ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50142

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.019, 0.034, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.013, 0.030, 0.048, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.019, 0.043, 0.067, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.043 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.022, 0.050, 0.079, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.050 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.019, 0.057, 0.094, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.057 std_dev=0.038
O2' B 0, 0.231, 0.514, 0.797, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.514 std_dev=0.283
C2' B 0, 0.266, 0.608, 0.950, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.608 std_dev=0.342
C4' B 0, 0.353, 0.735, 1.117, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.735 std_dev=0.382
O4' B 0, 0.343, 0.735, 1.126, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.735 std_dev=0.392
C3' B 0, 0.343, 0.742, 1.140, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.742 std_dev=0.399
C1' B 0, 0.265, 0.671, 1.076, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.671 std_dev=0.406
O3' B 0, 0.311, 0.762, 1.214, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.762 std_dev=0.452
C5' B 0, 0.432, 0.922, 1.412, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.922 std_dev=0.490
O5' B 0, 0.447, 0.978, 1.509, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.978 std_dev=0.531
N1 B 0, 0.183, 0.813, 1.443, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.813 std_dev=0.630
O4' A 0, -0.255, 0.413, 1.082, 2.554 max_d=2.554 avg_d=0.413 std_dev=0.668
C2' A 0, -0.276, 0.401, 1.078, 2.607 max_d=2.607 avg_d=0.401 std_dev=0.677
P B 0, 0.488, 1.208, 1.929, 2.742 max_d=2.742 avg_d=1.208 std_dev=0.721
C6 B 0, 0.327, 1.054, 1.782, 2.835 max_d=2.835 avg_d=1.054 std_dev=0.727
C4' A 0, -0.209, 0.542, 1.293, 2.965 max_d=2.965 avg_d=0.542 std_dev=0.751
C3' A 0, -0.329, 0.468, 1.264, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.468 std_dev=0.797
O2 B 0, -0.190, 0.627, 1.444, 3.237 max_d=3.237 avg_d=0.627 std_dev=0.817
OP1 B 0, 0.429, 1.251, 2.073, 3.267 max_d=3.267 avg_d=1.251 std_dev=0.822
O3' A 0, -0.400, 0.432, 1.264, 3.165 max_d=3.165 avg_d=0.432 std_dev=0.832
C2 B 0, -0.099, 0.738, 1.574, 3.269 max_d=3.269 avg_d=0.738 std_dev=0.837
OP2 B 0, 0.519, 1.428, 2.336, 3.545 max_d=3.545 avg_d=1.428 std_dev=0.908
C5 B 0, 0.256, 1.233, 2.210, 3.913 max_d=3.913 avg_d=1.233 std_dev=0.977
O2' A 0, -0.385, 0.639, 1.662, 3.965 max_d=3.965 avg_d=0.639 std_dev=1.023
N3 B 0, -0.172, 0.925, 2.022, 4.310 max_d=4.310 avg_d=0.925 std_dev=1.097
C4 B 0, 0.003, 1.175, 2.347, 4.680 max_d=4.680 avg_d=1.175 std_dev=1.172
O4 B 0, -0.055, 1.375, 2.806, 5.727 max_d=5.727 avg_d=1.375 std_dev=1.430
C5' A 0, -0.566, 0.971, 2.507, 5.968 max_d=5.968 avg_d=0.971 std_dev=1.536
O5' A 0, -0.723, 1.086, 2.894, 7.012 max_d=7.012 avg_d=1.086 std_dev=1.809
P A 0, -1.193, 1.442, 4.076, 10.090 max_d=10.090 avg_d=1.442 std_dev=2.635
OP2 A 0, -1.207, 1.739, 4.686, 11.398 max_d=11.398 avg_d=1.739 std_dev=2.947
OP1 A 0, -1.480, 1.583, 4.646, 11.667 max_d=11.667 avg_d=1.583 std_dev=3.063

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.23 0.01 0.17 0.34 0.12 0.15
C2 0.04 0.00 0.09 0.11 0.03 0.37 0.02 0.69 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.14 0.11 0.40 1.05 1.65 1.01 1.25
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.14 0.04 0.07 0.07 0.10 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.46 0.52 0.40 0.47
C3' 0.03 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.12 0.27 0.06 0.13 0.16 0.27 0.12 0.02 0.01 0.01 0.25 0.27 0.27 0.22
C4 0.03 0.03 0.05 0.06 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.10 0.19 0.54 0.86 0.35 0.55
C4' 0.02 0.37 0.01 0.01 0.13 0.00 0.04 0.01 0.08 0.30 0.25 0.37 0.04 0.24 0.06 0.18 0.03 0.01 0.02 0.19 0.13 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.15 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.21 0.07 0.07 0.31 0.62 0.12 0.28
C5' 0.04 0.69 0.14 0.01 0.26 0.01 0.09 0.00 0.18 0.48 0.48 0.67 0.09 0.39 0.10 0.07 0.14 0.01 0.01 0.19 0.11 0.02
C6 0.03 0.02 0.04 0.12 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.17 0.05 0.15 0.49 0.91 0.27 0.52
C8 0.01 0.04 0.07 0.27 0.01 0.30 0.02 0.48 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.36 0.09 0.23 0.32 0.29 0.61 0.43
N1 0.04 0.01 0.07 0.06 0.02 0.25 0.02 0.48 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.11 0.08 0.30 0.83 1.40 0.72 0.97
N3 0.05 0.01 0.10 0.13 0.01 0.37 0.02 0.67 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.15 0.13 0.40 1.00 1.45 0.91 1.12
N6 0.02 0.03 0.05 0.16 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.05 0.03 0.04 0.00 0.06 0.02 0.25 0.05 0.10 0.35 0.74 0.13 0.34
N7 0.02 0.02 0.05 0.27 0.02 0.24 0.01 0.39 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.03 0.34 0.07 0.15 0.22 0.24 0.54 0.32
N9 0.01 0.03 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.16 0.12 0.01 0.19 0.40 0.13 0.15
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.10 0.18 0.21 0.07 0.17 0.36 0.11 0.15 0.25 0.34 0.16 0.00 0.05 0.13 0.28 0.32 0.37 0.36
O3' 0.23 0.11 0.02 0.01 0.10 0.03 0.07 0.14 0.05 0.09 0.08 0.13 0.05 0.07 0.12 0.05 0.00 0.14 0.07 0.11 0.28 0.09
O4' 0.01 0.40 0.02 0.01 0.19 0.01 0.07 0.01 0.15 0.23 0.30 0.40 0.10 0.15 0.01 0.13 0.14 0.00 0.04 0.33 0.10 0.13
O5' 0.17 1.05 0.46 0.25 0.54 0.02 0.31 0.01 0.49 0.32 0.83 1.00 0.35 0.22 0.19 0.28 0.07 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 1.65 0.52 0.27 0.86 0.19 0.62 0.19 0.91 0.29 1.40 1.45 0.74 0.24 0.40 0.32 0.11 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 1.01 0.40 0.27 0.35 0.13 0.12 0.11 0.27 0.61 0.72 0.91 0.13 0.54 0.13 0.37 0.28 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 1.25 0.47 0.22 0.55 0.03 0.28 0.02 0.52 0.43 0.97 1.12 0.34 0.32 0.15 0.36 0.09 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.22 0.10 0.14 0.46 0.06 0.42 0.06 0.30 0.20 0.38 0.13 0.16 0.24 0.55 0.11 0.12 0.13 0.25 0.15
C2 0.12 0.25 0.06 0.12 0.33 0.12 0.28 0.15 0.21 0.20 0.33 0.24 0.07 0.25 0.38 0.11 0.09 0.21 0.08 0.10
C2' 0.10 0.27 0.09 0.13 0.48 0.08 0.42 0.07 0.30 0.23 0.42 0.20 0.17 0.25 0.57 0.09 0.07 0.10 0.17 0.10
C3' 0.42 0.69 0.37 0.38 1.00 0.34 0.92 0.37 0.76 0.63 0.90 0.54 0.24 0.36 1.12 0.40 0.47 0.44 0.65 0.54
C4 0.13 0.27 0.07 0.10 0.40 0.07 0.35 0.08 0.27 0.22 0.37 0.21 0.11 0.22 0.46 0.12 0.06 0.11 0.14 0.07
C4' 0.47 0.80 0.46 0.51 1.24 0.39 1.14 0.45 0.93 0.75 1.08 0.60 0.25 0.47 1.41 0.44 0.62 0.59 0.88 0.71
C5 0.12 0.25 0.05 0.09 0.35 0.08 0.30 0.09 0.24 0.21 0.33 0.21 0.10 0.21 0.39 0.12 0.05 0.12 0.10 0.05
C5' 0.85 1.28 0.78 0.83 1.86 0.73 1.74 0.82 1.45 1.21 1.64 1.00 0.46 0.72 2.08 0.82 1.05 1.01 1.39 1.17
C6 0.12 0.23 0.07 0.13 0.27 0.13 0.23 0.16 0.19 0.18 0.29 0.23 0.08 0.25 0.30 0.11 0.11 0.21 0.08 0.11
C8 0.10 0.24 0.11 0.14 0.43 0.06 0.39 0.06 0.30 0.21 0.37 0.14 0.18 0.23 0.49 0.12 0.12 0.12 0.23 0.14
N1 0.13 0.24 0.08 0.14 0.28 0.14 0.23 0.18 0.19 0.18 0.30 0.25 0.08 0.27 0.32 0.11 0.13 0.25 0.11 0.14
N3 0.13 0.27 0.07 0.11 0.40 0.08 0.34 0.10 0.26 0.22 0.37 0.23 0.08 0.23 0.46 0.11 0.06 0.14 0.12 0.07
N6 0.12 0.20 0.12 0.17 0.21 0.17 0.17 0.20 0.15 0.15 0.23 0.23 0.11 0.28 0.22 0.12 0.17 0.27 0.14 0.18
N7 0.10 0.24 0.08 0.11 0.36 0.06 0.33 0.06 0.25 0.20 0.33 0.17 0.17 0.22 0.40 0.11 0.06 0.09 0.15 0.08
N9 0.12 0.26 0.09 0.12 0.45 0.06 0.40 0.06 0.30 0.23 0.39 0.17 0.15 0.22 0.52 0.12 0.10 0.11 0.22 0.13
O2' 0.50 0.43 0.52 0.52 0.29 0.52 0.31 0.52 0.37 0.43 0.34 0.50 0.54 0.57 0.26 0.51 0.50 0.54 0.43 0.47
O3' 0.11 0.33 0.11 0.13 0.64 0.06 0.57 0.07 0.41 0.29 0.53 0.20 0.17 0.23 0.78 0.11 0.15 0.15 0.32 0.22
O4' 0.30 0.60 0.35 0.40 0.98 0.24 0.90 0.29 0.72 0.55 0.84 0.40 0.16 0.41 1.12 0.26 0.47 0.44 0.70 0.53
O5' 0.69 1.09 0.63 0.72 1.74 0.60 1.64 0.71 1.34 1.06 1.47 0.77 0.31 0.62 1.97 0.68 0.96 0.93 1.34 1.09
OP1 0.78 1.24 0.67 0.79 2.09 0.66 2.01 0.81 1.62 1.23 1.69 0.83 0.26 0.61 2.42 0.78 1.18 1.16 1.73 1.37
OP2 1.39 1.86 1.19 1.28 2.72 1.25 2.61 1.41 2.22 1.85 2.33 1.44 0.73 1.03 3.06 1.42 1.72 1.70 2.22 1.92
P 1.03 1.47 0.90 1.00 2.27 0.91 2.18 1.05 1.82 1.47 1.91 1.08 0.44 0.79 2.56 1.04 1.37 1.34 1.85 1.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.08 0.08 0.05 0.06
C2 0.03 0.00 0.11 0.11 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.01 0.02 0.14 0.13 0.12 0.10
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.09 0.18 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.08 0.04 0.02
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.13 0.06 0.11 0.16 0.01 0.01 0.12 0.01 0.07 0.10 0.09 0.06
C4 0.03 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.12 0.01 0.04 0.20 0.19 0.21 0.17
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.08 0.03 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.13 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.15 0.01 0.04 0.20 0.19 0.19 0.17
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.11 0.07 0.03 0.02 0.17 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.04 0.16 0.14 0.12 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.13 0.11 0.09 0.09
N3 0.03 0.01 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.12 0.01 0.03 0.17 0.17 0.17 0.14
O2 0.05 0.01 0.18 0.16 0.03 0.08 0.03 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.19 0.20 0.03 0.03 0.14 0.14 0.11 0.10
O2' 0.03 0.12 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.10 0.19 0.00 0.03 0.07 0.03 0.04 0.08 0.04 0.03
O3' 0.03 0.13 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.02 0.13 0.06 0.12 0.20 0.03 0.00 0.13 0.03 0.14 0.17 0.17 0.14
O4 0.03 0.01 0.05 0.12 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.13 0.00 0.04 0.21 0.22 0.24 0.20
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.11 0.10 0.09 0.10
O5' 0.08 0.14 0.03 0.07 0.20 0.02 0.20 0.01 0.16 0.13 0.17 0.14 0.04 0.14 0.21 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.13 0.08 0.10 0.19 0.07 0.19 0.07 0.14 0.11 0.17 0.14 0.08 0.17 0.22 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.12 0.04 0.09 0.21 0.01 0.19 0.02 0.12 0.09 0.17 0.11 0.04 0.17 0.24 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.02 0.06 0.17 0.02 0.17 0.01 0.12 0.09 0.14 0.10 0.03 0.14 0.20 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00