ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50134

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 16, 8, 8, 5, 5, 4, 1, 1, 2, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.002, 0.009, 0.020, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.028 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.066, 0.170, 0.274, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.170 std_dev=0.104
C2' A 0, 0.039, 0.203, 0.367, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.203 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.173, 0.389, 0.605, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.389 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.183, 0.445, 0.707, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.445 std_dev=0.262
C3' A 0, 0.143, 0.407, 0.670, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.407 std_dev=0.264
O2' A 0, 0.107, 0.381, 0.656, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.381 std_dev=0.274
C5' A 0, 0.329, 0.743, 1.158, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.743 std_dev=0.414
O3' A 0, 0.199, 0.646, 1.094, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.646 std_dev=0.448
O2' B 0, 0.003, 0.454, 0.906, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.454 std_dev=0.451
C1' B 0, 0.151, 0.693, 1.234, 2.216 max_d=2.216 avg_d=0.693 std_dev=0.541
O5' A 0, 0.383, 0.928, 1.474, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.928 std_dev=0.546
C3' B 0, 0.526, 1.205, 1.883, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.205 std_dev=0.679
N1 B 0, 0.171, 1.012, 1.854, 3.253 max_d=3.253 avg_d=1.012 std_dev=0.842
O4' B 0, 0.256, 1.102, 1.947, 3.371 max_d=3.371 avg_d=1.102 std_dev=0.846
C4' B 0, 0.519, 1.376, 2.232, 3.204 max_d=3.204 avg_d=1.376 std_dev=0.856
P A 0, 0.553, 1.481, 2.410, 3.591 max_d=3.591 avg_d=1.481 std_dev=0.928
O3' B 0, 0.701, 1.773, 2.846, 3.704 max_d=3.704 avg_d=1.773 std_dev=1.072
OP2 A 0, 0.714, 1.842, 2.970, 4.446 max_d=4.446 avg_d=1.842 std_dev=1.128
OP1 A 0, 0.636, 1.777, 2.918, 4.397 max_d=4.397 avg_d=1.777 std_dev=1.141
C2 B 0, 0.534, 1.676, 2.818, 3.594 max_d=3.594 avg_d=1.676 std_dev=1.142
C6 B 0, -0.218, 1.032, 2.282, 4.637 max_d=4.637 avg_d=1.032 std_dev=1.250
O2 B 0, 0.657, 2.078, 3.498, 4.048 max_d=4.048 avg_d=2.078 std_dev=1.420
N3 B 0, 0.608, 2.029, 3.449, 4.533 max_d=4.533 avg_d=2.029 std_dev=1.421
C5' B 0, 0.733, 2.200, 3.666, 5.280 max_d=5.280 avg_d=2.200 std_dev=1.467
O5' B 0, 0.737, 2.222, 3.707, 5.741 max_d=5.741 avg_d=2.222 std_dev=1.485
C4 B 0, 0.355, 1.858, 3.361, 5.381 max_d=5.381 avg_d=1.858 std_dev=1.503
C5 B 0, -0.196, 1.361, 2.918, 5.579 max_d=5.579 avg_d=1.361 std_dev=1.557
O4 B 0, 0.452, 2.264, 4.076, 6.301 max_d=6.301 avg_d=2.264 std_dev=1.812
OP2 B 0, 0.913, 2.957, 5.001, 7.472 max_d=7.472 avg_d=2.957 std_dev=2.044
P B 0, 0.945, 3.005, 5.065, 7.269 max_d=7.269 avg_d=3.005 std_dev=2.060
OP1 B 0, 1.225, 3.728, 6.231, 8.088 max_d=8.088 avg_d=3.728 std_dev=2.503

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.15 0.13 0.32 0.24
C2 0.03 0.00 0.15 0.10 0.01 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.07 0.37 0.44 0.81 0.58
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.12 0.15 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.09 0.18 0.12
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.03 0.11 0.18 0.09 0.10 0.13 0.17 0.09 0.02 0.01 0.02 0.06 0.13 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.07 0.04 0.39 0.45 0.74 0.56
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.16 0.05 0.03 0.12 0.16 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.10 0.03 0.49 0.64 0.94 0.71
C5' 0.05 0.15 0.03 0.03 0.19 0.01 0.28 0.00 0.28 0.32 0.22 0.12 0.34 0.35 0.19 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.09 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.10 0.04 0.51 0.69 1.02 0.76
C8 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01 0.16 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.20 0.04 0.49 0.59 0.77 0.64
N1 0.02 0.00 0.12 0.09 0.01 0.05 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.12 0.06 0.45 0.58 0.95 0.69
N3 0.02 0.00 0.15 0.10 0.00 0.03 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.15 0.06 0.32 0.34 0.69 0.49
N6 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.12 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.13 0.04 0.57 0.81 1.13 0.85
N7 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.16 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.19 0.03 0.55 0.74 0.98 0.77
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.35 0.38 0.60 0.47
O2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.14 0.03 0.10 0.03 0.15 0.05 0.21 0.23 0.13 0.05 0.04 0.00 0.05 0.05 0.06 0.10 0.13 0.08
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.03 0.10 0.20 0.12 0.15 0.13 0.19 0.07 0.05 0.00 0.02 0.08 0.25 0.18 0.14
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.11 0.20 0.17
O5' 0.15 0.37 0.10 0.06 0.39 0.02 0.49 0.01 0.51 0.49 0.45 0.32 0.57 0.55 0.35 0.06 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.44 0.09 0.13 0.45 0.07 0.64 0.07 0.69 0.59 0.58 0.34 0.81 0.74 0.38 0.10 0.25 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.81 0.18 0.10 0.74 0.06 0.94 0.02 1.02 0.77 0.95 0.69 1.13 0.98 0.60 0.13 0.18 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.58 0.12 0.07 0.56 0.05 0.71 0.01 0.76 0.64 0.69 0.49 0.85 0.77 0.47 0.08 0.14 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.56 1.10 0.26 0.41 1.16 0.27 0.90 0.32 0.71 0.78 1.26 1.25 0.17 0.82 1.31 0.51 0.16 0.16 0.29 0.15
C2 0.36 0.85 0.13 0.49 0.74 0.53 0.43 0.75 0.31 0.49 0.93 1.09 0.10 0.90 0.84 0.37 0.63 0.80 0.68 0.67
C2' 0.59 1.17 0.33 0.42 1.36 0.35 1.08 0.38 0.85 0.86 1.41 1.22 0.32 0.78 1.55 0.61 0.31 0.22 0.35 0.33
C3' 0.53 1.13 0.47 0.57 1.44 0.31 1.18 0.32 0.92 0.85 1.43 1.10 0.46 0.89 1.64 0.53 0.44 0.38 0.54 0.44
C4 0.45 0.92 0.18 0.43 0.85 0.39 0.59 0.52 0.46 0.60 1.00 1.11 0.11 0.86 0.95 0.42 0.31 0.42 0.41 0.35
C4' 0.49 1.05 0.45 0.64 1.30 0.28 1.08 0.33 0.84 0.78 1.30 1.11 0.35 0.98 1.49 0.43 0.48 0.53 0.65 0.48
C5 0.38 0.77 0.15 0.44 0.66 0.42 0.43 0.56 0.33 0.49 0.81 0.97 0.10 0.84 0.73 0.36 0.39 0.47 0.50 0.42
C5' 0.44 0.90 0.68 0.92 1.23 0.52 1.10 0.61 0.88 0.72 1.16 0.92 0.54 1.24 1.41 0.38 0.78 0.91 0.97 0.80
C6 0.28 0.67 0.11 0.50 0.52 0.55 0.27 0.74 0.18 0.36 0.70 0.90 0.13 0.87 0.58 0.31 0.66 0.77 0.73 0.69
C8 0.52 0.94 0.24 0.38 0.89 0.25 0.71 0.29 0.59 0.68 1.00 1.11 0.17 0.74 0.96 0.46 0.15 0.13 0.25 0.13
N1 0.29 0.73 0.11 0.52 0.58 0.58 0.29 0.81 0.20 0.39 0.78 0.98 0.13 0.90 0.66 0.33 0.75 0.91 0.81 0.79
N3 0.44 0.94 0.17 0.46 0.87 0.45 0.58 0.62 0.44 0.59 1.04 1.15 0.10 0.89 0.99 0.41 0.43 0.57 0.50 0.47
N6 0.19 0.52 0.12 0.54 0.34 0.61 0.16 0.82 0.13 0.24 0.52 0.76 0.19 0.84 0.39 0.29 0.82 0.90 0.89 0.84
N7 0.43 0.75 0.19 0.38 0.66 0.31 0.49 0.38 0.40 0.52 0.77 0.92 0.13 0.75 0.71 0.38 0.17 0.22 0.33 0.20
N9 0.52 1.00 0.23 0.40 0.99 0.30 0.75 0.37 0.60 0.70 1.11 1.18 0.15 0.81 1.09 0.47 0.14 0.19 0.27 0.15
O2' 0.59 1.18 0.31 0.40 1.42 0.36 1.12 0.39 0.87 0.87 1.45 1.22 0.28 0.77 1.64 0.63 0.30 0.21 0.36 0.32
O3' 0.52 1.12 0.55 0.63 1.58 0.36 1.30 0.38 1.00 0.87 1.50 1.00 0.56 0.92 1.84 0.55 0.54 0.48 0.68 0.56
O4' 0.57 1.11 0.28 0.46 1.16 0.20 0.92 0.27 0.73 0.79 1.26 1.30 0.15 0.86 1.30 0.48 0.28 0.34 0.42 0.27
O5' 0.46 0.86 0.82 1.04 1.15 0.65 1.04 0.70 0.87 0.71 1.11 0.87 0.72 1.35 1.29 0.41 0.83 0.94 0.93 0.82
OP1 0.77 0.49 1.27 1.62 1.08 1.24 1.29 1.38 1.18 0.81 0.71 0.31 1.11 1.88 1.19 0.84 1.53 1.77 1.74 1.59
OP2 0.81 0.52 1.39 1.66 0.91 1.28 0.93 1.31 0.96 0.73 0.89 0.47 1.29 1.94 1.10 0.85 1.31 1.44 1.25 1.25
P 0.62 0.58 1.13 1.45 0.96 1.06 1.02 1.16 0.94 0.67 0.86 0.60 1.01 1.75 1.09 0.67 1.25 1.44 1.33 1.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.07 0.38 0.11
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.01 0.03 0.20 0.08 0.38 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.05 0.14 0.00 0.03 0.05 0.01 0.20 0.22 0.22 0.08
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.03 0.13 0.06 0.09 0.13 0.02 0.01 0.11 0.01 0.29 0.31 0.15 0.18
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.00 0.02 0.30 0.14 0.33 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.00 0.01 0.11 0.31 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.01 0.04 0.32 0.14 0.33 0.15
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.09 0.05 0.05 0.04 0.12 0.02 0.01 0.11 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.04 0.29 0.11 0.36 0.13
N1 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.20 0.07 0.37 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.02 0.25 0.10 0.36 0.13
O2 0.03 0.00 0.14 0.13 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.17 0.02 0.06 0.16 0.07 0.38 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.02 0.06 0.13 0.00 0.07 0.05 0.04 0.08 0.20 0.25 0.04
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.13 0.02 0.17 0.04 0.15 0.06 0.11 0.17 0.07 0.00 0.15 0.02 0.26 0.41 0.16 0.24
O4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.00 0.02 0.31 0.16 0.31 0.16
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.09 0.08 0.45 0.18
O5' 0.10 0.20 0.20 0.29 0.30 0.01 0.32 0.01 0.29 0.20 0.25 0.16 0.08 0.26 0.31 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.08 0.22 0.31 0.14 0.11 0.14 0.11 0.11 0.07 0.10 0.07 0.20 0.41 0.16 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.38 0.22 0.15 0.33 0.31 0.33 0.30 0.36 0.37 0.36 0.38 0.25 0.16 0.31 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.12 0.08 0.18 0.15 0.04 0.15 0.01 0.13 0.11 0.13 0.12 0.04 0.24 0.16 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00