ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50125

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.018, 0.041, 0.063, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.041 std_dev=0.023
O2' B 0, 0.091, 0.301, 0.510, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.301 std_dev=0.209
O4' A 0, 0.010, 0.328, 0.645, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.328 std_dev=0.317
C2' A 0, -0.029, 0.331, 0.690, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.331 std_dev=0.360
C2' B 0, 0.080, 0.530, 0.980, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.530 std_dev=0.450
C4' A 0, 0.012, 0.513, 1.013, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.513 std_dev=0.500
C3' A 0, 0.024, 0.536, 1.047, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.536 std_dev=0.512
O2' A 0, -0.162, 0.413, 0.989, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.413 std_dev=0.575
O4' B 0, 0.248, 0.883, 1.519, 2.656 max_d=2.656 avg_d=0.883 std_dev=0.635
C4' B 0, 0.142, 0.801, 1.459, 2.425 max_d=2.425 avg_d=0.801 std_dev=0.658
C1' B 0, 0.157, 0.820, 1.482, 2.511 max_d=2.511 avg_d=0.820 std_dev=0.662
O3' A 0, 0.087, 0.755, 1.422, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.755 std_dev=0.668
O5' A 0, 0.059, 0.799, 1.539, 2.233 max_d=2.233 avg_d=0.799 std_dev=0.740
C5' A 0, 0.058, 0.808, 1.558, 2.547 max_d=2.547 avg_d=0.808 std_dev=0.750
C3' B 0, -0.032, 0.732, 1.496, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.732 std_dev=0.764
P A 0, 0.202, 1.060, 1.917, 2.753 max_d=2.753 avg_d=1.060 std_dev=0.857
OP1 A 0, 0.320, 1.281, 2.243, 3.646 max_d=3.646 avg_d=1.281 std_dev=0.962
O3' B 0, -0.210, 0.776, 1.762, 3.147 max_d=3.147 avg_d=0.776 std_dev=0.986
C5' B 0, 0.031, 1.074, 2.117, 3.604 max_d=3.604 avg_d=1.074 std_dev=1.043
C8 B 0, 0.259, 1.314, 2.370, 4.027 max_d=4.027 avg_d=1.314 std_dev=1.056
OP2 A 0, 0.024, 1.082, 2.141, 3.872 max_d=3.872 avg_d=1.082 std_dev=1.058
N9 B 0, 0.073, 1.173, 2.272, 3.655 max_d=3.655 avg_d=1.173 std_dev=1.099
O5' B 0, -0.179, 1.292, 2.764, 4.939 max_d=4.939 avg_d=1.292 std_dev=1.472
N7 B 0, 0.124, 1.644, 3.164, 5.346 max_d=5.346 avg_d=1.644 std_dev=1.520
C4 B 0, -0.276, 1.492, 3.259, 5.933 max_d=5.933 avg_d=1.492 std_dev=1.767
C5 B 0, -0.175, 1.768, 3.711, 6.110 max_d=6.110 avg_d=1.768 std_dev=1.943
P B 0, -0.373, 1.678, 3.730, 6.701 max_d=6.701 avg_d=1.678 std_dev=2.051
OP1 B 0, -0.333, 1.815, 3.963, 6.865 max_d=6.865 avg_d=1.815 std_dev=2.148
N3 B 0, -0.647, 1.573, 3.794, 7.602 max_d=7.602 avg_d=1.573 std_dev=2.221
C6 B 0, -0.429, 2.164, 4.757, 8.271 max_d=8.271 avg_d=2.164 std_dev=2.593
OP2 B 0, -0.808, 1.989, 4.786, 9.248 max_d=9.248 avg_d=1.989 std_dev=2.797
C2 B 0, -0.859, 1.977, 4.813, 9.607 max_d=9.607 avg_d=1.977 std_dev=2.836
O6 B 0, -0.394, 2.458, 5.309, 8.767 max_d=8.767 avg_d=2.458 std_dev=2.851
N1 B 0, -0.754, 2.245, 5.244, 9.953 max_d=9.953 avg_d=2.245 std_dev=2.999
N2 B 0, -1.154, 2.205, 5.564, 11.458 max_d=11.458 avg_d=2.205 std_dev=3.359

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.05 0.24 0.20 0.11
C2 0.03 0.00 0.26 0.23 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.26 0.15 0.11 0.57 0.39 0.26
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.13 0.01 0.05 0.09 0.10 0.15 0.19 0.26 0.06 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.42 0.16 0.25
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.17 0.00 0.19 0.02 0.21 0.21 0.23 0.21 0.22 0.21 0.13 0.02 0.01 0.02 0.07 0.22 0.08 0.12
C4 0.01 0.01 0.13 0.17 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.08 0.13 0.52 0.40 0.27
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.04 0.15 0.05 0.08 0.06 0.13 0.05 0.18 0.03 0.00 0.01 0.10 0.24 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.19 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.11 0.03 0.20 0.65 0.55 0.37
C5' 0.03 0.10 0.09 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.04 0.16 0.07 0.10 0.06 0.14 0.04 0.08 0.12 0.01 0.01 0.28 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.21 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.14 0.06 0.20 0.70 0.58 0.38
C8 0.01 0.01 0.15 0.21 0.00 0.15 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.29 0.17 0.11 0.26 0.53 0.52 0.38
N1 0.02 0.00 0.19 0.23 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.12 0.15 0.66 0.50 0.33
N3 0.03 0.00 0.26 0.21 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.25 0.15 0.09 0.48 0.32 0.22
N6 0.02 0.01 0.06 0.22 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.15 0.04 0.23 0.77 0.68 0.44
N7 0.01 0.01 0.09 0.21 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.28 0.16 0.06 0.28 0.68 0.65 0.44
N9 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.05 0.01 0.13 0.42 0.34 0.25
O2' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.09 0.18 0.17 0.08 0.14 0.29 0.12 0.18 0.19 0.28 0.13 0.00 0.03 0.13 0.15 0.42 0.17 0.22
O3' 0.14 0.26 0.01 0.01 0.13 0.03 0.11 0.12 0.14 0.17 0.21 0.25 0.15 0.16 0.05 0.03 0.00 0.09 0.08 0.26 0.16 0.08
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.11 0.12 0.15 0.04 0.06 0.01 0.13 0.09 0.00 0.08 0.19 0.30 0.17
O5' 0.05 0.11 0.22 0.07 0.13 0.01 0.20 0.01 0.20 0.26 0.15 0.09 0.23 0.28 0.13 0.15 0.08 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.24 0.57 0.42 0.22 0.52 0.10 0.65 0.28 0.70 0.53 0.66 0.48 0.77 0.68 0.42 0.42 0.26 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.39 0.16 0.08 0.40 0.24 0.55 0.30 0.58 0.52 0.50 0.32 0.68 0.65 0.34 0.17 0.16 0.30 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.26 0.25 0.12 0.27 0.03 0.37 0.01 0.38 0.38 0.33 0.22 0.44 0.44 0.25 0.22 0.08 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.62 1.76 0.39 0.24 1.22 0.27 1.30 0.24 1.59 0.86 1.80 2.00 1.44 1.08 0.88 0.16 0.13 0.49 0.44 1.64 0.60 0.34 0.23
C2 0.48 1.40 0.20 0.22 0.91 0.17 0.90 0.25 1.11 0.50 1.34 1.67 1.18 0.65 0.62 0.15 0.58 0.33 0.25 1.11 1.32 0.70 0.75
C2' 0.71 2.14 0.44 0.30 1.45 0.33 1.59 0.33 1.96 1.08 2.22 2.46 1.70 1.35 1.05 0.13 0.16 0.59 0.53 2.04 0.62 0.54 0.40
C3' 0.95 2.36 0.69 0.59 1.75 0.60 1.95 0.63 2.34 1.38 2.55 2.58 1.92 1.71 1.34 0.34 0.27 0.85 0.95 2.46 0.46 1.07 0.76
C4 0.56 1.53 0.30 0.09 1.05 0.15 1.05 0.12 1.26 0.65 1.48 1.77 1.31 0.82 0.75 0.16 0.32 0.41 0.17 1.26 0.92 0.22 0.37
C4' 0.75 1.77 0.57 0.51 1.37 0.47 1.58 0.50 1.87 1.17 1.96 1.87 1.44 1.44 1.08 0.26 0.32 0.65 0.82 2.01 0.50 0.92 0.65
C5 0.54 1.34 0.28 0.12 0.94 0.16 0.90 0.14 1.07 0.56 1.26 1.53 1.20 0.69 0.67 0.15 0.36 0.39 0.16 1.04 0.96 0.29 0.42
C5' 0.73 1.46 0.63 0.66 1.27 0.56 1.54 0.63 1.77 1.24 1.72 1.45 1.20 1.50 1.06 0.28 0.53 0.67 1.00 1.93 0.68 1.21 0.90
C6 0.45 1.16 0.19 0.25 0.78 0.18 0.73 0.24 0.88 0.41 1.07 1.36 1.03 0.52 0.54 0.14 0.58 0.32 0.26 0.85 1.26 0.65 0.71
C8 0.63 1.56 0.42 0.29 1.16 0.32 1.16 0.31 1.34 0.80 1.51 1.71 1.39 0.96 0.86 0.16 0.10 0.51 0.47 1.32 0.55 0.37 0.25
N1 0.43 1.22 0.17 0.30 0.79 0.22 0.75 0.31 0.93 0.40 1.15 1.46 1.05 0.53 0.53 0.14 0.66 0.30 0.36 0.92 1.42 0.85 0.87
N3 0.54 1.54 0.26 0.11 1.03 0.12 1.03 0.14 1.27 0.61 1.50 1.82 1.29 0.79 0.71 0.16 0.43 0.37 0.13 1.28 1.10 0.41 0.53
N6 0.37 0.90 0.18 0.36 0.60 0.26 0.53 0.32 0.65 0.30 0.81 1.07 0.82 0.36 0.41 0.15 0.70 0.30 0.38 0.62 1.38 0.82 0.85
N7 0.60 1.33 0.37 0.21 1.00 0.26 0.95 0.25 1.09 0.65 1.25 1.46 1.23 0.77 0.75 0.16 0.17 0.47 0.34 1.05 0.68 0.19 0.22
N9 0.61 1.66 0.37 0.19 1.16 0.24 1.19 0.21 1.42 0.78 1.63 1.88 1.41 0.97 0.84 0.16 0.16 0.48 0.36 1.43 0.68 0.21 0.21
O2' 0.62 2.06 0.38 0.26 1.33 0.28 1.49 0.27 1.89 1.01 2.17 2.43 1.59 1.26 0.94 0.20 0.25 0.50 0.38 2.00 0.82 0.37 0.41
O3' 1.04 2.62 0.74 0.65 1.95 0.66 2.23 0.71 2.71 1.57 2.91 2.84 2.10 1.96 1.49 0.33 0.30 0.93 1.07 2.91 0.55 1.24 0.90
O4' 0.60 1.49 0.43 0.35 1.12 0.32 1.25 0.32 1.49 0.89 1.60 1.62 1.22 1.10 0.85 0.20 0.23 0.49 0.57 1.57 0.51 0.53 0.35
O5' 0.88 1.55 0.79 0.84 1.41 0.74 1.65 0.82 1.82 1.36 1.77 1.50 1.34 1.60 1.21 0.43 0.67 0.83 1.21 1.93 0.78 1.46 1.11
OP1 0.76 1.15 0.63 0.73 0.98 0.77 1.22 0.84 1.39 0.99 1.28 1.29 1.04 1.25 0.84 0.76 0.64 0.83 1.33 1.59 0.82 1.84 1.29
OP2 1.29 0.94 1.29 1.47 1.37 1.38 1.55 1.48 1.35 1.74 1.05 0.89 1.03 1.77 1.50 0.91 1.34 1.35 1.88 1.37 1.55 2.16 1.85
P 0.93 1.15 0.92 1.07 1.22 0.96 1.45 1.07 1.48 1.38 1.30 1.15 1.08 1.54 1.17 0.63 0.98 0.96 1.54 1.57 1.13 1.91 1.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.13 0.02 0.46 0.20 0.14
C2 0.05 0.00 0.21 0.63 0.01 0.54 0.01 0.84 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.71 0.26 0.55 0.01 0.77 0.41 0.51
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.02 0.09 0.12 0.15 0.25 0.21 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.08 0.45 0.23 0.11
C3' 0.01 0.63 0.00 0.00 0.29 0.00 0.12 0.02 0.24 0.31 0.46 0.79 0.62 0.20 0.03 0.02 0.00 0.02 0.27 0.16 0.26 0.25 0.10
C4 0.02 0.01 0.11 0.29 0.00 0.25 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.29 0.14 0.23 0.01 0.43 0.43 0.24
C4' 0.01 0.54 0.02 0.00 0.25 0.00 0.11 0.00 0.22 0.27 0.40 0.67 0.51 0.17 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.16 0.44 0.13 0.20
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.06 0.31 0.01 0.30 0.78 0.40
C5' 0.03 0.84 0.02 0.02 0.38 0.00 0.22 0.00 0.38 0.41 0.66 1.07 0.76 0.28 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.31 0.07 0.09 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.24 0.01 0.22 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.27 0.11 0.28 0.00 0.36 0.72 0.37
C8 0.01 0.01 0.12 0.31 0.00 0.27 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.32 0.17 0.71 0.02 0.39 1.10 0.70
N1 0.04 0.00 0.15 0.46 0.01 0.40 0.01 0.66 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.52 0.20 0.39 0.00 0.56 0.45 0.35
N2 0.06 0.00 0.25 0.79 0.01 0.67 0.01 1.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.93 0.31 0.77 0.01 1.01 0.63 0.74
N3 0.05 0.01 0.21 0.62 0.00 0.51 0.01 0.76 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.65 0.26 0.49 0.01 0.77 0.36 0.48
N7 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.22 0.09 0.64 0.02 0.45 1.20 0.74
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.29 0.02 0.26 0.54 0.24
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.10 0.05 0.08 0.05 0.12 0.07 0.17 0.25 0.18 0.06 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.11 0.73 0.18 0.33
O3' 0.02 0.71 0.02 0.00 0.29 0.01 0.13 0.02 0.27 0.32 0.52 0.93 0.65 0.22 0.03 0.04 0.00 0.02 0.26 0.19 0.26 0.16 0.07
O4' 0.00 0.26 0.01 0.02 0.14 0.00 0.06 0.01 0.11 0.17 0.20 0.31 0.26 0.09 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.08 0.46 0.07 0.21
O5' 0.13 0.55 0.19 0.27 0.23 0.01 0.31 0.01 0.28 0.71 0.39 0.77 0.49 0.64 0.29 0.04 0.26 0.08 0.00 0.33 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.16 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.19 0.08 0.33 0.00 0.38 0.92 0.50
OP1 0.46 0.77 0.45 0.26 0.43 0.44 0.30 0.07 0.36 0.39 0.56 1.01 0.77 0.45 0.26 0.73 0.26 0.46 0.02 0.38 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.41 0.23 0.25 0.43 0.13 0.78 0.09 0.72 1.10 0.45 0.63 0.36 1.20 0.54 0.18 0.16 0.07 0.02 0.92 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.51 0.11 0.10 0.24 0.20 0.40 0.01 0.37 0.70 0.35 0.74 0.48 0.74 0.24 0.33 0.07 0.21 0.00 0.50 0.01 0.01 0.00