ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50135

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 16, 15, 12, 8, 1, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.019, 0.040, 0.061, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.040 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.018, 0.041, 0.063, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.041 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.039 std_dev=0.024
C2' B 0, 0.110, 0.291, 0.471, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.291 std_dev=0.181
O2' B 0, 0.111, 0.297, 0.484, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.297 std_dev=0.187
C2' A 0, -0.071, 0.128, 0.328, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.128 std_dev=0.200
O2' A 0, 0.018, 0.221, 0.423, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.221 std_dev=0.202
O4' A 0, -0.103, 0.114, 0.332, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.114 std_dev=0.217
C4' B 0, 0.160, 0.401, 0.642, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.401 std_dev=0.241
C1' B 0, 0.027, 0.270, 0.513, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.270 std_dev=0.243
C3' B 0, 0.159, 0.407, 0.656, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.407 std_dev=0.249
O4' B 0, 0.095, 0.357, 0.618, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.357 std_dev=0.261
C4' A 0, -0.115, 0.193, 0.502, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.193 std_dev=0.308
C5' B 0, 0.210, 0.534, 0.858, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.534 std_dev=0.324
C3' A 0, -0.142, 0.189, 0.520, 2.365 max_d=2.365 avg_d=0.189 std_dev=0.331
N1 B 0, -0.107, 0.254, 0.616, 2.891 max_d=2.891 avg_d=0.254 std_dev=0.361
O3' B 0, 1.045, 1.439, 1.834, 3.569 max_d=3.569 avg_d=1.439 std_dev=0.395
OP2 A 0, -0.037, 0.370, 0.777, 2.743 max_d=2.743 avg_d=0.370 std_dev=0.407
C6 B 0, -0.131, 0.283, 0.696, 3.328 max_d=3.328 avg_d=0.283 std_dev=0.414
O3' A 0, -0.185, 0.278, 0.740, 3.145 max_d=3.145 avg_d=0.278 std_dev=0.462
P A 0, -0.115, 0.354, 0.823, 3.188 max_d=3.188 avg_d=0.354 std_dev=0.469
O5' B 0, 0.007, 0.478, 0.950, 3.323 max_d=3.323 avg_d=0.478 std_dev=0.471
C2 B 0, -0.213, 0.275, 0.762, 3.946 max_d=3.946 avg_d=0.275 std_dev=0.487
O5' A 0, -0.175, 0.323, 0.820, 3.805 max_d=3.805 avg_d=0.323 std_dev=0.497
OP1 A 0, -0.055, 0.460, 0.975, 3.119 max_d=3.119 avg_d=0.460 std_dev=0.515
C5' A 0, -0.205, 0.317, 0.840, 3.822 max_d=3.822 avg_d=0.317 std_dev=0.523
O2 B 0, -0.193, 0.330, 0.853, 4.211 max_d=4.211 avg_d=0.330 std_dev=0.523
C5 B 0, -0.241, 0.305, 0.851, 4.402 max_d=4.402 avg_d=0.305 std_dev=0.546
OP1 B 0, -0.105, 0.506, 1.117, 4.666 max_d=4.666 avg_d=0.506 std_dev=0.611
N3 B 0, -0.336, 0.286, 0.907, 5.024 max_d=5.024 avg_d=0.286 std_dev=0.621
P B 0, -0.160, 0.480, 1.120, 4.959 max_d=4.959 avg_d=0.480 std_dev=0.640
C4 B 0, -0.356, 0.293, 0.943, 5.228 max_d=5.228 avg_d=0.293 std_dev=0.649
OP2 B 0, -0.245, 0.533, 1.310, 5.942 max_d=5.942 avg_d=0.533 std_dev=0.777
O4 B 0, -0.440, 0.342, 1.123, 6.275 max_d=6.275 avg_d=0.342 std_dev=0.781

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.14 0.13 0.09
C2 0.03 0.00 0.11 0.05 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.08 0.15 0.14 0.15 0.14 0.10
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.11 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.22 0.13 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.26 0.16 0.12
C4 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.08 0.09 0.14 0.15 0.09
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.09 0.09 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.13 0.07 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.08 0.15 0.17 0.11
C5' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.11 0.10 0.15 0.13 0.10 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.08 0.11 0.15 0.16 0.10
C8 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.10 0.07 0.11 0.17 0.20 0.16
N1 0.03 0.00 0.09 0.05 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.13 0.14 0.15 0.16 0.10
N3 0.03 0.00 0.11 0.05 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.14 0.12 0.15 0.14 0.09
N6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.09 0.07 0.11 0.17 0.18 0.12
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.09 0.18 0.20 0.15
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.14 0.15 0.10
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.10 0.12 0.05 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.03 0.22 0.12 0.08
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.10 0.04 0.06 0.00 0.02 0.05 0.34 0.20 0.17
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.07 0.13 0.14 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.11 0.15 0.12
O5' 0.04 0.14 0.04 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.11 0.11 0.14 0.12 0.11 0.09 0.06 0.03 0.05 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.15 0.22 0.26 0.14 0.13 0.15 0.07 0.15 0.17 0.15 0.15 0.17 0.18 0.14 0.22 0.34 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.14 0.13 0.16 0.15 0.07 0.17 0.02 0.16 0.20 0.16 0.14 0.18 0.20 0.15 0.12 0.20 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.04 0.11 0.02 0.10 0.16 0.10 0.09 0.12 0.15 0.10 0.08 0.17 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.17 0.16 0.18 0.39 0.15 0.45 0.14 0.36 0.22 0.22 0.24 0.14 0.18 0.47 0.17 0.34 0.23 0.48 0.35
C2 0.22 0.32 0.15 0.13 0.50 0.15 0.48 0.12 0.39 0.31 0.43 0.27 0.12 0.13 0.58 0.20 0.25 0.17 0.29 0.20
C2' 0.17 0.16 0.19 0.24 0.37 0.18 0.45 0.16 0.35 0.20 0.19 0.27 0.15 0.22 0.46 0.17 0.41 0.32 0.54 0.43
C3' 0.13 0.22 0.19 0.24 0.17 0.13 0.26 0.10 0.19 0.10 0.19 0.41 0.18 0.26 0.27 0.10 0.33 0.22 0.48 0.34
C4 0.20 0.24 0.15 0.15 0.45 0.15 0.47 0.12 0.39 0.27 0.34 0.21 0.13 0.14 0.52 0.19 0.29 0.19 0.37 0.27
C4' 0.09 0.21 0.13 0.17 0.19 0.10 0.27 0.14 0.19 0.08 0.19 0.39 0.16 0.22 0.27 0.08 0.25 0.16 0.44 0.28
C5 0.20 0.23 0.15 0.15 0.41 0.15 0.43 0.12 0.37 0.27 0.31 0.21 0.13 0.13 0.45 0.18 0.27 0.18 0.32 0.24
C5' 0.11 0.32 0.12 0.15 0.29 0.11 0.28 0.21 0.19 0.15 0.35 0.48 0.17 0.24 0.37 0.13 0.18 0.17 0.42 0.24
C6 0.22 0.29 0.15 0.13 0.42 0.15 0.41 0.12 0.35 0.29 0.36 0.25 0.12 0.13 0.46 0.19 0.23 0.17 0.25 0.18
C8 0.17 0.15 0.16 0.19 0.33 0.15 0.43 0.13 0.36 0.21 0.17 0.28 0.14 0.18 0.38 0.17 0.34 0.23 0.44 0.33
N1 0.22 0.33 0.15 0.13 0.47 0.16 0.44 0.13 0.37 0.31 0.42 0.28 0.13 0.14 0.53 0.20 0.22 0.17 0.24 0.17
N3 0.21 0.28 0.15 0.14 0.50 0.15 0.49 0.12 0.40 0.29 0.40 0.23 0.13 0.13 0.58 0.20 0.28 0.18 0.35 0.25
N6 0.21 0.27 0.16 0.13 0.36 0.16 0.35 0.13 0.31 0.27 0.32 0.25 0.13 0.15 0.39 0.19 0.20 0.18 0.20 0.15
N7 0.18 0.15 0.16 0.17 0.33 0.15 0.40 0.12 0.36 0.23 0.20 0.24 0.14 0.16 0.36 0.17 0.30 0.20 0.37 0.28
N9 0.18 0.18 0.16 0.18 0.41 0.15 0.46 0.13 0.38 0.24 0.25 0.23 0.14 0.17 0.48 0.17 0.33 0.22 0.44 0.32
O2' 0.19 0.19 0.20 0.25 0.43 0.20 0.49 0.19 0.38 0.24 0.25 0.23 0.15 0.22 0.52 0.21 0.45 0.35 0.58 0.47
O3' 0.18 0.30 0.21 0.26 0.12 0.15 0.16 0.09 0.12 0.15 0.28 0.47 0.20 0.28 0.19 0.14 0.32 0.21 0.46 0.33
O4' 0.10 0.13 0.11 0.13 0.27 0.09 0.36 0.15 0.28 0.12 0.13 0.29 0.15 0.18 0.34 0.10 0.25 0.15 0.44 0.28
O5' 0.12 0.35 0.12 0.15 0.34 0.12 0.33 0.23 0.23 0.18 0.39 0.51 0.17 0.24 0.42 0.14 0.19 0.18 0.42 0.24
OP1 0.29 0.58 0.21 0.20 0.52 0.22 0.34 0.30 0.27 0.37 0.67 0.69 0.20 0.27 0.59 0.28 0.14 0.20 0.35 0.20
OP2 0.28 0.58 0.20 0.19 0.50 0.22 0.40 0.30 0.31 0.37 0.62 0.71 0.20 0.25 0.54 0.28 0.14 0.15 0.31 0.16
P 0.24 0.53 0.16 0.17 0.48 0.19 0.35 0.28 0.26 0.32 0.60 0.66 0.17 0.25 0.54 0.24 0.11 0.15 0.32 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.10 0.10 0.15 0.07
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.05 0.15 0.09 0.21 0.13
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.06 0.10 0.02 0.07 0.17 0.01 0.02 0.07 0.01 0.13 0.11 0.18 0.10
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.10 0.05 0.10 0.14 0.02 0.01 0.09 0.02 0.17 0.17 0.19 0.14
C4 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.03 0.11 0.08 0.00 0.03 0.21 0.12 0.24 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.08 0.02 0.06 0.00 0.02 0.09 0.13 0.04
C5 0.02 0.02 0.09 0.10 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.10 0.01 0.05 0.22 0.13 0.23 0.18
C5' 0.03 0.06 0.06 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.06 0.05 0.08 0.14 0.01 0.01 0.12 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.10 0.01 0.06 0.20 0.12 0.19 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02 0.01 0.15 0.09 0.18 0.12
N3 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.11 0.02 0.04 0.18 0.09 0.23 0.15
O2 0.04 0.01 0.17 0.14 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.21 0.04 0.09 0.13 0.10 0.23 0.14
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.11 0.08 0.13 0.05 0.12 0.06 0.10 0.17 0.00 0.05 0.13 0.05 0.11 0.16 0.10 0.07
O3' 0.07 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.10 0.08 0.10 0.05 0.11 0.21 0.05 0.00 0.09 0.05 0.18 0.25 0.21 0.15
O4 0.03 0.03 0.07 0.09 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.04 0.13 0.09 0.00 0.04 0.21 0.14 0.27 0.19
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.09 0.05 0.05 0.04 0.00 0.08 0.10 0.17 0.08
O5' 0.10 0.15 0.13 0.17 0.21 0.02 0.22 0.01 0.20 0.15 0.18 0.13 0.11 0.18 0.21 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.09 0.11 0.17 0.12 0.09 0.13 0.12 0.12 0.09 0.09 0.10 0.16 0.25 0.14 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.21 0.18 0.19 0.24 0.13 0.23 0.12 0.19 0.18 0.23 0.23 0.10 0.21 0.27 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.10 0.14 0.17 0.04 0.18 0.02 0.16 0.12 0.15 0.14 0.07 0.15 0.19 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00