ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50146

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.041 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.006, 0.031, 0.056, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.021, 0.052, 0.084, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.052 std_dev=0.031
C5 A 0, 0.023, 0.056, 0.089, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.056 std_dev=0.033
N1 A 0, 0.026, 0.063, 0.100, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.063 std_dev=0.037
N3 A 0, 0.028, 0.075, 0.122, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.075 std_dev=0.047
N9 A 0, 0.025, 0.074, 0.122, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.074 std_dev=0.049
C4 A 0, 0.033, 0.082, 0.131, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.082 std_dev=0.049
N7 A 0, 0.047, 0.114, 0.180, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.114 std_dev=0.067
N6 A 0, 0.049, 0.121, 0.192, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.121 std_dev=0.071
C8 A 0, 0.054, 0.135, 0.217, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.135 std_dev=0.081
O4' A 0, 0.094, 0.397, 0.699, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.397 std_dev=0.302
C2' A 0, 0.144, 0.493, 0.841, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.493 std_dev=0.348
O5' A 0, 0.237, 0.592, 0.948, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.592 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.245, 0.610, 0.975, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.610 std_dev=0.365
C4' A 0, 0.173, 0.545, 0.917, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.545 std_dev=0.372
C5' A 0, 0.265, 0.671, 1.078, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.671 std_dev=0.406
C3' A 0, 0.171, 0.601, 1.032, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.601 std_dev=0.431
C1' B 0, 0.124, 0.555, 0.986, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.555 std_dev=0.431
P A 0, 0.332, 0.789, 1.246, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.789 std_dev=0.457
C2' B 0, 0.079, 0.559, 1.038, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.559 std_dev=0.479
C3' B 0, 0.073, 0.762, 1.450, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.762 std_dev=0.688
N1 B 0, 0.462, 1.187, 1.911, 1.966 max_d=1.966 avg_d=1.187 std_dev=0.724
O4' B 0, 0.201, 0.948, 1.694, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.948 std_dev=0.746
OP1 A 0, 0.509, 1.267, 2.024, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.267 std_dev=0.758
O3' A 0, 0.298, 1.117, 1.935, 1.907 max_d=1.907 avg_d=1.117 std_dev=0.819
O2' A 0, 0.298, 1.125, 1.953, 1.921 max_d=1.921 avg_d=1.125 std_dev=0.827
OP2 A 0, 0.305, 1.181, 2.057, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.181 std_dev=0.876
O3' B 0, 0.402, 1.351, 2.300, 2.683 max_d=2.683 avg_d=1.351 std_dev=0.949
C6 B 0, 0.564, 1.520, 2.475, 2.645 max_d=2.645 avg_d=1.520 std_dev=0.956
C2 B 0, 0.685, 1.657, 2.630, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.657 std_dev=0.973
O2 B 0, 0.710, 1.685, 2.659, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.685 std_dev=0.975
C4' B 0, 0.360, 1.391, 2.422, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.391 std_dev=1.031
C5 B 0, 0.786, 2.042, 3.299, 3.433 max_d=3.433 avg_d=2.042 std_dev=1.257
N3 B 0, 0.924, 2.280, 3.637, 3.574 max_d=3.574 avg_d=2.280 std_dev=1.356
C4 B 0, 0.958, 2.413, 3.869, 3.903 max_d=3.903 avg_d=2.413 std_dev=1.455
O5' B 0, 0.967, 2.461, 3.955, 4.031 max_d=4.031 avg_d=2.461 std_dev=1.494
C5' B 0, 0.831, 2.471, 4.110, 4.614 max_d=4.614 avg_d=2.471 std_dev=1.640
O4 B 0, 1.112, 2.819, 4.527, 4.599 max_d=4.599 avg_d=2.819 std_dev=1.707
P B 0, 1.466, 3.758, 6.050, 6.215 max_d=6.215 avg_d=3.758 std_dev=2.292
OP2 B 0, 1.763, 4.384, 7.006, 6.957 max_d=6.957 avg_d=4.384 std_dev=2.621
OP1 B 0, 1.831, 4.743, 7.656, 7.936 max_d=7.936 avg_d=4.743 std_dev=2.913

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.13 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.03 0.23 0.00 0.24 0.35 0.32 0.25
C2 0.07 0.00 0.19 0.07 0.03 0.13 0.01 0.31 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.27 0.28 0.18 0.32 0.17 0.48 0.21
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.24 0.10 0.11 0.15 0.20 0.09 0.08 0.03 0.01 0.02 0.02 0.49 0.87 0.61 0.64
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.09 0.01 0.15 0.03 0.14 0.20 0.10 0.07 0.18 0.19 0.11 0.01 0.01 0.03 0.08 0.59 0.07 0.26
C4 0.04 0.03 0.10 0.09 0.00 0.06 0.01 0.27 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.17 0.09 0.31 0.24 0.48 0.23
C4' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.10 0.09 0.12 0.04 0.06 0.03 0.22 0.01 0.01 0.02 0.15 0.02 0.08
C5 0.04 0.01 0.07 0.15 0.01 0.04 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.14 0.08 0.01 0.29 0.21 0.53 0.21
C5' 0.13 0.31 0.24 0.03 0.27 0.01 0.26 0.00 0.29 0.16 0.31 0.29 0.26 0.21 0.21 0.03 0.20 0.01 0.01 0.15 0.06 0.03
C6 0.05 0.02 0.10 0.14 0.01 0.06 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.10 0.12 0.05 0.30 0.16 0.55 0.20
C8 0.01 0.01 0.11 0.20 0.03 0.10 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.35 0.09 0.13 0.23 0.30 0.47 0.21
N1 0.06 0.01 0.15 0.10 0.02 0.09 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.15 0.20 0.12 0.31 0.14 0.53 0.20
N3 0.07 0.01 0.20 0.07 0.01 0.12 0.03 0.29 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.29 0.29 0.19 0.31 0.21 0.44 0.23
N6 0.06 0.04 0.09 0.18 0.02 0.04 0.02 0.26 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.05 0.05 0.16 0.06 0.01 0.26 0.12 0.55 0.17
N7 0.02 0.01 0.08 0.19 0.03 0.06 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.33 0.07 0.09 0.26 0.25 0.54 0.21
N9 0.01 0.04 0.03 0.11 0.01 0.03 0.03 0.21 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.12 0.10 0.00 0.28 0.31 0.43 0.24
O2' 0.03 0.27 0.01 0.01 0.07 0.22 0.14 0.03 0.10 0.35 0.15 0.29 0.16 0.33 0.12 0.00 0.02 0.13 0.41 0.90 0.71 0.64
O3' 0.23 0.28 0.02 0.01 0.17 0.01 0.08 0.20 0.12 0.09 0.20 0.29 0.06 0.07 0.10 0.02 0.00 0.19 0.20 0.33 0.33 0.06
O4' 0.00 0.18 0.02 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.12 0.19 0.01 0.09 0.00 0.13 0.19 0.00 0.05 0.09 0.08 0.08
O5' 0.24 0.32 0.49 0.08 0.31 0.02 0.29 0.01 0.30 0.23 0.31 0.31 0.26 0.26 0.28 0.41 0.20 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.35 0.17 0.87 0.59 0.24 0.15 0.21 0.15 0.16 0.30 0.14 0.21 0.12 0.25 0.31 0.90 0.33 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.32 0.48 0.61 0.07 0.48 0.02 0.53 0.06 0.55 0.47 0.53 0.44 0.55 0.54 0.43 0.71 0.33 0.08 0.01 0.03 0.00 0.02
P 0.25 0.21 0.64 0.26 0.23 0.08 0.21 0.03 0.20 0.21 0.20 0.23 0.17 0.21 0.24 0.64 0.06 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.14 0.22 0.17 0.35 0.10 0.69 0.11 0.04 0.17 0.10 0.13 0.13 0.26 0.22 0.66 1.52 1.40 1.19
C2 0.12 0.27 0.12 0.13 0.55 0.21 0.53 0.48 0.39 0.26 0.41 0.21 0.05 0.03 0.60 0.20 0.44 1.07 1.27 0.88
C2' 0.15 0.14 0.18 0.25 0.21 0.45 0.10 0.83 0.15 0.12 0.22 0.16 0.21 0.13 0.34 0.32 0.77 1.57 1.44 1.29
C3' 0.40 0.30 0.41 0.55 0.33 0.69 0.28 1.00 0.33 0.34 0.32 0.30 0.24 0.48 0.42 0.51 0.87 1.90 1.41 1.47
C4 0.07 0.11 0.11 0.14 0.25 0.23 0.29 0.52 0.23 0.12 0.18 0.10 0.10 0.05 0.25 0.17 0.50 1.20 1.29 0.96
C4' 0.19 0.13 0.21 0.34 0.20 0.47 0.12 0.81 0.16 0.15 0.21 0.13 0.09 0.28 0.31 0.31 0.74 1.84 1.35 1.37
C5 0.04 0.16 0.08 0.10 0.27 0.14 0.27 0.39 0.21 0.12 0.23 0.13 0.08 0.03 0.26 0.10 0.41 1.03 1.16 0.81
C5' 0.13 0.28 0.10 0.12 0.36 0.22 0.26 0.57 0.18 0.19 0.37 0.28 0.26 0.23 0.44 0.07 0.59 1.76 1.14 1.21
C6 0.07 0.30 0.08 0.07 0.45 0.09 0.40 0.30 0.30 0.23 0.40 0.25 0.04 0.05 0.45 0.10 0.34 0.87 1.09 0.69
C8 0.05 0.16 0.08 0.15 0.26 0.21 0.20 0.49 0.11 0.10 0.24 0.14 0.13 0.09 0.31 0.08 0.52 1.29 1.21 0.99
N1 0.11 0.35 0.11 0.09 0.59 0.13 0.53 0.37 0.39 0.28 0.50 0.28 0.04 0.05 0.63 0.15 0.37 0.92 1.16 0.75
N3 0.10 0.16 0.12 0.15 0.37 0.25 0.42 0.56 0.32 0.18 0.25 0.14 0.08 0.04 0.40 0.20 0.51 1.21 1.33 0.98
N6 0.09 0.37 0.05 0.02 0.45 0.03 0.37 0.16 0.28 0.26 0.45 0.35 0.03 0.08 0.44 0.07 0.25 0.69 0.94 0.54
N7 0.06 0.14 0.04 0.08 0.21 0.11 0.19 0.34 0.14 0.10 0.20 0.11 0.11 0.05 0.22 0.03 0.41 1.04 1.07 0.79
N9 0.08 0.08 0.14 0.20 0.16 0.29 0.13 0.60 0.12 0.05 0.16 0.09 0.13 0.11 0.22 0.18 0.58 1.37 1.34 1.08
O2' 0.35 0.26 0.43 0.42 0.24 0.52 0.32 0.85 0.38 0.31 0.26 0.25 0.49 0.37 0.27 0.46 1.00 1.49 1.55 1.32
O3' 0.34 0.21 0.39 0.60 0.38 0.75 0.22 1.11 0.23 0.23 0.34 0.21 0.21 0.53 0.56 0.51 0.97 2.02 1.39 1.56
O4' 0.15 0.09 0.22 0.32 0.20 0.42 0.06 0.74 0.09 0.07 0.20 0.10 0.12 0.26 0.32 0.25 0.69 1.75 1.40 1.30
O5' 0.23 0.39 0.17 0.12 0.51 0.11 0.44 0.42 0.35 0.32 0.48 0.35 0.29 0.29 0.58 0.09 0.50 1.67 0.99 1.08
OP1 0.50 0.57 0.43 0.40 0.73 0.34 0.77 0.29 0.69 0.59 0.65 0.48 0.36 0.53 0.77 0.48 0.44 1.05 0.76 0.62
OP2 0.64 0.72 0.62 0.51 0.79 0.37 0.79 0.19 0.75 0.71 0.78 0.67 0.67 0.69 0.81 0.53 0.31 1.24 0.62 0.65
P 0.33 0.42 0.28 0.23 0.56 0.10 0.56 0.19 0.48 0.41 0.50 0.36 0.28 0.42 0.61 0.24 0.34 1.38 0.73 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.13 0.03 0.01 0.18 0.09 0.45 0.10
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.03 0.05 0.21 0.12 0.44 0.04
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.12 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.23 0.36 0.58 0.32
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.08 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.15 0.37 0.16
C4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.03 0.14 0.05 0.01 0.05 0.23 0.25 0.52 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.03 0.08 0.11 0.02 0.08 0.01 0.02 0.11 0.33 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.10 0.00 0.29 0.00 0.01 0.03 0.02 0.14 0.03 0.02 0.07 0.26 0.35 0.59 0.30
C5' 0.06 0.08 0.12 0.03 0.22 0.01 0.29 0.00 0.27 0.13 0.11 0.11 0.04 0.09 0.25 0.01 0.01 0.27 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.10 0.00 0.27 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.03 0.02 0.08 0.26 0.31 0.59 0.28
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.08 0.02 0.01 0.21 0.14 0.49 0.12
N3 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.11 0.02 0.01 0.00 0.03 0.13 0.11 0.03 0.03 0.23 0.13 0.44 0.05
O2 0.05 0.01 0.07 0.05 0.03 0.08 0.02 0.11 0.01 0.02 0.03 0.00 0.14 0.24 0.05 0.10 0.20 0.20 0.42 0.13
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.14 0.11 0.14 0.04 0.12 0.08 0.13 0.14 0.00 0.04 0.14 0.05 0.18 0.44 0.63 0.34
O3' 0.13 0.15 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.09 0.03 0.08 0.11 0.24 0.04 0.00 0.04 0.10 0.07 0.10 0.34 0.13
O4 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.02 0.25 0.02 0.02 0.03 0.05 0.14 0.04 0.00 0.06 0.24 0.31 0.54 0.23
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.03 0.10 0.05 0.10 0.06 0.00 0.19 0.18 0.30 0.10
O5' 0.18 0.21 0.23 0.06 0.23 0.02 0.26 0.01 0.26 0.21 0.23 0.20 0.18 0.07 0.24 0.19 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.09 0.12 0.36 0.15 0.25 0.11 0.35 0.27 0.31 0.14 0.13 0.20 0.44 0.10 0.31 0.18 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.45 0.44 0.58 0.37 0.52 0.33 0.59 0.30 0.59 0.49 0.44 0.42 0.63 0.34 0.54 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.04 0.32 0.16 0.18 0.03 0.30 0.02 0.28 0.12 0.05 0.13 0.34 0.13 0.23 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00