ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50147

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.023
O4' B 0, 0.166, 0.393, 0.621, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.393 std_dev=0.228
C2' B 0, 0.196, 0.516, 0.836, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.516 std_dev=0.320
O3' A 0, 0.213, 0.552, 0.892, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.552 std_dev=0.339
O4' A 0, 0.242, 0.647, 1.052, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.647 std_dev=0.405
C2' A 0, 0.230, 0.641, 1.053, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.641 std_dev=0.412
C3' A 0, 0.251, 0.690, 1.130, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.690 std_dev=0.440
C4' A 0, 0.284, 0.768, 1.251, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.768 std_dev=0.483
C3' B 0, 0.268, 0.787, 1.305, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.787 std_dev=0.518
C1' B 0, 0.336, 0.870, 1.405, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.870 std_dev=0.534
O2' B 0, 0.324, 0.954, 1.585, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.954 std_dev=0.631
O2' A 0, 0.352, 1.010, 1.668, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.010 std_dev=0.658
O3' B 0, 0.344, 1.018, 1.693, 1.667 max_d=1.667 avg_d=1.018 std_dev=0.674
C4' B 0, 0.447, 1.156, 1.865, 1.917 max_d=1.917 avg_d=1.156 std_dev=0.709
C5' A 0, 0.572, 1.518, 2.464, 2.604 max_d=2.604 avg_d=1.518 std_dev=0.946
N1 B 0, 0.684, 1.793, 2.901, 2.879 max_d=2.879 avg_d=1.793 std_dev=1.108
O5' A 0, 0.699, 1.886, 3.073, 3.026 max_d=3.026 avg_d=1.886 std_dev=1.187
C5' B 0, 0.874, 2.189, 3.504, 3.330 max_d=3.330 avg_d=2.189 std_dev=1.315
C6 B 0, 0.857, 2.195, 3.532, 3.401 max_d=3.401 avg_d=2.195 std_dev=1.337
OP1 A 0, 0.922, 2.275, 3.628, 3.324 max_d=3.324 avg_d=2.275 std_dev=1.353
P A 0, 1.142, 2.768, 4.395, 4.095 max_d=4.095 avg_d=2.768 std_dev=1.626
O5' B 0, 0.426, 2.067, 3.709, 3.721 max_d=3.721 avg_d=2.067 std_dev=1.642
C2 B 0, 1.125, 2.956, 4.787, 4.668 max_d=4.668 avg_d=2.956 std_dev=1.831
OP1 B 0, 0.876, 2.929, 4.983, 4.956 max_d=4.956 avg_d=2.929 std_dev=2.053
C5 B 0, 1.203, 3.277, 5.350, 5.217 max_d=5.217 avg_d=3.277 std_dev=2.073
O2 B 0, 1.380, 3.468, 5.556, 5.263 max_d=5.263 avg_d=3.468 std_dev=2.088
OP2 A 0, 1.455, 3.764, 6.073, 6.264 max_d=6.264 avg_d=3.764 std_dev=2.309
N3 B 0, 1.402, 3.858, 6.315, 6.209 max_d=6.209 avg_d=3.858 std_dev=2.457
P B 0, 0.319, 2.912, 5.505, 5.564 max_d=5.564 avg_d=2.912 std_dev=2.593
C4 B 0, 1.396, 4.004, 6.612, 6.540 max_d=6.540 avg_d=4.004 std_dev=2.608
OP2 B 0, 0.846, 3.869, 6.892, 7.010 max_d=7.010 avg_d=3.869 std_dev=3.023
O4 B 0, 1.701, 5.008, 8.314, 8.236 max_d=8.236 avg_d=5.008 std_dev=3.307

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.41 0.19 0.61 0.23
C2 0.01 0.00 0.14 0.07 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.29 0.12 0.15 0.56 0.12 1.05 0.45
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.03 0.09 0.06 0.13 0.13 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.32 0.36 0.44 0.13
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.40 0.19 0.27
C4 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.07 0.08 0.62 0.10 1.10 0.49
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.04 0.07
C5 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.04 0.74 0.04 1.39 0.64
C5' 0.01 0.14 0.03 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.06 0.12 0.12 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.05 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.08 0.07 0.74 0.03 1.44 0.66
C8 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.79 0.07 1.38 0.66
N1 0.02 0.00 0.13 0.07 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.10 0.12 0.66 0.07 1.28 0.57
N3 0.01 0.00 0.13 0.06 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.27 0.11 0.15 0.51 0.14 0.92 0.38
N6 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.14 0.07 0.05 0.79 0.02 1.59 0.73
N7 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.83 0.05 1.56 0.74
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.63 0.11 1.04 0.46
O2' 0.02 0.29 0.00 0.01 0.16 0.01 0.11 0.02 0.17 0.09 0.25 0.27 0.14 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.25 0.44 0.41 0.18
O3' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.10 0.11 0.07 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.19 0.42 0.36 0.35
O4' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.12 0.15 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.35 0.10 0.50 0.26
O5' 0.41 0.56 0.32 0.06 0.62 0.01 0.74 0.01 0.74 0.79 0.66 0.51 0.79 0.83 0.63 0.25 0.19 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.19 0.12 0.36 0.40 0.10 0.20 0.04 0.11 0.03 0.07 0.07 0.14 0.02 0.05 0.11 0.44 0.42 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.61 1.05 0.44 0.19 1.10 0.04 1.39 0.01 1.44 1.38 1.28 0.92 1.59 1.56 1.04 0.41 0.36 0.50 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.23 0.45 0.13 0.27 0.49 0.07 0.64 0.01 0.66 0.66 0.57 0.38 0.73 0.74 0.46 0.18 0.35 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.67 0.27 0.23 1.19 0.26 0.91 0.25 0.58 0.41 1.09 0.54 0.56 0.37 1.47 0.14 0.31 0.66 0.57 0.36
C2 0.08 0.39 0.10 0.13 0.38 0.17 0.36 0.29 0.30 0.16 0.45 0.58 0.40 0.41 0.45 0.10 0.74 1.26 1.52 0.99
C2' 0.25 0.57 0.35 0.30 1.34 0.27 1.08 0.19 0.67 0.40 1.10 0.29 0.63 0.39 1.70 0.16 0.11 0.43 0.19 0.04
C3' 0.22 0.72 0.34 0.30 1.51 0.30 1.18 0.23 0.73 0.48 1.28 0.46 0.61 0.42 1.92 0.16 0.12 0.43 0.21 0.09
C4 0.09 0.51 0.17 0.16 0.74 0.21 0.58 0.27 0.40 0.28 0.73 0.56 0.47 0.38 0.88 0.11 0.52 0.90 0.98 0.64
C4' 0.20 0.93 0.32 0.27 1.58 0.33 1.18 0.32 0.75 0.58 1.47 0.78 0.58 0.42 1.96 0.15 0.25 0.54 0.45 0.31
C5 0.08 0.48 0.14 0.15 0.58 0.20 0.47 0.25 0.35 0.26 0.61 0.56 0.43 0.36 0.66 0.11 0.54 0.87 0.99 0.66
C5' 0.26 1.12 0.36 0.32 1.80 0.38 1.34 0.36 0.86 0.70 1.72 0.97 0.59 0.48 2.23 0.18 0.17 0.38 0.29 0.22
C6 0.09 0.39 0.09 0.13 0.28 0.16 0.29 0.26 0.27 0.17 0.39 0.58 0.35 0.38 0.31 0.11 0.74 1.12 1.40 0.93
C8 0.17 0.75 0.27 0.24 1.12 0.28 0.86 0.23 0.57 0.44 1.10 0.62 0.54 0.34 1.28 0.16 0.26 0.52 0.43 0.28
N1 0.09 0.38 0.09 0.15 0.24 0.17 0.30 0.27 0.28 0.15 0.38 0.60 0.34 0.42 0.27 0.11 0.81 1.32 1.65 1.09
N3 0.09 0.44 0.15 0.14 0.62 0.19 0.50 0.28 0.36 0.23 0.62 0.55 0.46 0.40 0.75 0.10 0.62 1.08 1.23 0.80
N6 0.13 0.37 0.12 0.15 0.20 0.16 0.28 0.23 0.28 0.17 0.33 0.56 0.27 0.37 0.21 0.13 0.85 1.14 1.51 1.04
N7 0.11 0.63 0.20 0.20 0.81 0.25 0.64 0.23 0.45 0.38 0.83 0.59 0.48 0.32 0.90 0.14 0.35 0.59 0.58 0.39
N9 0.14 0.64 0.24 0.21 1.03 0.25 0.79 0.25 0.52 0.38 0.98 0.57 0.53 0.37 1.23 0.13 0.36 0.70 0.65 0.43
O2' 0.31 0.29 0.38 0.30 1.07 0.22 0.94 0.15 0.58 0.28 0.74 0.11 0.65 0.36 1.40 0.16 0.13 0.45 0.21 0.09
O3' 0.21 0.61 0.33 0.27 1.34 0.26 1.07 0.20 0.66 0.41 1.12 0.38 0.61 0.38 1.73 0.14 0.20 0.58 0.30 0.17
O4' 0.18 0.93 0.27 0.22 1.41 0.30 1.04 0.33 0.67 0.56 1.38 0.85 0.55 0.39 1.71 0.13 0.38 0.67 0.69 0.47
O5' 0.76 1.76 0.54 0.70 2.48 0.78 2.03 0.92 1.55 1.36 2.38 1.55 0.42 1.02 2.88 0.78 0.83 0.63 0.93 0.89
OP1 0.30 1.21 0.43 0.36 2.07 0.37 1.58 0.26 1.02 0.80 1.90 1.01 0.56 0.33 2.59 0.14 0.17 0.12 0.48 0.28
OP2 1.74 2.67 1.58 1.66 3.47 1.73 3.06 1.94 2.60 2.34 3.35 2.29 1.45 1.82 3.80 1.74 2.08 1.93 2.38 2.20
P 0.77 1.82 0.56 0.64 2.55 0.73 2.09 0.90 1.61 1.41 2.46 1.59 0.45 0.89 2.94 0.74 0.96 0.80 1.20 1.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.26 0.01 0.00 0.25 0.18 0.42 0.27
C2 0.02 0.00 0.16 0.27 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.24 0.01 0.10 0.31 0.31 0.86 0.44
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.02 0.03 0.11 0.18 0.15 0.01 0.11 0.28 0.00 0.03 0.02 0.01 0.62 0.72 0.83 0.66
C3' 0.03 0.27 0.01 0.00 0.38 0.01 0.37 0.01 0.31 0.24 0.34 0.25 0.02 0.02 0.41 0.02 0.36 0.62 0.43 0.37
C4 0.01 0.01 0.02 0.38 0.00 0.20 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.28 0.00 0.05 0.26 0.51 1.04 0.41
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.20 0.00 0.24 0.00 0.21 0.10 0.14 0.10 0.27 0.03 0.22 0.00 0.01 0.24 0.15 0.02
C5 0.02 0.01 0.11 0.37 0.00 0.24 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.31 0.01 0.14 0.23 0.43 0.99 0.34
C5' 0.05 0.11 0.18 0.01 0.24 0.00 0.28 0.00 0.22 0.08 0.17 0.14 0.13 0.19 0.28 0.01 0.01 0.21 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01 0.21 0.01 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.23 0.02 0.16 0.25 0.23 0.83 0.34
N1 0.00 0.01 0.01 0.24 0.01 0.10 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.13 0.01 0.01 0.27 0.18 0.72 0.35
N3 0.01 0.01 0.11 0.34 0.00 0.14 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.24 0.01 0.06 0.30 0.44 1.00 0.46
O2 0.04 0.01 0.28 0.25 0.02 0.10 0.02 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00 0.25 0.37 0.03 0.19 0.33 0.32 0.84 0.47
O2' 0.01 0.26 0.00 0.02 0.36 0.27 0.33 0.13 0.27 0.19 0.33 0.25 0.00 0.05 0.39 0.21 0.37 0.60 0.56 0.43
O3' 0.26 0.24 0.03 0.02 0.28 0.03 0.31 0.19 0.23 0.13 0.24 0.37 0.05 0.00 0.33 0.19 0.17 0.53 0.15 0.16
O4 0.01 0.01 0.02 0.41 0.00 0.22 0.01 0.28 0.02 0.01 0.01 0.03 0.39 0.33 0.00 0.06 0.25 0.62 1.11 0.41
O4' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.05 0.00 0.14 0.01 0.16 0.01 0.06 0.19 0.21 0.19 0.06 0.00 0.06 0.09 0.24 0.08
O5' 0.25 0.31 0.62 0.36 0.26 0.01 0.23 0.01 0.25 0.27 0.30 0.33 0.37 0.17 0.25 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.31 0.72 0.62 0.51 0.24 0.43 0.21 0.23 0.18 0.44 0.32 0.60 0.53 0.62 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.86 0.83 0.43 1.04 0.15 0.99 0.14 0.83 0.72 1.00 0.84 0.56 0.15 1.11 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.44 0.66 0.37 0.41 0.02 0.34 0.01 0.34 0.35 0.46 0.47 0.43 0.16 0.41 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00