ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50144

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.015, 0.035, 0.055, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.022, 0.048, 0.075, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.048 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.026, 0.060, 0.094, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.060 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.030, 0.070, 0.110, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.070 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.022, 0.094, 0.167, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.094 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.081, 0.170, 0.258, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.170 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.048, 0.154, 0.260, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.154 std_dev=0.106
C3' A 0, 0.076, 0.221, 0.365, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.221 std_dev=0.145
O3' A 0, 0.024, 0.208, 0.391, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.208 std_dev=0.184
C4' A 0, 0.127, 0.338, 0.549, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.338 std_dev=0.211
O4' B 0, 0.093, 0.391, 0.689, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.391 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.085, 0.407, 0.730, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.407 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.139, 0.470, 0.801, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.470 std_dev=0.331
OP2 A 0, 0.157, 0.491, 0.824, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.491 std_dev=0.334
C5 B 0, 0.198, 0.537, 0.876, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.537 std_dev=0.339
O5' A 0, 0.144, 0.490, 0.836, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.490 std_dev=0.346
N1 B 0, 0.043, 0.391, 0.738, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.391 std_dev=0.347
P A 0, 0.032, 0.405, 0.778, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.405 std_dev=0.373
C2' B 0, 0.191, 0.590, 0.988, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.590 std_dev=0.398
OP1 A 0, 0.114, 0.517, 0.919, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.517 std_dev=0.402
C2 B 0, 0.077, 0.481, 0.885, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.481 std_dev=0.404
C4 B 0, 0.223, 0.631, 1.038, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.631 std_dev=0.407
C4' B 0, 0.012, 0.443, 0.873, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.443 std_dev=0.430
O2' B 0, 0.292, 0.725, 1.158, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.725 std_dev=0.433
O2 B 0, 0.108, 0.542, 0.976, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.542 std_dev=0.434
P B 0, 0.159, 0.598, 1.036, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.598 std_dev=0.438
OP1 B 0, 0.132, 0.577, 1.023, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.577 std_dev=0.446
OP2 B 0, 0.217, 0.664, 1.111, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.664 std_dev=0.447
N3 B 0, 0.177, 0.628, 1.079, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.628 std_dev=0.451
O4 B 0, 0.319, 0.781, 1.243, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.781 std_dev=0.462
C5' A 0, 0.207, 0.675, 1.143, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.675 std_dev=0.468
C5' B 0, 0.021, 0.495, 0.970, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.495 std_dev=0.474
C3' B 0, 0.061, 0.548, 1.034, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.548 std_dev=0.486
O5' B 0, 0.142, 0.661, 1.181, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.661 std_dev=0.519
O3' B 0, 0.050, 0.601, 1.153, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.601 std_dev=0.552

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.14 0.21 0.08
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.04 0.18 0.15 0.31 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.19 0.22 0.10
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.20 0.22 0.20 0.12
C4 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.18 0.14 0.29 0.13
C4' 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.09 0.03 0.00 0.07 0.09 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.12 0.26 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.20 0.15 0.31 0.15
C5' 0.03 0.12 0.02 0.03 0.13 0.01 0.20 0.00 0.20 0.21 0.16 0.09 0.23 0.24 0.13 0.08 0.04 0.01 0.01 0.18 0.32 0.02
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.20 0.15 0.33 0.16
C8 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.20 0.14 0.29 0.13
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.16 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.06 0.04 0.20 0.16 0.33 0.17
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.07 0.03 0.17 0.15 0.29 0.13
N6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.20 0.14 0.32 0.16
N7 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.21 0.15 0.32 0.16
N9 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.18 0.14 0.26 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.08 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.18 0.21 0.08
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.20 0.23 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.12 0.19 0.05
O5' 0.12 0.18 0.15 0.20 0.18 0.02 0.20 0.01 0.20 0.20 0.20 0.17 0.20 0.21 0.18 0.07 0.12 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.14 0.15 0.19 0.22 0.14 0.12 0.15 0.18 0.15 0.14 0.16 0.15 0.14 0.15 0.14 0.18 0.20 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.31 0.22 0.20 0.29 0.26 0.31 0.32 0.33 0.29 0.33 0.29 0.32 0.32 0.26 0.21 0.23 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.10 0.12 0.13 0.02 0.15 0.02 0.16 0.13 0.17 0.13 0.16 0.16 0.11 0.08 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.12 0.13 0.13 0.07 0.15 0.09 0.20 0.12 0.13 0.08 0.18 0.10 0.11 0.10 0.22 0.13 0.07 0.19 0.06
C2 0.12 0.08 0.17 0.16 0.09 0.11 0.09 0.04 0.11 0.09 0.09 0.08 0.22 0.20 0.12 0.05 0.15 0.12 0.33 0.23
C2' 0.18 0.18 0.15 0.16 0.11 0.18 0.14 0.24 0.17 0.17 0.14 0.24 0.12 0.14 0.08 0.24 0.16 0.08 0.19 0.07
C3' 0.21 0.23 0.18 0.21 0.15 0.22 0.17 0.29 0.19 0.21 0.19 0.30 0.14 0.18 0.12 0.25 0.20 0.12 0.19 0.10
C4 0.10 0.04 0.13 0.11 0.06 0.10 0.07 0.12 0.09 0.06 0.06 0.06 0.16 0.14 0.10 0.15 0.08 0.02 0.25 0.12
C4' 0.14 0.15 0.12 0.13 0.17 0.14 0.16 0.20 0.14 0.13 0.15 0.22 0.11 0.12 0.22 0.18 0.16 0.09 0.24 0.12
C5 0.09 0.05 0.12 0.11 0.08 0.11 0.08 0.13 0.09 0.06 0.08 0.06 0.15 0.13 0.12 0.13 0.08 0.02 0.26 0.13
C5' 0.13 0.17 0.13 0.13 0.31 0.13 0.30 0.15 0.23 0.17 0.24 0.19 0.17 0.13 0.38 0.13 0.19 0.19 0.36 0.24
C6 0.14 0.11 0.16 0.14 0.12 0.10 0.11 0.05 0.12 0.12 0.12 0.11 0.19 0.16 0.14 0.04 0.14 0.09 0.32 0.21
C8 0.18 0.10 0.14 0.17 0.06 0.20 0.09 0.26 0.12 0.13 0.05 0.17 0.11 0.15 0.10 0.25 0.16 0.10 0.19 0.07
N1 0.15 0.11 0.19 0.18 0.11 0.13 0.11 0.07 0.13 0.12 0.11 0.11 0.23 0.21 0.13 0.04 0.18 0.15 0.35 0.26
N3 0.09 0.04 0.14 0.12 0.07 0.08 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.18 0.16 0.10 0.11 0.09 0.06 0.28 0.17
N6 0.19 0.15 0.16 0.15 0.15 0.12 0.13 0.04 0.14 0.16 0.15 0.15 0.17 0.15 0.16 0.07 0.18 0.12 0.35 0.25
N7 0.13 0.04 0.12 0.14 0.08 0.18 0.08 0.24 0.10 0.07 0.07 0.08 0.12 0.14 0.12 0.22 0.13 0.07 0.21 0.08
N9 0.14 0.09 0.13 0.13 0.06 0.15 0.08 0.19 0.11 0.10 0.06 0.14 0.12 0.13 0.09 0.21 0.12 0.06 0.20 0.07
O2' 0.16 0.16 0.13 0.13 0.11 0.15 0.14 0.21 0.15 0.15 0.13 0.21 0.10 0.11 0.10 0.22 0.14 0.06 0.19 0.07
O3' 0.23 0.25 0.19 0.22 0.19 0.24 0.22 0.31 0.23 0.23 0.22 0.30 0.15 0.19 0.16 0.27 0.21 0.15 0.22 0.14
O4' 0.17 0.13 0.13 0.14 0.10 0.15 0.10 0.21 0.12 0.13 0.10 0.21 0.10 0.12 0.14 0.21 0.15 0.09 0.19 0.07
O5' 0.40 0.39 0.33 0.38 0.28 0.42 0.32 0.50 0.38 0.40 0.32 0.43 0.25 0.33 0.19 0.45 0.43 0.40 0.33 0.36
OP1 0.26 0.25 0.24 0.27 0.28 0.28 0.29 0.33 0.28 0.26 0.25 0.27 0.22 0.25 0.30 0.28 0.24 0.26 0.37 0.29
OP2 0.24 0.24 0.24 0.28 0.27 0.26 0.29 0.29 0.28 0.26 0.24 0.25 0.22 0.26 0.26 0.25 0.22 0.25 0.36 0.29
P 0.26 0.25 0.24 0.27 0.25 0.28 0.26 0.32 0.27 0.26 0.24 0.27 0.22 0.25 0.25 0.27 0.24 0.25 0.35 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.26 0.15
C2 0.01 0.00 0.12 0.04 0.01 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.08 0.02 0.03 0.13 0.05 0.19 0.06
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.10 0.18 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.13 0.16 0.06
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.17 0.06 0.06 0.11 0.01 0.01 0.13 0.02 0.07 0.19 0.10 0.08
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.14 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.01 0.04 0.28 0.13 0.12 0.13
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.14 0.00 0.19 0.00 0.17 0.07 0.09 0.04 0.08 0.02 0.16 0.00 0.02 0.11 0.11 0.05
C5 0.03 0.00 0.03 0.17 0.00 0.19 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.00 0.06 0.33 0.14 0.09 0.13
C5' 0.03 0.15 0.03 0.01 0.30 0.00 0.35 0.00 0.29 0.16 0.22 0.07 0.07 0.03 0.33 0.01 0.00 0.09 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.17 0.00 0.17 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.17 0.01 0.06 0.26 0.08 0.16 0.03
N1 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.14 0.04 0.21 0.07
N3 0.01 0.01 0.10 0.06 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.05 0.02 0.04 0.21 0.09 0.14 0.07
O2 0.02 0.00 0.18 0.11 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.18 0.04 0.03 0.07 0.02 0.21 0.09
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02 0.07 0.04 0.06 0.16 0.28 0.00 0.02 0.10 0.12 0.06 0.22 0.11 0.07
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.10 0.02 0.18 0.03 0.17 0.04 0.05 0.18 0.02 0.00 0.12 0.01 0.15 0.34 0.17 0.19
O4 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.16 0.00 0.33 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.12 0.00 0.04 0.31 0.18 0.14 0.18
O4' 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.12 0.01 0.04 0.00 0.15 0.11 0.34 0.24
O5' 0.08 0.13 0.02 0.07 0.28 0.02 0.33 0.00 0.26 0.14 0.21 0.07 0.06 0.15 0.31 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.05 0.13 0.19 0.13 0.11 0.14 0.09 0.08 0.04 0.09 0.02 0.22 0.34 0.18 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.19 0.16 0.10 0.12 0.11 0.09 0.02 0.16 0.21 0.14 0.21 0.11 0.17 0.14 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.06 0.06 0.08 0.13 0.05 0.13 0.02 0.03 0.07 0.07 0.09 0.07 0.19 0.18 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00