ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50126

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 2, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.013, 0.043, 0.073, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.043 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.019, 0.052, 0.084, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.052 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.007, 0.043, 0.078, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.043 std_dev=0.036
C4 A 0, 0.012, 0.048, 0.084, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.048 std_dev=0.036
N6 A 0, 0.026, 0.064, 0.103, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.064 std_dev=0.039
N3 A 0, 0.015, 0.057, 0.100, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.057 std_dev=0.043
N9 A 0, 0.016, 0.059, 0.103, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.059 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.025, 0.070, 0.115, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.070 std_dev=0.045
C1' A 0, 0.009, 0.062, 0.115, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.062 std_dev=0.053
O2' B 0, 0.209, 0.447, 0.685, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.447 std_dev=0.238
C2' B 0, 0.375, 0.630, 0.884, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.630 std_dev=0.255
C3' B 0, 0.598, 0.971, 1.345, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.971 std_dev=0.373
OP1 B 0, 0.917, 1.541, 2.166, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.541 std_dev=0.625
C2' A 0, 0.533, 1.183, 1.832, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.183 std_dev=0.649
O2' A 0, 0.785, 1.509, 2.233, 2.225 max_d=2.225 avg_d=1.509 std_dev=0.724
O4' A 0, 0.365, 1.197, 2.030, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.197 std_dev=0.832
O5' B 0, 0.778, 1.700, 2.621, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.700 std_dev=0.922
C4' B 0, 0.474, 1.411, 2.348, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.411 std_dev=0.937
C5' B 0, 0.530, 1.526, 2.523, 3.765 max_d=3.765 avg_d=1.526 std_dev=0.997
C1' B 0, 0.140, 1.246, 2.353, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.246 std_dev=1.107
C3' A 0, 0.682, 1.807, 2.932, 2.979 max_d=2.979 avg_d=1.807 std_dev=1.125
P B 0, 0.620, 1.813, 3.006, 4.043 max_d=4.043 avg_d=1.813 std_dev=1.193
C4' A 0, 0.638, 1.860, 3.082, 3.046 max_d=3.046 avg_d=1.860 std_dev=1.222
O3' B 0, 0.692, 2.068, 3.445, 4.082 max_d=4.082 avg_d=2.068 std_dev=1.376
O4' B 0, 0.198, 1.681, 3.164, 4.360 max_d=4.360 avg_d=1.681 std_dev=1.483
O3' A 0, 0.767, 2.272, 3.777, 3.961 max_d=3.961 avg_d=2.272 std_dev=1.505
N9 B 0, -0.072, 1.892, 3.856, 5.025 max_d=5.025 avg_d=1.892 std_dev=1.964
N3 B 0, -0.122, 2.022, 4.167, 5.287 max_d=5.287 avg_d=2.022 std_dev=2.145
C5' A 0, 1.038, 3.188, 5.338, 5.328 max_d=5.328 avg_d=3.188 std_dev=2.150
O5' A 0, 0.738, 2.935, 5.132, 5.839 max_d=5.839 avg_d=2.935 std_dev=2.197
OP2 B 0, 0.196, 2.457, 4.718, 5.917 max_d=5.917 avg_d=2.457 std_dev=2.261
C4 B 0, -0.216, 2.270, 4.755, 6.084 max_d=6.084 avg_d=2.270 std_dev=2.486
C8 B 0, -0.090, 2.462, 5.015, 6.466 max_d=6.466 avg_d=2.462 std_dev=2.552
N2 B 0, -0.061, 2.500, 5.062, 6.353 max_d=6.353 avg_d=2.500 std_dev=2.561
C2 B 0, -0.203, 2.596, 5.395, 6.844 max_d=6.844 avg_d=2.596 std_dev=2.799
P A 0, 0.783, 3.723, 6.663, 7.981 max_d=7.981 avg_d=3.723 std_dev=2.940
OP1 A 0, 0.928, 3.984, 7.040, 8.065 max_d=8.065 avg_d=3.984 std_dev=3.056
OP2 A 0, 0.762, 3.884, 7.006, 8.439 max_d=8.439 avg_d=3.884 std_dev=3.122
C5 B 0, -0.368, 3.043, 6.453, 8.239 max_d=8.239 avg_d=3.043 std_dev=3.411
N7 B 0, -0.306, 3.142, 6.591, 8.449 max_d=8.449 avg_d=3.142 std_dev=3.448
N1 B 0, -0.396, 3.363, 7.123, 9.065 max_d=9.065 avg_d=3.363 std_dev=3.759
C6 B 0, -0.492, 3.659, 7.810, 9.955 max_d=9.955 avg_d=3.659 std_dev=4.151
O6 B 0, -0.625, 4.421, 9.468, 12.071 max_d=12.071 avg_d=4.421 std_dev=5.047

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.16 0.25 0.57 0.16
C2 0.09 0.00 0.62 0.62 0.01 0.14 0.01 0.21 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.41 0.66 0.36 0.59 0.81 0.85 0.70
C2' 0.00 0.62 0.00 0.01 0.33 0.04 0.18 0.08 0.31 0.28 0.50 0.62 0.23 0.15 0.03 0.01 0.08 0.01 0.43 0.79 0.29 0.40
C3' 0.04 0.62 0.01 0.00 0.44 0.01 0.44 0.01 0.54 0.20 0.62 0.55 0.53 0.30 0.24 0.04 0.02 0.03 0.39 0.83 0.17 0.39
C4 0.05 0.01 0.33 0.44 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.11 0.43 0.19 0.51 0.69 0.84 0.59
C4' 0.01 0.14 0.04 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.16 0.27 0.14 0.13 0.20 0.26 0.12 0.28 0.06 0.00 0.01 0.35 0.38 0.07
C5 0.03 0.01 0.18 0.44 0.01 0.17 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.15 0.45 0.07 0.62 1.02 0.98 0.80
C5' 0.05 0.21 0.08 0.01 0.19 0.00 0.31 0.00 0.31 0.39 0.25 0.18 0.37 0.42 0.19 0.18 0.14 0.02 0.01 0.16 0.39 0.02
C6 0.06 0.02 0.31 0.54 0.02 0.16 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.11 0.58 0.15 0.69 1.18 1.01 0.91
C8 0.04 0.01 0.28 0.20 0.01 0.27 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.19 0.25 0.47 0.75 1.02 0.64
N1 0.08 0.01 0.50 0.62 0.03 0.14 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.25 0.68 0.27 0.67 1.05 0.95 0.86
N3 0.09 0.01 0.62 0.55 0.00 0.13 0.02 0.18 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.42 0.55 0.36 0.49 0.61 0.77 0.54
N6 0.05 0.02 0.23 0.53 0.03 0.20 0.02 0.37 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.16 0.59 0.10 0.74 1.40 1.08 1.03
N7 0.02 0.01 0.15 0.30 0.02 0.26 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.40 0.31 0.15 0.61 1.10 1.09 0.83
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.12 0.02 0.19 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.16 0.20 0.01 0.38 0.47 0.80 0.44
O2' 0.02 0.41 0.01 0.04 0.11 0.28 0.15 0.18 0.11 0.45 0.25 0.42 0.16 0.40 0.16 0.00 0.13 0.20 0.16 0.75 0.30 0.28
O3' 0.07 0.66 0.08 0.02 0.43 0.06 0.45 0.14 0.58 0.19 0.68 0.55 0.59 0.31 0.20 0.13 0.00 0.06 0.29 1.04 0.29 0.44
O4' 0.01 0.36 0.01 0.03 0.19 0.00 0.07 0.02 0.15 0.25 0.27 0.36 0.10 0.15 0.01 0.20 0.06 0.00 0.19 0.05 0.70 0.36
O5' 0.16 0.59 0.43 0.39 0.51 0.01 0.62 0.01 0.69 0.47 0.67 0.49 0.74 0.61 0.38 0.16 0.29 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.25 0.81 0.79 0.83 0.69 0.35 1.02 0.16 1.18 0.75 1.05 0.61 1.40 1.10 0.47 0.75 1.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.57 0.85 0.29 0.17 0.84 0.38 0.98 0.39 1.01 1.02 0.95 0.77 1.08 1.09 0.80 0.30 0.29 0.70 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.70 0.40 0.39 0.59 0.07 0.80 0.02 0.91 0.64 0.86 0.54 1.03 0.83 0.44 0.28 0.44 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.40 1.45 0.18 0.14 1.11 0.08 1.41 0.12 1.72 1.00 1.75 1.49 1.07 1.30 0.82 0.24 0.32 0.34 0.42 1.91 0.41 1.05 0.58
C2 0.13 0.70 0.22 0.18 0.41 0.24 0.48 0.23 0.63 0.25 0.74 0.85 0.50 0.37 0.24 0.15 0.65 0.24 0.26 0.68 0.42 0.47 0.31
C2' 0.51 1.51 0.06 0.08 1.22 0.15 1.58 0.28 1.92 1.16 1.91 1.48 1.13 1.50 0.95 0.13 0.32 0.51 0.62 2.17 0.58 1.18 0.77
C3' 0.63 1.57 0.53 0.56 1.20 0.54 1.49 0.47 1.84 1.04 1.88 1.66 1.21 1.36 0.91 0.50 0.75 0.64 0.31 2.08 0.25 0.98 0.50
C4 0.27 0.84 0.16 0.06 0.65 0.10 0.78 0.15 0.91 0.58 0.95 0.89 0.66 0.72 0.50 0.20 0.33 0.29 0.34 0.97 0.41 0.80 0.46
C4' 0.54 1.68 0.49 0.51 1.28 0.47 1.60 0.42 1.98 1.11 2.03 1.74 1.26 1.47 0.94 0.42 0.72 0.49 0.29 2.23 0.29 1.04 0.49
C5 0.27 0.76 0.16 0.06 0.63 0.09 0.73 0.13 0.82 0.55 0.83 0.74 0.63 0.68 0.48 0.19 0.30 0.26 0.32 0.86 0.40 0.80 0.45
C5' 0.74 1.98 0.72 0.79 1.51 0.77 1.87 0.73 2.32 1.31 2.38 2.05 1.50 1.71 1.14 0.58 1.05 0.72 0.52 2.60 0.52 1.13 0.63
C6 0.12 0.44 0.22 0.12 0.26 0.16 0.28 0.17 0.36 0.17 0.43 0.52 0.34 0.22 0.17 0.15 0.51 0.21 0.24 0.37 0.40 0.57 0.33
C8 0.46 1.60 0.19 0.18 1.29 0.14 1.59 0.12 1.88 1.14 1.89 1.55 1.23 1.47 0.96 0.24 0.38 0.33 0.44 2.03 0.43 1.15 0.64
N1 0.13 0.90 0.25 0.21 0.54 0.25 0.62 0.23 0.80 0.33 0.92 1.07 0.67 0.49 0.32 0.14 0.71 0.21 0.23 0.84 0.42 0.43 0.28
N3 0.19 0.58 0.17 0.11 0.41 0.17 0.47 0.20 0.57 0.34 0.62 0.66 0.44 0.42 0.31 0.17 0.48 0.29 0.31 0.60 0.41 0.63 0.39
N6 0.11 0.55 0.26 0.15 0.35 0.18 0.36 0.18 0.45 0.19 0.53 0.60 0.47 0.27 0.20 0.13 0.57 0.18 0.20 0.45 0.40 0.52 0.30
N7 0.42 1.32 0.18 0.16 1.11 0.13 1.32 0.11 1.51 0.98 1.50 1.21 1.07 1.23 0.84 0.22 0.32 0.30 0.39 1.59 0.42 1.05 0.58
N9 0.38 1.33 0.17 0.12 1.03 0.09 1.27 0.13 1.52 0.91 1.56 1.36 1.00 1.18 0.77 0.23 0.29 0.32 0.40 1.65 0.42 1.00 0.56
O2' 0.87 1.97 0.38 0.39 1.66 0.55 2.06 0.73 2.44 1.61 2.43 1.92 1.53 1.98 1.36 0.26 0.32 0.91 1.10 2.72 1.01 1.52 1.20
O3' 0.73 1.67 0.58 0.60 1.28 0.60 1.56 0.56 1.93 1.11 1.98 1.79 1.31 1.43 0.99 0.54 0.80 0.76 0.36 2.19 0.29 0.99 0.55
O4' 0.41 1.54 0.32 0.30 1.18 0.27 1.50 0.21 1.84 1.04 1.87 1.57 1.14 1.39 0.86 0.31 0.48 0.28 0.27 2.06 0.28 1.05 0.49
O5' 0.56 1.49 0.88 1.07 1.09 0.96 1.49 0.84 1.93 0.95 1.94 1.49 1.04 1.36 0.76 0.80 1.43 0.61 0.59 2.26 0.58 0.84 0.46
OP1 1.60 2.12 1.93 2.21 1.84 2.08 2.23 2.02 2.71 1.78 2.66 2.03 1.72 2.12 1.64 1.78 2.61 1.70 1.72 3.13 1.87 1.70 1.65
OP2 1.58 2.62 1.36 1.41 2.27 1.50 2.59 1.45 2.98 2.03 2.99 2.53 2.24 2.41 1.91 1.15 1.61 1.56 1.12 3.21 1.09 1.59 1.20
P 1.22 1.97 1.41 1.60 1.66 1.53 2.01 1.45 2.44 1.52 2.42 1.90 1.59 1.88 1.39 1.19 1.92 1.27 1.13 2.76 1.19 1.28 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.03 0.23 0.00 0.27 0.04 0.31 0.41 0.20
C2 0.06 0.00 0.23 0.23 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.29 0.15 0.32 0.02 0.14 0.33 0.09
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.11 0.03 0.05 0.17 0.09 0.16 0.17 0.28 0.23 0.11 0.02 0.00 0.08 0.01 0.37 0.07 0.57 0.81 0.55
C3' 0.03 0.23 0.01 0.00 0.23 0.01 0.28 0.02 0.30 0.25 0.27 0.23 0.21 0.29 0.19 0.03 0.01 0.02 0.12 0.32 0.31 0.40 0.20
C4 0.03 0.02 0.11 0.23 0.00 0.05 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.08 0.34 0.03 0.13 0.33 0.08
C4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.14 0.07 0.10 0.07 0.14 0.07 0.30 0.05 0.01 0.01 0.12 0.29 0.28 0.05
C5 0.02 0.02 0.05 0.28 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.22 0.04 0.37 0.02 0.14 0.37 0.13
C5' 0.08 0.16 0.17 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.20 0.17 0.18 0.18 0.14 0.20 0.12 0.16 0.18 0.02 0.01 0.23 0.33 0.23 0.01
C6 0.04 0.01 0.09 0.30 0.02 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.25 0.24 0.07 0.38 0.00 0.16 0.39 0.15
C8 0.02 0.02 0.16 0.25 0.01 0.14 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.30 0.18 0.08 0.37 0.04 0.11 0.37 0.09
N1 0.05 0.01 0.17 0.27 0.02 0.07 0.02 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.17 0.26 0.12 0.35 0.02 0.13 0.35 0.11
N2 0.07 0.01 0.28 0.23 0.03 0.10 0.02 0.18 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.12 0.34 0.19 0.29 0.03 0.16 0.33 0.09
N3 0.06 0.01 0.23 0.21 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.29 0.15 0.30 0.03 0.17 0.33 0.09
N7 0.02 0.02 0.11 0.29 0.01 0.14 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.33 0.23 0.04 0.39 0.04 0.17 0.41 0.16
N9 0.01 0.03 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.18 0.16 0.01 0.33 0.03 0.16 0.34 0.10
O2' 0.03 0.11 0.00 0.03 0.16 0.30 0.26 0.16 0.25 0.30 0.17 0.12 0.10 0.33 0.18 0.00 0.13 0.20 0.26 0.29 0.50 0.91 0.50
O3' 0.23 0.29 0.08 0.01 0.22 0.05 0.22 0.18 0.24 0.18 0.26 0.34 0.29 0.23 0.16 0.13 0.00 0.17 0.30 0.26 0.35 0.24 0.19
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.12 0.19 0.15 0.04 0.01 0.20 0.17 0.00 0.24 0.06 0.28 0.26 0.10
O5' 0.27 0.32 0.37 0.12 0.34 0.01 0.37 0.01 0.38 0.37 0.35 0.29 0.30 0.39 0.33 0.26 0.30 0.24 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.07 0.32 0.03 0.12 0.02 0.23 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.29 0.26 0.06 0.39 0.00 0.23 0.45 0.21
OP1 0.31 0.14 0.57 0.31 0.13 0.29 0.14 0.33 0.16 0.11 0.13 0.16 0.17 0.17 0.16 0.50 0.35 0.28 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 0.33 0.81 0.40 0.33 0.28 0.37 0.23 0.39 0.37 0.35 0.33 0.33 0.41 0.34 0.91 0.24 0.26 0.01 0.45 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.09 0.55 0.20 0.08 0.05 0.13 0.01 0.15 0.09 0.11 0.09 0.09 0.16 0.10 0.50 0.19 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00