ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50158

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 22, 13, 6, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.003, 0.028, 0.052, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.028 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.006, 0.034, 0.063, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.034 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.010, 0.052, 0.095, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.052 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.008, 0.057, 0.106, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.057 std_dev=0.049
O4' A 0, -0.071, 0.112, 0.296, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.112 std_dev=0.184
C2' B 0, 0.047, 0.237, 0.426, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.237 std_dev=0.190
O2' A 0, -0.022, 0.171, 0.364, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.171 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.050, 0.244, 0.439, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.244 std_dev=0.195
C2' A 0, -0.085, 0.113, 0.311, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.113 std_dev=0.198
C3' B 0, 0.043, 0.269, 0.495, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.269 std_dev=0.226
O2' B 0, 0.027, 0.254, 0.481, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.254 std_dev=0.227
N9 B 0, 0.028, 0.300, 0.572, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.300 std_dev=0.272
O4' B 0, -0.029, 0.259, 0.548, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.259 std_dev=0.288
C4' A 0, -0.121, 0.169, 0.458, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.169 std_dev=0.289
O3' B 0, -0.011, 0.288, 0.587, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.288 std_dev=0.299
C4' B 0, -0.015, 0.292, 0.598, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.292 std_dev=0.307
C3' A 0, -0.135, 0.174, 0.482, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.174 std_dev=0.308
N3 B 0, 0.064, 0.381, 0.698, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.381 std_dev=0.317
C4 B 0, 0.031, 0.360, 0.688, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.360 std_dev=0.328
C8 B 0, -0.027, 0.356, 0.739, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.356 std_dev=0.383
C5' B 0, -0.041, 0.359, 0.759, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.359 std_dev=0.400
O5' A 0, -0.171, 0.242, 0.654, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.242 std_dev=0.412
C2 B 0, 0.038, 0.471, 0.904, 2.473 max_d=2.473 avg_d=0.471 std_dev=0.433
C5 B 0, -0.016, 0.435, 0.886, 2.527 max_d=2.527 avg_d=0.435 std_dev=0.451
O3' A 0, -0.180, 0.282, 0.744, 2.224 max_d=2.224 avg_d=0.282 std_dev=0.462
C5' A 0, -0.200, 0.268, 0.736, 2.187 max_d=2.187 avg_d=0.268 std_dev=0.468
N7 B 0, -0.045, 0.434, 0.913, 2.696 max_d=2.696 avg_d=0.434 std_dev=0.479
N2 B 0, 0.053, 0.533, 1.014, 2.797 max_d=2.797 avg_d=0.533 std_dev=0.480
N1 B 0, -0.011, 0.528, 1.067, 3.024 max_d=3.024 avg_d=0.528 std_dev=0.539
OP2 A 0, -0.202, 0.348, 0.899, 2.458 max_d=2.458 avg_d=0.348 std_dev=0.550
C6 B 0, -0.037, 0.522, 1.081, 3.106 max_d=3.106 avg_d=0.522 std_dev=0.559
O5' B 0, -0.180, 0.387, 0.954, 2.966 max_d=2.966 avg_d=0.387 std_dev=0.567
P A 0, -0.243, 0.329, 0.901, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.329 std_dev=0.572
OP2 B 0, -0.046, 0.604, 1.254, 3.706 max_d=3.706 avg_d=0.604 std_dev=0.650
O6 B 0, -0.076, 0.603, 1.282, 3.741 max_d=3.741 avg_d=0.603 std_dev=0.679
P B 0, -0.223, 0.500, 1.222, 3.849 max_d=3.849 avg_d=0.500 std_dev=0.722
OP1 A 0, -0.309, 0.416, 1.141, 3.419 max_d=3.419 avg_d=0.416 std_dev=0.725
OP1 B 0, -0.255, 0.598, 1.451, 4.389 max_d=4.389 avg_d=0.598 std_dev=0.853

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
C2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.08 0.09 0.01 0.11 0.14 0.10
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.10 0.07 0.15 0.12 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.05 0.10 0.06
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.10 0.07 0.15 0.10 0.09 0.04 0.01 0.01 0.02 0.10 0.06 0.08 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.09 0.01 0.10 0.16 0.11
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.08 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.11 0.01 0.15 0.22 0.17
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.11 0.05 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.12 0.00 0.18 0.24 0.19
C8 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.05 0.11 0.02 0.13 0.19 0.15
N1 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.06 0.11 0.01 0.16 0.21 0.15
N2 0.04 0.00 0.15 0.15 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.10 0.11 0.02 0.13 0.13 0.11
N3 0.03 0.00 0.12 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.09 0.06 0.01 0.07 0.10 0.06
N7 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.04 0.12 0.02 0.16 0.23 0.19
N9 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.14 0.10
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.08 0.07 0.13 0.10 0.08 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.09 0.06 0.03
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.12 0.08 0.18 0.11 0.12 0.04 0.03 0.00 0.01 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.10 0.09 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.03 0.07 0.07 0.05
O5' 0.05 0.09 0.06 0.10 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.11 0.06 0.12 0.08 0.02 0.12 0.07 0.00 0.13 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.10 0.03 0.13 0.00 0.21 0.27 0.22
OP1 0.06 0.11 0.05 0.08 0.10 0.06 0.15 0.05 0.18 0.13 0.16 0.13 0.07 0.16 0.09 0.09 0.11 0.07 0.02 0.21 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.14 0.10 0.09 0.16 0.05 0.22 0.08 0.24 0.19 0.21 0.13 0.10 0.23 0.14 0.06 0.09 0.07 0.02 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.06 0.08 0.11 0.01 0.17 0.01 0.19 0.15 0.15 0.11 0.06 0.19 0.10 0.03 0.09 0.05 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.20 0.08 0.10 0.08 0.23 0.07 0.28 0.09 0.15 0.16 0.28 0.15 0.11 0.10 0.10 0.12 0.25 0.39 0.08 0.48 0.28 0.39
C2 0.11 0.16 0.09 0.10 0.07 0.20 0.11 0.32 0.08 0.23 0.10 0.25 0.13 0.21 0.13 0.14 0.17 0.24 0.49 0.10 0.73 0.51 0.62
C2' 0.28 0.11 0.19 0.28 0.15 0.44 0.18 0.49 0.13 0.32 0.09 0.19 0.09 0.28 0.25 0.17 0.23 0.42 0.59 0.14 0.71 0.47 0.60
C3' 0.23 0.17 0.17 0.28 0.09 0.43 0.12 0.51 0.08 0.28 0.12 0.29 0.11 0.23 0.19 0.14 0.27 0.38 0.62 0.09 0.79 0.50 0.65
C4 0.11 0.15 0.09 0.10 0.07 0.19 0.10 0.28 0.08 0.21 0.10 0.23 0.12 0.19 0.12 0.16 0.18 0.24 0.44 0.10 0.60 0.42 0.52
C4' 0.10 0.31 0.08 0.16 0.13 0.28 0.11 0.35 0.18 0.11 0.28 0.42 0.24 0.07 0.07 0.08 0.18 0.23 0.44 0.17 0.60 0.31 0.45
C5 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.15 0.15 0.25 0.13 0.24 0.09 0.17 0.10 0.24 0.14 0.18 0.21 0.22 0.43 0.16 0.60 0.47 0.55
C5' 0.07 0.38 0.07 0.13 0.19 0.23 0.18 0.31 0.26 0.08 0.35 0.49 0.30 0.09 0.09 0.08 0.16 0.17 0.40 0.25 0.59 0.29 0.43
C6 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.15 0.18 0.27 0.16 0.27 0.10 0.17 0.10 0.27 0.16 0.18 0.20 0.22 0.46 0.20 0.68 0.55 0.63
C8 0.10 0.11 0.12 0.12 0.09 0.13 0.12 0.19 0.10 0.20 0.08 0.16 0.10 0.19 0.13 0.21 0.24 0.22 0.34 0.12 0.40 0.31 0.38
N1 0.11 0.12 0.09 0.10 0.09 0.18 0.15 0.30 0.12 0.26 0.08 0.21 0.11 0.25 0.15 0.16 0.18 0.23 0.48 0.16 0.74 0.56 0.65
N2 0.11 0.18 0.09 0.12 0.07 0.22 0.10 0.33 0.07 0.22 0.13 0.29 0.15 0.20 0.12 0.14 0.17 0.24 0.50 0.09 0.76 0.52 0.64
N3 0.11 0.18 0.09 0.11 0.07 0.21 0.09 0.31 0.07 0.20 0.13 0.27 0.14 0.17 0.11 0.14 0.16 0.24 0.47 0.08 0.67 0.44 0.56
N7 0.11 0.10 0.13 0.13 0.12 0.12 0.17 0.19 0.15 0.25 0.10 0.14 0.10 0.25 0.15 0.21 0.26 0.21 0.37 0.18 0.47 0.40 0.46
N9 0.11 0.15 0.10 0.09 0.07 0.19 0.09 0.25 0.07 0.18 0.11 0.22 0.13 0.16 0.11 0.16 0.17 0.24 0.40 0.08 0.50 0.33 0.43
O2' 0.31 0.09 0.26 0.33 0.16 0.46 0.18 0.48 0.12 0.32 0.08 0.16 0.09 0.27 0.26 0.27 0.33 0.43 0.54 0.13 0.63 0.40 0.53
O3' 0.29 0.14 0.25 0.40 0.14 0.53 0.17 0.62 0.10 0.34 0.10 0.27 0.09 0.29 0.25 0.22 0.43 0.45 0.71 0.12 0.91 0.59 0.74
O4' 0.09 0.36 0.13 0.10 0.20 0.17 0.18 0.23 0.24 0.08 0.32 0.45 0.30 0.10 0.11 0.15 0.11 0.15 0.32 0.23 0.45 0.21 0.33
O5' 0.08 0.36 0.09 0.09 0.19 0.19 0.17 0.28 0.23 0.08 0.32 0.46 0.29 0.09 0.10 0.12 0.11 0.15 0.38 0.22 0.59 0.29 0.43
O6 0.13 0.11 0.11 0.11 0.15 0.14 0.23 0.25 0.21 0.30 0.14 0.15 0.11 0.32 0.19 0.19 0.22 0.21 0.44 0.26 0.69 0.60 0.65
OP1 0.11 0.43 0.11 0.11 0.26 0.18 0.25 0.27 0.33 0.11 0.41 0.53 0.35 0.16 0.15 0.12 0.15 0.12 0.34 0.32 0.56 0.25 0.39
OP2 0.14 0.40 0.17 0.11 0.25 0.12 0.22 0.20 0.28 0.11 0.37 0.49 0.34 0.14 0.16 0.20 0.12 0.10 0.29 0.27 0.53 0.25 0.37
P 0.12 0.42 0.13 0.08 0.26 0.12 0.24 0.21 0.31 0.11 0.40 0.51 0.35 0.15 0.16 0.16 0.10 0.09 0.29 0.30 0.50 0.22 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.19 0.11
C2 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.20 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.17 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.10 0.08 0.06 0.06 0.11 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.06 0.14 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.20 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.06 0.04 0.03 0.10 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.10 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.10 0.01 0.10 0.19 0.13
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.14 0.15 0.11 0.07 0.07 0.16 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.16 0.06 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.10 0.01 0.10 0.18 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.18 0.13
N1 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.08 0.01 0.09 0.19 0.13
N2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.08 0.02 0.06 0.01 0.08 0.20 0.12
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.06 0.01 0.08 0.20 0.12
N7 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.02 0.12 0.01 0.11 0.17 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.20 0.12
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.05 0.10 0.13 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.03 0.11 0.10 0.09 0.08 0.06 0.12 0.06 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.11 0.09 0.03
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.03 0.06 0.18 0.10
O5' 0.05 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.06 0.06 0.12 0.07 0.06 0.03 0.05 0.00 0.12 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.12 0.00 0.11 0.17 0.13
OP1 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.05 0.10 0.06 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.11 0.06 0.02 0.11 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.20 0.17 0.14 0.20 0.10 0.19 0.06 0.18 0.18 0.19 0.20 0.20 0.17 0.20 0.13 0.09 0.18 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.12 0.07 0.05 0.12 0.04 0.13 0.01 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.05 0.03 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00