ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50145

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.033 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.014, 0.038, 0.062, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.015, 0.042, 0.069, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.020, 0.054, 0.087, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.054 std_dev=0.034
N9 A 0, 0.023, 0.059, 0.095, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.059 std_dev=0.036
N6 A 0, 0.029, 0.075, 0.121, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.075 std_dev=0.046
N7 A 0, 0.020, 0.066, 0.113, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.046
C8 A 0, 0.031, 0.085, 0.140, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.085 std_dev=0.055
C2' B 0, 0.183, 0.607, 1.031, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.607 std_dev=0.424
O2' B 0, 0.193, 0.683, 1.173, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.683 std_dev=0.490
C3' B 0, 0.337, 0.898, 1.458, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.898 std_dev=0.561
C4' B 0, 0.368, 1.019, 1.670, 1.807 max_d=1.807 avg_d=1.019 std_dev=0.651
C1' B 0, 0.446, 1.268, 2.089, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.268 std_dev=0.821
O3' B 0, 0.559, 1.511, 2.464, 2.350 max_d=2.350 avg_d=1.511 std_dev=0.953
C2' A 0, 0.535, 1.538, 2.541, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.538 std_dev=1.003
O4' B 0, 0.513, 1.529, 2.545, 2.683 max_d=2.683 avg_d=1.529 std_dev=1.016
O4' A 0, 0.497, 1.516, 2.535, 2.654 max_d=2.654 avg_d=1.516 std_dev=1.019
C5' B 0, 0.242, 1.347, 2.451, 3.076 max_d=3.076 avg_d=1.347 std_dev=1.105
N1 B 0, 0.636, 1.908, 3.180, 3.253 max_d=3.253 avg_d=1.908 std_dev=1.272
C3' A 0, 0.787, 2.105, 3.422, 3.511 max_d=3.511 avg_d=2.105 std_dev=1.317
C4' A 0, 0.765, 2.108, 3.450, 3.384 max_d=3.384 avg_d=2.108 std_dev=1.342
O2' A 0, 0.550, 1.980, 3.411, 3.964 max_d=3.964 avg_d=1.980 std_dev=1.430
O5' B 0, 0.383, 1.899, 3.415, 4.156 max_d=4.156 avg_d=1.899 std_dev=1.516
C2 B 0, 0.598, 2.180, 3.763, 4.472 max_d=4.472 avg_d=2.180 std_dev=1.583
C6 B 0, 0.672, 2.414, 4.155, 4.607 max_d=4.607 avg_d=2.414 std_dev=1.741
O2 B 0, 0.106, 1.880, 3.655, 4.610 max_d=4.610 avg_d=1.880 std_dev=1.774
O3' A 0, 0.714, 2.501, 4.288, 4.971 max_d=4.971 avg_d=2.501 std_dev=1.787
N3 B 0, 0.907, 2.936, 4.965, 5.651 max_d=5.651 avg_d=2.936 std_dev=2.029
C5 B 0, 0.938, 3.168, 5.399, 5.796 max_d=5.796 avg_d=3.168 std_dev=2.230
P B 0, 0.235, 2.526, 4.817, 6.196 max_d=6.196 avg_d=2.526 std_dev=2.291
OP1 B 0, 0.309, 2.609, 4.908, 6.161 max_d=6.161 avg_d=2.609 std_dev=2.299
C4 B 0, 1.134, 3.459, 5.784, 5.822 max_d=5.822 avg_d=3.459 std_dev=2.325
C5' A 0, 1.265, 3.684, 6.103, 6.082 max_d=6.082 avg_d=3.684 std_dev=2.419
O5' A 0, 1.437, 4.018, 6.599, 6.577 max_d=6.577 avg_d=4.018 std_dev=2.581
OP2 B 0, 0.512, 3.236, 5.959, 7.425 max_d=7.425 avg_d=3.236 std_dev=2.724
O4 B 0, 1.366, 4.173, 6.979, 6.943 max_d=6.943 avg_d=4.173 std_dev=2.806
P A 0, 1.963, 5.558, 9.154, 9.012 max_d=9.012 avg_d=5.558 std_dev=3.595
OP2 A 0, 2.302, 6.229, 10.156, 10.031 max_d=10.031 avg_d=6.229 std_dev=3.927
OP1 A 0, 1.818, 6.090, 10.363, 10.559 max_d=10.559 avg_d=6.090 std_dev=4.273

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.02 0.03 0.08 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.47 0.01 0.32 0.70 0.33 0.33
C2 0.04 0.00 0.32 0.43 0.03 0.65 0.01 1.15 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.57 0.38 0.57 1.45 2.54 2.26 1.92
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.17 0.03 0.09 0.27 0.16 0.14 0.26 0.32 0.11 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.81 1.08 0.53 0.82
C3' 0.07 0.43 0.01 0.00 0.27 0.01 0.30 0.02 0.34 0.35 0.39 0.40 0.37 0.35 0.18 0.01 0.01 0.02 0.39 0.42 0.15 0.29
C4 0.04 0.03 0.17 0.27 0.00 0.28 0.01 0.44 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.40 0.25 0.27 0.66 1.44 1.06 0.83
C4' 0.02 0.65 0.03 0.01 0.28 0.00 0.14 0.01 0.25 0.43 0.48 0.63 0.20 0.32 0.10 0.29 0.04 0.00 0.02 0.12 0.08 0.03
C5 0.03 0.01 0.09 0.30 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.44 0.18 0.08 0.36 1.23 0.81 0.49
C5' 0.08 1.15 0.27 0.02 0.44 0.01 0.18 0.00 0.40 0.71 0.84 1.08 0.27 0.55 0.11 0.11 0.22 0.01 0.01 0.21 0.05 0.03
C6 0.04 0.01 0.16 0.34 0.01 0.25 0.01 0.40 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.49 0.23 0.21 0.60 1.59 1.20 0.83
C8 0.03 0.04 0.14 0.35 0.01 0.43 0.03 0.71 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.41 0.30 0.35 0.71 0.98 0.86 0.83
N1 0.05 0.01 0.26 0.39 0.02 0.48 0.02 0.84 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.54 0.33 0.41 1.10 2.18 1.88 1.50
N3 0.05 0.01 0.32 0.40 0.00 0.63 0.02 1.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.53 0.35 0.59 1.36 2.22 1.93 1.69
N6 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.20 0.02 0.27 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.49 0.20 0.12 0.42 1.42 1.04 0.61
N7 0.05 0.02 0.07 0.35 0.03 0.32 0.00 0.55 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.04 0.46 0.19 0.23 0.56 1.02 0.81 0.68
N9 0.02 0.03 0.02 0.18 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.28 0.29 0.03 0.29 0.88 0.47 0.33
O2' 0.01 0.57 0.01 0.01 0.40 0.29 0.44 0.11 0.49 0.41 0.54 0.53 0.49 0.46 0.28 0.00 0.04 0.19 0.54 0.89 0.36 0.64
O3' 0.47 0.38 0.03 0.01 0.25 0.04 0.18 0.22 0.23 0.30 0.33 0.35 0.20 0.19 0.29 0.04 0.00 0.30 0.14 0.36 0.25 0.10
O4' 0.01 0.57 0.04 0.02 0.27 0.00 0.08 0.01 0.21 0.35 0.41 0.59 0.12 0.23 0.03 0.19 0.30 0.00 0.06 0.32 0.26 0.06
O5' 0.32 1.45 0.81 0.39 0.66 0.02 0.36 0.01 0.60 0.71 1.10 1.36 0.42 0.56 0.29 0.54 0.14 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.70 2.54 1.08 0.42 1.44 0.12 1.23 0.21 1.59 0.98 2.18 2.22 1.42 1.02 0.88 0.89 0.36 0.32 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 2.26 0.53 0.15 1.06 0.08 0.81 0.05 1.20 0.86 1.88 1.93 1.04 0.81 0.47 0.36 0.25 0.26 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.33 1.92 0.82 0.29 0.83 0.03 0.49 0.03 0.83 0.83 1.50 1.69 0.61 0.68 0.33 0.64 0.10 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.36 0.13 0.21 0.80 0.09 0.73 0.18 0.53 0.33 0.62 0.14 0.19 0.23 0.99 0.10 0.44 0.51 0.74 0.49
C2 0.68 0.66 0.29 0.20 0.76 0.48 0.75 0.49 0.71 0.67 0.71 0.60 0.29 0.17 0.81 0.77 0.53 0.54 0.59 0.55
C2' 0.28 0.66 0.20 0.21 1.16 0.19 1.03 0.29 0.78 0.57 0.97 0.47 0.28 0.24 1.40 0.27 0.54 0.62 0.90 0.63
C3' 0.65 1.09 0.59 0.61 1.68 0.59 1.52 0.73 1.22 0.98 1.46 0.88 0.61 0.57 1.98 0.65 1.02 1.10 1.42 1.10
C4 0.33 0.36 0.19 0.18 0.62 0.25 0.57 0.25 0.45 0.35 0.52 0.24 0.24 0.16 0.74 0.38 0.39 0.42 0.55 0.38
C4' 0.59 1.05 0.58 0.67 1.68 0.53 1.55 0.71 1.24 0.97 1.43 0.78 0.43 0.59 1.96 0.56 1.10 1.20 1.56 1.19
C5 0.34 0.35 0.20 0.18 0.57 0.26 0.54 0.26 0.44 0.36 0.49 0.24 0.25 0.15 0.66 0.38 0.38 0.41 0.51 0.37
C5' 1.04 1.60 0.97 1.09 2.40 0.95 2.25 1.19 1.86 1.52 2.08 1.24 0.67 0.91 2.74 1.03 1.66 1.80 2.25 1.81
C6 0.62 0.56 0.29 0.20 0.63 0.43 0.64 0.43 0.61 0.59 0.59 0.51 0.30 0.13 0.66 0.67 0.48 0.48 0.52 0.48
C8 0.12 0.46 0.14 0.23 0.88 0.08 0.80 0.20 0.61 0.42 0.72 0.29 0.20 0.28 1.03 0.09 0.47 0.52 0.76 0.52
N1 0.77 0.72 0.33 0.22 0.79 0.54 0.81 0.54 0.78 0.75 0.75 0.66 0.31 0.19 0.81 0.86 0.58 0.58 0.62 0.61
N3 0.48 0.47 0.22 0.16 0.65 0.35 0.61 0.34 0.53 0.48 0.58 0.41 0.26 0.15 0.74 0.55 0.43 0.44 0.53 0.42
N6 0.71 0.60 0.33 0.23 0.63 0.49 0.67 0.47 0.67 0.65 0.59 0.54 0.32 0.14 0.63 0.75 0.52 0.52 0.54 0.52
N7 0.10 0.37 0.15 0.21 0.70 0.12 0.65 0.18 0.50 0.34 0.58 0.20 0.22 0.24 0.80 0.11 0.41 0.45 0.63 0.42
N9 0.12 0.35 0.15 0.21 0.75 0.12 0.68 0.18 0.50 0.32 0.59 0.11 0.20 0.22 0.91 0.15 0.42 0.48 0.68 0.45
O2' 0.50 0.80 0.49 0.52 1.15 0.48 1.02 0.45 0.81 0.70 1.03 0.74 0.38 0.51 1.36 0.46 0.49 0.50 0.85 0.65
O3' 0.41 1.13 0.17 0.15 1.79 0.09 1.56 0.30 1.18 0.92 1.57 0.93 0.22 0.19 2.15 0.31 0.69 0.77 1.29 0.89
O4' 0.28 0.63 0.36 0.49 1.17 0.28 1.09 0.44 0.84 0.60 0.94 0.38 0.22 0.48 1.39 0.25 0.80 0.88 1.17 0.85
O5' 0.85 1.36 0.86 1.04 2.22 0.80 2.12 1.09 1.74 1.34 1.84 0.93 0.52 0.93 2.55 0.83 1.61 1.81 2.25 1.80
OP1 0.93 1.48 1.15 1.38 2.55 1.01 2.47 1.31 1.99 1.49 2.04 1.02 0.93 1.42 2.98 0.85 1.90 2.20 2.77 2.19
OP2 1.56 2.06 1.42 1.54 3.19 1.45 3.06 1.77 2.56 2.07 2.67 1.52 1.20 1.26 3.66 1.61 2.36 2.60 3.15 2.61
P 1.16 1.71 1.14 1.37 2.78 1.11 2.68 1.46 2.22 1.73 2.29 1.17 0.75 1.22 3.18 1.16 2.07 2.33 2.86 2.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.10 0.02 0.00 0.12 0.10 0.18 0.13
C2 0.02 0.00 0.15 0.23 0.03 0.08 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.21 0.02 0.04 0.09 0.07 0.10 0.07
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.09 0.10 0.01 0.10 0.27 0.00 0.01 0.03 0.01 0.22 0.24 0.27 0.21
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.19 0.00 0.19 0.02 0.18 0.13 0.23 0.30 0.02 0.00 0.20 0.02 0.05 0.15 0.05 0.04
C4 0.01 0.03 0.02 0.19 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.04 0.20 0.16 0.00 0.02 0.17 0.11 0.06 0.08
C4' 0.01 0.08 0.04 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.12 0.04 0.07 0.14 0.18 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.09 0.07
C5 0.01 0.04 0.08 0.19 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.02 0.01 0.05 0.19 0.17 0.01 0.06 0.26 0.14 0.08 0.12
C5' 0.06 0.04 0.09 0.02 0.12 0.01 0.20 0.00 0.19 0.09 0.05 0.10 0.11 0.10 0.12 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.00 0.01 0.10 0.18 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.15 0.02 0.06 0.25 0.10 0.07 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.06 0.01 0.00 0.14 0.07 0.12 0.07
N3 0.02 0.01 0.10 0.23 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.18 0.21 0.01 0.02 0.10 0.05 0.04 0.02
O2 0.04 0.01 0.27 0.30 0.04 0.14 0.05 0.10 0.02 0.02 0.03 0.00 0.17 0.34 0.04 0.09 0.10 0.11 0.14 0.12
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.20 0.18 0.19 0.11 0.15 0.11 0.18 0.17 0.00 0.04 0.23 0.11 0.13 0.16 0.27 0.16
O3' 0.10 0.21 0.01 0.00 0.16 0.02 0.17 0.10 0.15 0.06 0.21 0.34 0.04 0.00 0.18 0.08 0.11 0.24 0.16 0.14
O4 0.02 0.02 0.03 0.20 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.04 0.23 0.18 0.00 0.03 0.18 0.13 0.11 0.12
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.00 0.02 0.09 0.11 0.08 0.03 0.00 0.03 0.15 0.23 0.20
O5' 0.12 0.09 0.22 0.05 0.17 0.02 0.26 0.01 0.25 0.14 0.10 0.10 0.13 0.11 0.18 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.07 0.24 0.15 0.11 0.07 0.14 0.08 0.10 0.07 0.05 0.11 0.16 0.24 0.13 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.10 0.27 0.05 0.06 0.09 0.08 0.02 0.07 0.12 0.04 0.14 0.27 0.16 0.11 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.07 0.21 0.04 0.08 0.07 0.12 0.02 0.06 0.07 0.02 0.12 0.16 0.14 0.12 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00