ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50138

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 3, 4, 7, 3, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.020, 0.037, 0.054, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.037 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.027, 0.046, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.046 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.014, 0.038, 0.062, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.029, 0.057, 0.085, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.057 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.033, 0.064, 0.095, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.034, 0.070, 0.106, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.070 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.050, 0.089, 0.127, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.089 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.049, 0.088, 0.127, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.039
N3 A 0, -0.004, 0.041, 0.085, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.041 std_dev=0.044
C2 A 0, 0.009, 0.054, 0.099, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.054 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.062, 0.112, 0.162, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.112 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.058, 0.184, 0.309, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.184 std_dev=0.125
C2' A 0, 0.136, 0.265, 0.393, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.265 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.189, 0.366, 0.542, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.366 std_dev=0.177
C4' A 0, 0.252, 0.492, 0.732, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.492 std_dev=0.240
C2' B 0, 0.355, 0.598, 0.840, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.598 std_dev=0.243
C3' A 0, 0.342, 0.598, 0.853, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.598 std_dev=0.256
O2' B 0, 0.335, 0.591, 0.847, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.591 std_dev=0.256
C1' B 0, 0.426, 0.683, 0.940, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.683 std_dev=0.257
C3' B 0, 0.350, 0.682, 1.014, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.682 std_dev=0.332
O4' B 0, 0.408, 0.749, 1.091, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.749 std_dev=0.342
N1 B 0, 0.428, 0.783, 1.138, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.783 std_dev=0.355
O3' A 0, 0.400, 0.769, 1.138, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.769 std_dev=0.369
C5' A 0, 0.396, 0.779, 1.163, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.779 std_dev=0.383
C6 B 0, 0.396, 0.785, 1.174, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.785 std_dev=0.389
C4' B 0, 0.405, 0.799, 1.193, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.799 std_dev=0.394
O5' A 0, 0.433, 0.828, 1.223, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.828 std_dev=0.395
O3' B 0, 0.236, 0.792, 1.348, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.792 std_dev=0.556
P A 0, 0.383, 0.945, 1.507, 2.380 max_d=2.380 avg_d=0.945 std_dev=0.562
C5 B 0, 0.365, 0.938, 1.512, 2.639 max_d=2.639 avg_d=0.938 std_dev=0.574
C2 B 0, 0.470, 1.063, 1.655, 2.492 max_d=2.492 avg_d=1.063 std_dev=0.592
OP2 A 0, 0.431, 1.110, 1.789, 2.944 max_d=2.944 avg_d=1.110 std_dev=0.679
C5' B 0, 0.410, 1.091, 1.771, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.091 std_dev=0.680
O2 B 0, 0.527, 1.214, 1.901, 2.957 max_d=2.957 avg_d=1.214 std_dev=0.687
OP1 A 0, 0.380, 1.081, 1.782, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.081 std_dev=0.701
O5' B 0, 0.378, 1.095, 1.811, 2.756 max_d=2.756 avg_d=1.095 std_dev=0.716
C4 B 0, 0.353, 1.162, 1.970, 3.550 max_d=3.550 avg_d=1.162 std_dev=0.809
N3 B 0, 0.442, 1.255, 2.068, 3.263 max_d=3.263 avg_d=1.255 std_dev=0.813
P B 0, 0.494, 1.457, 2.421, 3.517 max_d=3.517 avg_d=1.457 std_dev=0.964
OP2 B 0, 0.471, 1.454, 2.437, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.454 std_dev=0.983
O4 B 0, 0.391, 1.418, 2.446, 4.524 max_d=4.524 avg_d=1.418 std_dev=1.028
OP1 B 0, 0.488, 1.725, 2.961, 4.643 max_d=4.643 avg_d=1.725 std_dev=1.236

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.12 0.11 0.28 0.20
C2 0.08 0.00 0.16 0.16 0.06 0.09 0.02 0.15 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.20 0.21 0.09 0.26 0.28 0.51 0.36
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.04 0.07 0.04 0.09 0.07 0.13 0.15 0.09 0.06 0.04 0.01 0.05 0.02 0.10 0.14 0.25 0.15
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.12 0.01 0.14 0.05 0.16 0.14 0.17 0.15 0.18 0.14 0.09 0.02 0.02 0.02 0.10 0.20 0.20 0.13
C4 0.02 0.06 0.09 0.12 0.00 0.06 0.01 0.13 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.24 0.26 0.47 0.34
C4' 0.02 0.09 0.04 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.12 0.07 0.10 0.04 0.01 0.02 0.09 0.10 0.07
C5 0.03 0.02 0.07 0.14 0.01 0.09 0.00 0.19 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.15 0.04 0.30 0.37 0.56 0.42
C5' 0.05 0.15 0.04 0.05 0.13 0.01 0.19 0.00 0.20 0.20 0.17 0.13 0.23 0.23 0.13 0.10 0.06 0.03 0.02 0.10 0.03 0.02
C6 0.04 0.02 0.09 0.16 0.03 0.10 0.02 0.20 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.10 0.19 0.05 0.32 0.39 0.59 0.44
C8 0.03 0.07 0.07 0.14 0.03 0.12 0.05 0.20 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.16 0.06 0.29 0.33 0.47 0.38
N1 0.06 0.01 0.13 0.17 0.04 0.09 0.02 0.17 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.16 0.20 0.06 0.29 0.34 0.56 0.40
N3 0.07 0.01 0.15 0.15 0.01 0.08 0.02 0.13 0.04 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.19 0.18 0.08 0.23 0.23 0.45 0.32
N6 0.04 0.02 0.09 0.18 0.03 0.13 0.03 0.23 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.04 0.09 0.21 0.07 0.35 0.46 0.64 0.48
N7 0.04 0.03 0.06 0.14 0.01 0.12 0.01 0.23 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.16 0.05 0.33 0.42 0.59 0.45
N9 0.01 0.07 0.04 0.09 0.01 0.07 0.03 0.13 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.10 0.02 0.21 0.23 0.40 0.30
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.09 0.10 0.07 0.10 0.10 0.05 0.16 0.19 0.09 0.05 0.02 0.00 0.08 0.07 0.08 0.14 0.19 0.11
O3' 0.05 0.21 0.05 0.02 0.14 0.04 0.15 0.06 0.19 0.16 0.20 0.18 0.21 0.16 0.10 0.08 0.00 0.04 0.11 0.31 0.23 0.16
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.02 0.07 0.04 0.00 0.06 0.12 0.21 0.18
O5' 0.12 0.26 0.10 0.10 0.24 0.02 0.30 0.02 0.32 0.29 0.29 0.23 0.35 0.33 0.21 0.08 0.11 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.11 0.28 0.14 0.20 0.26 0.09 0.37 0.10 0.39 0.33 0.34 0.23 0.46 0.42 0.23 0.14 0.31 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.28 0.51 0.25 0.20 0.47 0.10 0.56 0.03 0.59 0.47 0.56 0.45 0.64 0.59 0.40 0.19 0.23 0.21 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.20 0.36 0.15 0.13 0.34 0.07 0.42 0.02 0.44 0.38 0.40 0.32 0.48 0.45 0.30 0.11 0.16 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.56 0.22 0.21 0.58 0.21 0.47 0.19 0.38 0.41 0.63 0.67 0.20 0.27 0.66 0.36 0.22 0.24 0.40 0.26
C2 0.26 0.42 0.15 0.13 0.43 0.28 0.33 0.31 0.27 0.30 0.48 0.49 0.12 0.19 0.49 0.34 0.26 0.30 0.38 0.30
C2' 0.45 0.69 0.29 0.26 0.75 0.33 0.61 0.34 0.52 0.54 0.80 0.75 0.22 0.23 0.84 0.49 0.35 0.32 0.49 0.39
C3' 0.48 0.75 0.39 0.40 0.84 0.37 0.71 0.39 0.60 0.60 0.88 0.79 0.27 0.39 0.92 0.49 0.45 0.42 0.55 0.46
C4 0.29 0.42 0.17 0.14 0.43 0.23 0.34 0.24 0.29 0.32 0.47 0.51 0.15 0.16 0.48 0.34 0.21 0.23 0.36 0.25
C4' 0.38 0.64 0.35 0.41 0.74 0.28 0.63 0.31 0.52 0.50 0.76 0.73 0.26 0.46 0.84 0.36 0.40 0.42 0.53 0.42
C5 0.25 0.35 0.16 0.13 0.34 0.23 0.28 0.24 0.24 0.26 0.38 0.42 0.13 0.16 0.38 0.31 0.21 0.25 0.36 0.24
C5' 0.37 0.60 0.46 0.58 0.73 0.39 0.67 0.44 0.56 0.49 0.71 0.67 0.37 0.66 0.82 0.35 0.55 0.61 0.67 0.57
C6 0.23 0.35 0.16 0.16 0.34 0.27 0.27 0.31 0.23 0.26 0.39 0.42 0.12 0.23 0.38 0.30 0.26 0.31 0.38 0.29
C8 0.29 0.44 0.20 0.20 0.42 0.18 0.35 0.16 0.30 0.33 0.46 0.58 0.20 0.25 0.46 0.30 0.19 0.23 0.35 0.22
N1 0.25 0.39 0.16 0.16 0.39 0.29 0.30 0.34 0.25 0.28 0.44 0.46 0.12 0.25 0.44 0.32 0.29 0.34 0.39 0.32
N3 0.29 0.44 0.17 0.13 0.46 0.26 0.36 0.27 0.30 0.33 0.51 0.51 0.13 0.17 0.53 0.35 0.23 0.26 0.37 0.27
N6 0.22 0.34 0.19 0.22 0.32 0.29 0.25 0.33 0.23 0.26 0.36 0.41 0.17 0.32 0.35 0.27 0.30 0.36 0.39 0.32
N7 0.25 0.33 0.17 0.15 0.31 0.19 0.26 0.18 0.23 0.25 0.34 0.42 0.17 0.18 0.34 0.27 0.17 0.23 0.34 0.21
N9 0.31 0.48 0.19 0.18 0.48 0.20 0.39 0.19 0.32 0.35 0.52 0.59 0.19 0.22 0.53 0.34 0.20 0.22 0.37 0.23
O2' 0.45 0.71 0.27 0.24 0.83 0.33 0.67 0.34 0.54 0.55 0.86 0.76 0.21 0.21 0.95 0.50 0.34 0.31 0.49 0.38
O3' 0.56 0.84 0.45 0.48 1.02 0.46 0.86 0.50 0.73 0.70 1.02 0.83 0.31 0.43 1.13 0.58 0.56 0.52 0.66 0.58
O4' 0.32 0.55 0.24 0.29 0.57 0.18 0.47 0.20 0.38 0.39 0.61 0.70 0.22 0.38 0.65 0.31 0.28 0.33 0.43 0.31
O5' 0.38 0.55 0.52 0.64 0.62 0.45 0.61 0.50 0.54 0.47 0.61 0.64 0.44 0.73 0.66 0.36 0.58 0.63 0.66 0.58
OP1 0.53 0.47 0.77 0.96 0.67 0.75 0.81 0.83 0.76 0.56 0.55 0.50 0.68 1.09 0.72 0.55 0.92 1.06 1.07 0.97
OP2 0.56 0.41 0.84 0.98 0.44 0.77 0.55 0.79 0.61 0.50 0.48 0.50 0.80 1.10 0.50 0.56 0.83 0.90 0.82 0.81
P 0.46 0.45 0.70 0.86 0.51 0.66 0.61 0.71 0.60 0.46 0.50 0.56 0.64 1.00 0.54 0.46 0.78 0.88 0.85 0.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.14 0.14 0.27 0.12
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.04 0.05 0.04 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.03 0.06 0.26 0.21 0.33 0.23
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03 0.09 0.03 0.09 0.18 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.16 0.31 0.13
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.16 0.01 0.17 0.03 0.16 0.10 0.15 0.15 0.03 0.02 0.17 0.01 0.09 0.18 0.32 0.16
C4 0.03 0.04 0.06 0.16 0.00 0.13 0.01 0.24 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.20 0.01 0.07 0.40 0.34 0.44 0.38
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.09 0.05 0.11 0.02 0.14 0.01 0.03 0.17 0.19 0.05
C5 0.02 0.04 0.08 0.17 0.01 0.16 0.00 0.28 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.21 0.04 0.09 0.42 0.36 0.45 0.39
C5' 0.03 0.11 0.03 0.03 0.24 0.01 0.28 0.00 0.24 0.13 0.17 0.08 0.11 0.05 0.26 0.02 0.01 0.20 0.10 0.04
C6 0.03 0.02 0.09 0.16 0.01 0.15 0.02 0.24 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.18 0.02 0.10 0.36 0.28 0.35 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.03 0.04 0.25 0.20 0.31 0.21
N3 0.03 0.01 0.09 0.15 0.02 0.09 0.02 0.17 0.02 0.02 0.00 0.02 0.10 0.18 0.02 0.06 0.32 0.27 0.39 0.30
O2 0.05 0.01 0.18 0.15 0.04 0.05 0.03 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.18 0.18 0.03 0.09 0.20 0.17 0.32 0.19
O2' 0.04 0.10 0.01 0.03 0.06 0.11 0.07 0.11 0.08 0.03 0.10 0.18 0.00 0.08 0.09 0.09 0.11 0.22 0.30 0.14
O3' 0.03 0.14 0.03 0.02 0.20 0.02 0.21 0.05 0.18 0.10 0.18 0.18 0.08 0.00 0.22 0.03 0.18 0.29 0.42 0.26
O4 0.03 0.03 0.08 0.17 0.01 0.14 0.04 0.26 0.02 0.03 0.02 0.03 0.09 0.22 0.00 0.08 0.42 0.39 0.49 0.42
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.10 0.04 0.06 0.09 0.09 0.03 0.08 0.00 0.15 0.17 0.25 0.14
O5' 0.14 0.26 0.08 0.09 0.40 0.03 0.42 0.01 0.36 0.25 0.32 0.20 0.11 0.18 0.42 0.15 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.14 0.21 0.16 0.18 0.34 0.17 0.36 0.20 0.28 0.20 0.27 0.17 0.22 0.29 0.39 0.17 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.27 0.33 0.31 0.32 0.44 0.19 0.45 0.10 0.35 0.31 0.39 0.32 0.30 0.42 0.49 0.25 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.13 0.16 0.38 0.05 0.39 0.04 0.31 0.21 0.30 0.19 0.14 0.26 0.42 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00