ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50136

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 7, 13, 8, 8, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.028 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.016, 0.044, 0.071, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.044 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.020, 0.054, 0.088, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.054 std_dev=0.034
C4' A 0, 0.042, 0.090, 0.138, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.090 std_dev=0.048
O2' A 0, 0.064, 0.115, 0.166, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.115 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.025, 0.079, 0.132, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.079 std_dev=0.053
O3' A 0, 0.034, 0.119, 0.203, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.119 std_dev=0.085
C5' A 0, 0.076, 0.163, 0.249, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.163 std_dev=0.086
O5' A 0, 0.103, 0.221, 0.339, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.221 std_dev=0.118
O2' B 0, 0.173, 0.323, 0.474, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.323 std_dev=0.151
C2' B 0, 0.162, 0.325, 0.488, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.325 std_dev=0.163
P A 0, 0.127, 0.294, 0.460, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.294 std_dev=0.166
C1' B 0, 0.165, 0.340, 0.514, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.340 std_dev=0.175
OP2 A 0, 0.145, 0.325, 0.505, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.325 std_dev=0.180
O3' B 0, 0.177, 0.363, 0.548, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.363 std_dev=0.186
C3' B 0, 0.170, 0.356, 0.542, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.356 std_dev=0.186
N1 B 0, 0.174, 0.368, 0.562, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.368 std_dev=0.194
C4' B 0, 0.192, 0.387, 0.582, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.387 std_dev=0.195
O2 B 0, 0.164, 0.361, 0.559, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.361 std_dev=0.197
O4' B 0, 0.198, 0.397, 0.596, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.397 std_dev=0.199
C2 B 0, 0.172, 0.372, 0.572, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.372 std_dev=0.200
OP1 A 0, 0.137, 0.338, 0.539, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.338 std_dev=0.201
C6 B 0, 0.199, 0.429, 0.659, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.429 std_dev=0.230
C5' B 0, 0.205, 0.436, 0.666, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.436 std_dev=0.230
N3 B 0, 0.187, 0.426, 0.664, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.426 std_dev=0.239
O5' B 0, 0.232, 0.477, 0.722, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.477 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.209, 0.474, 0.739, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.474 std_dev=0.265
C4 B 0, 0.199, 0.469, 0.740, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.469 std_dev=0.271
P B 0, 0.287, 0.570, 0.853, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.570 std_dev=0.283
OP2 B 0, 0.326, 0.621, 0.915, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.621 std_dev=0.295
O4 B 0, 0.209, 0.526, 0.843, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.526 std_dev=0.317
OP1 B 0, 0.335, 0.682, 1.028, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.682 std_dev=0.347

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.12 0.13 0.16 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.07 0.11 0.08
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.08 0.13 0.09
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.04 0.09 0.08 0.08 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.10 0.12 0.16 0.12
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.12 0.14 0.18 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.09 0.10 0.12 0.10
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.10 0.12 0.17 0.13
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.12 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.10 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03
O5' 0.01 0.12 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.10 0.04 0.12 0.09 0.10 0.06 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.13 0.04 0.05 0.07 0.02 0.08 0.01 0.12 0.04 0.14 0.10 0.12 0.06 0.04 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.16 0.07 0.08 0.11 0.04 0.13 0.03 0.16 0.09 0.18 0.12 0.17 0.12 0.08 0.06 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.14 0.03 0.04 0.08 0.02 0.09 0.01 0.12 0.05 0.14 0.10 0.13 0.07 0.05 0.05 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.12 0.13 0.11 0.11 0.15 0.15 0.12 0.13 0.16 0.13 0.13 0.15 0.18 0.13
C2 0.11 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.12 0.10 0.10 0.10 0.15 0.12 0.12 0.13 0.19 0.12
C2' 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.13 0.11 0.12 0.14 0.12 0.12 0.15 0.17 0.12
C3' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.11 0.10 0.08 0.09 0.12 0.11 0.10 0.14 0.14 0.09
C4 0.10 0.12 0.10 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.14 0.13 0.10 0.10 0.15 0.11 0.11 0.13 0.18 0.11
C4' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.11 0.09 0.09 0.10 0.13 0.11 0.10 0.13 0.15 0.09
C5 0.11 0.13 0.10 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.15 0.15 0.10 0.10 0.15 0.12 0.11 0.12 0.18 0.11
C5' 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.12 0.11 0.10 0.12 0.14 0.08
C6 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.13 0.11 0.11 0.10 0.14 0.11 0.11 0.12 0.19 0.12
C8 0.14 0.16 0.14 0.13 0.16 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.17 0.19 0.14 0.13 0.17 0.14 0.14 0.16 0.19 0.14
N1 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.14 0.13 0.13 0.14 0.20 0.13
N3 0.10 0.10 0.09 0.09 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10 0.09 0.09 0.15 0.11 0.11 0.12 0.18 0.11
N6 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.13 0.19 0.12
N7 0.13 0.16 0.13 0.12 0.16 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.17 0.19 0.13 0.11 0.17 0.14 0.13 0.14 0.19 0.13
N9 0.12 0.14 0.12 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.15 0.15 0.12 0.12 0.16 0.13 0.12 0.14 0.18 0.12
O2' 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.12 0.15 0.12 0.12 0.15 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14 0.15 0.18 0.18 0.15
O3' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.10 0.08 0.09 0.11 0.10 0.09 0.14 0.13 0.08
O4' 0.10 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.14 0.12 0.11 0.12 0.15 0.12 0.11 0.14 0.18 0.12
O5' 0.11 0.10 0.09 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.09 0.08 0.14 0.13 0.11 0.13 0.14 0.09
OP1 0.13 0.13 0.11 0.10 0.14 0.12 0.13 0.11 0.12 0.12 0.14 0.13 0.10 0.09 0.16 0.15 0.13 0.14 0.14 0.10
OP2 0.17 0.16 0.15 0.14 0.17 0.16 0.17 0.16 0.16 0.16 0.17 0.17 0.15 0.13 0.18 0.18 0.16 0.16 0.16 0.13
P 0.13 0.12 0.11 0.10 0.14 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.13 0.11 0.09 0.16 0.14 0.13 0.13 0.14 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.19 0.10
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.01 0.07 0.11 0.19 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.10 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.14 0.07
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.09 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.13 0.15 0.17 0.12
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.02 0.14 0.14 0.17 0.12
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.12 0.06 0.08 0.05 0.03 0.02 0.12 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.12 0.12 0.18 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.10 0.19 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.10 0.13 0.18 0.11
O2 0.01 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.13 0.01 0.01 0.06 0.11 0.19 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.15 0.07
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.06 0.13 0.03 0.00 0.06 0.01 0.03 0.10 0.06 0.03
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.14 0.16 0.16 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.19 0.10
O5' 0.04 0.07 0.02 0.01 0.13 0.01 0.14 0.01 0.12 0.08 0.10 0.06 0.04 0.03 0.14 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.11 0.06 0.06 0.15 0.05 0.14 0.05 0.12 0.10 0.13 0.11 0.06 0.10 0.16 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.19 0.14 0.09 0.17 0.10 0.17 0.03 0.18 0.19 0.18 0.19 0.15 0.06 0.16 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.11 0.07 0.04 0.12 0.04 0.12 0.01 0.11 0.10 0.11 0.11 0.07 0.03 0.13 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00