ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50127

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.028, 0.044, 0.060, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.044 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.021, 0.038, 0.055, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.038 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.038, 0.066, 0.093, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.066 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.002, 0.034, 0.065, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.034 std_dev=0.032
C4 A 0, 0.025, 0.064, 0.102, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.064 std_dev=0.038
N9 A 0, 0.040, 0.083, 0.127, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.083 std_dev=0.043
N6 A 0, 0.100, 0.157, 0.214, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.157 std_dev=0.057
N7 A 0, -0.006, 0.068, 0.142, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.068 std_dev=0.074
C8 A 0, 0.021, 0.109, 0.196, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.109 std_dev=0.087
C2' B 0, 0.290, 0.694, 1.098, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.694 std_dev=0.404
O2' B 0, 0.477, 0.952, 1.426, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.952 std_dev=0.474
O4' A 0, 0.713, 1.290, 1.867, 1.908 max_d=1.908 avg_d=1.290 std_dev=0.577
C2' A 0, 0.840, 1.477, 2.113, 1.935 max_d=1.935 avg_d=1.477 std_dev=0.636
C3' A 0, 1.086, 1.916, 2.746, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.916 std_dev=0.830
C4' A 0, 1.048, 1.892, 2.736, 2.739 max_d=2.739 avg_d=1.892 std_dev=0.844
C3' B 0, 0.954, 1.825, 2.696, 3.104 max_d=3.104 avg_d=1.825 std_dev=0.871
O2' A 0, 1.243, 2.170, 3.096, 3.012 max_d=3.012 avg_d=2.170 std_dev=0.926
O3' A 0, 1.186, 2.181, 3.175, 3.045 max_d=3.045 avg_d=2.181 std_dev=0.994
C1' B 0, 1.804, 2.851, 3.898, 3.812 max_d=3.812 avg_d=2.851 std_dev=1.047
O3' B 0, 2.349, 3.765, 5.181, 5.018 max_d=5.018 avg_d=3.765 std_dev=1.416
C5' A 0, 1.600, 3.017, 4.435, 5.288 max_d=5.288 avg_d=3.017 std_dev=1.418
O4' B 0, 2.508, 3.972, 5.436, 5.193 max_d=5.193 avg_d=3.972 std_dev=1.464
C4' B 0, 1.936, 3.454, 4.972, 5.011 max_d=5.011 avg_d=3.454 std_dev=1.518
N9 B 0, 2.791, 4.389, 5.987, 5.607 max_d=5.607 avg_d=4.389 std_dev=1.598
O5' A 0, 2.574, 4.349, 6.123, 6.635 max_d=6.635 avg_d=4.349 std_dev=1.774
C8 B 0, 3.229, 5.126, 7.023, 7.071 max_d=7.071 avg_d=5.126 std_dev=1.897
O5' B 0, 2.120, 4.058, 5.997, 6.742 max_d=6.742 avg_d=4.058 std_dev=1.939
C4 B 0, 3.862, 5.973, 8.084, 7.383 max_d=7.383 avg_d=5.973 std_dev=2.111
N3 B 0, 4.126, 6.263, 8.399, 7.689 max_d=7.689 avg_d=6.263 std_dev=2.136
C5' B 0, 2.688, 4.888, 7.089, 7.306 max_d=7.306 avg_d=4.888 std_dev=2.200
P A 0, 3.702, 5.998, 8.294, 8.060 max_d=8.060 avg_d=5.998 std_dev=2.296
OP2 B 0, 2.263, 4.720, 7.177, 7.996 max_d=7.996 avg_d=4.720 std_dev=2.457
OP2 A 0, 4.165, 6.640, 9.114, 8.870 max_d=8.870 avg_d=6.640 std_dev=2.475
N7 B 0, 4.228, 6.786, 9.344, 9.490 max_d=9.490 avg_d=6.786 std_dev=2.558
P B 0, 2.804, 5.400, 7.996, 9.110 max_d=9.110 avg_d=5.400 std_dev=2.596
C5 B 0, 4.765, 7.474, 10.184, 9.632 max_d=9.632 avg_d=7.474 std_dev=2.710
OP1 A 0, 4.878, 7.626, 10.373, 9.813 max_d=9.813 avg_d=7.626 std_dev=2.747
C2 B 0, 5.541, 8.385, 11.228, 10.118 max_d=10.118 avg_d=8.385 std_dev=2.843
N2 B 0, 5.993, 9.117, 12.241, 10.929 max_d=10.929 avg_d=9.117 std_dev=3.124
C6 B 0, 6.217, 9.625, 13.034, 11.848 max_d=11.848 avg_d=9.625 std_dev=3.408
N1 B 0, 6.576, 9.999, 13.422, 12.011 max_d=12.011 avg_d=9.999 std_dev=3.423
OP1 B 0, 2.935, 6.360, 9.784, 11.143 max_d=11.143 avg_d=6.360 std_dev=3.425
O6 B 0, 7.155, 11.166, 15.176, 14.165 max_d=14.165 avg_d=11.166 std_dev=4.011

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.14 0.00 0.28 0.46 0.42 0.36
C2 0.02 0.00 0.32 0.33 0.01 0.45 0.01 0.76 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.22 0.49 0.90 1.05 1.21 1.08
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.17 0.02 0.10 0.11 0.15 0.19 0.25 0.33 0.13 0.14 0.05 0.00 0.03 0.01 0.49 0.75 0.45 0.50
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.23 0.01 0.25 0.02 0.28 0.26 0.31 0.30 0.29 0.27 0.16 0.03 0.01 0.03 0.43 0.75 0.15 0.40
C4 0.01 0.01 0.17 0.23 0.00 0.19 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.14 0.25 0.50 0.62 0.57 0.53
C4' 0.02 0.45 0.02 0.01 0.19 0.00 0.11 0.01 0.17 0.33 0.33 0.44 0.14 0.25 0.09 0.22 0.04 0.00 0.04 0.25 0.39 0.16
C5 0.02 0.01 0.10 0.25 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.19 0.10 0.57 0.77 0.67 0.63
C5' 0.05 0.76 0.11 0.02 0.30 0.01 0.21 0.00 0.30 0.55 0.56 0.71 0.26 0.46 0.16 0.11 0.15 0.02 0.01 0.25 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.28 0.01 0.17 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.22 0.20 0.57 0.77 0.69 0.64
C8 0.01 0.02 0.19 0.26 0.01 0.33 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.32 0.21 0.28 0.92 1.13 1.12 1.06
N1 0.02 0.00 0.25 0.31 0.01 0.33 0.01 0.56 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.22 0.36 0.72 0.89 0.95 0.85
N3 0.02 0.00 0.33 0.30 0.00 0.44 0.01 0.71 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.20 0.51 0.83 0.91 1.04 0.94
N6 0.03 0.01 0.13 0.29 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.25 0.13 0.60 0.87 0.77 0.71
N7 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.25 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.29 0.24 0.17 0.86 1.13 1.12 1.03
N9 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.10 0.02 0.49 0.65 0.55 0.53
O2' 0.02 0.40 0.00 0.03 0.19 0.22 0.18 0.11 0.21 0.32 0.31 0.39 0.21 0.29 0.13 0.00 0.05 0.14 0.26 0.57 0.44 0.34
O3' 0.14 0.22 0.03 0.01 0.14 0.04 0.19 0.15 0.22 0.21 0.22 0.20 0.25 0.24 0.10 0.05 0.00 0.11 0.32 0.77 0.24 0.37
O4' 0.00 0.49 0.01 0.03 0.25 0.00 0.10 0.02 0.20 0.28 0.36 0.51 0.13 0.17 0.02 0.14 0.11 0.00 0.10 0.31 0.53 0.37
O5' 0.28 0.90 0.49 0.43 0.50 0.04 0.57 0.01 0.57 0.92 0.72 0.83 0.60 0.86 0.49 0.26 0.32 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.46 1.05 0.75 0.75 0.62 0.25 0.77 0.25 0.77 1.13 0.89 0.91 0.87 1.13 0.65 0.57 0.77 0.31 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 1.21 0.45 0.15 0.57 0.39 0.67 0.43 0.69 1.12 0.95 1.04 0.77 1.12 0.55 0.44 0.24 0.53 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.36 1.08 0.50 0.40 0.53 0.16 0.63 0.02 0.64 1.06 0.85 0.94 0.71 1.03 0.53 0.34 0.37 0.37 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.50 1.58 0.42 0.57 1.27 0.47 1.67 0.63 2.01 1.25 1.95 1.63 1.19 1.63 0.98 0.31 0.63 0.46 0.90 2.28 1.05 1.48 1.08
C2 0.56 1.89 0.34 0.48 1.34 0.55 1.53 0.68 1.87 0.99 2.03 2.09 1.50 1.30 0.95 0.20 0.80 0.48 0.64 1.98 0.93 0.87 0.72
C2' 0.48 1.73 0.31 0.45 1.35 0.46 1.81 0.63 2.23 1.32 2.17 1.83 1.27 1.75 1.01 0.40 0.55 0.47 0.88 2.58 1.04 1.51 1.09
C3' 0.43 1.54 0.39 0.56 1.18 0.55 1.67 0.71 2.06 1.25 1.95 1.72 1.10 1.68 0.90 0.44 0.51 0.48 0.96 2.45 1.15 1.64 1.22
C4 0.53 1.69 0.39 0.47 1.31 0.44 1.58 0.54 1.88 1.11 1.93 1.73 1.33 1.44 0.97 0.27 0.64 0.43 0.68 2.03 0.83 1.08 0.78
C4' 0.44 1.37 0.49 0.75 1.13 0.63 1.62 0.86 1.94 1.32 1.78 1.48 0.97 1.71 0.93 0.38 0.73 0.51 1.19 2.30 1.42 1.89 1.47
C5 0.52 1.50 0.38 0.45 1.22 0.43 1.41 0.52 1.62 1.02 1.65 1.48 1.24 1.27 0.92 0.26 0.62 0.42 0.63 1.71 0.78 0.97 0.71
C5' 0.76 1.48 0.76 1.03 1.32 0.94 1.82 1.21 2.10 1.62 1.92 1.57 1.11 1.98 1.19 0.62 0.95 0.86 1.57 2.48 1.83 2.32 1.89
C6 0.54 1.53 0.33 0.47 1.17 0.52 1.27 0.62 1.48 0.87 1.59 1.61 1.30 1.09 0.86 0.20 0.76 0.45 0.60 1.53 0.85 0.81 0.67
C8 0.48 1.31 0.43 0.57 1.16 0.48 1.50 0.62 1.70 1.19 1.59 1.29 1.03 1.49 0.93 0.33 0.57 0.46 0.88 1.86 1.00 1.38 1.04
N1 0.56 1.75 0.31 0.51 1.25 0.60 1.37 0.73 1.65 0.88 1.82 1.95 1.44 1.14 0.89 0.18 0.84 0.50 0.66 1.71 0.98 0.81 0.74
N3 0.55 1.86 0.37 0.47 1.37 0.48 1.63 0.59 1.99 1.10 2.09 2.00 1.45 1.44 0.99 0.25 0.71 0.46 0.65 2.15 0.85 1.01 0.74
N6 0.54 1.24 0.29 0.52 0.98 0.59 1.01 0.69 1.15 0.70 1.25 1.31 1.11 0.85 0.74 0.18 0.83 0.48 0.64 1.17 0.92 0.77 0.72
N7 0.49 1.19 0.42 0.51 1.10 0.44 1.34 0.54 1.48 1.06 1.39 1.09 1.00 1.30 0.89 0.31 0.54 0.42 0.74 1.57 0.84 1.14 0.85
N9 0.50 1.55 0.41 0.53 1.26 0.44 1.61 0.57 1.91 1.20 1.86 1.56 1.19 1.54 0.97 0.31 0.59 0.44 0.81 2.11 0.93 1.32 0.96
O2' 0.81 2.06 0.55 0.64 1.64 0.69 2.08 0.84 2.52 1.56 2.50 2.15 1.58 1.99 1.30 0.54 0.74 0.81 1.09 2.85 1.20 1.66 1.25
O3' 0.48 1.59 0.38 0.52 1.19 0.55 1.65 0.72 2.06 1.23 1.98 1.81 1.15 1.66 0.90 0.49 0.47 0.54 0.96 2.46 1.16 1.66 1.24
O4' 0.42 1.31 0.50 0.74 1.11 0.55 1.56 0.77 1.84 1.26 1.70 1.34 0.94 1.61 0.91 0.30 0.76 0.43 1.09 2.14 1.30 1.73 1.32
O5' 1.00 1.60 1.10 1.31 1.36 1.19 1.79 1.39 2.08 1.60 1.98 1.73 1.26 1.92 1.24 1.19 1.36 1.03 1.69 2.41 2.05 2.41 2.00
OP1 1.62 2.00 1.70 1.99 1.85 1.85 2.21 2.08 2.48 2.12 2.36 2.11 1.75 2.37 1.80 1.60 2.03 1.68 2.35 2.85 2.76 3.00 2.65
OP2 1.70 2.30 1.74 1.91 2.14 1.75 2.56 1.95 2.85 2.38 2.73 2.34 2.02 2.69 2.02 1.61 1.82 1.69 2.32 3.19 2.55 2.99 2.58
P 1.43 1.94 1.53 1.77 1.77 1.60 2.18 1.80 2.46 2.02 2.33 2.03 1.66 2.31 1.68 1.44 1.76 1.45 2.12 2.81 2.43 2.78 2.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.14 0.02 0.22 0.24 0.16
C2 0.05 0.00 0.29 0.26 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.29 0.12 0.12 0.02 0.13 0.18 0.11
C2' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.15 0.02 0.09 0.13 0.14 0.16 0.23 0.36 0.28 0.11 0.04 0.00 0.02 0.02 0.31 0.11 0.49 0.54 0.43
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.21 0.01 0.25 0.01 0.27 0.23 0.27 0.28 0.23 0.26 0.15 0.02 0.00 0.01 0.04 0.28 0.28 0.20 0.14
C4 0.03 0.01 0.15 0.21 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.07 0.13 0.01 0.14 0.20 0.13
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.12 0.06 0.13 0.08 0.11 0.05 0.20 0.03 0.00 0.03 0.07 0.13 0.09 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.25 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.06 0.14 0.01 0.17 0.25 0.18
C5' 0.05 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.11 0.06 0.12 0.08 0.11 0.05 0.08 0.15 0.02 0.01 0.08 0.08 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.20 0.08 0.14 0.01 0.17 0.26 0.19
C8 0.02 0.01 0.16 0.23 0.01 0.12 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.30 0.18 0.06 0.16 0.02 0.18 0.25 0.18
N1 0.04 0.00 0.23 0.27 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.24 0.10 0.12 0.02 0.14 0.22 0.15
N2 0.08 0.01 0.36 0.28 0.02 0.13 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.30 0.39 0.14 0.14 0.03 0.16 0.17 0.10
N3 0.06 0.01 0.28 0.23 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.28 0.11 0.13 0.01 0.15 0.18 0.10
N7 0.01 0.01 0.11 0.26 0.01 0.11 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.20 0.04 0.17 0.02 0.22 0.29 0.23
N9 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.16 0.09 0.02 0.13 0.02 0.15 0.21 0.13
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.14 0.20 0.22 0.08 0.21 0.30 0.18 0.30 0.20 0.31 0.16 0.00 0.05 0.13 0.22 0.25 0.44 0.62 0.39
O3' 0.21 0.29 0.02 0.00 0.17 0.03 0.17 0.15 0.20 0.18 0.24 0.39 0.28 0.20 0.09 0.05 0.00 0.12 0.16 0.22 0.18 0.20 0.14
O4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.07 0.00 0.06 0.02 0.08 0.06 0.10 0.14 0.11 0.04 0.02 0.13 0.12 0.00 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08
O5' 0.14 0.12 0.31 0.04 0.13 0.03 0.14 0.01 0.14 0.16 0.12 0.14 0.13 0.17 0.13 0.22 0.16 0.08 0.00 0.16 0.02 0.04 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.28 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.25 0.22 0.08 0.16 0.00 0.22 0.31 0.24
OP1 0.22 0.13 0.49 0.28 0.14 0.13 0.17 0.08 0.17 0.18 0.14 0.16 0.15 0.22 0.15 0.44 0.18 0.09 0.02 0.22 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.18 0.54 0.20 0.20 0.09 0.25 0.05 0.26 0.25 0.22 0.17 0.18 0.29 0.21 0.62 0.20 0.11 0.04 0.31 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.11 0.43 0.14 0.13 0.05 0.18 0.02 0.19 0.18 0.15 0.10 0.10 0.23 0.13 0.39 0.14 0.08 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00