ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50140

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 3, 5, 5, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.014, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.011, 0.019, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.019, 0.028, 0.038, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.014, 0.025, 0.035, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.018, 0.032, 0.045, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.028, 0.043, 0.059, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.043 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.022, 0.038, 0.053, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.038 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.033, 0.052, 0.072, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.052 std_dev=0.020
O2' B 0, 0.160, 0.285, 0.411, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.285 std_dev=0.125
C1' B 0, 0.371, 0.595, 0.818, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.595 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.361, 0.592, 0.823, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.592 std_dev=0.231
O4' B 0, 0.596, 0.935, 1.275, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.935 std_dev=0.339
C2' A 0, 0.331, 0.694, 1.058, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.694 std_dev=0.363
O2' A 0, 0.418, 0.799, 1.180, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.799 std_dev=0.381
O4' A 0, 0.256, 0.655, 1.054, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.655 std_dev=0.399
C3' B 0, 0.825, 1.227, 1.628, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.227 std_dev=0.401
C4' B 0, 0.955, 1.399, 1.843, 2.036 max_d=2.036 avg_d=1.399 std_dev=0.444
O3' B 0, 1.239, 1.699, 2.159, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.699 std_dev=0.460
N1 B 0, 0.550, 1.043, 1.535, 2.783 max_d=2.783 avg_d=1.043 std_dev=0.492
C4' A 0, 0.382, 0.975, 1.567, 2.921 max_d=2.921 avg_d=0.975 std_dev=0.593
C3' A 0, 0.464, 1.072, 1.679, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.072 std_dev=0.608
C5' B 0, 1.634, 2.275, 2.916, 3.134 max_d=3.134 avg_d=2.275 std_dev=0.641
O5' A 0, 1.161, 1.824, 2.487, 4.065 max_d=4.065 avg_d=1.824 std_dev=0.663
O5' B 0, 1.778, 2.496, 3.213, 3.449 max_d=3.449 avg_d=2.496 std_dev=0.717
C2 B 0, 1.172, 1.986, 2.801, 4.240 max_d=4.240 avg_d=1.986 std_dev=0.815
O3' A 0, 0.670, 1.488, 2.305, 3.855 max_d=3.855 avg_d=1.488 std_dev=0.818
C6 B 0, 0.198, 1.065, 1.932, 3.809 max_d=3.809 avg_d=1.065 std_dev=0.867
P A 0, 1.865, 2.751, 3.637, 5.006 max_d=5.006 avg_d=2.751 std_dev=0.886
P B 0, 2.476, 3.425, 4.375, 4.951 max_d=4.951 avg_d=3.425 std_dev=0.949
OP2 A 0, 2.318, 3.270, 4.222, 5.399 max_d=5.399 avg_d=3.270 std_dev=0.952
OP1 A 0, 2.293, 3.274, 4.255, 5.118 max_d=5.118 avg_d=3.274 std_dev=0.981
C5' A 0, 0.711, 1.710, 2.709, 4.877 max_d=4.877 avg_d=1.710 std_dev=0.999
O2 B 0, 1.559, 2.571, 3.583, 4.795 max_d=4.795 avg_d=2.571 std_dev=1.012
N3 B 0, 1.457, 2.474, 3.492, 5.713 max_d=5.713 avg_d=2.474 std_dev=1.018
C4 B 0, 1.147, 2.182, 3.218, 6.156 max_d=6.156 avg_d=2.182 std_dev=1.036
OP1 B 0, 3.109, 4.156, 5.203, 5.205 max_d=5.205 avg_d=4.156 std_dev=1.047
C5 B 0, 0.458, 1.522, 2.586, 5.334 max_d=5.334 avg_d=1.522 std_dev=1.064
OP2 B 0, 2.358, 3.449, 4.539, 5.848 max_d=5.848 avg_d=3.449 std_dev=1.090
O4 B 0, 1.374, 2.639, 3.904, 7.517 max_d=7.517 avg_d=2.639 std_dev=1.265

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.16 0.19 0.21
C2 0.03 0.00 0.21 0.18 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.21 0.17 0.20 0.29 0.23
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.01 0.10 0.11 0.17 0.20 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.22 0.13 0.11
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.16 0.14 0.17 0.16 0.16 0.14 0.09 0.02 0.01 0.01 0.08 0.28 0.14 0.12
C4 0.02 0.01 0.11 0.13 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.14 0.12 0.14 0.21 0.30 0.26
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.13 0.10 0.12 0.08 0.11 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.09 0.06 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.07 0.19 0.27 0.37 0.33
C5' 0.02 0.18 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.21 0.16 0.16 0.14 0.19 0.08 0.07 0.03 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.19 0.12 0.19 0.27 0.38 0.31
C8 0.01 0.01 0.11 0.14 0.01 0.13 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.11 0.16 0.10 0.27 0.31 0.40 0.41
N1 0.03 0.00 0.17 0.17 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.21 0.18 0.18 0.23 0.33 0.27
N3 0.03 0.00 0.20 0.16 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.19 0.20 0.15 0.19 0.26 0.22
N6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.20 0.09 0.21 0.32 0.42 0.35
N7 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.09 0.17 0.04 0.27 0.35 0.45 0.42
N9 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.14 0.21 0.28 0.28
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.07 0.08 0.04 0.07 0.07 0.11 0.13 0.17 0.06 0.09 0.04 0.00 0.04 0.08 0.03 0.19 0.11 0.10
O3' 0.02 0.22 0.01 0.01 0.14 0.03 0.16 0.03 0.19 0.16 0.21 0.19 0.20 0.17 0.08 0.04 0.00 0.03 0.10 0.38 0.19 0.18
O4' 0.00 0.21 0.02 0.01 0.12 0.00 0.07 0.01 0.12 0.10 0.18 0.20 0.09 0.04 0.01 0.08 0.03 0.00 0.05 0.19 0.18 0.22
O5' 0.05 0.17 0.05 0.08 0.14 0.01 0.19 0.01 0.19 0.27 0.18 0.15 0.21 0.27 0.14 0.03 0.10 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.20 0.22 0.28 0.21 0.09 0.27 0.06 0.27 0.31 0.23 0.19 0.32 0.35 0.21 0.19 0.38 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.29 0.13 0.14 0.30 0.06 0.37 0.04 0.38 0.40 0.33 0.26 0.42 0.45 0.28 0.11 0.19 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.23 0.11 0.12 0.26 0.07 0.33 0.01 0.31 0.41 0.27 0.22 0.35 0.42 0.28 0.10 0.18 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.63 0.19 0.17 0.82 0.20 0.85 0.23 0.70 0.54 0.72 0.74 0.10 0.18 0.88 0.35 0.34 0.36 0.52 0.41
C2 0.22 0.47 0.16 0.12 0.78 0.10 0.72 0.10 0.57 0.43 0.66 0.36 0.11 0.21 0.87 0.17 0.14 0.42 0.32 0.22
C2' 0.49 0.73 0.28 0.30 0.96 0.36 1.04 0.44 0.87 0.67 0.82 0.85 0.10 0.17 1.02 0.52 0.58 0.59 0.83 0.70
C3' 0.47 0.78 0.28 0.31 0.76 0.36 0.78 0.44 0.68 0.60 0.83 0.97 0.19 0.20 0.79 0.48 0.57 0.61 0.83 0.69
C4 0.29 0.48 0.17 0.14 0.75 0.12 0.75 0.13 0.62 0.47 0.62 0.46 0.10 0.19 0.81 0.25 0.22 0.36 0.38 0.28
C4' 0.38 0.70 0.23 0.23 0.64 0.27 0.59 0.31 0.51 0.49 0.75 0.88 0.18 0.21 0.69 0.36 0.39 0.45 0.58 0.46
C5 0.25 0.42 0.16 0.12 0.64 0.11 0.64 0.11 0.54 0.42 0.53 0.35 0.11 0.18 0.67 0.21 0.17 0.36 0.31 0.23
C5' 0.42 0.78 0.30 0.31 0.69 0.34 0.52 0.38 0.45 0.53 0.85 0.93 0.25 0.25 0.75 0.40 0.43 0.54 0.60 0.50
C6 0.19 0.42 0.14 0.12 0.62 0.11 0.57 0.12 0.47 0.37 0.55 0.31 0.12 0.20 0.67 0.14 0.11 0.42 0.26 0.19
C8 0.36 0.54 0.17 0.15 0.64 0.19 0.72 0.21 0.64 0.50 0.56 0.68 0.11 0.17 0.64 0.34 0.30 0.33 0.43 0.35
N1 0.20 0.45 0.14 0.12 0.70 0.12 0.63 0.13 0.50 0.39 0.62 0.34 0.12 0.21 0.77 0.14 0.11 0.45 0.28 0.20
N3 0.27 0.49 0.17 0.14 0.81 0.11 0.79 0.11 0.62 0.47 0.66 0.43 0.11 0.20 0.90 0.23 0.20 0.38 0.38 0.27
N6 0.17 0.40 0.14 0.14 0.52 0.15 0.46 0.17 0.37 0.32 0.50 0.36 0.14 0.22 0.56 0.13 0.13 0.46 0.24 0.20
N7 0.29 0.39 0.16 0.13 0.54 0.14 0.59 0.15 0.53 0.42 0.44 0.43 0.11 0.17 0.53 0.26 0.21 0.32 0.33 0.26
N9 0.35 0.55 0.18 0.15 0.76 0.17 0.80 0.20 0.67 0.51 0.63 0.64 0.10 0.18 0.79 0.32 0.29 0.34 0.45 0.35
O2' 0.52 0.78 0.29 0.30 1.11 0.37 1.16 0.46 0.95 0.73 0.93 0.83 0.09 0.17 1.23 0.56 0.61 0.61 0.86 0.73
O3' 0.54 0.87 0.33 0.36 0.86 0.44 0.84 0.54 0.74 0.67 0.95 1.04 0.23 0.24 0.92 0.56 0.68 0.74 0.99 0.82
O4' 0.32 0.60 0.18 0.19 0.61 0.19 0.60 0.21 0.50 0.44 0.64 0.77 0.13 0.23 0.65 0.29 0.27 0.34 0.42 0.32
O5' 0.47 0.84 0.35 0.34 0.73 0.38 0.54 0.41 0.48 0.59 0.90 0.97 0.31 0.28 0.77 0.43 0.46 0.56 0.61 0.52
OP1 0.57 0.91 0.50 0.50 0.93 0.52 0.71 0.54 0.62 0.69 1.03 0.98 0.47 0.47 1.02 0.54 0.56 0.68 0.64 0.61
OP2 0.62 0.93 0.56 0.51 0.86 0.53 0.68 0.52 0.62 0.74 0.98 0.99 0.53 0.44 0.88 0.58 0.54 0.64 0.61 0.58
P 0.57 0.91 0.49 0.47 0.85 0.49 0.64 0.49 0.57 0.69 0.99 1.00 0.46 0.42 0.90 0.53 0.52 0.64 0.61 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.18 0.18 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.07 0.23 0.27 0.46 0.30
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.06 0.14 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.29 0.19 0.13
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.14 0.01 0.15 0.01 0.13 0.08 0.13 0.11 0.01 0.01 0.16 0.01 0.05 0.33 0.25 0.19
C4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.11 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.14 0.00 0.05 0.42 0.53 0.75 0.54
C4' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.14 0.05 0.05 0.08 0.06 0.03 0.12 0.00 0.01 0.20 0.09 0.07
C5 0.03 0.01 0.08 0.15 0.01 0.16 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.01 0.07 0.45 0.57 0.74 0.57
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.24 0.01 0.30 0.00 0.26 0.11 0.15 0.07 0.05 0.04 0.27 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.13 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.00 0.02 0.02 0.10 0.13 0.02 0.08 0.37 0.41 0.53 0.43
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02 0.23 0.24 0.38 0.27
N3 0.02 0.00 0.06 0.13 0.00 0.05 0.01 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.01 0.05 0.33 0.39 0.62 0.42
O2 0.05 0.00 0.14 0.11 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.12 0.01 0.11 0.17 0.24 0.38 0.22
O2' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.10 0.06 0.11 0.05 0.10 0.05 0.10 0.14 0.00 0.05 0.11 0.07 0.03 0.36 0.21 0.16
O3' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.14 0.03 0.15 0.04 0.13 0.06 0.12 0.12 0.05 0.00 0.16 0.03 0.12 0.49 0.39 0.33
O4 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.12 0.01 0.27 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.06 0.45 0.61 0.84 0.61
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.05 0.11 0.07 0.03 0.06 0.00 0.07 0.13 0.13 0.10
O5' 0.10 0.23 0.03 0.05 0.42 0.01 0.45 0.01 0.37 0.23 0.33 0.17 0.03 0.12 0.45 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.27 0.29 0.33 0.53 0.20 0.57 0.10 0.41 0.24 0.39 0.24 0.36 0.49 0.61 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.46 0.19 0.25 0.75 0.09 0.74 0.02 0.53 0.38 0.62 0.38 0.21 0.39 0.84 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.30 0.13 0.19 0.54 0.07 0.57 0.01 0.43 0.27 0.42 0.22 0.16 0.33 0.61 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00