ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50159

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 8, 8, 4, 3, 1, 3, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C2' B 0, 0.240, 0.539, 0.838, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.539 std_dev=0.299
O2' B 0, 0.168, 0.499, 0.830, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.499 std_dev=0.331
O4' B 0, 0.274, 1.039, 1.805, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.039 std_dev=0.766
C1' B 0, 0.223, 1.028, 1.834, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.028 std_dev=0.805
O4' A 0, -0.137, 0.884, 1.905, 2.306 max_d=2.306 avg_d=0.884 std_dev=1.021
C2' A 0, -0.135, 0.959, 2.052, 2.547 max_d=2.547 avg_d=0.959 std_dev=1.093
C3' B 0, 0.128, 1.253, 2.378, 3.118 max_d=3.118 avg_d=1.253 std_dev=1.125
C4' B 0, 0.118, 1.265, 2.413, 3.319 max_d=3.319 avg_d=1.265 std_dev=1.147
OP2 B 0, 0.392, 1.620, 2.849, 4.191 max_d=4.191 avg_d=1.620 std_dev=1.229
O2' A 0, -0.140, 1.227, 2.594, 3.437 max_d=3.437 avg_d=1.227 std_dev=1.367
C4' A 0, -0.185, 1.205, 2.595, 3.225 max_d=3.225 avg_d=1.205 std_dev=1.390
O5' B 0, 0.197, 1.607, 3.017, 4.658 max_d=4.658 avg_d=1.607 std_dev=1.410
P B 0, 0.305, 1.782, 3.259, 4.828 max_d=4.828 avg_d=1.782 std_dev=1.477
C5' B 0, 0.130, 1.724, 3.318, 4.503 max_d=4.503 avg_d=1.724 std_dev=1.594
C3' A 0, -0.192, 1.438, 3.067, 3.832 max_d=3.832 avg_d=1.438 std_dev=1.630
N9 B 0, 0.185, 1.839, 3.492, 4.411 max_d=4.411 avg_d=1.839 std_dev=1.653
C8 B 0, 0.373, 2.097, 3.820, 4.830 max_d=4.830 avg_d=2.097 std_dev=1.724
O3' B 0, -0.118, 2.058, 4.234, 5.312 max_d=5.312 avg_d=2.058 std_dev=2.176
O3' A 0, -0.226, 2.030, 4.287, 5.504 max_d=5.504 avg_d=2.030 std_dev=2.257
C5' A 0, -0.358, 2.152, 4.661, 5.753 max_d=5.753 avg_d=2.152 std_dev=2.509
OP1 B 0, 0.044, 2.793, 5.542, 7.662 max_d=7.662 avg_d=2.793 std_dev=2.749
C4 B 0, -0.085, 2.703, 5.491, 6.748 max_d=6.748 avg_d=2.703 std_dev=2.788
N7 B 0, 0.230, 3.072, 5.915, 7.322 max_d=7.322 avg_d=3.072 std_dev=2.842
N3 B 0, -0.281, 2.829, 5.938, 7.559 max_d=7.559 avg_d=2.829 std_dev=3.110
O5' A 0, -0.519, 2.607, 5.733, 7.521 max_d=7.521 avg_d=2.607 std_dev=3.126
C5 B 0, -0.067, 3.454, 6.975, 8.537 max_d=8.537 avg_d=3.454 std_dev=3.521
P A 0, -0.743, 3.451, 7.646, 9.867 max_d=9.867 avg_d=3.451 std_dev=4.194
C2 B 0, -0.494, 3.776, 8.046, 10.118 max_d=10.118 avg_d=3.776 std_dev=4.270
OP2 A 0, -0.794, 3.722, 8.237, 11.553 max_d=11.553 avg_d=3.722 std_dev=4.515
N2 B 0, -0.634, 4.072, 8.778, 11.228 max_d=11.228 avg_d=4.072 std_dev=4.706
C6 B 0, -0.324, 4.477, 9.279, 11.250 max_d=11.250 avg_d=4.477 std_dev=4.801
OP1 A 0, -0.874, 3.998, 8.871, 11.472 max_d=11.472 avg_d=3.998 std_dev=4.873
N1 B 0, -0.539, 4.553, 9.644, 11.825 max_d=11.825 avg_d=4.553 std_dev=5.091
O6 B 0, -0.354, 5.272, 10.899, 13.195 max_d=13.195 avg_d=5.272 std_dev=5.627

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.02 0.19 0.22 0.11
C2 0.03 0.00 0.07 0.68 0.01 0.74 0.00 1.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.40 0.60 0.58 1.68 0.01 1.82 2.26 1.95
C2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.17 0.07 0.19 0.19 0.12
C3' 0.01 0.68 0.02 0.00 0.24 0.01 0.08 0.03 0.17 0.44 0.45 0.91 0.67 0.34 0.11 0.02 0.01 0.02 0.21 0.10 0.23 0.15 0.15
C4 0.02 0.01 0.05 0.24 0.00 0.29 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.18 0.31 0.68 0.01 0.67 0.86 0.76
C4' 0.01 0.74 0.01 0.01 0.29 0.00 0.08 0.01 0.23 0.46 0.52 0.96 0.71 0.32 0.07 0.08 0.02 0.00 0.01 0.13 0.10 0.19 0.04
C5 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.15 0.35 0.00 0.41 0.52 0.36
C5' 0.04 1.15 0.05 0.03 0.41 0.01 0.15 0.00 0.34 0.77 0.81 1.55 1.05 0.59 0.16 0.06 0.04 0.01 0.01 0.21 0.19 0.26 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.17 0.01 0.23 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.14 0.26 0.64 0.00 0.72 0.97 0.78
C8 0.01 0.01 0.08 0.44 0.01 0.46 0.00 0.77 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.41 0.30 0.90 0.01 1.00 1.07 0.90
N1 0.03 0.00 0.06 0.45 0.01 0.52 0.00 0.81 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.38 0.45 1.26 0.01 1.41 1.82 1.52
N2 0.03 0.00 0.09 0.91 0.01 0.96 0.01 1.55 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.51 0.85 0.69 2.19 0.01 2.50 2.99 2.57
N3 0.03 0.00 0.07 0.67 0.00 0.71 0.00 1.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.56 0.57 1.50 0.01 1.51 1.82 1.64
N7 0.02 0.01 0.08 0.34 0.00 0.32 0.00 0.59 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.35 0.15 0.69 0.01 0.85 0.89 0.69
N9 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.02 0.23 0.01 0.29 0.31 0.14
O2' 0.01 0.40 0.01 0.02 0.18 0.08 0.10 0.06 0.17 0.18 0.30 0.51 0.38 0.13 0.04 0.00 0.07 0.07 0.11 0.14 0.20 0.11 0.10
O3' 0.02 0.60 0.02 0.01 0.18 0.02 0.10 0.04 0.14 0.41 0.38 0.85 0.56 0.35 0.11 0.07 0.00 0.02 0.18 0.12 0.29 0.11 0.16
O4' 0.01 0.58 0.01 0.02 0.31 0.00 0.15 0.01 0.26 0.30 0.45 0.69 0.57 0.15 0.02 0.07 0.02 0.00 0.07 0.19 0.18 0.22 0.14
O5' 0.13 1.68 0.17 0.21 0.68 0.01 0.35 0.01 0.64 0.90 1.26 2.19 1.50 0.69 0.23 0.11 0.18 0.07 0.00 0.47 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.19 0.47 0.00 0.57 0.75 0.55
OP1 0.19 1.82 0.19 0.23 0.67 0.10 0.41 0.19 0.72 1.00 1.41 2.50 1.51 0.85 0.29 0.20 0.29 0.18 0.02 0.57 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 2.26 0.19 0.15 0.86 0.19 0.52 0.26 0.97 1.07 1.82 2.99 1.82 0.89 0.31 0.11 0.11 0.22 0.02 0.75 0.01 0.00 0.00
P 0.11 1.95 0.12 0.15 0.76 0.04 0.36 0.01 0.78 0.90 1.52 2.57 1.64 0.69 0.14 0.10 0.16 0.14 0.01 0.55 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 1.75 0.23 0.24 1.15 0.64 1.36 0.57 1.72 0.69 1.89 1.89 1.33 1.07 0.64 0.38 0.41 0.48 0.49 1.83 0.43 0.32 0.44
C2 0.30 3.52 0.28 0.42 2.26 1.09 2.84 1.14 3.78 1.42 4.12 3.84 2.51 2.27 1.29 0.43 0.92 0.61 1.03 4.19 1.30 0.42 0.92
C2' 0.29 1.43 0.27 0.49 0.85 0.87 1.10 0.81 1.49 0.48 1.63 1.58 0.98 0.86 0.39 0.61 0.76 0.66 0.64 1.65 0.58 0.44 0.58
C3' 0.49 1.50 0.68 0.63 1.23 0.26 1.48 0.27 1.73 1.06 1.73 1.49 1.22 1.36 0.93 0.29 0.57 0.25 0.47 1.87 0.61 0.69 0.55
C4 0.23 2.99 0.29 0.34 1.98 1.00 2.43 0.97 3.13 1.22 3.39 3.15 2.20 1.93 1.12 0.43 0.72 0.64 0.88 3.35 0.99 0.38 0.77
C4' 0.89 1.40 1.19 1.23 1.34 0.78 1.50 0.86 1.61 1.29 1.55 1.30 1.28 1.46 1.19 0.88 1.26 0.68 0.93 1.69 1.15 1.05 0.99
C5 0.22 3.06 0.31 0.34 2.13 1.11 2.69 1.10 3.46 1.36 3.62 3.09 2.25 2.18 1.20 0.43 0.72 0.75 1.04 3.75 1.19 0.41 0.90
C5' 1.60 1.61 2.04 2.30 1.82 1.78 1.99 1.92 1.98 1.99 1.80 1.36 1.60 2.08 1.82 1.66 2.49 1.50 1.91 2.07 2.24 2.08 2.01
C6 0.25 3.40 0.31 0.39 2.33 1.19 3.03 1.24 4.00 1.52 4.14 3.47 2.45 2.48 1.32 0.43 0.83 0.75 1.19 4.47 1.49 0.45 1.06
C8 0.19 2.02 0.31 0.26 1.51 0.91 1.82 0.77 2.22 0.95 2.29 1.97 1.57 1.48 0.85 0.43 0.42 0.76 0.73 2.34 0.68 0.35 0.62
N1 0.29 3.62 0.30 0.42 2.38 1.17 3.06 1.24 4.09 1.53 4.35 3.83 2.57 2.48 1.36 0.44 0.92 0.69 1.16 4.59 1.49 0.45 1.04
N2 0.33 3.60 0.27 0.44 2.29 1.08 2.88 1.16 3.87 1.45 4.22 3.99 2.55 2.31 1.31 0.42 0.97 0.57 1.04 4.32 1.35 0.42 0.94
N3 0.27 3.20 0.27 0.38 2.04 0.99 2.51 1.00 3.30 1.26 3.64 3.51 2.31 1.99 1.16 0.42 0.82 0.58 0.89 3.58 1.05 0.39 0.79
N7 0.19 2.47 0.32 0.30 1.87 1.08 2.36 1.00 2.91 1.23 2.93 2.40 1.88 1.95 1.06 0.42 0.54 0.84 0.98 3.11 1.01 0.40 0.82
N9 0.19 2.33 0.28 0.27 1.59 0.85 1.89 0.77 2.37 0.96 2.56 2.41 1.78 1.50 0.89 0.42 0.53 0.61 0.69 2.51 0.68 0.34 0.59
O2' 0.78 0.76 0.88 1.10 0.26 1.31 0.41 1.29 0.75 0.32 0.92 1.00 0.37 0.25 0.38 1.11 1.34 1.08 1.03 0.89 0.95 0.97 1.00
O3' 0.35 1.13 0.48 0.49 0.92 0.26 1.16 0.25 1.37 0.84 1.35 1.11 0.88 1.09 0.70 0.22 0.50 0.22 0.45 1.52 0.64 0.62 0.53
O4' 0.87 1.76 1.16 1.03 1.54 0.53 1.66 0.57 1.83 1.28 1.86 1.72 1.59 1.51 1.25 0.79 0.94 0.52 0.62 1.89 0.72 0.74 0.64
O5' 1.94 2.07 2.42 2.73 2.29 2.07 2.52 2.24 2.53 2.47 2.32 1.79 2.03 2.61 2.26 1.84 2.87 1.79 2.25 2.65 2.55 2.55 2.37
O6 0.24 3.34 0.32 0.39 2.35 1.23 3.14 1.31 4.16 1.59 4.18 3.38 2.41 2.62 1.34 0.42 0.82 0.80 1.31 4.77 1.69 0.49 1.17
OP1 2.47 1.98 2.92 3.62 2.48 3.14 2.74 3.53 2.63 3.00 2.26 1.57 2.06 3.04 2.67 2.30 4.01 2.60 3.45 2.77 4.10 3.81 3.70
OP2 2.58 2.62 3.04 3.64 3.00 2.89 3.36 3.29 3.34 3.44 2.98 2.23 2.57 3.60 3.04 2.13 3.61 2.51 3.34 3.53 3.71 3.94 3.58
P 2.43 2.17 2.94 3.59 2.60 2.92 2.85 3.22 2.78 3.01 2.45 1.79 2.20 3.09 2.71 2.22 3.89 2.44 3.16 2.91 3.58 3.51 3.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.09 0.45 0.14
C2 0.03 0.00 0.12 0.16 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.16 0.03 0.22 0.01 0.13 0.46 0.19
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09 0.15 0.12 0.11 0.05 0.01 0.03 0.01 0.27 0.09 0.31 0.22 0.16
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.03 0.13 0.14 0.15 0.19 0.15 0.14 0.08 0.02 0.01 0.01 0.37 0.13 0.40 0.19 0.26
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.08 0.03 0.23 0.01 0.14 0.47 0.19
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.10 0.07 0.08 0.06 0.10 0.05 0.11 0.02 0.00 0.03 0.09 0.16 0.36 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.09 0.04 0.30 0.01 0.20 0.48 0.24
C5' 0.06 0.16 0.09 0.03 0.16 0.01 0.21 0.00 0.22 0.22 0.19 0.15 0.13 0.24 0.14 0.06 0.09 0.03 0.01 0.24 0.14 0.38 0.02
C6 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.08 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.10 0.04 0.31 0.00 0.22 0.47 0.26
C8 0.02 0.01 0.12 0.14 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.07 0.29 0.01 0.20 0.49 0.24
N1 0.03 0.00 0.09 0.15 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.13 0.03 0.28 0.01 0.18 0.47 0.23
N2 0.04 0.00 0.15 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.04 0.20 0.01 0.12 0.45 0.17
N3 0.04 0.00 0.12 0.15 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.15 0.04 0.19 0.01 0.12 0.46 0.17
N7 0.01 0.01 0.11 0.14 0.01 0.10 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.13 0.06 0.33 0.01 0.25 0.49 0.28
N9 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.03 0.21 0.01 0.13 0.47 0.18
O2' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.13 0.11 0.16 0.06 0.19 0.09 0.20 0.20 0.16 0.13 0.08 0.00 0.08 0.09 0.12 0.20 0.24 0.27 0.10
O3' 0.09 0.16 0.03 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.10 0.13 0.13 0.21 0.15 0.13 0.05 0.08 0.00 0.08 0.36 0.12 0.52 0.22 0.34
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.09 0.08 0.00 0.16 0.05 0.12 0.54 0.24
O5' 0.09 0.22 0.27 0.37 0.23 0.03 0.30 0.01 0.31 0.29 0.28 0.20 0.19 0.33 0.21 0.12 0.36 0.16 0.00 0.35 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.09 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.12 0.05 0.35 0.00 0.27 0.47 0.29
OP1 0.09 0.13 0.31 0.40 0.14 0.16 0.20 0.14 0.22 0.20 0.18 0.12 0.12 0.25 0.13 0.24 0.52 0.12 0.02 0.27 0.00 0.01 0.00
OP2 0.45 0.46 0.22 0.19 0.47 0.36 0.48 0.38 0.47 0.49 0.47 0.45 0.46 0.49 0.47 0.27 0.22 0.54 0.01 0.47 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.19 0.16 0.26 0.19 0.06 0.24 0.02 0.26 0.24 0.23 0.17 0.17 0.28 0.18 0.10 0.34 0.24 0.01 0.29 0.00 0.00 0.00