21 0.10 0.14
N9 0.10 0.11 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.08 0.07 0.15 0.11 0.19 0.09 0.14
O2' 0.09 0.12 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.09 0.13 0.13 0.11 0.10 0.09 0.14 0.07 0.06 0.16 0.12 0.19 0.10 0.14
O3' 0.08 0.14 0.07 0.05 0.11 0.07 0.12 0.09 0.13 0.10 0.14 0.17 0.12 0.11 0.10 0.15 0.05 0.05 0.12 0.14 0.19 0.08 0.12
O4' 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.14 0.10 0.08 0.13 0.12 0.19 0.10 0.13
O5' 0.10 0.14 0.09 0.08 0.13 0.08 0.13 0.09 0.14 0.12 0.14 0.16 0.13 0.13 0.12 0.16 0.08 0.08 0.11 0.14 0.21 0.08 0.13
OP1 0.14 0.19 0.15 0.12 0.17 0.10 0.17 0.10 0.18 0.17 0.19 0.21 0.17 0.18 0.16 0.20 0.12 0.11 0.11 0.19 0.21 0.11 0.14
OP2 0.14 0.16 0.14 0.13 0.15 0.12 0.15 0.12 0.16 0.15 0.16 0.18 0.16 0.16 0.15 0.19 0.13 0.12 0.12 0.16 0.21 0.13 0.14
P 0.12 0.16 0.12 0.10 0.14 0.09 0.14 0.09 0.15 0.14 0.15 0.17 0.15 0.14 0.13 0.17 0.10 0.10 0.11 0.15 0.21 0.11 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.21 0.08 0.09
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.18 0.00 0.25 0.16 0.19
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.25 0.11 0.14
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.20 0.06 0.10
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.11 0.00 0.24 0.13 0.16
C4' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.05 0.08 0.13 0.10 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.12 0.00 0.25 0.16 0.17
C5' 0.03 0.17 0.04 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.12 0.11 0.15 0.21 0.16 0.11 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.12 0.07 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.13 0.00 0.25 0.17 0.18
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.03 0.12 0.01 0.24 0.17 0.17
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.16 0.00 0.25 0.17 0.18
N2 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.13 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.09 0.22 0.01 0.27 0.19 0.21
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.07 0.16 0.00 0.25 0.14 0.17
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.13 0.01 0.25 0.19 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.08 0.01 0.23 0.12 0.13
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.05 0.09 0.04 0.04 0.03 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.29 0.14 0.17
O3' 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.20 0.04 0.08
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.13 0.09 0.03
O5' 0.04 0.18 0.06 0.03 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.16 0.22 0.16 0.13 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.14 0.00 0.25 0.19 0.19
OP1 0.21 0.25 0.25 0.20 0.24 0.12 0.25 0.07 0.25 0.24 0.25 0.27 0.25 0.25 0.23 0.29 0.20 0.13 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.16 0.11 0.06 0.13 0.05 0.16 0.07 0.17 0.17 0.17 0.19 0.14 0.19 0.12 0.14 0.04 0.09 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.19 0.14 0.10 0.16 0.03 0.17 0.01 0.18 0.17 0.18 0.21 0.17 0.19 0.13 0.17 0.08 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00