ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50143

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, -0.001, 0.008, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.004, 0.023, 0.041, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.060, 0.201, 0.341, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.201 std_dev=0.140
O4' A 0, 0.068, 0.215, 0.361, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.215 std_dev=0.147
C3' A 0, 0.118, 0.297, 0.476, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.297 std_dev=0.179
C4' A 0, 0.123, 0.310, 0.498, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.310 std_dev=0.187
O3' A 0, 0.175, 0.380, 0.584, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.380 std_dev=0.205
O2' A 0, 0.157, 0.390, 0.623, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.390 std_dev=0.233
C5' B 0, 0.137, 0.377, 0.618, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.377 std_dev=0.240
C4' B 0, 0.112, 0.360, 0.608, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.360 std_dev=0.248
O5' A 0, 0.059, 0.308, 0.558, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.308 std_dev=0.249
O5' B 0, 0.191, 0.441, 0.691, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.441 std_dev=0.250
C2' B 0, 0.121, 0.396, 0.671, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.396 std_dev=0.275
O4' B 0, 0.082, 0.359, 0.636, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.359 std_dev=0.277
C5' A 0, 0.164, 0.443, 0.721, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.443 std_dev=0.278
P B 0, 0.201, 0.486, 0.771, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.486 std_dev=0.285
C1' B 0, 0.096, 0.389, 0.681, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.389 std_dev=0.292
P A 0, 0.141, 0.439, 0.737, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.439 std_dev=0.298
C6 B 0, 0.134, 0.434, 0.734, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.434 std_dev=0.300
N1 B 0, 0.083, 0.386, 0.689, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.386 std_dev=0.303
OP2 B 0, 0.235, 0.547, 0.858, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.547 std_dev=0.311
C5 B 0, 0.183, 0.498, 0.813, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.498 std_dev=0.315
C4 B 0, 0.200, 0.521, 0.842, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.521 std_dev=0.321
OP2 A 0, 0.182, 0.508, 0.833, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.508 std_dev=0.325
C2 B 0, 0.097, 0.425, 0.753, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.425 std_dev=0.328
N3 B 0, 0.160, 0.489, 0.818, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.489 std_dev=0.329
OP1 A 0, 0.147, 0.479, 0.811, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.479 std_dev=0.332
O4 B 0, 0.252, 0.595, 0.938, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.595 std_dev=0.343
OP1 B 0, 0.208, 0.553, 0.899, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.553 std_dev=0.346
O2 B 0, 0.107, 0.454, 0.802, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.454 std_dev=0.347
C3' B 0, 0.148, 0.501, 0.855, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.501 std_dev=0.354
O2' B 0, 0.126, 0.526, 0.926, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.526 std_dev=0.400
O3' B 0, 0.044, 0.794, 1.545, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.794 std_dev=0.751

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.04 0.10 0.14 0.07
C2 0.02 0.00 0.09 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.06 0.07 0.11 0.22 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.07 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.15 0.13 0.12
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.06 0.06
C4 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.11 0.03 0.07 0.12 0.22 0.12
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.10 0.16 0.26 0.16
C5' 0.03 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.09 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.10 0.16 0.27 0.17
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.06 0.06 0.09 0.15 0.23 0.15
N1 0.02 0.00 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.05 0.09 0.14 0.25 0.15
N3 0.02 0.00 0.08 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.06 0.07 0.10 0.20 0.10
N6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.09 0.03 0.12 0.20 0.30 0.20
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.06 0.05 0.11 0.18 0.27 0.18
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.07 0.12 0.19 0.11
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.08 0.03 0.08 0.06 0.08 0.11 0.11 0.15 0.09 0.11 0.04 0.00 0.04 0.03 0.14 0.20 0.21 0.18
O3' 0.10 0.15 0.02 0.00 0.11 0.02 0.09 0.03 0.11 0.06 0.13 0.15 0.09 0.06 0.09 0.04 0.00 0.08 0.07 0.11 0.06 0.07
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.01 0.03 0.08 0.00 0.11 0.11 0.17 0.11
O5' 0.04 0.07 0.11 0.09 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.09 0.09 0.07 0.12 0.11 0.07 0.14 0.07 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.11 0.15 0.08 0.12 0.06 0.16 0.08 0.16 0.15 0.14 0.10 0.20 0.18 0.12 0.20 0.11 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.22 0.13 0.06 0.22 0.05 0.26 0.02 0.27 0.23 0.25 0.20 0.30 0.27 0.19 0.21 0.06 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.12 0.06 0.12 0.01 0.16 0.02 0.17 0.15 0.15 0.10 0.20 0.18 0.11 0.18 0.07 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.16 0.22 0.27 0.07 0.22 0.08 0.13 0.07 0.15 0.07 0.25 0.26 0.59 0.15 0.22 0.13 0.10 0.18 0.13
C2 0.15 0.13 0.15 0.15 0.24 0.12 0.26 0.08 0.20 0.14 0.17 0.15 0.15 0.39 0.28 0.13 0.09 0.14 0.09 0.11
C2' 0.29 0.25 0.27 0.29 0.13 0.26 0.13 0.18 0.17 0.24 0.18 0.30 0.33 0.58 0.14 0.28 0.18 0.15 0.24 0.18
C3' 0.29 0.26 0.28 0.31 0.11 0.26 0.11 0.15 0.16 0.24 0.20 0.32 0.35 0.64 0.08 0.27 0.15 0.14 0.21 0.16
C4 0.16 0.11 0.16 0.20 0.18 0.17 0.18 0.08 0.10 0.09 0.12 0.17 0.17 0.49 0.25 0.16 0.07 0.05 0.10 0.07
C4' 0.26 0.22 0.26 0.32 0.06 0.26 0.07 0.15 0.12 0.20 0.14 0.29 0.32 0.68 0.07 0.24 0.15 0.13 0.20 0.15
C5 0.15 0.13 0.15 0.19 0.25 0.17 0.23 0.08 0.16 0.11 0.19 0.15 0.16 0.47 0.30 0.15 0.06 0.05 0.09 0.07
C5' 0.29 0.23 0.29 0.36 0.09 0.30 0.10 0.20 0.15 0.22 0.16 0.30 0.36 0.72 0.08 0.27 0.18 0.18 0.21 0.19
C6 0.16 0.18 0.15 0.16 0.30 0.12 0.31 0.05 0.25 0.18 0.24 0.14 0.15 0.37 0.34 0.13 0.07 0.09 0.08 0.08
C8 0.23 0.11 0.21 0.28 0.15 0.25 0.11 0.17 0.04 0.12 0.07 0.22 0.24 0.59 0.23 0.23 0.15 0.13 0.18 0.15
N1 0.17 0.17 0.16 0.15 0.29 0.12 0.31 0.09 0.26 0.18 0.22 0.14 0.16 0.34 0.32 0.14 0.11 0.15 0.11 0.13
N3 0.15 0.11 0.15 0.18 0.18 0.13 0.19 0.06 0.13 0.10 0.12 0.17 0.16 0.45 0.24 0.13 0.06 0.08 0.08 0.07
N6 0.22 0.25 0.19 0.16 0.36 0.13 0.37 0.07 0.34 0.26 0.30 0.18 0.20 0.31 0.37 0.18 0.11 0.10 0.11 0.10
N7 0.18 0.11 0.18 0.25 0.24 0.23 0.19 0.15 0.09 0.07 0.18 0.15 0.19 0.53 0.29 0.21 0.12 0.11 0.15 0.12
N9 0.20 0.12 0.20 0.25 0.12 0.21 0.11 0.13 0.04 0.11 0.05 0.21 0.22 0.56 0.20 0.20 0.11 0.08 0.15 0.11
O2' 0.33 0.30 0.33 0.32 0.29 0.30 0.30 0.28 0.29 0.31 0.28 0.32 0.36 0.53 0.31 0.32 0.30 0.26 0.38 0.30
O3' 0.26 0.23 0.25 0.28 0.12 0.25 0.13 0.21 0.16 0.22 0.18 0.29 0.31 0.58 0.09 0.25 0.19 0.17 0.24 0.19
O4' 0.23 0.18 0.23 0.31 0.06 0.24 0.06 0.12 0.08 0.16 0.10 0.27 0.28 0.67 0.12 0.21 0.12 0.10 0.18 0.13
O5' 0.22 0.20 0.23 0.29 0.11 0.22 0.11 0.13 0.13 0.18 0.15 0.24 0.31 0.63 0.11 0.20 0.14 0.13 0.20 0.15
OP1 0.16 0.13 0.16 0.20 0.11 0.14 0.11 0.09 0.12 0.13 0.12 0.15 0.28 0.51 0.12 0.13 0.09 0.11 0.18 0.11
OP2 0.14 0.11 0.15 0.18 0.04 0.12 0.05 0.08 0.08 0.10 0.07 0.15 0.28 0.47 0.04 0.11 0.07 0.10 0.17 0.10
P 0.16 0.13 0.17 0.22 0.06 0.15 0.07 0.07 0.09 0.12 0.09 0.15 0.28 0.55 0.05 0.13 0.08 0.10 0.18 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.20 0.01 0.00 0.07 0.06 0.13 0.08
C2 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.28 0.01 0.04 0.02 0.06 0.12 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.09 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.02 0.13 0.10 0.14 0.12
C3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.10 0.02 0.03 0.11 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.23 0.17 0.16
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.15 0.00 0.03 0.10 0.07 0.10 0.05
C4' 0.01 0.03 0.03 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.10 0.03 0.04 0.09 0.02 0.02 0.08 0.00 0.02 0.11 0.06 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.06 0.01 0.05 0.13 0.08 0.10 0.06
C5' 0.02 0.06 0.09 0.01 0.15 0.00 0.18 0.00 0.14 0.06 0.10 0.07 0.07 0.05 0.17 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.05 0.00 0.05 0.08 0.06 0.12 0.03
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.18 0.01 0.02 0.02 0.05 0.13 0.05
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.24 0.01 0.03 0.05 0.06 0.11 0.03
O2 0.06 0.00 0.03 0.11 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.39 0.03 0.09 0.06 0.07 0.13 0.08
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.18 0.02 0.18 0.07 0.15 0.09 0.15 0.06 0.00 0.03 0.19 0.03 0.15 0.14 0.23 0.17
O3' 0.20 0.28 0.05 0.01 0.15 0.02 0.06 0.05 0.05 0.18 0.24 0.39 0.03 0.00 0.14 0.13 0.11 0.46 0.28 0.29
O4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.03 0.19 0.14 0.00 0.03 0.13 0.09 0.09 0.08
O4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.09 0.03 0.13 0.03 0.00 0.08 0.04 0.12 0.07
O5' 0.07 0.02 0.13 0.07 0.10 0.02 0.13 0.00 0.08 0.02 0.05 0.06 0.15 0.11 0.13 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.06 0.10 0.23 0.07 0.11 0.08 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.14 0.46 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.12 0.14 0.17 0.10 0.06 0.10 0.01 0.12 0.13 0.11 0.13 0.23 0.28 0.09 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.05 0.12 0.16 0.05 0.05 0.06 0.01 0.03 0.05 0.03 0.08 0.17 0.29 0.08 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00