ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50148

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.013, 0.031, 0.050, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.012, 0.044, 0.077, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.044 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.008, 0.042, 0.076, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.042 std_dev=0.034
C2' B 0, 0.067, 0.366, 0.666, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.366 std_dev=0.300
O4' A 0, -0.077, 0.374, 0.824, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.374 std_dev=0.451
O2' B 0, -0.019, 0.481, 0.980, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.481 std_dev=0.499
C2' A 0, -0.111, 0.433, 0.977, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.433 std_dev=0.544
C4' A 0, -0.056, 0.614, 1.284, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.614 std_dev=0.670
O2' A 0, -0.113, 0.594, 1.302, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.594 std_dev=0.707
C1' B 0, -0.129, 0.694, 1.518, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.694 std_dev=0.823
C3' B 0, -0.101, 0.722, 1.545, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.722 std_dev=0.823
C3' A 0, -0.169, 0.668, 1.506, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.668 std_dev=0.837
O4' B 0, -0.190, 0.913, 2.015, 2.794 max_d=2.794 avg_d=0.913 std_dev=1.102
C5' A 0, -0.007, 1.124, 2.254, 3.009 max_d=3.009 avg_d=1.124 std_dev=1.131
C4' B 0, -0.227, 0.950, 2.127, 2.961 max_d=2.961 avg_d=0.950 std_dev=1.177
C6 B 0, -0.295, 0.981, 2.257, 3.168 max_d=3.168 avg_d=0.981 std_dev=1.276
OP2 B 0, -0.291, 1.019, 2.330, 3.245 max_d=3.245 avg_d=1.019 std_dev=1.310
O3' A 0, -0.312, 1.009, 2.329, 3.280 max_d=3.280 avg_d=1.009 std_dev=1.321
O5' A 0, -0.062, 1.303, 2.669, 3.596 max_d=3.596 avg_d=1.303 std_dev=1.365
N1 B 0, -0.386, 1.060, 2.507, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.060 std_dev=1.447
C5' B 0, -0.324, 1.283, 2.889, 4.027 max_d=4.027 avg_d=1.283 std_dev=1.607
OP1 A 0, -0.070, 1.560, 3.190, 4.297 max_d=4.297 avg_d=1.560 std_dev=1.630
O5' B 0, -0.577, 1.135, 2.846, 4.092 max_d=4.092 avg_d=1.135 std_dev=1.712
O3' B 0, -0.476, 1.302, 3.081, 4.362 max_d=4.362 avg_d=1.302 std_dev=1.778
P B 0, -0.515, 1.282, 3.079, 4.376 max_d=4.376 avg_d=1.282 std_dev=1.797
OP1 B 0, -0.453, 1.546, 3.544, 4.969 max_d=4.969 avg_d=1.546 std_dev=1.998
P A 0, -0.402, 1.651, 3.704, 5.171 max_d=5.171 avg_d=1.651 std_dev=2.053
C5 B 0, -0.545, 1.544, 3.633, 5.135 max_d=5.135 avg_d=1.544 std_dev=2.089
C2 B 0, -0.536, 1.820, 4.177, 5.870 max_d=5.870 avg_d=1.820 std_dev=2.356
O2 B 0, -0.408, 2.074, 4.557, 6.315 max_d=6.315 avg_d=2.074 std_dev=2.482
OP2 A 0, -0.716, 2.082, 4.880, 6.903 max_d=6.903 avg_d=2.082 std_dev=2.798
C4 B 0, -0.900, 2.233, 5.365, 7.635 max_d=7.635 avg_d=2.233 std_dev=3.133
N3 B 0, -0.814, 2.339, 5.492, 7.770 max_d=7.770 avg_d=2.339 std_dev=3.153
O4 B 0, -1.110, 2.838, 6.787, 9.646 max_d=9.646 avg_d=2.838 std_dev=3.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.57 0.25
C2 0.05 0.00 0.40 0.32 0.01 0.09 0.02 0.07 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.45 0.45 0.09 0.11 0.10 1.37 0.58
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.19 0.01 0.08 0.02 0.17 0.20 0.30 0.40 0.11 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.40 0.20
C3' 0.02 0.32 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.02 0.08 0.34 0.21 0.31 0.05 0.25 0.08 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.20 0.17
C4 0.03 0.01 0.19 0.11 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.21 0.14 0.04 0.12 0.09 1.25 0.49
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.11 0.06 0.10 0.07 0.10 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.12 0.08 0.09
C5 0.03 0.02 0.08 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.06 0.04 0.15 0.09 1.49 0.54
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.07 0.14 0.13 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.16 0.41 0.02
C6 0.04 0.02 0.17 0.08 0.02 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.22 0.09 0.04 0.15 0.08 1.62 0.60
C8 0.03 0.03 0.20 0.34 0.02 0.11 0.02 0.11 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.13 0.42 0.13 0.16 0.26 1.16 0.36
N1 0.04 0.00 0.30 0.21 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.36 0.30 0.07 0.13 0.11 1.56 0.62
N3 0.05 0.00 0.40 0.31 0.01 0.10 0.02 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.42 0.43 0.09 0.11 0.08 1.19 0.51
N6 0.04 0.03 0.11 0.05 0.03 0.07 0.02 0.14 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.17 0.07 0.06 0.19 0.10 1.73 0.61
N7 0.02 0.02 0.12 0.25 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.07 0.34 0.09 0.18 0.19 1.48 0.46
N9 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.09 0.02 0.12 0.17 1.00 0.38
O2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.21 0.06 0.12 0.05 0.22 0.13 0.36 0.42 0.17 0.07 0.02 0.00 0.07 0.05 0.04 0.11 0.22 0.17
O3' 0.01 0.45 0.01 0.01 0.14 0.03 0.06 0.02 0.09 0.42 0.30 0.43 0.07 0.34 0.09 0.07 0.00 0.03 0.24 0.26 0.02 0.13
O4' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.13 0.07 0.09 0.06 0.09 0.02 0.05 0.03 0.00 0.18 0.21 0.28 0.16
O5' 0.10 0.11 0.05 0.15 0.12 0.02 0.15 0.01 0.15 0.16 0.13 0.11 0.19 0.18 0.12 0.04 0.24 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.10 0.12 0.17 0.09 0.12 0.09 0.16 0.08 0.26 0.11 0.08 0.10 0.19 0.17 0.11 0.26 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.57 1.37 0.40 0.20 1.25 0.08 1.49 0.41 1.62 1.16 1.56 1.19 1.73 1.48 1.00 0.22 0.02 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.58 0.20 0.17 0.49 0.09 0.54 0.02 0.60 0.36 0.62 0.51 0.61 0.46 0.38 0.17 0.13 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.74 0.49 0.06 0.07 0.17 0.78 0.23 0.86 0.10 0.40 0.17 0.86 0.26 0.27 0.34 1.14 0.97 0.93 0.22 0.73
C2 0.68 1.09 0.18 0.05 0.77 0.29 0.48 0.27 0.45 0.73 1.06 1.45 0.12 0.44 0.79 0.70 0.37 0.34 0.11 0.15
C2' 0.37 0.10 0.16 0.12 0.80 0.57 0.75 0.64 0.43 0.09 0.49 0.27 0.15 0.31 1.04 0.79 0.70 0.62 0.21 0.38
C3' 0.06 0.80 0.51 0.41 1.62 0.34 1.46 0.43 1.02 0.66 1.30 0.41 0.08 0.49 1.92 0.47 0.44 0.39 0.60 0.11
C4 0.71 0.76 0.13 0.05 0.31 0.54 0.17 0.55 0.25 0.55 0.58 1.12 0.22 0.30 0.25 0.89 0.65 0.60 0.05 0.38
C4' 0.26 0.40 0.37 0.31 1.29 0.58 1.20 0.69 0.76 0.34 0.90 0.06 0.09 0.49 1.60 0.82 0.76 0.76 0.20 0.52
C5 0.61 0.64 0.16 0.09 0.29 0.46 0.17 0.46 0.23 0.47 0.50 0.95 0.22 0.19 0.25 0.74 0.53 0.49 0.13 0.24
C5' 0.06 0.85 0.60 0.51 1.86 0.46 1.73 0.57 1.19 0.73 1.42 0.41 0.14 0.63 2.21 0.63 0.62 0.67 0.39 0.40
C6 0.53 0.82 0.20 0.04 0.57 0.23 0.38 0.21 0.35 0.55 0.77 1.09 0.12 0.24 0.58 0.51 0.28 0.25 0.24 0.02
C8 0.62 0.18 0.07 0.15 0.34 0.78 0.30 0.83 0.08 0.21 0.15 0.45 0.30 0.07 0.49 1.02 0.89 0.82 0.03 0.57
N1 0.58 1.03 0.20 0.03 0.79 0.18 0.51 0.14 0.45 0.68 1.04 1.34 0.08 0.37 0.84 0.53 0.22 0.20 0.21 0.03
N3 0.74 0.98 0.15 0.04 0.55 0.45 0.32 0.45 0.36 0.67 0.86 1.37 0.17 0.42 0.52 0.86 0.57 0.53 0.07 0.33
N6 0.36 0.69 0.23 0.09 0.58 0.09 0.41 0.06 0.34 0.46 0.70 0.86 0.07 0.10 0.61 0.27 0.09 0.09 0.39 0.21
N7 0.55 0.24 0.12 0.18 0.16 0.64 0.14 0.65 0.06 0.24 0.09 0.47 0.31 0.05 0.24 0.81 0.70 0.63 0.12 0.35
N9 0.71 0.50 0.08 0.08 0.11 0.71 0.15 0.75 0.10 0.40 0.23 0.85 0.26 0.23 0.22 1.04 0.85 0.80 0.09 0.57
O2' 0.51 0.13 0.08 0.07 0.60 0.66 0.59 0.74 0.28 0.11 0.26 0.51 0.21 0.30 0.85 0.94 0.83 0.75 0.10 0.55
O3' 0.35 1.26 0.70 0.58 2.17 0.15 1.91 0.23 1.40 1.04 1.85 0.88 0.21 0.58 2.56 0.20 0.21 0.13 0.95 0.19
O4' 0.72 0.33 0.08 0.09 0.42 0.85 0.46 0.94 0.17 0.29 0.06 0.71 0.25 0.36 0.65 1.22 1.06 1.07 0.30 0.88
O5' 0.22 1.06 0.68 0.54 1.97 0.48 1.82 0.59 1.31 0.90 1.60 0.65 0.22 0.58 2.26 0.59 0.60 0.64 0.49 0.36
OP1 0.11 0.92 0.60 0.51 1.90 0.62 1.91 0.76 1.36 0.83 1.44 0.50 0.18 0.56 2.15 0.70 0.80 0.95 0.22 0.67
OP2 1.62 2.17 2.29 2.00 2.62 0.93 2.60 0.60 2.38 2.15 2.42 1.85 1.76 2.04 2.69 0.82 0.59 0.22 1.39 0.62
P 0.55 1.33 1.13 0.97 2.13 0.19 2.09 0.34 1.67 1.25 1.78 0.93 0.56 1.02 2.34 0.26 0.33 0.55 0.62 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02 0.03 0.06 0.00 0.22 0.15 0.70 0.28
C2 0.03 0.00 0.14 0.15 0.03 0.05 0.04 0.09 0.04 0.03 0.02 0.01 0.11 0.18 0.03 0.04 0.42 0.14 0.56 0.17
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.13 0.20 0.01 0.02 0.09 0.01 0.31 0.26 0.38 0.04
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.17 0.00 0.14 0.02 0.12 0.09 0.17 0.17 0.01 0.01 0.18 0.01 0.42 0.49 0.15 0.21
C4 0.06 0.03 0.08 0.17 0.00 0.14 0.02 0.23 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.19 0.00 0.07 0.84 0.40 0.22 0.47
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.17 0.07 0.09 0.02 0.03 0.01 0.15 0.00 0.01 0.13 0.59 0.21
C5 0.06 0.04 0.05 0.14 0.02 0.18 0.00 0.29 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.16 0.01 0.12 1.01 0.65 0.46 0.73
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.23 0.01 0.29 0.00 0.26 0.12 0.14 0.04 0.03 0.02 0.24 0.01 0.01 0.25 0.39 0.01
C6 0.05 0.04 0.06 0.12 0.02 0.17 0.01 0.26 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.13 0.02 0.13 0.90 0.53 0.17 0.54
N1 0.02 0.03 0.04 0.09 0.04 0.07 0.03 0.12 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.10 0.04 0.03 0.52 0.16 0.42 0.09
N3 0.05 0.02 0.13 0.17 0.01 0.09 0.04 0.14 0.04 0.04 0.00 0.02 0.10 0.21 0.02 0.04 0.60 0.12 0.31 0.13
O2 0.04 0.01 0.20 0.17 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.18 0.21 0.04 0.08 0.22 0.36 0.83 0.44
O2' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.10 0.18 0.00 0.01 0.07 0.05 0.08 0.12 0.55 0.24
O3' 0.03 0.18 0.02 0.01 0.19 0.01 0.16 0.02 0.13 0.10 0.21 0.21 0.01 0.00 0.21 0.02 0.38 0.70 0.12 0.33
O4 0.06 0.03 0.09 0.18 0.00 0.15 0.01 0.24 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.21 0.00 0.07 0.89 0.46 0.35 0.56
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.13 0.03 0.04 0.08 0.05 0.02 0.07 0.00 0.12 0.29 0.95 0.47
O5' 0.22 0.42 0.31 0.42 0.84 0.01 1.01 0.01 0.90 0.52 0.60 0.22 0.08 0.38 0.89 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.14 0.26 0.49 0.40 0.13 0.65 0.25 0.53 0.16 0.12 0.36 0.12 0.70 0.46 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.70 0.56 0.38 0.15 0.22 0.59 0.46 0.39 0.17 0.42 0.31 0.83 0.55 0.12 0.35 0.95 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.17 0.04 0.21 0.47 0.21 0.73 0.01 0.54 0.09 0.13 0.44 0.24 0.33 0.56 0.47 0.00 0.01 0.01 0.00