ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50124

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.015, 0.025, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.015, 0.026, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.020, 0.032, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.032 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.023, 0.040, 0.056, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.040 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.015, 0.033, 0.050, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.022, 0.040, 0.059, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.040 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.019, 0.042, 0.065, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.042 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.039, 0.085, 0.131, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.085 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.072, 0.151, 0.231, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.151 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.059, 0.152, 0.244, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.152 std_dev=0.092
C1' B 0, 0.127, 0.220, 0.313, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.220 std_dev=0.093
N3 B 0, 0.131, 0.225, 0.320, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.225 std_dev=0.095
C2' B 0, 0.127, 0.224, 0.322, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.224 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.071, 0.168, 0.266, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.098
N9 B 0, 0.125, 0.228, 0.331, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.228 std_dev=0.103
C4 B 0, 0.122, 0.228, 0.333, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.228 std_dev=0.105
O2' B 0, 0.127, 0.234, 0.342, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.234 std_dev=0.108
O3' B 0, 0.130, 0.239, 0.348, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.239 std_dev=0.109
C3' B 0, 0.147, 0.258, 0.370, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.258 std_dev=0.112
C4' B 0, 0.148, 0.261, 0.373, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.261 std_dev=0.112
C2 B 0, 0.124, 0.236, 0.349, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.236 std_dev=0.113
O4' B 0, 0.127, 0.244, 0.360, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.244 std_dev=0.116
C5' B 0, 0.148, 0.264, 0.381, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.264 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.143, 0.264, 0.385, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.264 std_dev=0.121
N2 B 0, 0.136, 0.258, 0.380, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.258 std_dev=0.122
C5' A 0, 0.068, 0.193, 0.318, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.193 std_dev=0.125
O3' A 0, 0.107, 0.234, 0.362, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.234 std_dev=0.128
O5' B 0, 0.122, 0.250, 0.378, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.250 std_dev=0.128
C8 B 0, 0.131, 0.261, 0.392, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.261 std_dev=0.131
P B 0, 0.149, 0.281, 0.412, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.281 std_dev=0.131
O5' A 0, 0.103, 0.236, 0.369, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.133
C5 B 0, 0.109, 0.244, 0.380, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.244 std_dev=0.135
OP1 B 0, 0.169, 0.310, 0.452, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.310 std_dev=0.142
N1 B 0, 0.093, 0.239, 0.384, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.239 std_dev=0.146
N7 B 0, 0.120, 0.273, 0.426, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.273 std_dev=0.153
C6 B 0, 0.078, 0.237, 0.397, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.237 std_dev=0.159
O6 B 0, 0.075, 0.249, 0.423, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.249 std_dev=0.174
P A 0, 0.134, 0.318, 0.502, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.318 std_dev=0.184
OP2 B 0, 0.174, 0.359, 0.545, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.359 std_dev=0.186
OP2 A 0, 0.210, 0.424, 0.638, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.424 std_dev=0.214
OP1 A 0, 0.095, 0.309, 0.524, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.309 std_dev=0.214

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
C2 0.04 0.00 0.08 0.08 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.08 0.04 0.09 0.12 0.11 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.06 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.04
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.09 0.09 0.09
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.09 0.10 0.08
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02 0.08 0.10 0.10 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.08 0.08 0.07
N1 0.04 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.08 0.11 0.11 0.10
N3 0.04 0.01 0.07 0.07 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.04 0.09 0.11 0.10 0.09
N6 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.07 0.09 0.10 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.08 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.08 0.08 0.07
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.08 0.02 0.10 0.10 0.07 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.06 0.05
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.04 0.09 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.12 0.07 0.07 0.09 0.04 0.09 0.03 0.10 0.08 0.11 0.11 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.11 0.06 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.10 0.04 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.12 0.08 0.06 0.10 0.05 0.11 0.05 0.12 0.09 0.13 0.13 0.10 0.10 0.08 0.14 0.06 0.08 0.07 0.13 0.11 0.14 0.09
C2 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.11 0.06 0.11 0.06 0.04 0.08 0.05 0.10 0.09 0.06 0.05 0.13 0.09 0.14 0.08
C2' 0.05 0.12 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.05 0.12 0.08 0.13 0.13 0.09 0.10 0.07 0.14 0.05 0.07 0.05 0.13 0.10 0.12 0.08
C3' 0.05 0.11 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.05 0.11 0.07 0.12 0.13 0.09 0.09 0.07 0.13 0.06 0.07 0.05 0.12 0.09 0.12 0.07
C4 0.04 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.04 0.11 0.07 0.11 0.09 0.06 0.09 0.05 0.11 0.07 0.06 0.04 0.12 0.10 0.14 0.08
C4' 0.06 0.13 0.07 0.06 0.10 0.06 0.11 0.06 0.12 0.08 0.13 0.14 0.11 0.10 0.08 0.14 0.06 0.08 0.06 0.13 0.11 0.13 0.09
C5 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.11 0.07 0.10 0.07 0.06 0.09 0.06 0.10 0.10 0.08 0.04 0.12 0.10 0.14 0.08
C5' 0.06 0.13 0.07 0.05 0.10 0.06 0.11 0.07 0.12 0.08 0.13 0.14 0.11 0.09 0.08 0.14 0.06 0.08 0.06 0.13 0.09 0.11 0.08
C6 0.10 0.07 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.07 0.12 0.09 0.10 0.06 0.07 0.10 0.08 0.10 0.12 0.10 0.05 0.13 0.10 0.14 0.09
C8 0.07 0.10 0.07 0.06 0.09 0.07 0.10 0.06 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.08 0.14 0.07 0.09 0.06 0.12 0.11 0.13 0.09
N1 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.12 0.08 0.10 0.06 0.06 0.10 0.07 0.11 0.11 0.09 0.05 0.14 0.09 0.15 0.08
N3 0.04 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.11 0.06 0.11 0.09 0.05 0.08 0.04 0.11 0.07 0.06 0.05 0.13 0.10 0.14 0.08
N6 0.15 0.09 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.11 0.13 0.14 0.11 0.07 0.11 0.15 0.14 0.13 0.15 0.14 0.08 0.15 0.11 0.15 0.10
N7 0.08 0.09 0.06 0.07 0.08 0.09 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.12 0.10 0.09 0.05 0.11 0.10 0.14 0.09
N9 0.05 0.11 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.05 0.11 0.08 0.11 0.11 0.09 0.09 0.07 0.13 0.05 0.07 0.05 0.12 0.11 0.13 0.09
O2' 0.07 0.14 0.09 0.07 0.11 0.06 0.13 0.06 0.15 0.10 0.15 0.15 0.11 0.12 0.10 0.16 0.06 0.08 0.07 0.16 0.11 0.13 0.10
O3' 0.05 0.12 0.06 0.05 0.09 0.05 0.10 0.05 0.12 0.07 0.13 0.14 0.10 0.09 0.07 0.13 0.06 0.07 0.05 0.14 0.09 0.11 0.07
O4' 0.07 0.13 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.07 0.12 0.09 0.13 0.14 0.11 0.10 0.09 0.14 0.07 0.09 0.08 0.13 0.12 0.15 0.10
O5' 0.07 0.12 0.07 0.05 0.10 0.06 0.10 0.07 0.12 0.08 0.13 0.13 0.11 0.09 0.08 0.15 0.06 0.08 0.05 0.12 0.09 0.10 0.07
OP1 0.07 0.13 0.09 0.06 0.10 0.05 0.11 0.07 0.13 0.09 0.13 0.14 0.12 0.10 0.09 0.16 0.05 0.07 0.06 0.13 0.08 0.10 0.07
OP2 0.08 0.11 0.11 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.17 0.08 0.07 0.09 0.13 0.10 0.10 0.09
P 0.07 0.12 0.09 0.05 0.10 0.05 0.10 0.07 0.12 0.08 0.12 0.13 0.11 0.09 0.08 0.16 0.05 0.07 0.05 0.12 0.07 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.09 0.10 0.07
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.05 0.07 0.01 0.10 0.13 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.13 0.13 0.10
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.11 0.13 0.09
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.08 0.01 0.12 0.14 0.10
C5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.09 0.00 0.12 0.15 0.11
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.09 0.01 0.12 0.14 0.11
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.08 0.00 0.11 0.14 0.10
N2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.07 0.07 0.01 0.10 0.13 0.09
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.05 0.06 0.01 0.10 0.12 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.10 0.01 0.13 0.15 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.11 0.12 0.09
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.09 0.06 0.03 0.00 0.05 0.03 0.07 0.05 0.16 0.19 0.13
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.06 0.05
O4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.05
O5' 0.04 0.07 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.10 0.07 0.07 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.09 0.00 0.13 0.15 0.11
OP1 0.09 0.10 0.13 0.10 0.11 0.05 0.12 0.02 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.16 0.09 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.13 0.13 0.07 0.13 0.03 0.14 0.01 0.15 0.14 0.14 0.13 0.12 0.15 0.12 0.19 0.06 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.10 0.05 0.09 0.03 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08 0.11 0.09 0.13 0.05 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00