ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50150

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C5 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.000, 0.061, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.000, 0.075, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.000, 0.087, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C2' B 0, 0.000, 0.099, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O3' B 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
C3' B 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C5' A 0, 0.000, 0.105, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O2' B 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
P B 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C5' B 0, 0.000, 0.117, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C4' B 0, 0.000, 0.121, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.121 std_dev=0.121
N3 B 0, 0.000, 0.124, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.124 std_dev=0.124
OP2 B 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C1' B 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C2 B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O2 B 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
N1 B 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C6 B 0, 0.000, 0.141, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.141 std_dev=0.141
O4' B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C5 B 0, 0.000, 0.143, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C4 B 0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
OP2 A 0, 0.000, 0.157, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.157 std_dev=0.157
O5' B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
O4 B 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
OP1 A 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
P A 0, 0.000, 0.208, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.208 std_dev=0.208
OP1 B 0, 0.000, 0.210, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O5' A 0, 0.000, 0.332, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.332 std_dev=0.332

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.04 0.08 0.01
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.12 0.03 0.05 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.03 0.10 0.01
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.02
C4 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.14 0.02 0.08 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.17 0.00 0.09 0.06
C5' 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.17 0.01 0.09 0.07
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.16 0.00 0.09 0.05
N1 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.14 0.02 0.06 0.04
N3 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.12 0.02 0.07 0.03
N6 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.19 0.03 0.10 0.08
N7 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.18 0.02 0.10 0.07
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.13 0.03 0.08 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.11 0.02
O3' 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.07 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.05 0.06 0.00
O5' 0.09 0.12 0.06 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.17 0.16 0.14 0.12 0.19 0.18 0.13 0.05 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.05 0.10 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.06 0.07 0.10 0.10 0.08 0.11 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.04 0.03 0.08 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.05 0.06 0.11 0.08 0.11 0.08 0.11 0.10 0.09 0.08 0.02 0.05 0.12 0.10 0.13 0.07 0.08 0.07
C2 0.05 0.06 0.02 0.03 0.09 0.04 0.09 0.05 0.08 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.11 0.06 0.10 0.02 0.05 0.04
C2' 0.09 0.10 0.05 0.06 0.11 0.08 0.11 0.08 0.11 0.10 0.09 0.09 0.02 0.05 0.13 0.10 0.13 0.07 0.09 0.07
C3' 0.08 0.09 0.04 0.05 0.10 0.06 0.10 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.01 0.04 0.12 0.09 0.11 0.06 0.07 0.06
C4 0.08 0.08 0.04 0.06 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.06 0.00 0.05 0.12 0.09 0.12 0.06 0.08 0.07
C4' 0.08 0.09 0.04 0.05 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.01 0.04 0.12 0.09 0.11 0.06 0.08 0.06
C5 0.08 0.08 0.05 0.06 0.11 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.07 0.01 0.06 0.12 0.10 0.13 0.07 0.09 0.07
C5' 0.05 0.05 0.01 0.02 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.08 0.06 0.08 0.04 0.05 0.04
C6 0.06 0.07 0.02 0.04 0.10 0.06 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.05 0.02 0.03 0.12 0.08 0.12 0.05 0.08 0.07
C8 0.10 0.10 0.06 0.07 0.12 0.08 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.03 0.06 0.13 0.11 0.13 0.08 0.09 0.07
N1 0.04 0.06 0.01 0.02 0.08 0.03 0.08 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.03 0.01 0.10 0.06 0.09 0.01 0.05 0.04
N3 0.06 0.07 0.03 0.04 0.10 0.05 0.10 0.06 0.09 0.08 0.07 0.06 0.01 0.03 0.11 0.08 0.11 0.04 0.06 0.05
N6 0.06 0.07 0.02 0.04 0.11 0.06 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.05 0.03 0.03 0.12 0.09 0.13 0.06 0.09 0.08
N7 0.11 0.10 0.07 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.12 0.10 0.08 0.03 0.08 0.13 0.12 0.14 0.09 0.10 0.08
N9 0.09 0.09 0.05 0.06 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.02 0.06 0.12 0.10 0.12 0.07 0.08 0.07
O2' 0.12 0.13 0.08 0.09 0.15 0.11 0.15 0.12 0.15 0.14 0.13 0.12 0.04 0.08 0.17 0.13 0.17 0.11 0.12 0.11
O3' 0.06 0.07 0.02 0.03 0.09 0.04 0.09 0.05 0.08 0.08 0.07 0.06 0.01 0.02 0.11 0.07 0.10 0.03 0.06 0.04
O4' 0.09 0.09 0.05 0.06 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.03 0.06 0.12 0.10 0.12 0.07 0.08 0.07
O5' 0.09 0.06 0.13 0.14 0.05 0.12 0.07 0.12 0.07 0.07 0.05 0.05 0.16 0.15 0.02 0.09 0.09 0.12 0.11 0.13
OP1 0.05 0.06 0.01 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.06 0.00 0.01 0.09 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03
OP2 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03
P 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.03 0.02
O4 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00