ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50128

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.014, 0.048, 0.082, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.048 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.021, 0.061, 0.101, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.061 std_dev=0.040
C4' A 0, 0.027, 0.069, 0.110, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.069 std_dev=0.041
O2' A 0, 0.032, 0.079, 0.126, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.079 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.020, 0.069, 0.119, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.069 std_dev=0.049
O3' A 0, 0.025, 0.094, 0.163, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.094 std_dev=0.069
C5' A 0, 0.051, 0.124, 0.196, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.124 std_dev=0.073
O5' A 0, 0.073, 0.154, 0.234, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.154 std_dev=0.081
P A 0, 0.086, 0.186, 0.286, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.186 std_dev=0.100
OP1 A 0, 0.086, 0.194, 0.301, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.194 std_dev=0.108
OP2 A 0, 0.103, 0.217, 0.332, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.217 std_dev=0.115
O3' B 0, 0.074, 0.189, 0.304, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.189 std_dev=0.115
C1' B 0, 0.069, 0.187, 0.305, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.187 std_dev=0.118
O4' B 0, 0.064, 0.186, 0.308, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.186 std_dev=0.122
C4' B 0, 0.060, 0.193, 0.327, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.193 std_dev=0.133
N3 B 0, 0.109, 0.244, 0.379, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.244 std_dev=0.135
C3' B 0, 0.066, 0.208, 0.350, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.208 std_dev=0.142
N9 B 0, 0.075, 0.218, 0.361, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.218 std_dev=0.143
C4 B 0, 0.094, 0.248, 0.402, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.248 std_dev=0.154
C2' B 0, 0.075, 0.229, 0.383, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.229 std_dev=0.154
N2 B 0, 0.126, 0.282, 0.439, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.282 std_dev=0.156
C2 B 0, 0.120, 0.283, 0.446, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.283 std_dev=0.163
C8 B 0, 0.064, 0.237, 0.411, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.237 std_dev=0.174
O2' B 0, 0.089, 0.264, 0.439, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.264 std_dev=0.175
C5' B 0, 0.058, 0.247, 0.437, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.247 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.099, 0.293, 0.487, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.293 std_dev=0.194
N1 B 0, 0.138, 0.336, 0.534, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.336 std_dev=0.198
N7 B 0, 0.077, 0.281, 0.486, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.281 std_dev=0.205
C6 B 0, 0.135, 0.351, 0.568, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.351 std_dev=0.217
O6 B 0, 0.168, 0.420, 0.673, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.420 std_dev=0.253
O5' B 0, 0.038, 0.295, 0.552, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.295 std_dev=0.257
OP1 B 0, 0.108, 0.377, 0.646, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.377 std_dev=0.269
P B 0, 0.069, 0.357, 0.646, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.357 std_dev=0.289
OP2 B 0, 0.075, 0.400, 0.726, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.400 std_dev=0.326

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.09 0.08 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03
C5' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.07 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.07 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06
N6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.08 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04
O5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.09 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.08 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07
C2 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07
C2' 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.03 0.05 0.06 0.06 0.10 0.07 0.08
C3' 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.06
C4 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07
C4' 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05
C5 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06
C5' 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.11 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04
C6 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07
C8 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.10 0.06 0.07
N1 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.10 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07
N3 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07
N6 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07
N7 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.06 0.07
N9 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07
O2' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.08 0.06 0.13 0.09 0.10
O3' 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.05 0.05 0.06 0.09 0.06 0.06
O4' 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05
O5' 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.11 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03
OP1 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06
OP2 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.07 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02
P 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.08 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.09 0.08 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.04
C5' 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.03
N2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.04 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.04 0.12 0.12 0.10
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
O5' 0.04 0.03 0.07 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04
OP1 0.04 0.03 0.09 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.12 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.05 0.08 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.12 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.08 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00