ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50139

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 9, 2, 2, 2, 3, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.021, 0.031, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.033, 0.046, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.046 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.021, 0.038, 0.055, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.038 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.046, 0.063, 0.081, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.063 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.047, 0.068, 0.088, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.068 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.025, 0.046, 0.067, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.025, 0.047, 0.069, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.047 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.028, 0.051, 0.074, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.051 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.025, 0.052, 0.078, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.052 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.049, 0.082, 0.115, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.082 std_dev=0.033
C3' B 0, 0.587, 0.846, 1.106, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.846 std_dev=0.260
C2' B 0, 0.303, 0.577, 0.852, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.577 std_dev=0.274
O2' B 0, 0.328, 0.663, 0.999, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.663 std_dev=0.336
O3' B 0, 0.651, 1.135, 1.619, 2.374 max_d=2.374 avg_d=1.135 std_dev=0.484
O4' A 0, 1.920, 2.429, 2.938, 2.688 max_d=2.688 avg_d=2.429 std_dev=0.509
C2' A 0, 2.094, 2.652, 3.209, 2.889 max_d=2.889 avg_d=2.652 std_dev=0.558
C4' B 0, 0.524, 1.086, 1.648, 2.354 max_d=2.354 avg_d=1.086 std_dev=0.562
O4' B 0, 0.903, 1.496, 2.089, 3.018 max_d=3.018 avg_d=1.496 std_dev=0.593
C4' A 0, 2.460, 3.120, 3.780, 3.523 max_d=3.523 avg_d=3.120 std_dev=0.660
C5' B 0, 1.135, 1.816, 2.497, 3.467 max_d=3.467 avg_d=1.816 std_dev=0.681
C1' B 0, 0.572, 1.306, 2.041, 2.594 max_d=2.594 avg_d=1.306 std_dev=0.734
O2' A 0, 2.823, 3.606, 4.389, 4.433 max_d=4.433 avg_d=3.606 std_dev=0.783
C3' A 0, 2.920, 3.710, 4.501, 4.056 max_d=4.056 avg_d=3.710 std_dev=0.790
O5' B 0, 2.174, 3.229, 4.284, 4.878 max_d=4.878 avg_d=3.229 std_dev=1.055
O3' A 0, 3.570, 4.730, 5.889, 5.475 max_d=5.475 avg_d=4.730 std_dev=1.160
C5' A 0, 4.619, 5.845, 7.071, 6.308 max_d=6.308 avg_d=5.845 std_dev=1.226
N1 B 0, 0.743, 2.029, 3.314, 4.007 max_d=4.007 avg_d=2.029 std_dev=1.285
O5' A 0, 5.668, 7.178, 8.688, 7.720 max_d=7.720 avg_d=7.178 std_dev=1.510
P B 0, 2.742, 4.307, 5.872, 6.694 max_d=6.694 avg_d=4.307 std_dev=1.565
C6 B 0, 0.971, 2.609, 4.247, 6.472 max_d=6.472 avg_d=2.609 std_dev=1.638
C2 B 0, 0.669, 2.494, 4.318, 4.931 max_d=4.931 avg_d=2.494 std_dev=1.824
OP2 B 0, 4.579, 6.493, 8.408, 8.652 max_d=8.652 avg_d=6.493 std_dev=1.915
O2 B 0, 0.348, 2.404, 4.460, 5.344 max_d=5.344 avg_d=2.404 std_dev=2.056
OP1 B 0, 0.995, 3.105, 5.215, 6.907 max_d=6.907 avg_d=3.105 std_dev=2.110
P A 0, 7.992, 10.111, 12.230, 10.771 max_d=10.771 avg_d=10.111 std_dev=2.119
C5 B 0, 1.333, 3.528, 5.722, 8.107 max_d=8.107 avg_d=3.528 std_dev=2.194
N3 B 0, 1.074, 3.410, 5.746, 6.300 max_d=6.300 avg_d=3.410 std_dev=2.336
OP1 A 0, 8.893, 11.238, 13.584, 11.992 max_d=11.992 avg_d=11.238 std_dev=2.345
OP2 A 0, 8.817, 11.189, 13.562, 12.134 max_d=12.134 avg_d=11.189 std_dev=2.372
C4 B 0, 1.447, 3.910, 6.374, 7.242 max_d=7.242 avg_d=3.910 std_dev=2.463
O4 B 0, 1.813, 4.791, 7.769, 8.556 max_d=8.556 avg_d=4.791 std_dev=2.978

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.17 0.01 0.18 0.31 0.25 0.21
C2 0.07 0.00 0.31 0.19 0.01 0.24 0.01 0.45 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.38 0.29 0.37 0.59 0.68 0.83 0.65
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.17 0.03 0.09 0.14 0.15 0.18 0.25 0.30 0.11 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.42 0.37 0.37
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.14 0.00 0.16 0.03 0.17 0.17 0.19 0.17 0.18 0.17 0.11 0.02 0.01 0.02 0.06 0.41 0.13 0.15
C4 0.03 0.01 0.17 0.14 0.00 0.12 0.01 0.27 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.16 0.20 0.41 0.58 0.62 0.47
C4' 0.01 0.24 0.03 0.00 0.12 0.00 0.09 0.01 0.14 0.09 0.21 0.22 0.13 0.05 0.03 0.19 0.02 0.01 0.02 0.12 0.08 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.09 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.11 0.12 0.39 0.69 0.68 0.50
C5' 0.08 0.45 0.14 0.03 0.27 0.01 0.26 0.00 0.34 0.20 0.43 0.39 0.34 0.21 0.13 0.08 0.13 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01
C6 0.04 0.02 0.15 0.17 0.02 0.14 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.23 0.17 0.20 0.49 0.76 0.82 0.60
C8 0.03 0.02 0.18 0.17 0.01 0.09 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.21 0.12 0.17 0.21 0.58 0.37 0.32
N1 0.06 0.01 0.25 0.19 0.02 0.21 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.32 0.24 0.31 0.58 0.75 0.88 0.67
N3 0.07 0.01 0.30 0.17 0.01 0.22 0.02 0.39 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.36 0.28 0.36 0.52 0.59 0.71 0.56
N6 0.04 0.02 0.11 0.18 0.02 0.13 0.02 0.34 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.22 0.15 0.16 0.47 0.83 0.85 0.62
N7 0.02 0.02 0.10 0.17 0.01 0.05 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.19 0.10 0.08 0.26 0.70 0.54 0.40
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.07 0.02 0.24 0.47 0.41 0.31
O2' 0.02 0.38 0.01 0.02 0.21 0.19 0.18 0.08 0.23 0.21 0.32 0.36 0.22 0.19 0.10 0.00 0.03 0.12 0.25 0.26 0.39 0.30
O3' 0.17 0.29 0.02 0.01 0.16 0.02 0.11 0.13 0.17 0.12 0.24 0.28 0.15 0.10 0.07 0.03 0.00 0.13 0.15 0.56 0.15 0.23
O4' 0.01 0.37 0.02 0.02 0.20 0.01 0.12 0.02 0.20 0.17 0.31 0.36 0.16 0.08 0.02 0.12 0.13 0.00 0.10 0.16 0.17 0.09
O5' 0.18 0.59 0.32 0.06 0.41 0.02 0.39 0.01 0.49 0.21 0.58 0.52 0.47 0.26 0.24 0.25 0.15 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.68 0.42 0.41 0.58 0.12 0.69 0.07 0.76 0.58 0.75 0.59 0.83 0.70 0.47 0.26 0.56 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.83 0.37 0.13 0.62 0.08 0.68 0.11 0.82 0.37 0.88 0.71 0.85 0.54 0.41 0.39 0.15 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.65 0.37 0.15 0.47 0.05 0.50 0.01 0.60 0.32 0.67 0.56 0.62 0.40 0.31 0.30 0.23 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.45 0.14 0.22 1.84 0.40 1.85 0.40 1.23 0.52 1.12 0.63 0.37 0.17 2.29 0.42 0.41 0.45 0.77 0.53
C2 0.26 1.12 0.23 0.13 2.12 0.40 2.03 0.45 1.50 0.93 1.74 0.88 0.22 0.27 2.49 0.24 0.18 0.37 0.26 0.17
C2' 0.09 0.70 0.31 0.43 2.21 0.36 2.19 0.42 1.48 0.73 1.43 0.67 0.28 0.38 2.74 0.31 0.62 0.67 1.14 0.78
C3' 0.35 0.76 0.32 0.40 1.53 0.27 1.64 0.30 1.08 0.50 1.03 1.29 0.28 0.45 1.92 0.42 0.46 0.56 1.02 0.63
C4 0.12 0.84 0.20 0.13 1.99 0.33 1.93 0.30 1.38 0.79 1.50 0.44 0.31 0.13 2.32 0.26 0.18 0.17 0.45 0.21
C4' 0.53 0.60 0.10 0.29 0.88 0.59 1.09 0.65 0.68 0.13 0.52 1.36 0.34 0.36 1.21 0.75 0.54 0.70 0.78 0.67
C5 0.17 0.92 0.21 0.11 1.79 0.34 1.75 0.32 1.32 0.82 1.45 0.56 0.29 0.16 2.01 0.24 0.14 0.20 0.34 0.15
C5' 0.76 1.02 0.23 0.47 0.39 0.85 0.55 0.97 0.43 0.47 0.89 1.73 0.35 0.60 0.58 1.04 0.80 1.01 0.83 0.92
C6 0.31 1.12 0.24 0.15 1.78 0.42 1.72 0.47 1.36 0.91 1.56 0.98 0.20 0.31 1.99 0.26 0.23 0.42 0.21 0.23
C8 0.18 0.49 0.15 0.21 1.60 0.35 1.65 0.33 1.17 0.54 1.04 0.68 0.38 0.16 1.81 0.37 0.35 0.36 0.65 0.44
N1 0.33 1.20 0.24 0.16 1.96 0.45 1.89 0.53 1.45 0.96 1.71 1.08 0.18 0.35 2.26 0.27 0.26 0.50 0.21 0.28
N3 0.17 0.95 0.21 0.12 2.13 0.35 2.05 0.35 1.46 0.85 1.64 0.59 0.28 0.18 2.54 0.24 0.15 0.20 0.40 0.16
N6 0.42 1.13 0.26 0.21 1.51 0.49 1.45 0.58 1.22 0.89 1.42 1.17 0.14 0.41 1.67 0.32 0.35 0.59 0.26 0.38
N7 0.11 0.66 0.18 0.15 1.51 0.31 1.52 0.26 1.15 0.67 1.13 0.35 0.36 0.10 1.64 0.28 0.21 0.20 0.45 0.26
N9 0.13 0.59 0.17 0.19 1.88 0.34 1.86 0.31 1.28 0.63 1.26 0.48 0.36 0.13 2.22 0.33 0.31 0.30 0.64 0.40
O2' 0.16 0.83 0.34 0.48 2.50 0.44 2.42 0.51 1.64 0.87 1.66 0.51 0.38 0.44 3.17 0.33 0.72 0.78 1.28 0.91
O3' 0.36 0.77 0.32 0.46 1.54 0.21 1.68 0.21 1.12 0.52 1.03 1.27 0.26 0.52 1.96 0.40 0.55 0.64 1.22 0.74
O4' 0.53 0.37 0.15 0.22 1.00 0.61 1.17 0.62 0.73 0.12 0.38 1.15 0.43 0.19 1.34 0.74 0.48 0.58 0.61 0.57
O5' 0.70 1.35 0.18 0.44 0.87 0.76 0.53 0.88 0.37 0.63 1.41 1.98 0.23 0.70 1.02 0.94 0.64 0.87 0.60 0.74
OP1 1.01 1.31 0.76 1.19 0.94 1.45 0.59 1.69 0.79 0.78 1.53 1.82 0.78 1.45 1.21 1.47 1.53 1.84 1.52 1.68
OP2 0.63 2.08 0.61 0.75 2.16 0.48 1.31 0.69 0.90 1.16 2.63 2.36 0.55 1.25 2.49 0.61 0.46 0.82 0.47 0.57
P 0.79 1.66 0.28 0.66 1.38 1.00 0.66 1.19 0.51 0.84 1.96 2.15 0.38 1.00 1.65 1.11 0.92 1.23 0.80 1.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.14 0.01 0.03 0.06 0.01 0.09 0.07 0.14 0.08
C2 0.08 0.00 0.13 0.23 0.05 0.20 0.05 0.26 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.21 0.06 0.22 0.35 0.34 0.48 0.37
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.12 0.04 0.10 0.21 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.19 0.01 0.31 0.02 0.33 0.10 0.20 0.47 0.01 0.01 0.21 0.02 0.08 0.11 0.09 0.07
C4 0.06 0.05 0.07 0.19 0.00 0.13 0.02 0.30 0.04 0.03 0.02 0.05 0.19 0.18 0.01 0.04 0.51 0.58 0.87 0.61
C4' 0.02 0.20 0.01 0.01 0.13 0.00 0.30 0.01 0.32 0.06 0.13 0.45 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03
C5 0.03 0.05 0.11 0.31 0.02 0.30 0.00 0.56 0.01 0.05 0.02 0.05 0.22 0.27 0.04 0.18 0.83 0.92 1.22 0.98
C5' 0.02 0.26 0.02 0.02 0.30 0.01 0.56 0.00 0.54 0.13 0.20 0.61 0.07 0.03 0.33 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03
C6 0.03 0.02 0.12 0.33 0.04 0.32 0.01 0.54 0.00 0.01 0.06 0.02 0.19 0.26 0.05 0.23 0.79 0.79 1.01 0.86
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.06 0.05 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.08 0.04 0.01 0.26 0.23 0.38 0.26
N3 0.06 0.01 0.10 0.20 0.02 0.13 0.02 0.20 0.06 0.02 0.00 0.02 0.14 0.20 0.05 0.15 0.35 0.35 0.60 0.39
O2 0.14 0.01 0.21 0.47 0.05 0.45 0.05 0.61 0.02 0.02 0.02 0.00 0.18 0.41 0.07 0.41 0.78 0.80 0.94 0.85
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.19 0.07 0.22 0.07 0.19 0.08 0.14 0.18 0.00 0.05 0.21 0.09 0.05 0.10 0.08 0.05
O3' 0.03 0.21 0.01 0.01 0.18 0.01 0.27 0.03 0.26 0.08 0.20 0.41 0.05 0.00 0.21 0.02 0.11 0.15 0.13 0.09
O4 0.06 0.06 0.07 0.21 0.01 0.14 0.04 0.33 0.05 0.04 0.05 0.07 0.21 0.21 0.00 0.04 0.56 0.67 0.99 0.69
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.04 0.01 0.18 0.02 0.23 0.01 0.15 0.41 0.09 0.02 0.04 0.00 0.08 0.09 0.08 0.07
O5' 0.09 0.35 0.05 0.08 0.51 0.02 0.83 0.01 0.79 0.26 0.35 0.78 0.05 0.11 0.56 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.34 0.08 0.11 0.58 0.07 0.92 0.07 0.79 0.23 0.35 0.80 0.10 0.15 0.67 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.48 0.08 0.09 0.87 0.03 1.22 0.03 1.01 0.38 0.60 0.94 0.08 0.13 0.99 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.08 0.37 0.06 0.07 0.61 0.03 0.98 0.03 0.86 0.26 0.39 0.85 0.05 0.09 0.69 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00