ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50130

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.016, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.002, 0.021, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N9 A 0, -0.001, 0.021, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.001, 0.024, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.022
N7 A 0, -0.008, 0.032, 0.071, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.032 std_dev=0.040
C8 A 0, -0.008, 0.036, 0.079, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.036 std_dev=0.044
N6 A 0, 0.012, 0.057, 0.101, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.057 std_dev=0.044
C2' B 0, 0.090, 0.318, 0.546, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.318 std_dev=0.228
O2' B 0, 0.078, 0.480, 0.881, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.480 std_dev=0.402
O4' A 0, -0.058, 0.385, 0.827, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.385 std_dev=0.443
C2' A 0, -0.059, 0.464, 0.987, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.464 std_dev=0.523
OP2 A 0, -0.099, 0.605, 1.310, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.605 std_dev=0.704
C4' A 0, -0.085, 0.662, 1.409, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.662 std_dev=0.747
O2' A 0, -0.097, 0.676, 1.448, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.676 std_dev=0.772
C3' A 0, -0.091, 0.707, 1.505, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.707 std_dev=0.798
C3' B 0, -0.044, 0.762, 1.567, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.762 std_dev=0.806
C8 B 0, 0.112, 1.013, 1.913, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.013 std_dev=0.901
C5' A 0, -0.048, 0.876, 1.800, 2.154 max_d=2.154 avg_d=0.876 std_dev=0.924
O5' A 0, -0.178, 0.748, 1.674, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.748 std_dev=0.926
P A 0, -0.187, 0.763, 1.714, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.763 std_dev=0.951
C1' B 0, -0.062, 0.980, 2.022, 2.423 max_d=2.423 avg_d=0.980 std_dev=1.042
OP1 A 0, -0.293, 0.916, 2.124, 2.624 max_d=2.624 avg_d=0.916 std_dev=1.209
O3' A 0, -0.139, 1.072, 2.283, 2.765 max_d=2.765 avg_d=1.072 std_dev=1.211
N9 B 0, -0.061, 1.188, 2.437, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.188 std_dev=1.249
O3' B 0, -0.224, 1.239, 2.702, 3.293 max_d=3.293 avg_d=1.239 std_dev=1.463
C4' B 0, -0.159, 1.320, 2.799, 3.385 max_d=3.385 avg_d=1.320 std_dev=1.479
O4' B 0, -0.142, 1.372, 2.886, 3.482 max_d=3.482 avg_d=1.372 std_dev=1.514
N7 B 0, -0.042, 1.597, 3.236, 3.851 max_d=3.851 avg_d=1.597 std_dev=1.639
C5' B 0, -0.236, 1.712, 3.661, 4.438 max_d=4.438 avg_d=1.712 std_dev=1.948
OP2 B 0, -0.063, 2.042, 4.146, 4.938 max_d=4.938 avg_d=2.042 std_dev=2.105
C4 B 0, -0.353, 1.846, 4.045, 4.936 max_d=4.936 avg_d=1.846 std_dev=2.199
O5' B 0, -0.277, 1.931, 4.139, 5.022 max_d=5.022 avg_d=1.931 std_dev=2.208
C5 B 0, -0.329, 2.086, 4.502, 5.472 max_d=5.472 avg_d=2.086 std_dev=2.415
P B 0, -0.308, 2.129, 4.567, 5.541 max_d=5.541 avg_d=2.129 std_dev=2.437
OP1 B 0, -0.263, 2.304, 4.871, 5.885 max_d=5.885 avg_d=2.304 std_dev=2.567
N3 B 0, -0.628, 2.245, 5.118, 6.300 max_d=6.300 avg_d=2.245 std_dev=2.873
C6 B 0, -0.609, 2.823, 6.254, 7.652 max_d=7.652 avg_d=2.823 std_dev=3.431
C2 B 0, -0.858, 2.892, 6.641, 8.187 max_d=8.187 avg_d=2.892 std_dev=3.750
O6 B 0, -0.660, 3.206, 7.071, 8.643 max_d=8.643 avg_d=3.206 std_dev=3.865
N1 B 0, -0.852, 3.168, 7.188, 8.840 max_d=8.840 avg_d=3.168 std_dev=4.020
N2 B 0, -1.101, 3.385, 7.872, 9.725 max_d=9.725 avg_d=3.385 std_dev=4.487

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.00 0.25 0.27 0.29 0.23
C2 0.03 0.00 0.31 0.30 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.12 0.10 0.10 0.12 0.11
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.00 0.08 0.18 0.15 0.15 0.25 0.30 0.11 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.37 0.46 0.49 0.40
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.27 0.00 0.33 0.01 0.36 0.25 0.35 0.25 0.39 0.31 0.21 0.02 0.00 0.02 0.12 0.06 0.12 0.10
C4 0.01 0.01 0.16 0.27 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.04 0.08 0.13 0.15 0.18 0.14
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.12 0.05 0.03 0.09 0.12 0.07 0.27 0.03 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.08 0.33 0.01 0.09 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.10 0.05 0.10 0.12 0.15 0.12
C5' 0.06 0.02 0.18 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.09 0.03 0.02 0.08 0.10 0.03 0.08 0.18 0.01 0.00 0.08 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.36 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.11 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10
C8 0.01 0.01 0.15 0.25 0.01 0.12 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.32 0.11 0.05 0.17 0.20 0.27 0.18
N1 0.02 0.00 0.25 0.35 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.11 0.08 0.08 0.10 0.10
N3 0.03 0.00 0.30 0.25 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.11 0.12 0.13 0.15 0.13
N6 0.01 0.01 0.11 0.39 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.18 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09
N7 0.00 0.01 0.08 0.31 0.01 0.12 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.17 0.01 0.11 0.15 0.19 0.14
N9 0.01 0.01 0.01 0.21 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.05 0.02 0.18 0.20 0.23 0.18
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.14 0.27 0.24 0.08 0.20 0.32 0.11 0.04 0.25 0.33 0.19 0.00 0.02 0.21 0.23 0.33 0.54 0.31
O3' 0.28 0.08 0.02 0.00 0.04 0.03 0.10 0.18 0.11 0.11 0.05 0.13 0.18 0.17 0.05 0.02 0.00 0.21 0.40 0.45 0.43 0.44
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.05 0.11 0.11 0.08 0.01 0.02 0.21 0.21 0.00 0.18 0.16 0.17 0.14
O5' 0.25 0.10 0.37 0.12 0.13 0.01 0.10 0.00 0.08 0.17 0.08 0.12 0.06 0.11 0.18 0.23 0.40 0.18 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.27 0.10 0.46 0.06 0.15 0.07 0.12 0.08 0.09 0.20 0.08 0.13 0.07 0.15 0.20 0.33 0.45 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.29 0.12 0.49 0.12 0.18 0.01 0.15 0.02 0.10 0.27 0.10 0.15 0.07 0.19 0.23 0.54 0.43 0.17 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.23 0.11 0.40 0.10 0.14 0.00 0.12 0.01 0.10 0.18 0.10 0.13 0.09 0.14 0.18 0.31 0.44 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.61 1.64 0.07 0.17 0.93 0.34 0.71 0.34 0.97 0.15 1.40 2.09 1.44 0.25 0.54 0.06 0.51 0.72 0.31 0.85 0.47 1.12 0.70
C2 0.80 2.69 0.02 0.47 1.64 0.12 1.48 0.27 1.94 0.51 2.50 3.27 2.29 0.82 0.97 0.14 1.07 0.66 0.23 1.86 0.23 0.96 0.35
C2' 0.42 1.54 0.21 0.30 0.81 0.14 0.63 0.16 0.91 0.05 1.34 2.00 1.30 0.18 0.40 0.21 0.57 0.49 0.12 0.82 0.31 0.96 0.50
C3' 0.93 1.83 0.39 0.33 1.19 0.72 0.99 0.69 1.21 0.48 1.61 2.24 1.65 0.57 0.86 0.47 0.16 1.00 0.65 1.10 0.74 1.30 0.94
C4 0.74 2.10 0.04 0.33 1.27 0.14 1.06 0.08 1.39 0.32 1.87 2.58 1.85 0.51 0.76 0.10 0.84 0.74 0.10 1.28 0.34 1.06 0.56
C4' 0.75 1.45 0.21 0.19 0.87 0.66 0.60 0.65 0.78 0.18 1.19 1.86 1.33 0.20 0.59 0.34 0.11 0.90 0.61 0.63 0.70 1.15 0.89
C5 0.78 2.03 0.04 0.37 1.27 0.12 1.04 0.04 1.33 0.32 1.79 2.45 1.83 0.50 0.78 0.10 0.94 0.77 0.11 1.21 0.35 1.01 0.54
C5' 0.68 1.08 0.23 0.29 0.62 0.76 0.34 0.77 0.44 0.05 0.79 1.42 1.03 0.01 0.44 0.42 0.22 0.89 0.73 0.26 0.79 1.07 0.92
C6 0.85 2.42 0.01 0.50 1.54 0.11 1.33 0.26 1.69 0.47 2.19 2.86 2.15 0.73 0.95 0.12 1.14 0.73 0.13 1.58 0.24 0.92 0.38
C8 0.62 1.38 0.07 0.14 0.81 0.41 0.57 0.40 0.76 0.12 1.13 1.73 1.27 0.17 0.49 0.06 0.51 0.76 0.40 0.62 0.55 1.06 0.72
N1 0.84 2.74 0.01 0.53 1.71 0.21 1.54 0.39 2.00 0.55 2.55 3.28 2.36 0.88 1.03 0.14 1.16 0.66 0.30 1.91 0.24 0.89 0.28
N3 0.76 2.42 0.03 0.38 1.45 0.03 1.26 0.08 1.67 0.41 2.20 2.96 2.07 0.66 0.86 0.12 0.92 0.69 0.08 1.58 0.25 1.04 0.47
N6 0.90 2.40 0.02 0.57 1.61 0.22 1.39 0.42 1.72 0.52 2.18 2.76 2.18 0.78 1.02 0.11 1.26 0.76 0.19 1.60 0.23 0.81 0.31
N7 0.70 1.52 0.06 0.24 0.94 0.33 0.69 0.28 0.89 0.17 1.27 1.86 1.41 0.26 0.59 0.07 0.73 0.80 0.33 0.76 0.50 1.01 0.66
N9 0.66 1.73 0.06 0.20 1.01 0.30 0.79 0.28 1.05 0.20 1.48 2.16 1.53 0.32 0.61 0.06 0.61 0.75 0.28 0.93 0.45 1.09 0.67
O2' 0.04 1.21 0.59 0.65 0.46 0.28 0.32 0.25 0.63 0.29 1.05 1.68 0.93 0.12 0.05 0.64 0.87 0.08 0.35 0.57 0.31 0.67 0.19
O3' 0.98 2.04 0.48 0.35 1.33 0.64 1.14 0.57 1.41 0.57 1.83 2.48 1.81 0.69 0.94 0.58 0.19 0.95 0.51 1.31 0.57 1.15 0.79
O4' 0.67 1.44 0.07 0.02 0.81 0.54 0.54 0.54 0.74 0.11 1.16 1.85 1.30 0.13 0.51 0.16 0.30 0.84 0.50 0.58 0.62 1.12 0.83
O5' 0.54 0.91 0.14 0.19 0.49 0.60 0.23 0.58 0.33 0.06 0.65 1.22 0.87 0.08 0.32 0.36 0.14 0.71 0.56 0.17 0.61 0.85 0.70
OP1 0.35 0.25 0.14 0.34 0.07 0.66 0.20 0.69 0.22 0.23 0.01 0.45 0.31 0.36 0.06 0.43 0.48 0.58 0.67 0.39 0.70 0.71 0.69
OP2 0.37 0.33 0.14 0.31 0.13 0.62 0.10 0.61 0.10 0.17 0.11 0.51 0.38 0.27 0.10 0.43 0.43 0.56 0.62 0.24 0.65 0.67 0.63
P 0.42 0.43 0.14 0.30 0.18 0.67 0.10 0.68 0.09 0.20 0.17 0.67 0.47 0.31 0.13 0.43 0.37 0.65 0.67 0.26 0.70 0.75 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.17 0.03 0.26 0.33 0.10
C2 0.07 0.00 0.06 0.08 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.27 0.01 0.11 0.14 0.01 0.30 0.37 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.09 0.06 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.23 0.02 0.31 0.16 0.11
C3' 0.03 0.08 0.00 0.00 0.17 0.01 0.28 0.02 0.26 0.36 0.17 0.00 0.04 0.38 0.20 0.03 0.00 0.01 0.22 0.31 0.26 0.16 0.07
C4 0.03 0.01 0.01 0.17 0.00 0.05 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.15 0.05 0.18 0.02 0.39 0.21 0.12
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.12 0.26 0.02 0.14 0.08 0.26 0.11 0.08 0.02 0.01 0.01 0.16 0.04 0.14 0.04
C5 0.02 0.00 0.03 0.28 0.01 0.15 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.33 0.02 0.19 0.01 0.50 0.11 0.15
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.16 0.00 0.29 0.00 0.28 0.36 0.18 0.03 0.03 0.41 0.18 0.06 0.05 0.02 0.00 0.35 0.02 0.17 0.01
C6 0.04 0.01 0.01 0.26 0.02 0.12 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.31 0.05 0.16 0.01 0.47 0.09 0.18
C8 0.02 0.00 0.06 0.36 0.00 0.26 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.45 0.05 0.26 0.01 0.59 0.24 0.11
N1 0.06 0.00 0.03 0.17 0.01 0.02 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.23 0.16 0.09 0.15 0.01 0.37 0.20 0.16
N2 0.09 0.00 0.09 0.00 0.01 0.14 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.32 0.11 0.14 0.12 0.01 0.24 0.49 0.12
N3 0.07 0.01 0.06 0.04 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.04 0.11 0.16 0.02 0.29 0.41 0.11
N7 0.01 0.00 0.06 0.38 0.01 0.26 0.00 0.41 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.49 0.03 0.23 0.01 0.63 0.32 0.15
N9 0.00 0.02 0.02 0.20 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.19 0.00 0.22 0.02 0.42 0.17 0.11
O2' 0.01 0.27 0.00 0.03 0.14 0.08 0.11 0.06 0.17 0.02 0.23 0.32 0.24 0.03 0.05 0.00 0.16 0.10 0.02 0.15 0.10 0.20 0.08
O3' 0.03 0.01 0.03 0.00 0.15 0.02 0.33 0.05 0.31 0.45 0.16 0.11 0.04 0.49 0.19 0.16 0.00 0.03 0.12 0.40 0.13 0.30 0.02
O4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.09 0.14 0.11 0.03 0.00 0.10 0.03 0.00 0.05 0.03 0.13 0.42 0.09
O5' 0.17 0.14 0.23 0.22 0.18 0.01 0.19 0.00 0.16 0.26 0.15 0.12 0.16 0.23 0.22 0.02 0.12 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00
O6 0.03 0.01 0.02 0.31 0.02 0.16 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.15 0.40 0.03 0.16 0.00 0.52 0.19 0.21
OP1 0.26 0.30 0.31 0.26 0.39 0.04 0.50 0.02 0.47 0.59 0.37 0.24 0.29 0.63 0.42 0.10 0.13 0.13 0.01 0.52 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.37 0.16 0.16 0.21 0.14 0.11 0.17 0.09 0.24 0.20 0.49 0.41 0.32 0.17 0.20 0.30 0.42 0.00 0.19 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.13 0.11 0.07 0.12 0.04 0.15 0.01 0.18 0.11 0.16 0.12 0.11 0.15 0.11 0.08 0.02 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00