ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50137

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 2, 15, 7, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.011, 0.017, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2' B 0, 0.535, 0.795, 1.055, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.795 std_dev=0.260
O2' B 0, 0.498, 0.799, 1.101, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.799 std_dev=0.302
O4' A 0, 0.211, 0.534, 0.856, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.534 std_dev=0.323
C2' A 0, 0.222, 0.553, 0.883, 2.142 max_d=2.142 avg_d=0.553 std_dev=0.331
O2' A 0, 0.269, 0.607, 0.945, 2.311 max_d=2.311 avg_d=0.607 std_dev=0.338
C4' A 0, 0.361, 0.842, 1.323, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.842 std_dev=0.481
C3' A 0, 0.384, 0.896, 1.407, 3.420 max_d=3.420 avg_d=0.896 std_dev=0.512
C1' B 0, 1.236, 1.838, 2.440, 2.734 max_d=2.734 avg_d=1.838 std_dev=0.602
O3' A 0, 0.623, 1.345, 2.066, 4.878 max_d=4.878 avg_d=1.345 std_dev=0.721
C3' B 0, 1.414, 2.158, 2.903, 3.082 max_d=3.082 avg_d=2.158 std_dev=0.745
C5' A 0, 0.514, 1.317, 2.119, 5.324 max_d=5.324 avg_d=1.317 std_dev=0.802
O4' B 0, 1.578, 2.473, 3.367, 4.240 max_d=4.240 avg_d=2.473 std_dev=0.894
O5' A 0, 0.219, 1.130, 2.042, 6.028 max_d=6.028 avg_d=1.130 std_dev=0.911
O3' B 0, 1.698, 2.718, 3.738, 4.478 max_d=4.478 avg_d=2.718 std_dev=1.020
C4' B 0, 1.730, 2.761, 3.792, 4.710 max_d=4.710 avg_d=2.761 std_dev=1.031
N1 B 0, 2.155, 3.233, 4.312, 4.195 max_d=4.195 avg_d=3.233 std_dev=1.079
P A 0, 0.179, 1.391, 2.603, 7.907 max_d=7.907 avg_d=1.391 std_dev=1.212
OP1 A 0, 0.236, 1.530, 2.824, 8.581 max_d=8.581 avg_d=1.530 std_dev=1.294
O2 B 0, 2.450, 3.773, 5.095, 6.136 max_d=6.136 avg_d=3.773 std_dev=1.323
C2 B 0, 2.605, 3.953, 5.301, 5.573 max_d=5.573 avg_d=3.953 std_dev=1.348
OP2 A 0, 0.164, 1.522, 2.880, 8.741 max_d=8.741 avg_d=1.522 std_dev=1.358
C6 B 0, 2.744, 4.246, 5.748, 5.493 max_d=5.493 avg_d=4.246 std_dev=1.502
C5' B 0, 2.657, 4.228, 5.799, 6.521 max_d=6.521 avg_d=4.228 std_dev=1.571
N3 B 0, 3.507, 5.351, 7.195, 7.422 max_d=7.422 avg_d=5.351 std_dev=1.844
C5 B 0, 3.572, 5.525, 7.478, 6.959 max_d=6.959 avg_d=5.525 std_dev=1.953
O5' B 0, 3.488, 5.514, 7.540, 7.002 max_d=7.002 avg_d=5.514 std_dev=2.026
C4 B 0, 3.986, 6.085, 8.184, 7.586 max_d=7.586 avg_d=6.085 std_dev=2.099
P B 0, 4.156, 6.507, 8.857, 7.954 max_d=7.954 avg_d=6.507 std_dev=2.351
OP2 B 0, 4.202, 6.602, 9.001, 8.282 max_d=8.282 avg_d=6.602 std_dev=2.400
O4 B 0, 4.799, 7.360, 9.920, 9.296 max_d=9.296 avg_d=7.360 std_dev=2.561
OP1 B 0, 4.562, 7.218, 9.873, 10.324 max_d=10.324 avg_d=7.218 std_dev=2.655

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.11 0.20 0.11
C2 0.03 0.00 0.19 0.32 0.01 0.20 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.38 0.08 0.42 0.49 0.53 0.50
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.02 0.09 0.09 0.14 0.19 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.11 0.16 0.09
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.18 0.00 0.13 0.03 0.18 0.16 0.26 0.31 0.16 0.13 0.07 0.05 0.01 0.01 0.08 0.14 0.16 0.10
C4 0.02 0.01 0.10 0.18 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.19 0.05 0.23 0.31 0.29 0.28
C4' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.11 0.00 0.08 0.00 0.12 0.12 0.17 0.19 0.10 0.09 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.09 0.10 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.21 0.34 0.30 0.28
C5' 0.03 0.31 0.02 0.03 0.18 0.00 0.16 0.00 0.21 0.18 0.28 0.27 0.20 0.16 0.09 0.07 0.04 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.21 0.05 0.27 0.42 0.35 0.37
C8 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.17 0.05 0.31 0.29 0.46 0.29
N1 0.03 0.00 0.14 0.26 0.01 0.17 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.32 0.07 0.37 0.49 0.48 0.48
N3 0.04 0.00 0.19 0.31 0.00 0.19 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.35 0.08 0.36 0.41 0.44 0.42
N6 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.19 0.05 0.25 0.43 0.34 0.36
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.15 0.03 0.27 0.34 0.45 0.28
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.15 0.20 0.26 0.17
O2' 0.02 0.15 0.00 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.12 0.14 0.07 0.04 0.02 0.00 0.10 0.06 0.07 0.15 0.15 0.08
O3' 0.02 0.38 0.02 0.01 0.19 0.03 0.15 0.04 0.21 0.17 0.32 0.35 0.19 0.15 0.06 0.10 0.00 0.03 0.11 0.21 0.27 0.14
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.08 0.11 0.20 0.13
O5' 0.08 0.42 0.07 0.08 0.23 0.02 0.21 0.01 0.27 0.31 0.37 0.36 0.25 0.27 0.15 0.07 0.11 0.08 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.11 0.49 0.11 0.14 0.31 0.09 0.34 0.10 0.42 0.29 0.49 0.41 0.43 0.34 0.20 0.15 0.21 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.53 0.16 0.16 0.29 0.10 0.30 0.10 0.35 0.46 0.48 0.44 0.34 0.45 0.26 0.15 0.27 0.20 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.50 0.09 0.10 0.28 0.03 0.28 0.02 0.37 0.29 0.48 0.42 0.36 0.28 0.17 0.08 0.14 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.50 1.24 0.29 0.33 1.51 0.45 1.22 0.51 0.95 0.90 1.54 1.26 0.21 0.69 1.71 0.37 0.37 0.43 0.31 0.37
C2 0.33 0.87 0.16 0.46 0.83 0.56 0.55 0.74 0.42 0.53 0.98 1.08 0.14 0.83 0.94 0.27 0.62 0.80 0.63 0.65
C2' 0.64 1.51 0.38 0.35 1.88 0.38 1.54 0.43 1.21 1.13 1.88 1.48 0.24 0.68 2.12 0.45 0.41 0.38 0.51 0.42
C3' 0.76 1.65 0.45 0.45 2.16 0.47 1.83 0.54 1.46 1.31 2.11 1.52 0.28 0.68 2.43 0.61 0.68 0.61 0.83 0.69
C4 0.37 0.92 0.20 0.38 0.95 0.45 0.71 0.55 0.55 0.61 1.05 1.07 0.17 0.75 1.05 0.26 0.33 0.46 0.35 0.36
C4' 0.65 1.46 0.38 0.43 2.00 0.54 1.71 0.63 1.33 1.15 1.90 1.31 0.24 0.68 2.28 0.56 0.70 0.68 0.77 0.71
C5 0.31 0.71 0.17 0.41 0.65 0.48 0.47 0.59 0.38 0.45 0.77 0.89 0.15 0.75 0.71 0.26 0.41 0.52 0.49 0.45
C5' 0.65 1.36 0.40 0.53 2.02 0.66 1.79 0.78 1.40 1.14 1.83 1.12 0.29 0.71 2.29 0.65 0.91 0.89 1.00 0.92
C6 0.29 0.68 0.15 0.50 0.58 0.61 0.39 0.78 0.33 0.41 0.72 0.89 0.12 0.81 0.64 0.33 0.69 0.81 0.75 0.72
C8 0.40 0.90 0.26 0.31 1.01 0.42 0.85 0.45 0.69 0.66 1.04 0.97 0.19 0.61 1.10 0.33 0.32 0.35 0.24 0.31
N1 0.29 0.77 0.15 0.51 0.68 0.63 0.45 0.83 0.36 0.45 0.84 0.99 0.12 0.84 0.77 0.32 0.77 0.94 0.80 0.81
N3 0.38 0.97 0.19 0.40 1.00 0.48 0.72 0.61 0.55 0.63 1.13 1.14 0.17 0.80 1.13 0.25 0.42 0.58 0.42 0.45
N6 0.34 0.72 0.19 0.57 0.66 0.72 0.54 0.92 0.48 0.49 0.77 0.90 0.11 0.80 0.72 0.45 0.90 0.99 0.97 0.92
N7 0.31 0.63 0.20 0.34 0.61 0.40 0.50 0.45 0.42 0.44 0.69 0.76 0.16 0.63 0.66 0.27 0.26 0.32 0.34 0.29
N9 0.43 1.05 0.26 0.33 1.18 0.42 0.95 0.48 0.75 0.74 1.24 1.13 0.19 0.69 1.31 0.31 0.29 0.36 0.24 0.29
O2' 0.63 1.53 0.36 0.35 1.97 0.41 1.60 0.47 1.23 1.14 1.96 1.49 0.23 0.71 2.27 0.45 0.44 0.46 0.52 0.46
O3' 0.86 1.81 0.50 0.51 2.47 0.53 2.10 0.63 1.66 1.46 2.36 1.60 0.33 0.70 2.82 0.73 0.83 0.76 1.05 0.88
O4' 0.53 1.23 0.32 0.36 1.61 0.52 1.34 0.59 1.05 0.94 1.57 1.19 0.22 0.66 1.82 0.46 0.53 0.56 0.48 0.52
O5' 0.74 1.34 0.52 0.64 1.93 0.71 1.78 0.81 1.46 1.20 1.74 1.08 0.35 0.74 2.10 0.73 0.99 0.92 1.10 1.00
OP1 0.68 0.97 0.51 0.77 1.77 0.96 1.78 1.16 1.41 0.99 1.38 0.72 0.50 0.78 2.01 0.86 1.36 1.38 1.49 1.40
OP2 0.94 1.18 0.80 0.91 1.68 0.91 1.81 1.07 1.63 1.28 1.40 0.89 0.53 0.78 1.72 0.97 1.38 1.31 1.53 1.41
P 0.67 1.00 0.52 0.73 1.63 0.81 1.64 0.94 1.36 1.01 1.34 0.74 0.41 0.79 1.77 0.76 1.18 1.13 1.28 1.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.19 0.18 0.34 0.18
C2 0.01 0.00 0.15 0.16 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.18 0.02 0.06 0.34 0.28 0.45 0.32
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.03 0.02 0.10 0.03 0.13 0.02 0.11 0.26 0.00 0.02 0.05 0.01 0.21 0.24 0.24 0.15
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.18 0.01 0.23 0.03 0.24 0.11 0.17 0.23 0.03 0.01 0.19 0.01 0.27 0.32 0.15 0.18
C4 0.02 0.01 0.03 0.18 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.17 0.00 0.03 0.50 0.44 0.58 0.48
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.08 0.06 0.11 0.03 0.11 0.00 0.01 0.15 0.29 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.23 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.25 0.01 0.07 0.54 0.48 0.58 0.51
C5' 0.02 0.11 0.03 0.03 0.19 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.15 0.09 0.10 0.07 0.21 0.01 0.01 0.19 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.24 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.24 0.01 0.08 0.49 0.40 0.49 0.43
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.01 0.35 0.28 0.42 0.31
N3 0.01 0.01 0.11 0.17 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.17 0.02 0.05 0.42 0.35 0.52 0.40
O2 0.02 0.00 0.26 0.23 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.30 0.31 0.03 0.11 0.26 0.21 0.42 0.26
O2' 0.02 0.19 0.00 0.03 0.11 0.11 0.09 0.10 0.10 0.08 0.17 0.30 0.00 0.07 0.12 0.07 0.06 0.22 0.24 0.05
O3' 0.06 0.18 0.02 0.01 0.17 0.03 0.25 0.07 0.24 0.07 0.17 0.31 0.07 0.00 0.19 0.04 0.26 0.43 0.18 0.25
O4 0.02 0.02 0.05 0.19 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.19 0.00 0.03 0.52 0.48 0.62 0.52
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.05 0.11 0.07 0.04 0.03 0.00 0.16 0.18 0.39 0.21
O5' 0.19 0.34 0.21 0.27 0.50 0.01 0.54 0.01 0.49 0.35 0.42 0.26 0.06 0.26 0.52 0.16 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.18 0.28 0.24 0.32 0.44 0.15 0.48 0.19 0.40 0.28 0.35 0.21 0.22 0.43 0.48 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.45 0.24 0.15 0.58 0.29 0.58 0.32 0.49 0.42 0.52 0.42 0.24 0.18 0.62 0.39 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.32 0.15 0.18 0.48 0.04 0.51 0.02 0.43 0.31 0.40 0.26 0.05 0.25 0.52 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00